洪武以後直到明末的戶口數，《明實錄》、《大明會典》、《後湖志》等書有不少記載，而各地方志中記錄的本地戶口數據就更多。但是，正如研究過明代戶口數額問題的學者們普遍指出的，除北方一些地區外，大部分地區的數據質量極差，未能反映出明代人口發展的真實狀況。因此，學者們最常使用的方法，是通過檢驗有關數據推測出明代的人口年平均增長率，再以洪武後期的全國總人口數為基數，推算出明代後期的總人口數。由於對洪武後期人口總數的估計不同，對明代人口增長率的估計也頗有分歧，所以對明代人口峰值的估計相差極為懸殊。以下圍繞明代人口增長率問題進行一些討論。
較早對明代人口增長率作出估計的是何炳棣，他對比了《後湖志》記載的「洪武二十六年」和嘉靖二十一年（1542年）兩個戶口數字，發現北方人口有較大增長，而南方人口卻有較大下降；他計算出北方5省的人口年均增長率是3.4‰，並認為南方人口增長率應稍高於北方，遂推測萬曆二十八年（1600年）總人口數約有1.5億。這樣，他使用的人口年平均增長率約為4.19‰。趙岡贊同何氏對明代人口呈穩步增長趨勢的判斷，但覺得何氏的估計太過保守，他認為明代人口年增長率不會低於6‰，到萬曆十八年（1590年）達到人口高峰時約有2億左右。王育民基本同意何氏的估計，認為可以年平均增長率3.5‰計算，再加上不在民籍的其他人口，到1600年總人口為1.5億人。葛劍雄則認為，在一個持續了200年的和平時期裡，4.19‰的人口年平均增長率顯然太低，而南方農民的生活質量要高於北方，其人口增長率比北方要高得多，也應該高於4‰不少；他主張應以年平均增長率5‰計，這樣到萬曆二十八年應有1.97億人，此後還可能有緩慢增長，明代的最高人口數額當已接近2億。後來在與曹樹基合寫的一篇論文中，由於調高了洪武時期的總人口數，他們更測算到1600年人口總數達到2.05億，並認為還存在著更高的可能。黑德拉也認為何氏嚴重低估了明代後期人口規模，並以從1500年至1800年人口增長率出現緩慢下降趨勢這一認識為基礎，設想了高、中、低三組人口增長率數值：1380至1500年，高值為6‰，中值為5‰，低值為4‰；1500—1600年，高值為5‰，中值為4‰，低值為3‰；1600—1650年，高值為4‰，中值為3‰，低值為2‰。她認為低值是令人難以相信的，或許取高、中之間的值比較合適。以中值計算，到1600年人口應為2.3億，至1650年應為2.9億，如以高值計算，1600年應為2.9億。
曹樹基最近對明代人口增長率重新作了全面考察，對何炳棣等學者的看法提出批評，也修正了他自己以前的估計。據他觀察，北方地區在弘治以前冊載戶口數還呈上升趨勢，但到正德以後卻開始下降，說明此時冊載戶口數已絕不可信，而何炳棣將嘉靖年間的人口數與洪武時期的人口數進行比較，自然會低估明代的人口增長率。他分府考察了有關資料並加以推測，認為在北方大多數地區，明代的人口年平均自然增長率大致可達到5‰—8‰。他還搜集方志中的零散數據對明代南方的人口年平均增長率進行估測，得出了與何炳棣的估計相反的結果，即南方的人口年增長率比北方要低，只有3‰—4‰。綜合南北各地區的情況，明代人口年平均增長率約為4.1‰，到崇禎三年（1630年）約有人口1.92億。陳剩勇也對明代官方記載中人口的「北增南減」現象進行了初步考察，認為明代江南地區戶口統計中的確存在著相當嚴重的隱漏現象，何炳棣等學者的解釋有一定道理；但他又指出，以北方人口的增長率推論同期南方人口總數的做法是不科學的，倭患、溺嬰、重賦以及各種天災人禍對人口增長率產生了巨大影響，明代南方的人口增長率應當是較低的，明代中葉南直隸、浙江、江西、湖廣、福建、廣東、廣西、四川、雲南9省的人口總數應不少於明代初期，但也不會比明初多出好幾倍。此外，李伯重也對認為江南人口增長率應相對較高的流行看法提出批評，指出到宋元明清時代，生育控制在中國一些地方逐漸普及，成為這些地方人口行為的重要特徵之一，而江浙地區尤其具有特別重要的地位；正是在南宋後期至清代中期這5個世紀內，江南地區人口變化方式由先前的高速增長，轉變為低速成長。具體到明代，李氏接受了何炳棣關於華北5省人口年平均增長率為3.4‰的假設，並認為南方應稍高，其中江蘇、浙江、江西、福建4省可能又低於湖南、湖北、廣東、廣西、雲南、貴州以及四川等，華北5省與湖南等7省高低相互抵銷後的增長率可能接近全國平均數，這一數字大約是3.8‰，江南人口成長率應當也很接近於全國的成長率。
這些學者的研究，把明代人口史研究進一步推向深入，為估算明代的人口增長率和明代中後期的人口數額奠定了良好的基礎。但是，明代南、北方的人口增長率是否有巨大差距，全國的人口增長率定在什麼數值比較合適，還有必要進一步加以研究。從現有資料看，明代北方地區的天災人禍並不比南方少，其對人口增長率的影響在南、北方應相差不大。只有溺嬰這種現象，南方要比北方嚴重，這可能會導致南方的人口增長率比北方低一些，但絕不會低太多。上述學者對於南、北方人口增長率的考察，以及對南方人口增長率較低的估測，主要是根據官方的戶口數字記錄－－特別是地方志中的戶口數字－－作出的。但是，由於南、北方社會經濟狀況和徭役僉派方式存在著巨大差異，兩地的戶口數字存在的問題和性質便有很大不同，因此，南、北方的人口增長率的差距或許並不像官方統計中反映的那樣大。
明代有不少人曾對南北經濟發展水平和賦役制度的巨大差異作出評論。如徐復祚指出：「淮以北，土無定畝，以一望為頃，故每多欺隱田糧；江以南，戶無實丁，以系產為戶，故多脫漏戶丁。」葛守禮也指出：「大抵各省自有事宜，南方民稠地窄，眾饒經營，非有力家，不能買田。北方地曠民稀，什九務農，承租占田，豐多不售。南方田無斥鹵不毛，畝率值幾金，甚一二十金，但有水利，歲可兩三收幾石，北地無論中下，其價其產，與南懸絕，即上地亦不能與之比埒，烏得從而加征乎？南方丁差，一戶每數十人，才出一丁應役，十年才輪當一差。北方丁丁著役，年年當差，甚至有死存門虛報籍者，力差苦累極矣，又可加差徭銀於其包養之瘠薄地耶！」《海鹽縣志·食貨篇》也曾指出：「戶口隱漏，為當今宇內通弊，不獨東南然也，乃東南隱漏獨多」，因為「江北之以丁定差者，今尚有真戶籍，江南之以田當差者，全無實口數，弊之所為獨甚也。」這些評論表明，明朝時，南北方都有欺隱田糧和丁口的現象，但欺隱的重點卻大為不同。總體而言，北方由於「地廣人稀」、「田土甚寬」，隱瞞田糧的現象比較嚴重，丁口不但基本上都被登入官方冊籍，不少地方還存在著偽增丁口現象。如陝西鞏昌府由於「官避耗減之名，而開除不列」，以致安定縣在籍之丁2200人，實在之丁只有400人，通渭縣在籍之丁1600人，實在之丁只有600人。《兗州府志》記載萬曆二十年（1592年）汶上縣有42657戶，107806口，而萬曆二十二年（1594年）的《須知文冊》裡卻記載有12737戶，87782口，據解釋這是因為「均審攢造之冊，要未足據，因存舊額雲」。嘉靖《蘭陽縣志》的纂修者李希程曾就戶口增長情況解釋說，「戶口漸增，由分戶所致，非實增也」。宛平縣令沈榜也指出，歷屆知縣審編的丁數，「率多逃絕不堪，名存實亡」。而在人稠地狹的南方，從洪武時期開始，對人口的調查和登記就不如北方嚴密，脫漏人口較多，這種情況到明代中後期更加嚴重，各地普遍是「密於田土而疏於戶口，故土無不科之稅，而冊多不佔之丁」，隱瞞戶丁的現象十分嚴重。而明代中後期南方商品化、城鎮化發展迅速，也導致大量人口脫離了土地和戶籍。徐渭曾談到浙江會稽的人口問題，謂「不丁不籍者奚啻三倍之」。何喬遠記述福建的情況，謂「今庶民之家，登冊者名為官丁，不登冊者名為私丁」。葉春及談及廣東順德的情形，謂「豪黨之家，與吏為市，丁數十而一登政，雖重乎實數十人共之也」。江西南昌的地方志也指出：「按隆慶六年後，戶幾三十萬，口幾九十萬，此著成丁耳。其未成丁及老病男女，奚啻百萬，而每戶未報者，總亦不下數十萬，流民移戶尚不在此數，是幾二百餘萬口也。」
因此，根據地方志中的戶口數據估算明代的人口增長率，很容易將北方估計的偏高而將南方估計的偏低。一些根據族譜資料所作的微觀歷史人口學的研究，儘管尚處於起步階段，也在一定程度上為估測南方的人口增長率提供了有益的參照。曹樹基曾研究過明清時期移民氏族的人口增長問題，樣本顯示的安徽沿江平原地區以50年為期的人口年平均增長率變化情況是：1401—1450年為8.7‰，1451—1500年為10.7‰，1501—1550年為7.9‰，1551—1600年為7.6‰，1601—1650年為6.2‰，若通算1401—1650年則為8.3‰，1501—1650年則為7.3‰；湖南長沙地區的情況是：1501—1550年為12.9‰，1551—1600年為－0.4‰，1601—1650年為3.6‰，通算1501—1650年則為5.3‰。特爾福德（TedA.Telford）對安徽桐城的出生率和人口增長作了研究，人口年平均增長率變化情況是：1494—1524年為10‰，1525—1534年為9.4‰，1535—1544年為7.2‰，1545—1554年為6.7‰，1555—1564年為5.2‰，1565—1574年為8.2‰，1575—1584年為6.5‰，1585—1594年為0.9‰，1595—1604年為－0.3‰，1605—1614年為1.2‰，1615—1624年為6.2‰，1625—1634年為15.3‰，1635—1644年為16.4‰，通算1494—1644年則約為7.5‰。從這些數據看，儘管各地區、各宗族的人口增長在長時期中可能會有較大波動，而且總體看來明代中後期人口增長率呈下降趨勢，但通觀15世紀初至17世紀中的250間，南方人口的年平均增長率比上述學者所想像得要高出不少。當然，移民宗族和強宗大族的人口增長速度相對來說可能會快一些，因此不能把上述增長率普遍運用於整個南方地區。
將方志記載的人口數據與南北社會經濟情況通盤考慮，我認為在估計明代的人口增長情況時，可在曹樹基的估計值的基礎上，將北方適當下調，南方適當上調，在全國採用5‰的年平均增長率。這樣，以洪武二十四年（1391年）的總人口數7055萬人為基數，乘以5‰的年平均增長率，到萬曆二十八年（1600年）應有1.9億人。此後人口是否還有增長，學者們的看法亦不一致，但考慮到自此直到明亡的40多年間，天災人禍頻仍，人口縱有增長，恐怕也十分緩慢。因此，萬曆二十八年的估計人口數，大致可以視為明朝的人口峰值。