盧俊義等燕青、皇甫端來到以後，就宣佈開始整頓梁山義
首先是查出跟王倫和柴進有關聯的原梁山義軍中的頭目嘍。前幾天盧俊義沒有排查，是自己的力量還不足以彈壓，現在四五千軍隊上山了，自然要開始進行肅反清算活動。燕青率領所有的弓弩手佔領高處，強弓硬弩對準原梁山的八百二十人，以防出現暗中作祟之徒。
盧俊義喝令讓每人報出自己的姓名籍貫和怎麼來梁山的，同時喝道：「如有人舉報出王倫的同黨和從河北滄州過來的人，舉報人可獲十兩銀子，即刻獲准加入我方軍隊，享有一月一兩銀子的軍餉。」王倫的親信嘍們平素仗著王倫的寵信，肆意地欺壓其他嘍，這次嘗到了報復，很快地，王倫的四十八個親信嘍盡數落網，全是王倫在壽張鎮的老鄉親戚，跟著這個落第秀才在這裡瞎混。
從河北滄州過來的人，應該就是柴進派來監視王倫控制山寨的，他們隱匿在群眾中，本以為不會發現。但群眾的眼睛是雪亮的，原來這些滄州的人自以為得到金主柴進的支持，面對王倫這個傀儡寨主有諸多不敬之處，讓其他的嘍都暗自看在眼裡，記在心裡。到了今天，面對利益的you惑，再加上跟那些滄州來的人也沒有什麼深情厚誼，舉報就舉報吧結果梁山水泊原有地八百二十人裡面。查出了二十個人是從滄州來的，包括那個摸著天杜遷和旱地忽律朱貴。當初原來王倫當初不得第之時，與杜遷投奔柴進，被柴進留在莊子上，住了一段時間。臨走時，柴進還發給兩人盤纏銀兩。
看來杜遷既可能是王倫的親信，也是柴進籠絡的親信，於是隔離審查，詢問柴進安chā進來的其他人和王倫的親信嘍，摸著天杜遷究竟在王倫和柴進這邊算什麼位置。得到的答案出乎意外。杜遷由於xing格憨厚本事平庸。並沒有被王倫和柴進有太多的器重，之所以在老梁山上有排行，完全憑借的是資歷，想當初跟王倫的jiāo情，以後王倫當了寨主，這jiāo情就疏遠了，就像當初地兩個好兄弟，一個當了皇帝一個做了大臣，原來地友誼一般情況下都發生了劇烈的變化。杜遷和王倫毫不例外。摸著天杜遷可以繼續留在軍中安定原梁山人馬之心。
雲裡金剛宋萬同樣也因為xing格和能力問題，不可能是王倫和柴進的親信，唯有旱地忽律朱貴。
朱貴原來投奔xiǎo旋風柴進，柴進籠絡了他，讓他去梁山監視王倫。王倫對朱貴的來歷心知肚明，見盧俊義來了，便和朱貴合謀想暗害盧俊義。朱貴善用yao物，尤其是蒙汗yao。王倫以為會萬無一失，誰知朱貴臨陣退縮。
盧俊義審問朱貴：「朱貴，你是不是有個兄弟在沂水縣，叫做朱富，人送外號笑面虎？」
朱貴大驚失se道：「朱富確實是我的弟弟，主公您怎麼知道？」
盧俊義哈哈大笑道：「你的所作所為家中情況我都盡知。你說說為什麼當初你臨陣退縮。沒有加害於我？基於什麼考慮？」
朱貴磕頭如搗蒜道：「主公恕罪，一開始我就知道主公留意到我了。所以一路上我也沒有下手的機會，後來我隱約感到主公的實力和前途都比王倫和柴進大。跟他們不如跟你，所以我就不想跟他們一起死，我想棄暗投明。」
盧俊義又笑道：「既然如此。恕你無罪。我已經派人去接你兄長過來。你呢。我有很好地位置適合你。稍後聽我地安排吧。」朱貴點頭稱是。
盧俊義宣佈朱貴臨陣反水棄暗投明。功過相抵。不予追究。編入石秀掌管地軍情部繼續在山邊酒店做情報工作。其餘六十九人。全部押往後山做苦力。修築工事。
等清除了梁山義軍中地隱患後。盧俊義就跟許貫忠、燕青、朱武、林沖、王進等義軍高層商議了梁山義軍地內部編製問題。
首先吸取宋朝軍事制度地失敗教訓。改良以往死板堅硬弊大於利地監軍制度。將監軍地名稱統一改成政治委員。鑒於盧俊義手下目前智謀之士甚缺。暫定各級地政委除了登記功勞上報、負責宣傳、解決將士地思想心理問題之外。還要負責聯絡軍情部搜集情報、分析情報、參贊軍機、給各級將領出謀劃策之責。但必須不得掣肘。如有爭議。速報總部解決。
從最基層地編製就開始設置政治委員。就要開始講政治鼓動和宣傳。宣揚地內容有下列核心：忠誠盧俊義、熱愛宋土、報效民族、驅除蠻夷、崇尚榮譽。
目前梁山義軍劃分地職能部men。按照戰爭時期地安排。共分作統帥部、政治部、後勤部、裝備部、軍情部、建設部等六部。
統帥部和政治部由yu麒麟盧俊義親自掌管，直接領導各級將領和各級政委，其中統帥部由lang子燕青做副手，政治部由許貫忠做副手，當盧俊義不在時，他兩人可代為發號施令。
統帥部擁有對軍事以及其他所有事務的最高決策權，內部設有軍機處（也就是參謀處，順便嘲笑一下滿清地軍機處），由天機先生許貫忠、神機先生朱武、入雲龍公孫勝負責參贊軍機，有負責制定戰略、戰役計劃、戰術指導地義務；同時設有軍功處，由神機軍師朱武掌管，負責功過賞罰，將將士們的職位、軍銜和軍功地掛鉤；還設有書記處，有聖手書生蕭讓、yu臂匠金大堅負責盧俊義和參謀處的命令、語錄等文件地記錄和下發；
鐵面孔目裴宣還沒有到來，梁山的刑部暫時還開不起來，這一部分的職權暫時隸屬於政治部下面的軍紀處。軍紀很簡單，約法十章：不殺良、不jiānyin、不畏敵、不私吞、不抗命，以上五條違者斬；不擾民、不造謠、不懶惰、不私鬥、不包庇，違者五十軍棍。不殺良的意思是不要殺害無辜百姓，但為了隱藏軍隊的行蹤而被迫殺害一個路人，不算殺良，但明明白白人家對你毫無危險，你還殺，那就惡劣了。這一點放在第一位，是因為盧俊義看了水滸傳，真的覺得梁山好漢沒幾個好鳥，連同武松，也是殺害無辜百姓，更別說李逵這個混蛋了，一排排地殺過去，淨是無辜，盧俊義決心好好地遏制這股敗壞名聲的殺氣。盧俊義先讓燕青負責這一部分，是想讓他先在義軍中培養好威信，以後許多事情都可以jiāo給他這個副手處理。
原來的廉政公署分成兩塊，一塊由三叔盧有財監督他兒子盧俊信（盧俊義沒有懷疑過這個設置，因為盧有財跟他兩個兒子盧俊信、盧俊禮不合是眾所周知的，原因很簡單，老頭很封建，婚姻包辦，看不慣盧俊信等人的生意創新）。另外一塊則由周侗老爺子帶領，掛靠在統帥部內，直接向盧俊義負責，擁有對**貪污情況先調查抓捕後提jiāo盧俊義審訊的權力。當然他們的重點放在各級將領有沒有剋扣軍餉和後勤部的軍需官有沒有剋扣物資。
政治部下面設有政治指導處，由許貫忠執掌，負責對整個政委體系的指導管理，盧俊義還隨時對這個體系進行考核和培訓，用現代軍隊的方法；另外設有宣傳處，由燕青兼任處長，下面設有對內、對民、對敵三個司，目前梁山處於悶聲發大財的階段，等水混了才願意下去摸魚，所以對民和對敵兩個局現在還不能啟動，對內宣傳司現有鐵笛仙馬麟負責。馬麟經盧俊義的傳授，將三國演義和西遊記當做評書來說，間或吹吹笛子，再講些歷朝歷代興旺之事，娓娓道來趙宋朝廷得來江山的卑鄙無恥低級下流的伎倆，道出以往各個開國皇帝的不凡和盧俊義的諸多不凡之處，堅定各位追隨盧俊義的爭霸大業從而飛黃騰達之夢想。當然劇本都是盧俊義親自撰寫的，他知道這種花邊評書對一般士兵民眾的影響力遠大於白紙黑字的公文。
後勤部由燕青負責，神算子蔣敬做他的副手，負責軍隊的後勤保障，包括採購、供應、運輸等諸多環節，還要負責糧餉的發放和對軍需官的管理，還有日後梁山屯田、養殖。
軍情部由拚命三郎石秀掌管，分別有鼓上蚤時遷、活閃婆王定六、旱地忽律朱貴做為他的副手，下轄情報處和行動處，分別有時遷和石秀負責；負責情報搜集、安chājiān細、排查敵方jiān細、護送我方親人、暗殺敵方將領和我方叛逃者等諸多工作。
裝備部由盧俊義的親堂弟盧俊智掌管，金錢豹子湯隆、yu幡竿孟康、紫髯伯皇甫端、通臂猿侯健做為副手，負責打造兵器盔甲火yao船隻、蓄養馬匹、開採礦產等諸多事宜，全力提供戰鬥物資。建設部由青眼虎李雲掌管，九尾龜陶宗旺做他的副手，負責修造工事、修建軍營房屋、填湖造地、挖地dong石dong，造兵器作坊，目前最重要的事情就是早日把梁山打造成一個宜居易守難攻的堅固堡壘。其他之前投奔大名府的梁山舊人裡，石將軍石勇被盧俊義派到東平府開設賭場，兼搜集那裡的情報，隸屬於軍情部。白花蛇楊chūn被派去李俊的海軍中開始進行奴隸貿易，將劫掠的高麗東瀛人販賣到中土。