珀耳修斯是宙斯的兒子，出生後，他的外祖父阿克裡西俄斯，即亞各斯國王，將珀耳修斯和他的母親達那厄裝在一隻箱子裡，投入大海。因為一種神諭告訴國王：他的外孫將會奪取他的王位並謀害他的生命。宙斯保佑著在大海中漂流的母子，引導這只箱子穿過風浪，最後箱子一直漂到塞裡福斯島，靠近了海岸。島上有兩位兄弟，狄克堤斯和波呂得克忒斯，他們統治著塞裡福斯島。狄克堤斯正在海邊捕魚，他看到水裡漂來一隻木箱，就連忙把它拉上海岸。回到家中，兄弟二人對遭遺棄的落難人十分同情，便收留了他們。波呂得克忒斯娶達那厄為妻，並悉心地撫育珀耳修斯。
珀耳修斯長大成人後，他的繼父波呂得克忒斯勸他外出去冒險，並希望他能夠建功立業。勇敢的小伙子雄心勃勃，決心砍下女妖墨杜薩那顆醜惡的腦袋，把它帶到塞裡福斯，交給國王。
珀耳修斯整理完行裝就上路了。諸神引導他一直來到了遠方，那是可怕的眾怪之父福耳庫斯居住的地方。珀耳修斯在那裡遇到了福耳庫斯的三個女兒：格賴埃。她們生下來就是滿頭白髮，三個人只有一隻眼睛，一顆牙齒，彼此輪流使用。珀耳修斯奪走了她們的牙齒和眼睛。她們要求歸還她們這些不可缺少的東西。他提出一個條件，要她們指明到仙女那兒去的道路。這些仙女都會魔法，有幾樣寶物：一雙飛鞋，一隻神袋，一頂狗皮盔。無論誰，有了這些東西，就可以隨心所欲地自由飛翔，看到願意看到的人，而別人卻看不見他。福耳庫斯的女兒們給珀耳修斯指路，並且討回了自己的眼睛和牙齒。
到了仙女那裡，珀耳修斯得到了三件寶貝。他背上神袋，穿上飛鞋，戴上狗皮盔。此外，他又從赫耳墨斯那裡得到一副青銅盾。他用這些神物把自己武裝起來，向大海那邊飛了過去。那裡住著福耳庫斯的另外三位女兒，即戈耳工。在三個女兒中小女兒墨杜薩是凡胎，珀耳修斯就是奉命來取她的腦袋的。珀耳修斯發現戈耳工們正睡覺。她們的頭上佈滿了鱗甲，沒有頭髮，頭上盤著一條條毒蛇。她們長著公豬的獠牙，她們有雙鐵手，還有金翅膀，任何人看到她們都會立即變成石頭。珀耳修斯知道這個秘密。他背過臉去，不看熟睡中的女人，然後用光亮的盾牌作鏡子，清楚地看出她們的三個頭像，並認出了誰是墨杜薩。雅典娜又指點他怎樣動手，所以他順利地割下了女妖的頭。
珀耳修斯還沒有收起刀，突然從女妖身軀裡跳出一匹雙翼的飛馬珀伽索斯，後面又緊跟著一位巨人克律薩俄耳，他們都是波塞冬的後代。珀耳修斯小心地把墨杜薩的頭顱塞在背上的神袋裡，離開了那裡。這時候，墨杜薩的姐姐們從床上坐了起來。她們看見了被殺死的妹妹的屍體，便立刻展開翅膀，飛到空中追趕兇手。可是珀耳修斯戴著仙女的狗皮盔，躲過了跟蹤和追捕。不過他在空中也遇到了狂風襲擊，被吹得左右搖晃。當他搖擺著經過利比亞沙漠時，從墨杜薩的腦袋上滴下的點點鮮血，一直落到地上，變成了各種顏色的毒蛇，世界上許多地方從此以後就有了危險的蛇類。
珀耳修斯繼續向西飛行，最後在國王阿特拉斯的國土上降落下來，想休息一會兒。這裡有一片叢林，樹上結著金果，旁邊守衛著一條巨龍。珀耳修斯請求讓他在這兒住一夜，但沒有得到允許。因為阿特拉斯擔心他的金果被盜，所以狠心地把珀耳修斯逐出了宮殿。珀耳修斯十分憤怒，當場從神袋中掏出墨杜薩的頭顱，自己卻背過身子，把頭顱向國王遞了過去。國王身材高大，如同一位巨人。他看到墨杜薩的頭後立即變作一塊巨石，簡直像一座大山，他的鬍鬚和頭髮變成了廣闊的森林，肩膀、手臂和大腿變成了山脊，頭顱變成高高的山峰。
珀耳修斯重新繫上飛鞋，戴上頭盔，背上神袋飛上高空。他一路飛行，來到埃塞俄比亞的海岸邊，這是國王刻甫斯治理的地方。珀耳修斯看到聳立在大海之中的山巖上捆綁著一個年輕的姑娘。海風吹亂了她的頭髮，姑娘淚流不止。珀耳修斯為她的年輕美貌所動心，便跟她打起招呼。「你為什麼捆綁在這裡？你叫什麼名字，家住哪裡？」
姑娘反背著雙手，起初沉默不語，害怕同一個陌生人說話。假如她能動彈，真想用雙手蒙住臉。為了不使陌生人造成錯覺，以為她真的做了什麼見不得人的事，所以她噙著眼淚，回答說：「我叫安德洛墨達，是埃塞俄比亞國王刻甫斯的女兒。我的母親曾吹噓，說我比海神涅柔斯的女兒，即海洋的女仙們更漂亮。海洋女仙們十分憤怒。她們共有姐妹五十人，一起請海神發大水淹沒了整個國家。海神還派了一個妖怪，吞沒了陸上的一切。神諭宣示：如果想使國家得到解救，必須把我，國王的女兒丟給妖怪餵食。國民頓時鬧得沸沸揚揚，紛紛要求我的父親獻出女兒，拯救全國。絕望之餘，國王只好下令將我鎖在這裡。」
姑娘的話剛剛講完，滔天的海浪滾滾而來。海水中冒出了一個妖怪，寬寬的胸膛蓋住了整個水面。姑娘一見，嚇得發出一聲尖叫，她的父母親也趕緊走來。他們看到女兒大禍臨頭，萬分絕望，母親因內疚流露出痛苦的神情。他們緊緊地抱著捆綁著的女兒，卻無能為力，救不了女兒。
這時珀耳修斯說：「你們要哭，將來有的是時間；眼下，當務之急是救人。我叫珀耳修斯，是宙斯和達那厄的兒子。我戰勝了墨杜薩。神的翅膀讓我飛越高空。姑娘如果是自由的，並願意挑選配偶的話，她一定會首先看中我。但像她現在這個樣子，我卻要向她正式求婚，並願意前去搭救她。你們願意接受我的條件嗎？」父母慶幸遇到了救星，連連點頭，不僅答應把女兒許配給他，還答應把王國送給他作為嫁妝。
說話間妖怪已經游了過來，只有一箭之地了。年輕人見狀便用腳往上一蹬，騰空而起。妖怪看到他在海面上投下的身影，便狂怒地向影子追去，像是意識到有人要搶走它的獵物似的。珀耳修斯猶如一隻矯健的雄鷹，從空中猛撲下來。他用殺死墨杜薩的利劍狠狠地刺進妖怪的背部，只有劍柄露在外面。他把劍拔出來，妖怪疼得躥到空中，然後又沉入水底，瘋狂地掙扎著。珀耳修斯一再朝它身上刺殺，直到它的口中湧出了黑血。這時，它的翅膀也沾濕了，他不敢在空中久留。恰好水面上露出一塊礁石，他便扇動翅膀輕輕地落在巖壁上，然後又用劍在妖怪的肚子裡攪動了三四次。海浪飄走了它的屍體，不久它就從海面消失了。珀耳修斯飛到岸邊，登上山頂，解開姑娘的鎖鏈，把她交給不幸的父母親。他受到隆重的款待，成了宮廷裡的貴客佳婿。
正當婚禮在歡樂地舉行時，王宮的前廳裡突然騷動起來，並傳來一聲沉悶的吼聲。原來國王刻甫斯的弟弟菲紐斯帶了一批武士闖了進來。他從前曾經追求過安德洛墨達，在她危難時卻捨棄了她。現在他來重申自己的要求。菲紐斯揮舞著長矛闖進婚禮大廳，並朝著驚訝的珀耳修斯大聲叫喊：「我在這裡，你搶走了我的未婚妻，我要報仇。無論你的寶物或者你的父親宙斯都無法保護你！」說著，他擺開架勢，準備把長矛扔過來。
刻甫斯從席間站起來。「你瘋了！」他喝斥道，「不是珀耳修斯搶去了你的未婚妻。當我們被迫犧牲她時，你看著她被綁在那裡，你為什麼不親自去救她，卻袖手旁觀呢？」
菲紐斯回答不出，他死死盯住他的兄弟和情敵，好像在思考先從哪一個下手。終於，他在瘋狂中用盡全力，朝珀耳修斯擲出他的矛。可是他的眼力不好，長矛一下子扎進墊子裡。珀耳修斯乘機跳了起來，朝門口投出他的標槍，標槍直朝菲紐斯飛去。要不是菲紐斯蹦跳到祭壇後面，標槍肯定會穿透他的胸脯。雖然菲紐斯躲過了，但他的一名隨從卻被刺中了前額，這下武士們全擁了上來，和參加婚禮的客人打成了一團。闖進來武士人多勢盛，把珀耳修斯國王夫婦和新婚妻子團團圍住。箭如飛蝗，從各個方向射過來。珀耳修斯背靠一根大柱，招架敵人，奮力阻止他們前進，殺死了一個又一個進犯的敵人。後來，他看到自己單憑勇力已經不起作用，於是決定拿出最後的一招。「我也是被逼得沒有辦法了，」他說，「我只好叫過去的仇敵幫助我了。請我的朋友都轉過臉去！」說完，他從神袋裡取出墨杜薩的頭，朝著逼近的對手伸了過去。對手正盲目地向著這裡衝過來。「讓你的魔法去嚇唬別人吧，」他一邊沖，一邊蔑視地大喊，「他們才會被你的鬼話嚇倒。」可是，他剛舉手投矛時，手卻舉在空中僵硬住了。後面的人也一個個難逃變成石頭的厄運。這時候，珀耳修斯乾脆把墨杜薩的首級高高地舉起，讓別的人都能立即看見。他用這種辦法把最後的一批人變成了僵硬的石塊。直到這時，菲紐斯才後悔不該這樣無理取鬧，挑起事端。他看著左右兩面姿態不同的石像，呼喊著朋友們的名字，但沒有一個回答。他不相信似地用手觸摸他們的軀體，然而他們都已變成了花崗岩。他驚恐萬分，一改往日的驕橫，絕望地哀求著：「饒我的命吧！王國和新婦都給你！」說完他轉過身子。可是珀耳修斯不想寬恕他。「你這個賊徒，」他怒罵道，「我將在岳父的宮殿裡為你永遠樹立一座紀念碑！」
菲紐斯左躲右閃，不想看到那可怕的頭顱，可是它終於沒有躲過。頓時，菲紐斯神色恐怖地變成了石頭，站在那裡，雙手下垂，完全是一副卑賤的奴僕模樣。
珀耳修斯終於能夠帶著年輕的妻子安德洛墨達回鄉了。長久幸福的日子在等待著他。他還找到了母親達那厄。但他仍不能避免給外祖父阿克裡西俄斯帶來災難。外祖父由於害怕神諭，悄悄地逃亡外地，到了彼拉斯齊國王那兒。當時，這裡正在舉行比武。他不知道外祖父就在這裡，還準備去亞各斯問候外祖父。珀耳修斯看到比武十分高興，他抓過一塊鐵餅扔出去，不幸正好打中了外祖父。不久，他就知道了他所殺害的人是誰。他深深哀痛死者，把他安葬在城外，並且交換了他所繼承的王國。從此以後命運之神再也不妒嫉他了。安德洛墨達給他生了一群可愛的兒子，他們一直保持住父親的榮譽。