學校新制之沿革，略分二期。同治初迄光緒辛丑以前，為無系統教育時期；辛丑以後迄宣統末，為有系統教育時期。自五口通商，英法聯軍入京後，朝廷鑒於外交挫衄，非興學不足以圖強。先是交涉重任，率假手無識牟利之通事，往往以小嫌釀大釁，至是始悟通事之不可恃。又震於列強之船堅-利，急須養成-譯與製造船械及海陸軍之人才。故其時首先設置之學校，曰京師同文館，曰上海廣方言館，曰福建船政學堂及南北洋水師、武備等學堂。
京師同文館之設，從總理各國事務衙門之請，始於同治元年。初止教授各國語言文字。六年，議於同文館內添設算學館。時京僚瞢於時務，謗-繁興，原疏排斥眾議，言之剴切。謂：「西人製器之法，無不由度數而生。中國欲講求製造輪船、機器諸法，苟不藉西士為先導，師心自用，無裨實際。疆臣如左宗棠、李鴻章等，皆深明其理，堅持其說，詳於奏牘。且西人之術，聖祖深韙之矣，當時列在台官，垂為時憲，本朝掌故，不宜數典而忘。若以師法西人為恥，其說尤謬。中國狃於因循，不思振作，恥孰甚焉。今不以不如人為恥，獨以學其人為恥，將安於不如而終不學，遂可雪恥乎？學期-用，事貴因時，物議雖多，權衡宜定。原議招取滿、漢舉人，恩、拔、副、歲、優貢生，並由此出身之正途人員。又擬推廣，凡翰林院庶吉士、編修、檢討，與五品以下進士出身之京、外各官，年在三十歲以內者，均可送考。三年考列高等者，按升階優保班次，以示鼓勵。」詔從其議。
上海廣方言館，創設於同治二年。江蘇巡撫李鴻章言：「京師同文館之設，實為良法。惟洋人總匯地，以上海、廣東兩口為最。擬仿照同文館例，於上海添設外國語言文字學館，選近郡年十四歲以下資稟穎悟、根器端靜之文童，聘西人教習，並聘內地品學兼優之舉、貢生員，課以經、史、文藝。學成送本省督、撫考驗，作為該縣附學生。其候補、佐雜等官，年少聰慧者，許入館一體學習，學成酌給升途。三五年後，有此一種讀書明理之人，精通番語，凡通商、督、撫衙署及海關監督，應設-譯官承辦洋務者，即於館中遴選派充。庶關稅、軍需可期核實；無賴通事，亦稍斂跡。且能盡閱西人未譯專書，探賾索隱，一切輪船、火器等巧技，由漸通曉，於自強之道，不無裨助。」上諭廣州將軍查照辦理。
福建船廠，同治五年，左宗棠督閩時奏設，並設隨廠學堂。分前、後二堂。前堂習法文，練習造船之術；後堂習英文，練習駕駛之術。課程除造船、駕駛應習常課外，兼習策論，令讀聖諭廣訓、孝經以明義理。首總船政者為沈葆楨，規畫閎遠，尤重視學堂。十二年，奏陳船工善後事宜：「請選派前、後堂生分赴英、法，學習製造駕駛之方，及推陳出新、練兵制勝之理。學生有天資傑出，能習礦學、化學及交涉、公法等事，均可隨宜肄業。」尋葆楨任南洋大臣。光緒二年，奏派華、洋監督，訂定章程。船政學堂成就之人材，實為中國海軍人材之嚆矢。學堂設於馬尾，故清季海軍將領，亦以閩人為最多。
天津水師學堂，光緒八年，北洋大臣李鴻章奏設。次年招取學生，入堂肄業。分駕駛、管輪兩科。教授用英文，兼習操法，及讀經、國文等科。優者遣派出洋留學，以資深造。厥後海軍諸將帥由此畢業者甚夥。
鴻章又於光緒十一年奏設天津武備學堂，規制略仿西國陸軍學堂。挑選營中精健聰穎、略通文義之弁目，入堂肄業。文員原習武事者，一併錄取。其課程一面研究西洋行軍新法，如後膛各種槍-，土木營壘及佈陣分合攻守各術。一面赴營實習，演試槍-陣勢及造築台壘。惟學生系挑選弁目，雖聘用德國教員，不能直接聽講，仍用-譯，展轉教授，與水師學堂注重外國文者不同。初制，學習一年後，考試及格學生，發回各營，由統領量材授事。其後逐漸延長年限，選募良家年幼子弟肄業。迨庚子之變，學堂-當戰區，全校淪為灰燼矣。
此外廣東水陸師學堂，則粵督張之洞於光緒十三年奏設。之洞調任鄂督，二十一年又奏設湖北武備學堂，其辦法課程，水師分管輪、駕駛兩項，陸師分馬、步，槍、-，營造等項，大略參照北洋成法。洎海軍成立，新軍改建，此類學堂，南洋及各省增設日盛，不具述。
至湖北自強學堂，亦之洞創設。初分方言、格致、算學、商務四門。惟方言一齋，住堂肄業，餘三齋按月考課。其後算學改歸兩湖書院教授，格致、商務停課，本堂專課方言，以為西學梯階。方言分英、法、德、俄四門，亦類似同文館之學堂也。
光緒丙申、丁酉間，各省學堂未能普設，中外臣工多以變通整頓書院為請。詔飭裁改，禮部議准章程，並課天算、格致等學。陝西等省創設格致實學書院，以補學堂之不逮焉。
大抵此期設學之宗旨，專注重實用。蓋其動機緣於對外，故外國語及海陸軍得此期教育之主要，無學制系統之足言。惟南洋公學雖亦承襲此期教育之宗旨，而學制分為三等，已寓普通學校及豫備教育之意旨。
先是光緒二十一年，津海關道盛宣懷於天津創設頭、二等學堂。頭等學堂課程四年，等一年習竣，欲專習一門者，得察學生資質酌定。專門凡五：一工程學，二電學，三礦務學，四機器學，五律例學。二等學堂課程四年，按班次遞升，習滿升入頭等。意謂二等擬外國小學，頭等擬外國大學。因初設，采通融求速辦法。教員既苦乏才，學生亦難精擇，無甚成效。
二十三年，宣懷又於上海創設南洋公學，如津學制而損益之，經費取給招商、電報兩局捐助。奏明辦理，因名公學。分四院：曰師範院，曰外院，曰中院，曰上院。外院即附屬小學，為師範生練習之所。中、上院即二等、頭等學堂，寓中學堂、高等學堂之意。課程大體分中文、英文兩部，而注重法政、經濟。上院畢業生，擇尤異者咨送出洋，就學於各國大學。意謂內國大學猝難設置，以公學為豫備學校，而以外國大學為最高學府。論者謂中國教育有系統之組織，此其見端焉。後改歸郵傳部管轄，定名高等實業學堂。其課程性質，非復設立之初旨。此第一期無系統教育之大略也。
自甲午一役，喪師辱國，列強群起，攘奪權利，國勢益岌岌。朝野志士，恍然於鄉者變法之不得其本。侍郎李端-、主事康有為等，均條議推廣學堂。光緒二十四年，德宗諭曰：「邇者詔書數下，開特科，改武科制度，立大、小學堂。惟風氣尚未大開，論說莫衷一是。國是不定，則號令不行。特明白宣示中外，自王公至士庶，各宜努力發憤，以聖賢義理之學植其根本，博采西學切於時務者，實力講求，以救空疏迂謬之弊。京師大學為各省倡，應首先舉辦。凡翰林編、檢，部、院司員，各門侍衛，候補、候選道，府、州、縣以下各官，大員子弟，八旗世職，各省武職後裔，均准入學肄業，以期人材輩出，共濟時艱。」下軍機大臣、總理各國事務王、大臣，妥議奏聞。尋議覆籌辦京師大學堂。擬定章程，要端凡四：一寬籌經費，二宏建學舍，三慎選管學大臣，四簡派總教習。詔如所擬。命孫家鼐管理大學堂事務，經費由戶部籌撥。
五月，又諭各直省督、撫，將各省府、F、州、縣大、小書院，一律改為兼習中、西學之學校，其階級，以省會之大書院為高等學，郡城之書院為中學，州、縣之書院為小學。頒給京師大學章程，令仿照辦理。各書院經費，-數提作學堂經費。紳民如能捐建學堂，或廣為勸募，准奏請給獎。有獨立措捐鉅款者，予以破格之賞。民間祠廟不在祀典者，一律改為學堂，以節糜費而隆教育。是時管學大臣之權限，不專管理京師大學堂，並節制各省所設之學堂。實以大學校長兼全國教育部長之職權。
又以同文館及北洋學堂多以西人為總教習，於中學不免偏枯。且外國文不止一國，學科各有專門，非一西人所能勝任。必擇學貫中、西，能見其大之中國學者，為總教習，破格錄用，有選派分教習之權。蓋以管學大臣必大學士或尚書充任，而總教習則不拘資格，可延攬新進之人才也。學生分兩班，已治普通學卒業者為頭班，現治普通學者為二班，猶是南洋公學之舊法。課程分普通、專門兩類。普通學，學生必須通習；專門學，人各佔一門或二門。普通學科目為經學，理學，掌故學，諸子學，初級算學，初級格致學，初級政治學，初級地理學，文學，體操學，語言文字學。專門學科目為高等算學，高等格致學，高等政治學、法律屬之，高等地理學、測繪屬之，農學，礦學，工程學，商學，兵學，衛生學、醫學屬之。考驗學生，用積分法。學生月給膏火銀兩有差。上海設編譯局，各學科除外國文外，均讀編譯課本。籌辦大學章程之概要如此。
未幾，八月政變，由舊黨把持朝局，卒釀成庚子之禍。逮二十七年，學校漸有復興之議。其首倡者，則山東巡撫袁世凱也。初，世凱奏陳東省開辦大學堂章程，有旨飭下各省仿辦，令政務處會同禮部妥議選舉鼓勵章程。尋議言：「東西各國學堂，皆系小學、中學、大學以次遞升，畢業後始予出身，擬請按照辦理。小學畢業生考試合格，選入中學堂。畢業考試合格，再選入大學堂。畢業考試合格，發給憑照。督、撫、學政，按其功課，嚴密扃試。優者分別等第，咨送京師大學堂覆試，作為舉人、貢生。其貢生留下屆應考，原應鄉試者聽。舉人積有成數，由京師大學堂嚴加考試，優者分別等第，咨送禮部。簡派大臣考試，候旨欽定，作為進士，一體殿試，酌加擢用，優予官階。查世凱辦法，以通省學堂一時未能遍舉，先於省城建立學堂，分齋督課，其備齋、正齋，即隱寓小學、中學之規制。既經諭令各省仿辦，應酌照將來選舉章程，用資鼓勵。」報可。所議混合科舉、學制為一事，謂之學堂選舉鼓勵章程，各省多未及實行而罷。
辛丑，兩宮迴鑾。以創痛鉅深，力求改革。十二月，諭曰：「興學育才，實為當今急務。京師首善之區，尤宜加意作育，以樹風聲。前建大學，應切實舉辦。派張百熙為管學大臣，責成經理，務期端正趨鄉，造就通才。其裁定章程，妥議具奏。」旋諭將同文館併入大學堂，毋庸隸外務部。二十八年正月，百熙奏籌辦大學堂情形豫定辦法一條，言：「各國學制，幼童於蒙學卒業後入小學，三年卒業升中學，又三年升高等學，又三年升大學。以中國准之，小學即縣學堂，中學即府學堂，高等學即省學堂。目前無應入大學肄業之學生，通融辦法，惟有暫時不設專門，先設立一高等學為大學豫備科。分政、藝二科，以經史、政治、法律、通商、理財等事隸政科，以聲、光、電、化、農、工、醫、算等事隸藝科。查京外學堂，辦有成效者，以湖北自強學堂、上海南洋公學為最。此外如京師同文館，上海廣方言館，廣東時敏、浙江求是等學堂，開辦皆在數年以上，不乏合格之才。更由各省督、撫、學政考取府、州、縣高材生，咨送來京，覆試如格，入堂肄業。三年卒業，及格者升大學正科。不及格者，分別留學、撤退。大學豫科與各省省學堂卒業生程度相同，由管學大臣考驗合格，請旨賞給舉人。正科卒業，考驗合格，請旨賞給進士。惟國家需材孔亟，欲收急效而少棄才，則有速成教員一法。於預備科外設速成科，分二門：曰仕學館，曰師範館。凡京員五品以下、八品以上，外官道員以下、教職以上，皆許考入仕學館。舉、貢、生、監，皆許考入師範館。仕學三年卒業，擇尤保獎。師範三年卒業，擇優異者帶領引見。生准作貢生，貢生准作舉人，舉人准作進士，分別給予准作小學、中學教員文憑。蓋豫科生必-年歲最富、學術稍精者，再加練習，儲為真正合格之才。速成生則取更事較多、立志猛進者，取其聽從速化之效。至增建校舍，附設譯局，廣購書籍、儀器，尤以寬籌經費為根原。經費分兩項：一，華俄道勝銀行存款之息金，全數撥歸大學堂；一，請飭各省籌助經費，每年大省二萬金，中省一萬金，小省五千金，常年撥解京師。」從之。
七月，百熙遵擬學堂章程，疏言：「古今中外，學術不同，其所以致用則一。歐、美、日本諸邦現行制度，頗與中國古昔盛時良法相同。禮記載家有塾，黨有庠，州有序，國有學。比之各國，則國學即大學，家塾、黨庠、州序即蒙學、小學、中學。等級蓋甚分明。周以前選舉、學校合而為一，漢以後專重選舉，及隋設進士科以來，士皆殫精神於詩、賦、策、論，所謂學校，名存而巳。今日而議振興教育，必以真能復學校之舊為第一要圖。雖中外政教風氣原本不同，然其條目秩序之至賾而不可亂，不必盡泥其跡，不能不兼取其長。謹上溯古制，參考列邦，擬定京師大學暨各省高等學、中學、小學、蒙學章程，候欽定頒行各省，核實興辦。凡名是實非之學堂及庸濫充數之教習，一律從嚴整頓。」詔下各省督撫，按照規條實力奉行。是為欽定學堂章程。教育之有系統自此始。
京師大學堂分大學院、大學專門分科、大學豫備科。附設者，仕學、師範兩館。大學院主研究，不講授，不立課程。專門分科凡七：曰政治科，曰文學科，曰格致科，曰農業科，曰工藝科，曰商務科，曰醫術科。政治科分目二：政治，法律。文學科分目七：經學，史學，理學，諸子，掌故，詞章，外國語言文字。格致科分目六：天文，地質，高等算學，化學，物理，動植物。農業科分目四：農藝，農業化學，林學，獸醫。工藝科分目八：土木，機器，造船，造兵器，電氣，建築，應用化學，採礦冶金。商務科分目六：簿記，產業製造，商業語言，商法，商業史，商業地理。醫術科分目二：醫學，藥學。豫備科分政、藝兩科。政科課目：倫理，經學，諸子，詞章，算學，中外史，中外輿地，外國文，物理，名學，法學，理財，體操。藝科課目：倫理，中外史，外國文，算學，物理，化學，動植物，地質及礦產，圖畫，體操。為入專理某科便利計，得增減若干科目。各三年卒業。仕學館課目：算學，博物，物理，外國文，輿地，史學，掌故，理財，交涉，法律，政治。師範館課目：倫理，經學，教育，習字，作文，算學，中外史，中外輿地，博物，物理，化學，外國文，圖畫，體操。
各省高等學堂為中學卒業之升途，又為入分科大學之豫備。分政、藝兩科。課程與大學豫科同。三年卒業。高等學外，得附設農、工、商、醫高等實業學堂，亦中學卒業生升入。教授用專科教員制，各任一門。中學堂，為高等小學卒業之升途，即為入高等學之豫備。課目：修身，讀經，算學，詞章，中外史，中外輿地，外國文，圖畫，博物，物理，化學，體操。四年卒業。中學外，得設中等農、工、商實業學堂，高小卒業生不原治普通學者入之。又附設師範學堂，課目視中學，惟酌減外國文，加教育學、教授法。得合兩班或三班，以兩三教員各任數科目，分教之。小學堂分高等、尋常二級-童自六歲起，受蒙學四年。十歲入尋常小學，修業三年。此七年定為義務教育。十三歲入高等小學，三年卒業。得附設簡易農、工、商實業學堂，尋常小學卒業者入之。尋常小學課目：修身、讀經、作文、習字、史學、輿地、算術、體操。高等小學課目，增讀古文辭、理科、圖畫，餘同尋常小學。教授採用級任制。正教習外，得置副教習。蒙學堂屬義務教育，府、F、州、縣、城、鎮、鄉、集均應設立。凡義塾或家塾，應照蒙學課程，核實改辦。課目同尋常小學，惟作文易以字課。蒙學宗旨，在於改良私塾，故章程規定，頗注重教授法之改善，於-童身心之體察，三致意焉。至學生出身獎勵，小學卒業，獎給附生；中學卒業，獎給貢生；高等學卒業，獎給舉人；大學分科卒業，獎給進士。各省師範卒業，照大學師範館例給獎。其大較也。欽定章程雖未臻完備，然已有系統之組織。頒布未及二年，旋又廢止。
先是百熙招致海內名流，任大學堂各職。吳汝綸為總教習，赴日本參觀學校-留日學生迭起風潮，諑謠繁興，黨爭日甚。二十九年正月，命榮慶會同百熙管理大學堂事宜。二人學術思想，既各不同，用人行政，意見尤多歧異。時鄂督張之洞入覲。之洞負海內重望，於川、晉、粵、鄂，曾創設書院及學堂。著勸學篇，傳誦一時；尤抱整飭學務之素志。閏五月，榮慶約同百熙奏請添派之洞會商學務，詔飭之洞會同管學大臣-定一切學堂章程，期推行無弊。
十一月，百熙、榮慶、之洞會奏重訂學堂章程，言：「各省初辦學堂，難得深通教育理法之人。學生率取諸原業科舉之士，未經小學陶-而來，言論行為，不免軼於範圍之外。此次奉諭會商-定，詳細推求，倍加審慎。博考外國各項學堂課程門目，參酌變通，擇其宜者用之，其於中國不相宜者缺之，科目名稱不可解者改之，過涉繁重者減之。無論何等學堂，均以忠孝為本，以中國經史之學為基，俾學生心術壹歸於純正。而後以西學瀹其智識，練其藝能，務期他日成材，各-實用。擬成初等小學、高等小學、中學、高等學各章程，大學附通儒院章程。原章有蒙學名目，所列實即外國初等小學之事。外國蒙養院，一名T稚園，參酌其意，訂為蒙養院章程及家庭教育法。此原章所有，而增補其缺略者也。辦理學堂，首重師範。原訂師範館章程，系僅就京城情形試辦，尚屬簡略。另擬初級、優級師範學堂章程，並任用教員章程，京城師範館改照優級師範辦理。此外仕學館屬暫設，不在各學堂統系之內，原章應暫仍舊。譯學館即方言學堂；進士館系奉特旨，令新進士概入學堂肄業，課程與各學堂不同，並酌定章程課目。又國民生計，莫要於農、工、商實業，興辦實業學堂，有百益而無一弊，另擬初等、中等、高等農、工、商實業學堂章程，附實業補習普通學堂、藝徒學堂、實業教員講習所各章程。此原章未及，而別加編訂者也。又中國禮教政俗與各國不同，少年初學，胸無定識，-雜浮囂，在所不免。規範不容不肅，稽察不容不嚴。特訂立規條，申明禁令，為學堂管理通則。並將設學宗旨、立法要義，總括發明，為學務綱要。果能按照現定章程認真舉辦，民智可開，國力可富，人才可成，不致別生流弊。至學生畢業考試，升級、入學考試及獎勵錄用之法，亦經詳定專章，伏候裁定。」
又奏：「奉旨興辦學堂，兩年有餘。至今各省未能多設者，經費難籌也。經費所以不能捐集者，科舉未停，天下士林謂朝廷之意並未專重學堂也。科舉不變通裁減，人情不免觀望，紳富孰肯籌捐？經費斷不能籌，學堂斷不能多。入學堂者，恃有科舉一途為退步，不肯專心鄉學，且不肯恪守學規。況科舉文字多剽竊，學堂功課務實修；科舉止憑一日之短長，學堂必盡累年之研究；科舉但取詞章，學堂並重行檢。彼此相衡，難易迥別。人情莫不避難就易，當此時勢阽危，除興學外，更無養才濟時之術。或慮停罷科舉，士人競談西學，而中學無人肯講。現擬章程，於中學尤為注重。凡中國向有之經學、史學、文學、理學，無不包舉靡遺。科舉所講習者，學堂無不優為；學堂所兼通者，科舉皆所未備。是取材於科舉，不如取材於學堂，彰彰明矣。或又慮學堂雖重積分法，分數定自教員，保無以愛憎而意為增損。不知功課優絀，當堂考驗。教員即欲違眾徇私，而公論可憑，萬難掩飾。臣等尚恐偶有此弊，故於中學考試，歸學政主持，督同道、府辦理。高等學畢業，請簡放主考，會同督、撫、學政考試。大學畢業，請簡放總裁，會同學務大臣考試。不專憑本學堂所定分數。凡科舉掄才之法，已括諸學堂獎勵之中，實將科舉、學堂合併為一。就事理論，必須科舉立時停罷，學堂辦法方有起色，經費方可設籌。惟此時各省學堂，未能遍設，已設學堂，辦理未盡合法，不欲遽議停罷科舉。然使一無舉動，天下未見朝廷有遞減以至停罷之明文，實不足風示海內士民，收振興學堂之效。請查照臣之洞會同袁世凱原奏分科遞減之法，明降諭旨，從下屆丙午科起，每科遞減中額三分之一。一面照現定各學堂章程，從師範入手，責成各省實力舉行，至第三屆壬子科應減盡時，尚有十年。計京、外開辦學堂，已逾十年以外，人才應已輩出。天下士心專注學堂，籌措經費必立見踴躍。人人爭自濯磨，相率入學堂，求實在有用之學，氣像一新，人才自奮。轉弱為強，實基於此。」詔悉如所請。是為頒布奏定章程之期，時科舉未全廢止也。迨三十一年，世凱、之洞會奏：「科舉一日不停，士人有僥倖得第之心，以分其砥礪實修之志。民間相率觀望，私立學堂絕少。如再遲十年甫停科舉，學堂有遷延之勢，人才非急切可求。必須二十餘年後，始得多士之用。擬請宸衷獨斷，立罷科舉。飭下各省督、撫、學政，學堂未辦者，從速提倡；已辦者，極力擴充。學生之良莠，辦學人員之功過，認真考察，不得稍辭其責。」遂詔自丙午科始，停止各省鄉、會試及歲、科試。尋諭各省學政專司考校學堂事務。於是沿襲千餘年之科舉制度，根本劃除。嗣後學校日漸推廣，學術思想因之變遷，此其大關鍵也。
是時學務之組織，尚有一重要之變更，則專設總理學務大臣也。二十九年，之洞言：「管學大臣既管京城大學堂，又管外省各學堂事務。當此經營創始，條緒萬端，專任猶虞不給，兼綜更恐難周。請於京師專設總理學務大臣，統轄全國學務。另設總監督一員，專管京師大學堂事務，受總理學務大臣節制考核，俾有專責。」詔允改管學大臣為學務大臣，並加派孫家鼐為學務大臣，命大理寺少卿張亨嘉充大學堂總監督。奏定章程，規定學校系統，足補欽定章程所未備。
其分科及課目，較舊章亦多有變更。大學設通儒院及大學本科。通儒院不講授，無規定課目。大學本科分科八。曰經學科，分十一門：周易、尚書、毛詩、春秋左傳、春秋三傳、周禮、儀禮、禮記、論語、孟子，附理學。曰政法科，分二門：政治、法律。曰文學科，分九門：中國史、萬國史、中外地理、中國文學、英國文學、法國文學、俄國文學、德國文學、日本國文學。曰醫科，分二門：醫學、藥學。曰格致科，分六門：算學、星學、物理、化學、動植物、地質。曰農科，分四門：農學、農藝化學、林學、獸醫。曰工科，分九門：土木、機器、造船、造兵器、電氣、建築、應用化學、火藥、採礦冶金。曰商科，分三門：銀行及保險、貿易及販運、關稅。各專一門。經學原兼習一兩經者聽。各學科分主課、補助課。三年畢業。惟政治、醫學四年畢業。
高等學與大學豫備科性質相同。學科分三類：第一類為豫備入經學、政法、文學、商科等大學者治之，第二類為豫備入格致、農、工等科大學者治之，第三類為豫備入醫科大學者治之。學科除人倫道德、經學大義、中國文學、外國語、體操各類共同外，第一類課歷史、地理、辨學、法學、理財，第二類課算學、物理、化學、地質、礦物、圖畫，第三類課蠟丁語、算學、物理、化學、動物、植物。其有志入某科某門者，得缺科目或加課他科目，分通習、主課。三年畢業。中學科目：修身、讀經、講經、中國文學、外國語、歷史、地理、算學、博物、物理及化學、法制及理財、圖畫、體操。五年畢業。高等小學科目：修身、讀經、講經、中國文學、算術、中國歷史、地理、格致、圖畫、體操。視地方情形，可加授手工、農、商業等科目。四年畢業。初等小學科目：修身、讀經、講經、中國文學、算術、歷史、地理、格致、體操，為完全科。視地方情形，可加授圖畫、手工之一二科目。其鄉民貧瘠、師儒缺少地方，得量從簡略，修身、讀經合為一科，中國文學科，歷史、地理、格致合為一科，算術、體操，為簡易科。五年畢業。
中、小學科目，不外普通教育之學科。其特殊者，則讀經、講經一科也。學務綱要載中、小學宜注意讀經以存聖教一節，其言曰：「外國學堂有宗教一門，中國之經書即是中國之宗教。學堂不讀經，則是堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔子之道，所謂三綱五常，盡行廢絕，中國必不能立國。無論學生將來所執何業，即由小學改業者，必須曾誦經書之要言，略聞聖教之要義，以定其心性，正其本源。惟學堂科學較繁，晷刻有限，概令全讀十三經，精力日力斷斷不給。茲擇切要各經，分配中、小學堂。若卷帙繁重之禮記、周禮，止選讀通儒節本，儀禮止選讀最要一篇。自初等小學第一年日讀約四十字起，至中學日讀約二百字為止，大率小學每日以一點鐘讀經，一點鐘挑背淺解。中學每星期以六點鐘讀經，三點鐘挑背講解。溫經每日半點鐘，歸自習時督課。學生並不過勞，亦無礙講習西學之日力。計中學畢業，已讀過孝經、四書、易、書、詩、左傳及禮記、周禮、儀禮節本十經，並通大義。較之向來書塾、書院所讀所解，已為加多。不惟聖經不至廢墜，且經學從此更可昌明。」其立論甚正，可考見當時之風氣焉。
蒙養院意在合蒙養、家教為一，輔助家庭教育，兼包括女學。
直系學堂外，並詳訂師範及實業學堂專章。其大異於舊章者，為優級師範學堂。學科分三節：一曰公共科，以補中學之不足，為本科之豫備。科目：人倫道德、群經源流、中國文學、東語、英語、辨學、算學、體操。一年畢業。二曰分類科，凡四類：第一類以中國文學、外國語為主。第二類以地理、歷史為主。第三類以算學、物理、化學為主。第四類以動植物、礦物、生理為主。科目除人倫道德、經學大義、中國文學、教育心理、體操各類共同外，第一類課周秦諸子、英語、德語或法語、辨學、生物、生理。第二類課地理、歷史、法制、理財、英語、生物。第三類課算學、物理、化學、英語、圖畫、手工。第四類課植物、動物、生理、礦物、地學、農學、英語、圖畫。分通習、主課，均三年畢業。三曰加習科，於分類科畢業，擇教育重要數門，加習一年，以資深造。科目：人倫道德、教育學、教育制度、教育政令機關、美學、實驗心理、學校衛生、專科教育、-童研究、教育演習，並增入教授實事練習。優級師範附屬中學堂、小學堂。初級師範學科程度，與中學略同。完全科學科，於中學科目外，增教育學、習字。視地方情形，可加外國語，手工，農、工業之一科目或數科目。五年畢業。初級師範附屬小學堂。
實業學堂之種類，曰實業教員講習所，曰高等農、工、商實業學堂，曰中等農、工、商實業學堂，曰初等農、工、商實業學堂，及高等、中等、初等商船學堂，曰實業補習普通學堂，曰藝徒學堂。實業教員講習所，以備教成各項實業學堂之教習。分農、商、工三種，農業、商業教員講習所，除人倫道德、英語、教育、教授法、體操為共同學科外，農業課算學及測量氣象、農業-論、農業化學、農具、土壤、肥料、耕種、畜產、園藝、昆-、獸醫、水產、森林、農產製造、農業理財實習；商業課應用化學、應用物理、商業作文、商業算術、商業地理、商業歷史、簿記、商品、商業理財、商業實踐。均二年畢業。工業教員講習所，置完全科及簡易科。完全科凡六：曰金工科、木工科、染織科、窯業科、應用化學科、工業圖樣科。除人倫道德、算學、物理、化學、圖畫、工業理財、工業衛生、機器製圖實習、英語、教育、教授法、體操為共同學科外，金工科課無機化學、應用力學、工場用具及製造法、電氣工業大意、發動機。木工科課無機化學、應用力學、工場用具及製造法、構造用材料、傢俱及建築流派、房屋構造、衛生、建築製圖及意匠。染織科課一切器用化學、應用機器、定性分析、工業分析、染色配色、機織及意匠。窯業科課一切應用化學、應用機器、定性分析、工業分析、窯業品製造。應用化學科課一切應用化學、機器、電鑄及電礦。工業圖樣科課圖樣、材料。均三年畢業。簡易科分金工、木工、染色、機織、陶器、漆工六科。課目較略。一年畢業。高等實業學堂程度視高等學堂，分豫科、本科。豫科授以各科普通基本功課。一年畢業。高等農業本科凡三：曰農學科，曰林學科，曰獸醫學科。高等工業分科十三：曰應用化學科，曰染色科，曰機織科，曰建築科，曰窯業科，曰機器科，曰電器科，曰電氣化學科，曰土木科，曰礦業科，曰造船科，曰漆工科，曰圖稿繪畫科，各授以本科原理、原則、應用方法及補助科目，多者至三十餘門，得斟酌地方情形，擇合宜數科設之。均三年畢業。中等實業學堂程度視中學堂，亦分豫科、本科，課目較高等為略。初等實業學堂程度視高等小學堂，分普通、實習兩種科目。均三年畢業。商船學堂亦分三等，以授航海機關之學術及駕運商船之知識技術。五年或三年畢業。實業補習普通學堂，以簡易教法授實業必須之知識技能，並補習小學科目。藝徒學堂，授平等程度之工築技術，俾成良善工匠，均可於中、小學堂便宜附設。
其不在學堂系統內者，曰譯學館，曰進士館。先是同文館併入大學堂，設英、法、俄、德、日本五國語文專科，後由大學分出，名譯學館。仍設英、法、俄、德、日本文各一科，無論習何國文，皆須習普通及專門學。普通科目：人倫道德、中國文學、歷史、地理、算學、博物、物理及化學、圖畫、體操。專門科目：交涉、理財、教育。五年畢業。進士館令新進士用翰林部屬、中書者，入館肄業，講求實用之學。課目：史學、地理、教育、法學、理財、交涉、兵政、農政、工政、商政、格致。得選習農、工、商、兵之一科或兩科。西文、東文、算學、體操為隨意科。三年畢業。
各學堂管理通則之規定，與舊章大體相同。月朔，監督、教員集諸生禮堂，宣讀聖諭廣訓一條。皇太后、皇上萬壽節，至聖先師孔子誕日，春、秋上丁釋奠，為慶祝日。堂中各員率學生至萬歲牌前或聖人位前行三跪九叩禮。畢，各員西鄉立，學生向各員行三揖禮，退。開學、散學或畢業，率學生至萬歲牌前、聖人位前行禮如儀。學生向監督、教員行一跪三叩禮。監督等施訓語，乃散。月朔，率學生至聖人位前行禮如儀。每日講堂授課，多者不得過六小時。房、虛、星、昴日為休息例假，慶祝日、端午、中秋節各放假一日。每年以正月二十日開學，至小暑節散學，為第一學期。立秋後六日開學，至十二月十五日散學，為第二學期。學生賞罰，由教員、監學摘出，監督核定。賞分三種：曰語言獎勵，曰名譽獎勵，曰實物獎勵。罰分三種：曰記過，曰禁假，曰出堂。學生以端飭品行為第一要義，監督、監學及教員隨時稽察，詳定分數，與科學分數合算。
學堂考試分五種：曰臨時考試，曰學期考試，曰年終考試，曰畢業考試，曰升學考試。臨時試無定期，學期、年終、畢業考試分數與平日分數平均計算。年考及格者升一級，不及格者留原級補習，下屆再試，仍不及格者退學。評定分數，以百分為滿格，八十分以上為最優等，六十分以上為優等，四十分以上為中等，二十分以上為下等，謂之及格，二十分以下為最下等，應出學。
畢業考試最重，視學堂程度，由所在地方官長會同監督、教員親蒞之，照鄉會試例。高等學畢業，簡放主考，會同督、撫、學政考試。大學分科畢業，簡放總裁，會同學務大臣考試。分內、外二場：外場試，就學堂舉行。擇各科講義精要一二條摘問，令諸生答述。內場試，擇地扃試。分兩場：首場以中學發題，經、史各一，經用論，史用策。二場以西學發題，政、藝各一，西政用考，西藝用說。通儒院畢業，不派員考試，以平日研究所得各種著述，評定等第，進呈，候欽定。其獎勵章程，比照獎勵出洋遊學日本學生例，通儒院畢業，予以翰林升階，或分用較優京、外官。大學分科畢業，最優等作為進士出身，用翰林院編修、檢討。優等、中等均作為進士出身，分別用翰林院庶吉士、各部主事。大學選科，比照分科大學降等給獎。大學豫備科及各省高等學畢業，最優等作為舉人，以內閣中書、知州用。優等、中等均作為舉人，以中書科中書、部司務、知縣、通判用。中學畢業，分別獎以拔貢、優貢、歲貢。高等小學畢業，分別獎以廩、增、附生。初等小學屬義務教育，不給獎。優級師範畢業，最優等、優等、中等均作為舉人，分別以國子監博士、助教、學正用。初級師範畢業，分別獎以拔貢、優貢、歲貢，以教授、教諭、訓導用。高等實業學堂畢業，最優等、優等、中等均作為舉人，分別以知州、知縣、州同用。中等實業學堂畢業，獎勵視中學。奏定章程規定之概要如此。
三十一年，詔以各省學堂次第興辦，必須有總匯之區，以資董率而專責成。特設學部，命榮慶為尚書，熙瑛、嚴修為侍郎。裁國子監，歸並學部。明年，學部奏請宣示教育宗旨，略言：「今中國振興學務，宜注重普通教育，令全國之民無人不學。尤以明定宗旨，宣示天下，為握要之圖。中國政教所固有，亟宜發明以距異說者有二：曰忠君，曰尊孔。中國民質所最缺，亟宜箴砭以圖振起者有三：曰尚公，曰尚武，曰尚實。」上諭照所陳各節通飭遵行。尋奏定學部官制，於本部各司、科分掌教育行政事務外，設編譯圖書局、調查學制局、京師督學局。又擬設高等教育會議所，屬學部長官監督。其議員選派部員，及直轄學堂、各省中等以上學堂監督，暨京、外官紳，學識宏通，於教育素有經驗者充任。又擬設教育研究所，延聘精通教育之員，定期講演，以訓練本部員司焉。先是直督袁世凱奏陳學務未盡事宜，以裁撤學政為言。雲南學政吳魯奏請裁撤學政。至是學部會同政務處復議，言：「各省教育行政及擴張興學之經費，督飭辦學之考成，與地方行政在在皆有關係。學政位分較尊，事權不屬，於督、撫為敵體，諸事不便於稟承，於地方為客官，一切不靈於呼應。且地方寥闊，官立、公立、私立學堂日新月盛，勢不能如歲、科試分棚調考之例。而循例按臨，更日不暇給。勞費供張，無裨實事。擬請裁撤學政，各省改設提學使司提學使一員，統轄全省學務，歸督、撫節制。於省會置學務公所，分曹隸事。選派官紳有學行者，別設學務議紳四人，延訪本省學望較崇之紳士充選。議長一人，學部慎選奏派。」從之。嗣是各省學務始有確定之執行機關矣。
勸學所之設，創始於直隸學務處。時嚴修任學務處督辦，提倡小學教育，設勸學所，為F、州、縣行政機關。仿警察分區辦法，采日本地方教育行政及學校管理法，訂定章程，頗著成效。三十二年，學部奏定勸學所章程，通行全國，即修呈訂原章也。勸學所由地方官監督，設總董一員，以縣視學兼充，綜核各學區事務。區設勸學員一人，任一學區內勸學之責，以勸募學生多寡，定勸學員成績之優劣。其章程內推廣學務一條，規定辦法凡五：曰勸學，曰興學，曰籌款，曰開風氣，曰去阻力。又奏定各省教育會章程，省會設立者為總會，府、州、縣設立者為分會，以補助教育行政，與學務公所、勸學所相輔而行。皆普及教育切要之圖也。
學部設立後，於各項學堂章程多所更正。其要者，如改訂考試辦法，詳定師範獎勵義務，變通中、小學課程，中學分文科、實科之類，然大致不外修正科目，確定限制，其宏綱細目，不能出奏定章程之範圍。所增定者，則女學堂章程也。先是學部官制已將女學列入職掌。三十三年，奏定女子師範、女子小學章程，以裨補家計，有益家庭教育為要旨。師範科目：修身、教育、國文、歷史、地理、算學、格致、圖畫、家事、裁縫、手藝、音樂、體操。四年畢業。音樂得隨意學習。小學分兩等，高等科目：修身、國文、算術、中國歷史、地理、格致、圖畫、女紅、體操，得酌加音樂，為隨意科。初等科目：修身、國文、算術、女紅、體操，得酌加音樂、圖畫二隨意科。均四年畢業。其授業鐘點，較男子小學減少，與男子小學分別設立，不得混合。宣統三年。奏設中央教育會議，以討論教育應行改進事宜及推行方法。則根據學部原奏，擬設高等教育會議所之規定行之。此為第二期有系統之教育制度也。
至考驗遊學畢業生，光緒二十九年，鄂督張之洞奏准鼓勵遊學章程。三十一年，學務大臣考驗北洋學生金邦平等，援照鄉、會試覆試例，奏請在保和殿考試，給予出身，分別錄用。迨三十二年，學部奏定，自本年始，每年八月舉行一次。並為綜-名實起見，妥議考驗章程。將學成試驗與入官試驗分為兩事，酌照分科大學及高等學畢業章程，會同欽派大臣，按所習學科分門考試。酌擬等第，候欽定分別獎給進士、舉人等出身。仍將某科字樣加於進士等名目之上，以為表識。考試分兩場：第一場就所習學科擇要命題；第二場試中國文、外國文，罷廷試。明年，學部憲政編查館會奏遊學畢業廷試錄用章程，仍暫照三十一年成案。於欽派大臣會同學部考試請予出身後，廷試一次，分別授職。廷試用經義、科學、論、說各一，其醫、工、格致、農等科大學及各項高等實業學堂畢業者，免試經義。時遊學日本、歐、美畢業回國者，絡繹不絕，歲舉行考驗以為常，終清世不廢。