正當美蔣為金門撤守問題激烈爭執之時，1958年10月6日從中央人民廣播電台和福建前線廣播站傳來中國人民解放軍對金門暫停炮擊的消息，使台灣海峽兩岸的軍民乃至世界輿論都大感意外。從這時起，炮擊金門進入一個打打停停的階段，作戰完全變成一場地地道道的政治戰。
早在8月23日開始炮擊金門前，毛澤東就確定了「走一步，看一步」的方針，對於是否奪取金門要看形勢的發展而後定奪。自9月中旬摸清美國的戰略底盤後，毛澤東就一直在思考下一步的方針。9月下旬美蔣在金門撤守問題上的矛盾公開化以後，毛澤東審時度勢，從反對美國製造「兩個中國」或「台灣獨立」的陰謀，以擴大反美統一戰線的長遠目標出發，毅然決定改變封鎖金門的方針，讓金門、馬祖繼續留在台灣國民黨當局手中。這一決定，向台灣方面乃至全世界表明了中國共產黨對台政策的一個重大變化，再次顯示出和平統一祖國的誠意。
毛澤東確定的這一新的方針，是基於我國國家利益、全民族的長遠利益，經過對國際國內多種因素反覆研究，權衡各種利弊，才最後下定的決心。從當時的某些眼前利益來說，如果逼蔣從金、馬撤退或登陸奪取金、馬固然有很大好處；但是如果斬斷了蔣介石乃至整個台灣當局同大陸有地理關聯的這條政治紐帶，從促進祖國統一大業的長遠目標來看，反倒有可能增加困難。
自1955年浙東沿海作戰結束後，中共中央、毛澤東對於奪取金門、馬祖的考慮已完全服從解決台灣、實現祖國統一的大局。在大陸戰事已結束，台灣海峽兩岸的社會情況又有了很大變化之後，國共兩黨之間的關係實際上已經改變。在共同維護一個中國的前提下，國共之間重新對話，並建立某種程度的合作，在事實上已經有了可能。因此，自1955年以後中共中央就向台灣當局發出和平談判和重新實行國共合作的建議。由於台灣當局依仗外國勢力拒不接受，中共中央、毛澤東才決定以炮擊金門這種軍事行動以促進政治上全面解決台、澎、馬問題。在炮火封鎖金門後，如果只能奪取金、馬而不能同時解決台灣問題，那麼國共之間在地理上的距離將由不足10公里擴大到100多公里，對話、接觸將更為不便。而且蔣介石失去象徵其在大陸沿海存在的最後據點，將使得美國更便於製造「兩個中國」或支持「台獨」。反之，將金門、馬祖留在蔣介石手中，不但有可能促進今後兩岸關係的改善，也會使蔣介石有資本去抵制「台灣獨立」的活動，同時能擴大美蔣矛盾，爭取台灣廣大軍民，建立更廣泛的反美統一戰線。另外，當時毛澤東還考慮實行牽制美國戰略力量的「絞索政策」，留下金門、馬祖，可能套住美國，使它在戰略上難以脫身。
10月5日8時，毛澤東指示福建前線部隊：「不管有無美機、美艦護航，10月6、7兩日我軍一炮不發，敵方向我炮擊也一炮不還。偃旗息鼓，觀察兩天，再作道理。」
根據毛澤東的決定，中央軍委確定了「打而不登，封而不死」的決策。為了向黨內軍內解釋作出這一決策的原因，10月5日晚中央軍委發出關於金門、馬祖等沿海島嶼軍事鬥爭的指示。
指示中說：我們目前以收復金馬還是仍由蔣軍佔據金馬，兩者對今後鬥爭孰較有利，是我們當前必須考慮和決定的問題。當然，早日收復金門、馬祖，對解除福建沿海地區的直接威脅，對打開海上交通，發展福建沿海的經濟建設，對於鼓舞全國人民和我軍的士氣有很大好處，如果做到這一點，應該說對我們是一個巨大的勝利。但是，把這個勝利和暫時利用金馬把敵人套在絞索上，把解放金馬和解放台灣統一來解決的長遠利益比較起來，則不如把金馬暫緩解放仍由蔣軍佔領似乎較為有利。
軍委的指示還要求福建前線部隊：在目前，宜減輕對金馬的軍事壓力，使金馬蔣軍能夠生存下去，是必要的。同時又要求仍要使其處於緊張的狀態，拖住美國不得拖身。為了打破美國的停火的陰謀，在必要時，我仍可組織像過去那樣的大打。總之，臨機應變，主動在我。
10月6日凌晨2時，由毛澤東起草、以中華人民共和國國防部部長彭德懷的名義發表的《告台灣同胞書》發表，公開聲明暫以7天為期，停止炮擊，並向台灣當局建議舉行談判，實行和平解決。
這份《告台灣同胞書》不僅據理說明了炮擊金門的理由，而且劃清了台灣問題上內政和對外交涉的界限。這一公告發表後，在海內外引起了不小的震動。台灣當局雖然對此不公佈，但是台、澎、金、馬的軍民從暫停炮擊的行動、收聽廣播和口頭傳聞中也大體知道了中國共產黨的態度。金門島上的氣氛也馬上緩和下來。島上十多萬軍民從躲藏了40多天的陰暗潮濕的坑道和防炮洞中走出，見到了陽光，都為眼前的危險消除而感到高興。島上國民黨軍的炮兵在解放軍的停止炮擊期間也一炮不打，台灣軍方則抓緊這7天大力運輸，不僅運上幾十天的補給品，而且運上了美國供給的8英吋（203毫米）重炮，準備長期固守。
對於彭德懷元帥的文告，台灣國民黨當局隨即表示「這完全是騙局」，對此「不予理會」，但是蔣介石也十分擔心這一文告會影響美國對他的支持，因而強調「寧可冒繼續炮擊封鎖的危險，亦不願美國盟邦退出護航。」可是美國對這一文告的反應卻是表示「歡迎」，並宣佈從8日起暫停護航。不過美方同時又歪曲這一文告，把中國政府基於民族大義所宣佈的暫停炮擊和它鼓吹的所謂「停火」混為一談，並要求實行「永久停火」，即承認它人為製造的海峽兩岸分裂的事實。
台灣當局在金門雖然不敢破壞為時7天的事實上的休戰，但是為顯示自己尚有戰鬥能力，於10月10日「雙十節」這天又出動飛機到大陸上空挑釁，當天，國民黨空軍共起飛44批共182架作戰飛機，至大陸沿海岸線地區，其中有6架竄入福建龍田上空。解放軍空軍當即以航空兵第14師二個大隊起飛迎戰，雙方又進行了一場空戰。空戰中，解放軍飛行員杜鳳瑞擊落F一86戰鬥機2架，其中一架的飛行員張乃軍跳傘後被俘。杜鳳瑞的飛機在空戰中也被擊落，他跳傘後在空中被另一架國民黨軍飛機擊中犧牲，這架國民黨軍飛機又隨即被解放軍高炮第105師擊落。這次空戰，國民黨軍被擊落戰鬥機3架，解放軍被擊落殲擊機1架，此後，國民黨軍的戰鬥機基本上不再進入大陸上空，其活動線退到福建的海岸線以外。從解放軍空軍7月末入閩至10月，福建上空共進行空戰13次，解放軍航空兵總共擊落國民黨軍飛機14架，擊傷9架；解放軍飛機被擊落6架（其中空軍5架，海軍航空兵1架），被擊傷5架。
10月12日午夜，《告台灣同胞書》宣佈的7天暫停炮擊的期限已滿，金門國民黨軍和當地居民又全部進入坑道和掩體。可是解放軍一炮未發。13日凌晨，福建前線廣播站又播送了國防部長彭德懷對福建前線人民解放軍的命令。
對毛澤東的寫作風格有所瞭解的人，一看就知道這個命令也出自毛澤東的手筆，命令全文如下：福建前線人民解放軍同志們：金門炮擊，從本日起，再停兩星期，藉以觀察敵方動態，並使金門軍民同胞得到充分補給，包括糧食和軍事裝備在內，以利他們固守。兵不厭詐，這不是詐。這是為了對付美國人的。這是民族大義，必須把中美界限分得清清楚楚。我們這樣做，就全局說來，無損於己，有益於人。有益於什麼人呢？有益於台、澎、金、馬一千萬中國人，有益於全民族六億五千萬人，就是不利於美國人。有些共產黨人可能暫時還不理解這個道理。怎麼打出這樣一個主意呢？不懂，不懂！同志們，過一會兒，你們會懂的。呆在台灣和台灣海峽的美國人，必須滾回去。他們賴在那裡是沒有理由的，不走是不行的。台、澎、金、馬的中國人中，愛國的多，賣國的少。
因此要做政治工作，使那裡大多數的中國人逐步覺悟過來，孤立少數賣國賊。積以時日，成效自見。在台灣國民黨沒有同我們舉行和平談判並且獲得合理解決以前，內戰依然存在。台灣的發言人說：停停打打，打打停停，不過是共產黨的一條詭計。停停打打，確是如此，但非詭計。你們不要和談，打是免不了的。在你們採取現在這種頑固態度期間，我們是有自由權的，要打就打，要停就停。美國人想在我國的內戰問題上插進一隻手來，他們叫做停火，令人忍俊不禁。美國人有什麼資格談這個問題呢？請問他們代表什麼人？什麼也不代表。他們代表美國人嗎？中美兩國沒有開戰，無火可停。他們代表台灣人嗎？台灣當局沒有發給他們委任狀，國民黨領袖根本反對中美會談。
美國民族是一個偉大的民族，其人民是善良的。他們不要戰爭，歡迎和平。
但是美國政府的工作人員，有一部分例如杜勒斯之流，實在不大高明。即如所謂停火一說，豈非缺乏常識？台、澎。
金、馬整個地收復回來，完成祖國統一，這是我們六億五千萬人民的神聖任務。這是中國內政，外人無權過問，聯合國也無權過問。世界上一切侵略者及其走狗，通通都要被埋葬掉，為期不會很遠。他們一定逃不掉的，他們想躲到月球裡去也不行。寇能往，我亦能往，總是可以抓回來的。一句話，勝利是全世界人民的。金門海域，美國人不得護航。加有護航，立即開炮，切切此今！
這一文告發表後，金門地區乃至整個台灣海峽的局勢得到進一步緩和。在1O月13日以後的一星期裡，金門和對岸地區炮聲沉寂，金門島上的軍民通過切身體會相信解放軍是言而有信的，島上恢復了正常的地面活動。對於中國共產黨以實際行動表現出的和平解決台灣問題的誠意，以及基於民族大義發出的呼呈；台灣當局雖然不響應，但是畢竟控制不住它在島內的影響。在香港和海外僑胞辦的一些報刊上，也紛紛發出重開國共和談呼聲。中共中央以打促和的方針，已經開始收到一定成效。