元代以中書省統領百官，頗類漢時的相府制度。中書省置令，往往為皇太子兼任，實際政務由中書令之下的左右丞相處理。軍事制度延續宋制，以樞密院統軍。與宋代不同的是，元代的樞密院直接指揮戰事，並得於戰區設立行樞密院。元代監察機構特別發達，御史台權力極大，原非前代與後世可比。元代官制的另一個特點是宗教官署權力極大、而工匠、手工業管理機構也很發達。元朝的地方政府級次與設置較為混亂，有行省、路、府、州、縣五級制，同時也有行省、府、州、縣四級制。另東北設都司兼管軍民，如奴兒干都司。邊地也有以行樞密院領民政者，另在少數民族地區設宣慰司，西藏地區為宣政院直轄，漠北為諸王分地，內地亦有諸王、皇后、太后、公主分地者，領於諸王皇后、太后、公主府，不隸地方。
一、中央政權
（一）三公
三公：太師、太傅、太保各一員，正一品，銀印，以道燮陰陽，經邦國。又有所謂大司徒、司徒、太尉之屬，或置，或不置。其置者，或開府，或不開府。
（二）中書省
（1）中書令一員，銀印，典領百官，會決庶務。
（2）右丞相（註：元朝以右為上，與前代不同）、左丞相各一員，正一品，銀印，統六官，率百司，居令之次。令缺，則總省事，佐天子，理萬機。
（3）平章政事四員，從一品，掌機務，貳丞相，凡軍國重事，無不由之。
（4）右丞一員，正二品，左丞一員，正二品，副宰相裁成庶務，號左右轄。
（5）參知政事二員，從二品，副宰相以參大政，而其職亞於右、左丞。
（6）參議中書省事，秩正四品，典左右司文牘，為六曹之管轄，軍國重事鹹預決焉。
（7）右司、左司，郎中二員，正五品；員外郎二員，正六品；都事二員，正七品。
（三）六部
吏部，掌天下官吏選授之政令。
戶部，掌天下戶口、錢糧、田土之政令……
禮部，掌天下禮樂、祭祀、朝會、燕享、貢舉之政令。
兵部，掌天下郡邑郵驛屯牧之政令。
刑部，掌天下刑名法律之政令。
工部，掌天下營造百工之政令。
以上六部各置尚書三員，正三品；侍郎二員，正四品；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品，
又以吏、戶、禮為左三部，以兵、刑、工為右三部。各置尚書二員，侍郎二員，郎中四員，員外郎六員，總領三部之事。
六部下設有各類分工精細、名目繁多的院、台、府、監、庫、司、局、寺、倉、署、所等官署，職數和品階一應俱全。
（四）樞密院
樞密院，秩從一品，掌天下兵甲機密之務。凡宮禁宿衛，邊庭軍翼，征討戍守，簡閱差遣，舉功轉官，節制調度，無不由之。
置知院六員，從一品；同知四員，正二品；副樞二員，從二品；僉院二員，正三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；參議二員，正五品；經歷二員，從五品；都事四員，正七品；承發兼照磨二員，正八品；架閣庫管勾一員，正九品；同管勾一員，從九品；掾史二十四人，譯史一十四人，通事三人，司印二人，宣使一十九人，銓寫二人，蒙古書寫二人，典吏一十七人，院醫二人。
樞密院下設有客省使、斷事官、行樞密院、右衛、左衛、中衛、前衛、後衛等官署。
（五）御史台
御史台，秩從一品。大夫二員，從一品；中丞二員，正二品；侍御史二員，從二品；治書侍御史二員，正三品，掌糾察百官善惡、政治得失。
後定置御史大夫二員、中丞二員、侍御史二員、治書侍御史二員，品秩如上；經歷一員，從五品；都事二員，正七品；照磨一員，正八品；承發管勾兼獄丞一員，正八品；架閣庫管勾兼承發一員，正九品；掾史一十五人，譯史四人，知印二人，通事二人，宣使十人，台醫二人，蒙古書寫二人，典吏六人，庫子二人。
御史台下設有殿中司、察院、行御史台、肅政廉訪司等官署。
（六）大宗正府，
大宗正府，秩從一品。國初未有官制，首置斷事官，曰札魯忽赤，會決庶務。凡諸王駙馬投下蒙古、色目人等，應犯一切公事，及漢人奸盜詐偽、蠱毒厭魅、誘掠逃驅、輕重罪囚，及邊遠出征官吏、每歲從駕分司上都存留住冬諸事，悉掌之。至元二年，置十員。三年，置八員。九年，降從一品銀印，止理蒙古公事。以諸王為府長，余悉御位下及諸王之有國封者。又有怯薛人員，奉旨署事，別無頒受宣命。十四年，置十四員。十五年，置十三員。二十一年，置二十一員。二十二年，增至三十四員。二十八年，增至四十六員。大德四年，省五員。十一年，四十一員。皇慶元年，省二員，以漢人刑名歸刑部。泰定元年，覆命兼理，置札魯忽赤四十二員，令史改為掾史。致和元年，以上都、大都所屬蒙古人並怯薛軍站色目與漢人相犯者，歸宗正府處斷，其餘路府州縣漢人、蒙古、色目詞訟，悉歸有司刑部掌管。正官札魯忽赤四十二員，從一品；郎中二員，從五品；員外郎二員，從六品；都事二員，從七品；承發架閣庫管勾一員，從八品；掾史十人，蒙古必闍赤十三人，通事、知印各三人，宣使十人，蒙古書寫一人，典吏三人，庫子一人，醫人一人，司獄二員。
（七）宣政院
宣政院，秩從一品，掌釋教僧徒及吐蕃之境而隸治之。遇吐蕃有事，則為分院往鎮，亦別有印。如大征伐，則會樞府議。其用人則自為選。其為選則軍民通攝，僧俗並用。至元初，立總制院，而領以國師。二十五年，因唐制吐蕃來朝見於宣政殿之故，更名宣政院。
定置院使一十員，從一品；同知二員，正二品；副使二員，從二品；僉院二員，正三品；同僉三員，正四品；院判三員，正五品；參議二員，正五品；經歷二員，從五品；都事三員，從七品；照磨一員，管勾一員，並正八品；掾史十五人，蒙古必闍赤二人，回回掾史二人，怯裡馬赤四人，知印二人，宣使十五人，典吏有差。
（八）太禧宗禋院
太禧宗禋院，秩從一品，掌神御殿朔望歲時諱忌日辰禋享禮典。天歷元年，罷會福、殊祥二院，改置太禧院以總制之。初，院官秩正二品，升從一品，置參議二員，改令史為掾史。二年，改太禧宗禋院，置院使六員，增副使二員，立諸總管府為之屬。凡錢糧之出納，營繕之作輟，悉統之。定置院使都典制神御殿事六員，同知兼佐儀神御殿事二員，副使兼奉贊神御殿事二員，僉院兼祗承神御殿事二員，同僉兼肅治神御殿事二員，院判供應神御殿事二員，參議二員，經歷二員，都事二員，管勾、照磨各一員，掾史二十人，譯史四人，知印二人，怯裡馬赤二人，宣使一十五人，斷事官四員，客省使大使、副使各二員。
（九）儲政院
儲政院，秩正二品。至元十九年，立詹事院，備左右輔翼皇太子之任，置左、右詹事各一員，副詹事、詹事丞、院判各二員，吏屬六十有二人，別置宮臣賓客二員，左右諭德、左右贊善各一員，校書郎二員，中庶子、中允各一員。三十一年，太子裕宗既薨，乃以院之錢糧選法工役，悉歸太后位下，改為徽政院以掌之。大德九年，復立詹事院，尋罷。十一年，更置詹事院，秩從一品，設官十二員。至大四年罷。延佑四年復立，七年罷。泰定元年，罷徽政院，改立詹事如前。天歷元年，改詹事院為儲慶使司。二年罷，復立詹事院。未幾，改儲政院，院使六員，正二品；同知二員，正三品；僉院二員，從三品；同僉二員，正四品；院判二員，正五品；司議二員，從五品；長史二員，正六品；照磨二員，管勾二員，俱正八品；掾史一十二人，譯史四人，回回掾史二人，通事、知印各二人，宣使十人，典吏六人。