首府（此時兼梁國公府）為最高權力中樞，因為「府3元首用了，所以州府並列的行政區域裡面取消「府」，「道」下面只有「州」，如東平府和東昌府改為東平州和東昌州，至於登州、青州，本身就是州，只稱呼為青州、登州即可，沒必要在州後面再加州。不過平常人家的府邸用姓加府，如「盧府」，則不在禁止範圍內。
元首府原本下轄六部二處一署，即軍機部、政治部、組織部、後勤部、裝備部、建設部，參謀處、書記處和廉政公署，後來發現這個劃分太簡單、太籠統、又有些混亂，跟宋朝等諸多封建朝代的三省六部的劃分方法一樣糟糕，便決定在對外戰爭爆發之前先定好編製，分配好人手，不至於出現機構少、雜事多、百姓或士卒跑斷腿都找不到合適的部門為自己處理問題的情況，也不希望出現各個部門互相推諉扯皮的情況。
從政和六年開始構思和慢慢推行，到政和七年元月，便將新的軍政結構編制推行到了盧俊義所有佔領的區域。
新的編制下，元首府仍為最高權力中樞，下轄二院四署二處，二院為軍務院和政務院，四署為廉政公署、情報總署、宗教事務署、黨派事務署，二處為秘書處和侍衛處。
軍務院為元首府指揮下的最高軍事領導機構，是將趙宋朝廷的兵部和樞密院並軌在一起，軍務院的統領稱為「首督」，全稱是「都督之首」，現由元首盧俊義兼任。
新編制下的軍務院轄有總作戰部、總參軍部、總後勤部、總裝備部、總建設部和軍校。
總作戰部，負責禁衛軍、警衛軍和民兵的編制、訓練和作戰，負責所有陸軍、水軍、海軍、炮兵和其他兵種的編制、訓練和作戰，管理所有級別的軍事將領，有盧俊義執掌。總作戰部下轄作戰部、禁衛部、警衛部、陸軍部、水軍部、海軍部、火器部和軍情部。作戰部，負責組織實施戰略、戰役計劃，指揮和實施各軍種、戰區的作戰行動，由盧俊義執掌。禁衛部，負責禁衛部隊的發展、訓練和調度，有賽秦瓊王進執掌。警衛部，負責警衛部隊的發展、訓練和調度，有飛天虎扈成執掌。陸軍部，負責所有陸上軍隊的編制、訓練和調度，有大刀關勝、雙鞭呼延灼執掌，下轄騎兵司，負責所有騎兵的編制、訓練和調度，有豹子頭林沖、雙槍將董平執掌；弓弩司，負責所有弓弩包括弩炮兵的編制、訓練和調度，有花榮、項元鎮執掌；長槍司，負責所有長槍兵的編制、訓練和調度，由金槍將徐寧執掌。火器部，負責所有火槍和火炮兵的編制、訓練和調動，由轟天雷凌振執掌。水軍部，由李俊、劉夢龍負責所有河流湖泊上的水師的編制、訓練和調動。海軍部，由李俊和孫立負責所有海軍的編制、訓練和調動。情報總署在總作戰部內設有一個分支機構，為軍情部，由鼓上蚤時遷執掌，負責對敵方軍事情報的搜集。很顯然，總作戰部跟後世的總參謀部類似，但似乎沒有參謀們什麼事情，乃是因為總作戰部類似總決策，參謀卻是在總參軍部的編制裡面。
總參軍部，這迥然不同於後世那個總參謀部，像是總參謀部和總政治部的綜合體，但遠沒有後世那麼強悍。總參軍部裡天機先生許貫忠任總參軍，神機軍師朱武與入雲龍公孫勝任副總參軍。參軍的職責除了參贊軍機外，還負責發展復興黨組織和宣傳復興黨的思想，還負責審核軍功、糾察過錯的軍法職責。所以總參軍部轄有軍功部、軍法部、組織部和宣傳部。軍功部，負責審核將士軍功，確認將士的軍銜和軍職擢升幅度，由聖手書生蕭讓、玉臂匠金大堅執掌；軍法部，負責普及宣傳軍法、審核將士罪過、執行軍法、監督軍紀和監控勞改，由鐵面孔目裴宣、鐵臂膊蔡福執掌；組織部，在軍中發展復興黨組織和配合軍功部、軍法部，完成對將士們軍銜和軍職的擢升；宣傳部則由鐵笛仙馬麟、鐵叫子樂執掌，向盧俊義負責，受盧俊義指導，負責軍隊對內、對外、對民的三重宣傳。
總後勤部，由神算子蔣敬執掌，轄有財務部、軍糧部、軍屯部、軍牧部、軍服部、軍醫部、船舶部等，同時還轄有十多個大型物資生產供應的工場。在連級設立軍需官來掌管糧餉和其他物資，發放糧餉時，所有士兵都在場，由軍需官、參軍和連長一起發放。財務部由蔣敬執掌，除了負責軍中物資供應費用的統計，還掌管、統計所有糧餉的支入支出，跟政務院財政部密切合作。軍糧部負責聯繫地方政府湊集軍糧、牲畜養殖屠殺、炊事等，由撲天雕李應和操刀鬼曹正負責。軍屯部負責警衛軍和禁衛軍的屯田，由陶
兄長陶宗興負責。軍牧部，負責馬匹的採購、餵養)t病，由紫髯伯皇甫端、金毛犬段景柱執掌。軍服部，負責所有軍服、棉被、軍旗、帳篷等的設計製造供應，由通臂猿侯健執掌。船舶部，負責江河湖海上的大小船舶的設計製造，由玉幡竿孟康、葉春二人執掌，在密州、登州、海州、楚州等地興建了多處大型船廠。軍醫部由神醫安道全的弟子夏展執掌，負責宣傳健康醫療知識、救治傷兵、防止瘟疫，從連級開始有醫療班之至到師級有野戰醫院，漸漸地戰地醫生、護士、醫療器械都開始齊全，不再完全仰仗中醫。
總裝備部，負責組織領導全軍的武器裝備建設，由盧俊智執掌。下面設有軍事科技部，負責新武器盔甲的設計、攻城防禦器械如弩炮的設計製造，由盧俊智執掌；常備部（常規裝備部），負責製造供應常規兵器、弓箭、盔甲等，由金錢豹子湯隆執掌；火器部，負責火藥、火炮、火槍等諸多熱兵器的製造，由轟天雷凌振執掌；軍事礦產部，負責開採鐵、煤和石油。這個總裝備部將後世的總裝備部和國防科工委都囊括進去了。
總建設部。轄有城垣部、工事部、營房部、軍用交通部。有青眼虎李雲和九尾龜陶宗旺負責。轄有浩大地工兵和建築兵隊伍。都是從警衛軍中徵調地。全面負責所有軍民設施地建設。使得盧俊義勢力內地每一棟建築都能為軍事目地做出貢獻。等於後世總後勤部地一部分部門和國務院裡建設部、鐵道部、交通部地整合。
在泰山、魯山、蒙山相繼開辦了梁山軍校地分院。梁山軍校雖名為軍校。實際上卻是軍政兩用人才地培養搖籃。基於對這個時代人才地失望。盧俊義決定自己培養軍政人才。
根據軍政分開地原則。政務院類同於後世地國務院。因為人才不足和時代局限。機構要簡化很多。但比起這個時代地三省六部還是要健全不少。
政務院地領導人稱為「首相」。首任首相為張叔夜。政務院下轄有總外交部、總農業部、總工業部、總商業部、總文化部、總保障部、總財政部、總教育部、總人事部、總專賣部。
總外交部轄有外交部、統戰部。由燕青執掌。總農業部轄有農業部、民屯部、水利部、林業部、牧業部、糧食總局、國土資源部。暫由侯蒙執掌。後來農學家陳敷前來執掌。總工業部將後世地工業部、礦業部、環保總局、質檢總局、食品藥品監管局、安全監管總局等雜糅在一起。暫時有盧俊孝執掌。總商貿部轄有工商總局、商務部、市舶司（海關總署）。暫由盧俊游執掌。總文化部轄有文化部、宣傳部、出版總局、體育總局、知識產權局、旅遊局、文物局等部門。暫時也有燕青執掌。總保障部轄有民政部、衛生部、中醫藥局、郵政局、人口促生委、勞動保障部等部門。由張叔夜執掌。總財政部轄有財政部、統計局、錢幣局、仁義錢莊（同人民銀行）、稅務總局、審計署。暫由蔣敬擔任。總教育部則雜糅了教育部、中科院、社科院、工程院、發展研究中心、科技部、地震局、氣象局、測繪局、自然科學基金會、信息產業部等後世部門。暫由宗澤執掌。後來找到沈括後人執掌。總人事部包括人事部、監察部、組織部等部門。暫有張叔夜執掌。總專賣部負責對鹽、茶、酒地專賣（日後還有煙草）和金銀銅礦地開採。暫由盧俊信執掌。
最後還有一個總司法部。負責法律地制定、案件地審理核查、監獄。將後世地司法部、法院和檢察院都同歸在一起。由裴宣、楊雄等執掌。
廉政公署依然有周執掌，對所有官員和將領都有調查之權，公署內轄有信訪局。
之所以將軍情部提高到總署的級別，乃是盧俊義上次被鬼臉兒杜興出賣後特設的，情報不僅僅要對敵人和其他盟友勢力，更要對準內部，一百個勝利有時候也抵不過背後的一刀。升級後的情報總署是後世國安部、檔案局、保密局、錦衣衛的雜糅，是中央情報局和聯邦調查局的融合，總署內三個領導三個方向，石秀調查內部，時遷調查敵人，而王定六調查盟友。
宗教事務署和黨派事務署其實是將玄教和復興黨提高到軍政同等高度，便於發展玄教和復興黨去擠壓其他教派和黨派。
秘書處只是記述盧俊義的命令和轉呈下面的情報文書，由李師師和錢燕兒擔綱。
侍衛處是自從上次被伏擊事件一來特地增加的，由武松帶四百名高手日夜保護元首府。(未完待續，如欲知後事如何，請登陸
)，章節更多，支持作者，支持正版閱讀！)