要問為什麼讓馬樹華進議事處，這事的真實目的說穿了就是對老一班議事大臣造成刺激作用。由於馬樹華相對來說屬於朝中的新生力量，他突然被安排進議事處，難免給人們這樣一個感覺，那就是我已經開始提拔重用新人了。在這種情況下，老臣們為保住自己固有的榮寵，必然會進一步向我靠攏，把自己更加進一步的看成皇權的維護者，而非清流學士那種性質的皇權限制者。從這個意義上來說，馬樹華只是起了一個推動原有權臣向我靠攏的助推力，我要想讓他們這些在朝裡沒有多少資本的新人真正代替老一班現在明顯太早。
在統一編練龍虎精兵營的過程中，本來屬於各營的權限難免逐漸交到馬樹華手裡，馬樹華對龍虎精兵的控制從一開始的統管逐漸發展成實際指揮權利，各營的龍虎精兵從龍虎將軍以下所有人員除軍籍管理還屬於本營都督，其他各項管理都集中到了馬樹華手裡，到了最後龍虎精兵們就連駐紮地也以方便管理的名義統一安排在了中軍營，如此一來，龍虎精兵營的成立已經是早晚的事。
當然了，我明白建新營——特別是從各營抽出精銳建新營這樣的事必然會出現或大或小的阻力，為了這事的順利進行，我給馬樹華又加封了個不倫不類的官名——龍虎精兵編練統領，這個官職其實不是給馬樹華設的，主要是為了安撫其他營的將領。因此在加封馬樹華的同時我又加封了好幾個「編練副統領」，這些副職裡面包括陳森這些五軍營的指揮使們，又包括周加磐等各營都督。這看上去是實行了個平均政策，但這所謂的平均裡又隱藏著不平均——各副統領除陳森、周加磐外都是虛職，並不參與龍虎精兵的編練事務。與此同時，我又把在兵部呆了近一年的陳貴再次放回軍隊，讓他做了中軍營的副都指揮使，讓他代替馬樹華管理中軍營事務，也好使老馬可以全身心投入新營的建立之中，因為這，陳貴的「副」其實也是虛的，等龍虎精兵營建起來以後，陳貴就將正式代替馬樹華擔任中軍營指揮使。
在龍虎精兵營建立的同時，我為了盡量避免其他營戰鬥力下滑太多，專門頒下諭旨，從除邊地以外的各處府軍中抽調優秀兵員補充到京軍中，以彌補因為建立精兵營以及大量裁撤冗員造成的各營在編兵士明顯不足。在這個過程中，各地府軍許多優秀的下級將官和校尉也被提拔進了京軍，如此一來，京軍各營在經過這次大換血後，雖然被抽出大量精銳，但戰鬥力卻明顯提高了許多，不必再為那些「老大爺兵」拖累戰鬥力煩心了，同時由於地方新力量的介入，原先京軍中的那些將領和校尉們感到了壓力，為保住自己的地位，不得不更加表現出忠心來，如此潛移默化之下，軍隊的效忠程度也比以前大大提高。
前面說的這都是軍界的事，其實在朝中我也做了一些變動，那就是將徐光啟等一批在實行風聞奏事中發展起來的新力量逐步放在雖然官爵不高，但卻掌握實權的位置上。這樣一來，新興力量的高昂幹勁將朝廷的效率大大提高，同時也讓我發現並提拔了大量新人才，這個現象也迫使曾楚卿等舊勢力重新審視他們自己與我的關係，並且主動調整以前與我不和諧的地方，以期在這場大變化中保持並鞏固自己的即得權位和利益。
我看著老臣們的這些變化，雖然表面上不動聲色，但心裡卻是非常高興的，我很明白，新興力量短時間內不可能佔領整個權利機構，因為這是掌權的親貴們絕不答應的，而我也並不能保證新興力量會比舊勢力對我更加忠心，因此這種動作的目的無非有二，其一，提拔新興力量以改變原來朝堂內鐵板一塊的局面，使朝中新舊勢力達成平衡，使我不至於老是受到來自於親貴們的壓力，其二，以新興力量的崛起來迫使親貴們為保自身利益權位向我靠攏，使我能在新舊力量的暗中抗衡中真正發揮權杖的效力。從現在的效果來看，這兩個目的應該說基本上已經達到了。
朝廷和軍中在看似平靜中發生著翻天覆地的變化，至少這種變化還在我的控制之中發展著，這樣我就有更多的精力和人手進行更加細化的改革了。
八月以後，我終於有了一些空餘時間，這時如何處置孫起良便成了我越來越主要考慮的事情。算起來孫起良已經在天牢裡蹲了近一個月了，這一個月裡，我雖然沒和他見一面，但一直派專人暗地注意他的情況和照顧他的生活，免得他在天牢裡「反省」過了頭，產生消極厭世的情緒。
在孫起良蹲進天牢的一個月整，我帶著陳淼去了天牢。
我和陳淼剛進天牢的大鐵柵欄門，一股污濁惡臭的氣味便撲面而來，我不禁皺了皺眉摀住了鼻子，陳淼雖然還好些，但也顯然對那氣味很是頭疼。
「皇上，這牢裡就是這樣。犯人天天的蹲在牢裡不出來，再打掃也去不了這種臭味。」天牢典押官替自己解釋道。
我沒理他的解釋，只是問道：「孫起良在牢裡過的怎麼樣？朕可是專門吩咐不許難為他，若是朕看著他有什麼不好的地方，就拿你們是問。」
「是是，皇上，孫大人一向是開朗的，也吃得下，也睡得著，小臣不敢使他受難為。」典押官一副「他是你老丈人，我敢得罪他」的口氣回道。
我沒在與典押官磨牙，讓他前頭帶路，我們三人穿過兩旁都是關滿人的鐵柵欄的窄路徑直向孫起良的牢房走去。
孫起良住的牢房在天牢的最裡邊，典押官為了照顧他也算費了心思了，這間牢房離其他牢房都很遠，較少受到別的犯人的干擾，同時這間牢房有一個小天窗，陽光透過天窗射進來，使牢房裡的空氣並沒有那麼壓抑。
孫起良背對著門坐在一個粗糙的小方凳上正在入迷的看一冊什麼書，他身上衣服還算乾淨，最起碼不像在牢中受過苦的，等我們走到牢門外時，他依然沒有發現我們。
「孫大人！孫大人！」典押官低聲下氣的向裡喊了兩聲，但孫起良好像並沒有聽見。
陳淼有些不耐煩的推開了典押官，提高聲音向孫起良喝道：「孫起良，你好大膽，皇上到了，你還不快接駕！」
孫起良彷彿受了很大的震動，手一哆嗦將那冊書掉在了地上，他不相信的轉過身來，待看清是我，便撲通一聲跪在了牢房地上鋪的乾草上聲音含糊的喊到：「皇上——您，您可來了，不然臣不知還見不見得到皇上啊！」
「孫起良，這天牢裡的滋味不好受吧？下邊這些人沒給你虧吃？」我讓典押官打開牢門，走進去坐在了孫起良剛才坐的那只方凳上。
孫起良這時情緒穩定了下來，垂手站在我身旁回道：「臣沒受什麼苦，差官們也未曾為難過臣，臣只是回來後一直未能向皇上請罪，漸漸有些新會意冷了。今天皇上親自來天牢，臣已心滿意足，沒什麼可掛心的了。」
呵，沒受難為？你孫起良認為這是牢頭們是真心對你好？要不是我專門交代優待於你，只怕你現在早對我大倒苦水了。不過我也沒必要點破：「孫起良，你現在明白朕為什麼將你關在天牢裡這麼些日子的原因了吧？」
「是是，皇上，臣急功冒進，把本應打勝的仗打敗了，還損失了上萬的弟兄，皇上將臣關在天牢，就是讓臣明白這天下事絕非自己怎麼想就怎樣的，也好將自己一腹本不該有的傲氣徹底除去。」
孫起良這天牢算沒白蹲，至少明白我的意思了，不過我還得提點提點他：「要說起來這一仗本來是不該敗的，將士不惜命，糧草又足，然而就是一切太順了，所以才落了這麼個結果，孫起良，你可知道自己的不足在哪裡？」
「臣，臣不過是一介武夫，要說這不足……那就可多了去了。」孫起良沒法回答我這個沒有邊沿的問題，只得含混其詞的答道。
我不以為意的笑道：「你唯一的不足就是這一生太順了，沒受過挫折。」
孫起良若有所悟的點了點頭，突然跪在地上乞求道：「皇上，臣願領死罪，不過在死之前希望皇上給臣一次報仇雪恨的機會，臣寧願死在吐蕃人的馬刀之下，這也算對得起那些慘死的兄弟了。」
我沒給孫起良明確的答覆，而是問道：「朕若再給你十萬精兵，你將如何施為？」
孫起良眼中泛出了希望的光芒，興奮的說道：「臣將依然按原先的法子攻打白利部！」
好，孫起良終於發現自己的失敗並不在戰略戰術上了，這是個大進步。
「你這就回府去吧。」我站起身說道，「回家好好修養，不要再操西邊的心了。朕已經將你實職全部削去，依然保留你特進光祿大夫的榮銜，你就在家好好養老吧。」現在還有必要按一按他。
「皇上！」孫起良有些不甘心，但很快明白現在沒有跟我討價還價的資本了，「皇上，臣之罪當先抄家拘押眷屬，您讓臣上哪裡去？」
原來孫起良是認為自己現在無家可歸了才這麼委屈，我看著他的表情不禁大笑了起來。