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一年之後，軒轅與蚩尤同時給對方下了戰，約定三天之後在「逐鹿之野」一決勝負。
三天時間一晃過，軒轅和蚩尤在「逐鹿之野」相遇了，蚩尤狂妄地笑道：「軒轅小子，想不到你竟然有此勇氣，竟敢給我下戰，今天我們就來一決生死，看人皇之位歸屬於何方。」
軒轅坐在戰車，傲然屹立地道：「蚩尤！你生性殘暴，誅殺無度，為爭人皇之位不惜加兵於天下，使天下萬民受刀兵之災。」
「天下萬民苦之久矣，我今天就代天行道，必誅你於劍下，如不成功，定教我死無葬身之地，永不入輪迴！」
軒轅發下此宏願，天地馬有了感應，人皇可是天下龍脈所定的，要是人皇不幸喪於人手，天下龍脈也必定受損，為了不人皇遭到不則，天地間的龍氣都都聚集在軒轅周圍把他的實力提高了一層，竟然達到了太清玄仙的境界。
軒轅不由精神大振，對付蚩尤也更有把握了，龍氣震盪，部下們也一樣士氣大振，了隱隱有蓋過蚩尤部隊的氣勢。
蚩尤臉色一變，虎魄魔刀一指，部下們馬「嗷嗷」地狂呼起來，向軒轅的部隊撲過去。
軒轅凜然不懼，手中「軒轅劍」一揮，弓箭像雨一般飛向蚩尤的部隊，饒是蚩尤的部隊被巫術改選過身體也一樣被射成刺蝟。
因為軒轅部落的人已經掌握了青銅的使用方法，他們的箭頭都是用青銅造的，蚩尤的部下被射死不知多少。
蚩尤臉色一變，對身邊的八十一個兄弟道：「兄弟們，現在是你們建功的時候了，給我把軒轅小兒拿下來。」
八十一個巫人道：「諾！」
他們都變成獸頭人身的怪物，這些巫人都是銅頭鐵額，手槍不入的，軒轅部落的人根本不無法用箭射入他們的身體。
他們殺入軒轅陣中，軒轅所部一下子就亂了陣腳，雞飛狗跳，死在他們手中的人不計其數，血流成河。
那八十一個人越殺越興奮，他們平常就以殺人為樂，現在那麼多「獵物」在眼前，他們興奮得不得了。
軒轅大怒，提著軒轅劍在陣中追趕他們，每劍落下，必有一個巫人傷在他的劍下，其他的將領也沒有閒著，他們也各自找了對手廝殺起來。
其中以應天最為厲害，他雖然兩手空空，但他的一對手比先天靈寶還要厲害，每一爪必可傷到一個巫人。
這些巫人不過天巫大羅金仙修為，而應天卻是太清玄仙後期，就要斬去一屍的人，對付他們根本不是一個層次的，他殺起人來竟然不比比軒轅慢。
八十一個巫人被他們一陣衝殺，回到蚩尤營裡的竟然不足十人，蚩尤大怒：「軒轅小兒，竟敢殺我兄弟，氣殺我也，我要殺了你為他們報仇。」
隨著他的咆哮，他從懷裡拿出十二面三寸小旗來，迎風一展，化為百丈大旗，面畫有十二祖巫的神像，威風凜凜。
此旗一出，陰風陣陣，煞氣盈天，一股彌天殺死從旗傳來戰場的人都不由自主地齊齊打了一個冷噤，整個戰場都被這股殺氣籠罩住了，把兩軍對壘的殺氣都蓋了下去。
軒轅不沉臉色大變，長長地噓了一口氣道：「好厲害的大陣，這恐怕就是古時期巫族的鎮族大陣——『都天神煞陣』了。」
「哼，你有大陣我就沒有了麼，來人，擺『周天星辰大陣』，我今天倒要看看是『都天神煞大陣』厲害，還是『周天星辰大陣』厲害。」
軒轅部下的三百六十五名精英馬擺出一個陣來，應周天星辰，把天的星星的力量都牽引過來，大陣慢慢轉動，好像周天星辰在運行一樣，玄奧無比。
蚩尤「咦」了一聲道：「我道你怎麼有勇氣給我下戰，原來是倚仗著這個大陣，哼，天的傢伙們也閒不住了嗎，那麼我就鬥一鬥這『周天星辰大陣』好了。雪一雪我們巫族當年的恥辱，不知你能發揮出這個大陣多少成的威力呢，希望不要讓我失望啊。」
軒轅道：「就算我只能發出一成威力也對付得了你。」
蚩尤經不起激怒，氣得「哇哇」大叫道：「不知死活，本來還想讓你多活一會兒的，既然你如此狂妄，那我現在就送你入輪迴。」
只見蚩尤黑旗一展，陰風呼嘯，十二桿旗桿中間竟然慢慢地形成了一個黑影，黑影很快就成形了，正是蚩尤的頭面，但卻：人身牛蹄，四目六手，正是蚩尤的巫體。
這個巫體是蚩尤的的圓神融合祖巫精氣化成的，他口中發出一種野獸般的吼叫聲，向軒轅撲過去，軒轅的部下組成的「周天星辰大陣」把他擋住了。
兩組人廝打在一起，真殺得天昏地暗，日月無光，山河破碎，然而蚩尤的巫體卻總是出不了星辰大陣的包圍圈。
蚩尤一咬牙，直衝入兩陣中，把身體與巫們合在一起，威力頓時大增差點把周天星辰大陣給打破了。
他的人身與巫體結合在一起，一身實力已經達到的祖巫的層次了，周天星辰大陣竟然有擋不住他的跡象，一路向軒轅殺過來。
廣成子臉色一變，對闡教眾仙道：「各位師兄弟，該輪到我們出手了，一定不能讓他傷到人皇，不然我們闡教以後就沒有面子見人了。」
雲中子等人齊齊點頭，取出法寶來，配合「周天星辰大陣」攻擊蚩尤，把劣勢扳了回來。
蚩尤這邊剩下的三個大巫怒喝道：「好不要臉，竟然那麼多人攻擊我們的大王，大家衝啊，殺光他們，都去助大王一臂之力。」
蚩尤的手下齊動，廣成子、雲中子、南極仙翁急忙分出身來，一個敵住他們一個，其他人繼續戰蚩尤，應天和闡教的其他十一個人名攻一支黑旗，那些小蝦小魚就交給軒轅部落的人對付了。
這場大戰一直持續了三天三夜，最後闡教眾仙終於破了蚩尤的「都天神煞大陣」，應天在魃的幫助下終於把蚩尤給俘虜了。
這讓闡教的人大為生氣，他們拼生拚死，最後最大的功勞卻讓一個名不經傳的小子得了，但是應天是伏羲之子，他們也不敢遷怒於他。
逐鹿之戰以軒轅這一方的勝利結束了，蚩尤成了軒轅的階下囚，被應天用「縛仙索」拿了去見軒轅。
軒轅大喜，差點想把魃許配給他，應天忙不迭地搖頭道：「這是我的本份之事怎麼當得起陛下的賞賜呢，還請陛下收回成命。」
開玩笑，魃可是妹妹的女兒，要是許配給他，這關係不知要怎麼算了，到時候父親可又要大發脾氣了。
軒轅無奈，只好作罷，召來大家開了一個大會，商量應該怎麼樣處置蚩尤，大家一致表態道：「殺了他，要不他以後肯定還會作亂的，到時誰吃得消。」
大家都被蚩尤的戰鬥力嚇怕了，誰也不想再來一次，此次大戰人人都帶傷，要是再來一次可不得了，他們都怕了。
沒有了「都天神煞旗」的蚩尤重新變回了一個天巫，只有太乙金仙的實力，而且被眾仙鎮住了圓神，一身力量都使不出來。
他現在已經不能保持著巫體的樣子，變回了人形，看到軒轅來了，裂開血盆大嘴獰笑道：「軒轅小兒，你不過靠著別人的幫助才贏得了我，要不是他們，你想贏我只是癡心妄想而已。」
軒轅道：「蚩尤，你還不明白你為什麼會輸嗎，因為你太過殘暴了，所以人心背離，你看看，自你被我抓住以後，你的部下們馬就投降了九成，剩下的一些已經成不了什麼氣候了。」
蚩尤冷笑道：「那是他們聽信了你的鬼話，讓你蠱惑了，要是我們再戰一場，我一定不會輸給你的。」
軒轅道：「你沒有機會了，我不會再與你戰鬥了，這天下已經因為我們之間的戰鬥而滿目瘡痍了，是應該還天下一個平靜的時候了，你覺悟。」
軒轅命人把被「縛仙索」困得像個粽子一樣的蚩尤抬校場，命人砍下他的頭。
然而劊子手們無論用什麼刀都不能砍傷蚩尤的皮膚，青銅做的大刀砍在他身比砍在石頭還要吃力，真砍得火星亂冒，刀都砍卷口，蚩尤還是毫髮無傷。
軒轅又命人對蚩尤處以「五馬分屍」之形，然而五馬御前龍馬也奈何不了蚩尤，反而被他拉了回來。
蚩尤哈哈大笑道：「軒轅小兒，你想弄死本王，沒那麼容易，有什麼手段都使出來，本大爺一併接了。」
軒轅不由大為頭痛，人抓住了卻無法用刑，這怎麼辦，蚩尤的身體經過祖巫精氣的淬煉，雖然力量被封，但硬度還是及得祖巫之體的，眾仙的法寶也奈何不了他。
正在眾人頭痛的時候，應天道：「陛下真是『騎馬找馬』，在場之中最厲害寶貝就是您手中的軒轅劍啊，此劍當年名曰『屠巫劍』正是巫族的剋星，用它必可斬蚩尤。」
軒轅不由心中大喜，以軒轅聖劍斬下了蚩尤的首級和四肢，封印在天地四極，蚩尤既沒，天下太平，天降無量功德，破蚩尤有功的人都得了一份。
眾仙回洞府之中修煉去了，人皇軒轅功德還沒有完滿，繼續留在人間教化萬民，軒轅為天下作出了巨大的貢獻，被後世的人稱為「人文始祖」。
以下只是資料，不計入字數
在精神文明：發明歷數、天文、陰陽五行、十二生肖、甲子紀年、文字、圖畫、著、音律、樂器、醫藥、祭祀、婚喪、棺槨、墳墓、祭鼎、祭壇、祠廟、占卜等。
在政治文明：建立古國體制：劃野分疆，八家為一井，三井為一鄰，三鄰為一朋，三朋為一里，五里為一邑，十邑為都，十都為一師，十師為州，全國共分九州；設官司職，置左右大監，監於萬國，設三公、三少、四輔、四史、六相、九德官名共120個官位管理國家。對各級官員提出「六禁重」，「重」是過分的意思，即「聲禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重」，要求官員節簡樸素，反對奢靡。提出以德治國，「修德振兵」，以「德」施天下，一道修德，惟仁是行，修德立義，尤其是設立「九德之臣」，教養百姓九行，即孝、慈、文、信、言、恭、忠、勇、義，進行思想道德建設。在使用人才，訪賢、選賢、任能，因才使用。實行以法治國，設「禮文法度」、「治法而不變」，命力墨擔任法官、后土擔任獄官，對犯罪重者判處流失，罪大罪極者判處斬首等。
在物質文明：史記載，黃帝在農業生產方面有許多創造發明，其中主要有實行田畝制。黃帝之前，田無邊際，耕作無數，黃帝以步丈畝，以防爭端，將全國土地重新劃分，劃成「井」字，中間一塊為「公畝」，歸政府所有，四周八塊為「私田」，由八家合種，收穫繳政府，還穿土鑿井。對農田實行耕作制，及時播種百谷，發明杵臼，開闢園、圃，種植果木蔬菜，種桑養蠶，飼養獸禽，進行放牧等。縫織方面，發明機杼，進行紡織，製作衣裳、鞋帽、帳幄、氈、袞衣、裘、華蓋、盔甲、旗、胄。制陶方面，製造碗、碟、釜、甑、盤、盂、灶等。冶煉方面，煉銅，製造銅鼎、刀、錢幣、鉦、銚、銅鏡、鍾、銃。建築方面，建造宮室、鑾殿、庭、明堂、觀、閣、城堡、樓、門、階、蠶室、祠廟、玉房宮等。交通方面，製造舟楫、車、指南車、記裡鼓車。兵械方面，製造刀、槍、弓矢、弩、六纛、旗幟、五方旗、號角、鼙、兵符、雲梯、樓櫓、炮、劍、射御等。日常生活方面，熟食、粥、飯、酒、肉、稱尺、斗、規矩、墨硯、几案、氈、旃、印、珠、燈、床、席、蹴踘等。