（崇禎）七年甲戌，如貢舉禮部侍郎林釬言，舉人顏茂猷文兼五經，作二十三義。帝念其該洽，許送內簾。茂猷中副榜，特賜進士，以其名另一行，刻於試錄第一名之前。五經中式者，自此接跡矣。2崇禎十年（37）有揭重熙，十六年（43）又有譚貞良、馮元飆，均以五經中式。這也許意味著科試形式上將要發生一些變革。但是歷史卻沒有給予明朝人以這個機會，一年以後，明朝便在李自成農民軍的打擊下滅亡了。
明代將中國傳統考試制度推向成熟的另一個標誌是會試的分卷制度。洪武三十年（397）丁丑科發生了「南北榜」事件，這成為明代有南卷與北卷之分的開始，但這還不是分卷制度，而只是太祖為加強對科試控制的手段。明代真正實行分卷制度始於洪熙元年（425），仁宗命楊士奇等定取士之額，南人十之六，北人十之四。到宣德、正統間，又分為南、北、中三卷，南卷佔百分之五十五，北卷佔百分之三十五，中卷佔百分之十。景泰二年（45）辛未科曾一度廢止分卷，但立即引起廷臣們的爭論，到五年（454）甲戌科，便又恢復了分卷取錄的制度。
南卷應天及蘇、松諸府，浙江，江西，福建，湖廣，廣東。
北卷順天諸府，山東，山西，河南，陝西。
中卷四川，廣西，雲南，貴州，鳳陽、廬州二府，滁、徐、和三州。
其後因為當國權臣南人北人不同，又發生各為其地方之利而增減分卷比例之事。如成化二十二年（48）丙午科，因大學士萬安與禮部尚書周洪謨均為四川人，乃藉布政使潘稹之請，南、北各減二名，以給中卷。正德三年（508）戊辰科，給事中趙鐸按照當權太監劉瑾旨意請增河南、陝西、山東、山西鄉試名額，於是增陝西鄉試額為百名，河南九十五名，山東、山西俱九十名，以劉瑾陝西人也。又以會試南、北、中卷為不均，於是再增中卷的四川額十名，併入南卷，其餘中卷均併入北卷，南、北各取一百五十名。但是這些人為的變化，都沒有能夠改變分卷制度，有明一代始終採取了分卷取錄的考試制度。
分卷制是針對全國文化發展的不平衡狀況而制定的，對於全國文化的發展與協調有相當重要的作用。尤其是在實行單純文化考試取用官員的情況下，分卷制起到了補充文化考試局限性的作用。
2《明史》卷七○《選舉二》。
第三節科舉制度地方府州縣學只是培育人才之所，生員入仕的途徑，主要還是通過科舉考試。洪武三年（370）五月，明朝始開設科舉，「使中外文臣皆由科舉而選，非科舉者，毋得與官」，並令連試三年。與此同時，頒行《科舉條格》，對鄉試、會試的時間，應試資格，考試內容，錄取額數，出身及科場禁例都作了具體而明確的規定。同年在南京及各省舉行鄉試。考試分三場，初場試「五經」義二道及「四書」義一道。第二場試論一道，第三場試策一道。中式後十日舉行複試，科目是騎、射、書、算、律五科。洪武四年（37）二月，各地舉人在京師舉行會試，取中進士一百二十人，分別授官。
各省連續實行三年後，效果並不理想。朱元璋曾一度罷科舉，改行察舉。直到洪武十五年（382）八月復設。洪武十七年（384）三月，禮部頒行《科舉成式》，遂為永制。府州縣學先舉行縣考，中式者為秀才。每三年舉行一次省試，即鄉試，逢子、午、卯、酉年八月在省直舉行，中式者為舉人，第一名稱解元。舉人可參加京師舉行的會試，又稱甲科，由禮部主持，逢辰、戌、丑、未年二月在京舉行，會試第一名稱會元。會試中式者才有資格參加皇帝主持的最高考試，稱作廷試或殿試，考中者為進士。進士分三甲，一甲三名，狀元、榜眼、探花，資格為賜進士及第；二甲若干人，賜進士出身；三甲若干人，賜同進士出身。進士皆由朝廷授官。狀元授翰林院修撰，榜眼、探花授編修。二甲考選庶吉士皆為翰林官，其餘授給事中、御史、六部主事、內閣中書、行人、太常、國子監博士，或授府推官、知州、知縣等官。
明初科舉考試的程序和辦法，大體上都是沿襲元代科舉的舊制，規定八股文取士，專取「四書」、「五經」命題，以朱熹集注為依據，考試經義、策等。在明代會試取士中，又有南北卷之分。洪武三十年（397）會試，考官劉三吾、白信蹈所取五十二人皆南士，引發「南、北榜案」。至洪熙元年（425），仁宗命楊士奇等定會試南、北卷，規定比例為南人十之六，北人十之四。宣德、正統年間，又分南、北、中卷，「以百人為率，則南取五十五名，北取三十五名，中取十名」。後來，雖在比例上有所增減，但其制不變。
與文科取士並行的武舉也得以建立。吳元年（37）朱元璋詔令設文、武二科取士之後，到洪武二十年（387），禮部請沿前代舊制，立武學，開武舉，朱元璋予以批准。至天順八年（44）十月，才逐步系統化。「令天下文武官舉通曉兵法、謀勇出眾者，各省撫、按、三司，直隸巡按御史考試。中式者，兵部同總兵官於帥府試策略，教場試弓馬。答策二道，騎中四矢、《明史》卷七○《選舉志二》。
《明史》卷七○《選舉志二》。
步中二矢以上者為中式」2。成化十四年（478）如文科例設武科鄉、會試。弘治六年（493）定武舉六年一次，弘治十七年（504）改定三年一次。嘉靖年間，武舉之制多有變化。崇禎四年（3）始設武舉殿試。從武舉演變趨勢看，是愈來愈與文科試規相一致。
明初官吏的選拔，與學校、科舉並用的還有薦舉。立國之初，朱元璋以致賢為急，令各地官員薦舉人才，上報朝廷，親自策問，校定優劣，即行除官或送吏部決定任職。洪武六年（373）詔令暫停科舉，改用薦舉。薦舉科目有賢良方正、孝弟力田、聰明正直、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民等科目。存舉的實行，可以從社會上廣泛吸收人才，補充官吏，在明初官吏銓選中佔有相當重要的地位。
2《明史》卷七○《選舉志二》。
第四節任官制度明初，為補足缺額官員，曾大批選任監生及薦舉賢才為各級官員。以後定制，官員的任用，文官歸吏部，武官歸兵部。銓選分大選、急選、遠方選、揀選、歲貢就教選和舉人乞恩選。大選包括聽選及考定升降，於每年雙月舉行，前者指取得資格的初次授官，後者指已任官員的考察升降。急選包括調動、降職、丁憂、留任起復、補缺員，於每年單月舉行。遠方選是指邊遠地區官員的選授。揀選是從科貢監生中選員補足府佐、州縣正官。歲貢就教選是不定期地考選會試下第舉人或歲貢生任教職。舉人乞恩選是舉人三試不中，出於皇帝特恩，可以到吏部就職，「部中另立班銓注」，銓選不定期舉行，選後發給文憑前往報到。
凡官員陞遷必須「考滿」，如果官員缺額應補，則可以不待考滿而用推升。推升因推者、被推者身份不同而分廷推、部推、會選、會舉四種。推升的名單最後由皇帝審定。地方府州縣正佐官，在京大小九卿之屬員選授遷除，經考滿、考察，由吏部決定，循次陞遷，稱常選。館選是由內閣會吏、禮二部考選庶吉士進行儲才教育，由翰林院、詹事府官高資歷深者任教，侍三年學成，授予相應的官職。
文官由銓選得官後，再經署職、試職一年後，予以較嚴格的考試或考察，合格者實授。實授後京官即給誥（五品以上）、敕（六品以下），地方官三年考滿，亦按品級給予誥、敕。武官的任用，洪武五年（372）定武選法。武官銓選除京營外，均由兵部武選司主持。凡大選分色目、狀貌、才行、封贈、襲蔭等項，其途徑則有世職、武舉、行伍、納級。但實際上均未能認真執行。
趙翼《陔余叢考》卷十八。
參考白鋼主編《中國政治制度史》，天津人民出版社99年版；張德信《明朝典制》，吉林文史出版社99年版。
第五節任官迴避制度明朝對所有官吏的任用都實行一定範圍和程度不同的迴避制度。從迴避內容來說，可分為親族迴避、籍貫迴避和職務迴避三種。從迴避的職官來說，可分為京官、地方官和一些特殊地位的官。一般來說，所有官吏都實行親族迴避，地方官吏實行親族和地區的雙重迴避。一些重要的官吏則另有特殊要求的職務迴避。
親族迴避洪武元年（38）明政府規定「凡內外官屬衙門官吏，有系父子、兄弟、叔侄者，皆從卑迴避。」意即不論是中央還是地方，不准有親族關係的人在同一衙門或地區任職，否則就要調任，以下避上。此後，明政府多次重申這一規定，萬曆五年（57）令「從卑迴避，以職官論。今後除巡按御史從方面官迴避外，其餘內外官員，俱從官職卑者迴避。」2關於迴避官員的調任又有規定「凡各衙門官員，遇有更革，及合迴避，任滿，如本衙門無相應員缺，於相應衙門對品改調。」3親族迴避之制的實行，加強了對官吏的監督和控制，有其積極的作用。
籍貫迴避即地區迴避。洪武四年（37），吏部銓選，南北更調，定為常例。但由此產生了冒籍之弊。洪武十三年（380），朱元璋親自把全國定為地方官任用三大互調區域。即「以北平、山西、陝西、河南、四川之人，用於浙江、江西、湖廣、直隸；浙江、江西、湖廣、直隸之人，用於北平、山東、山西、陝西、河南、四川；廣東、廣西、福建之人，亦用於山東、山西、陝西、河南、四川。考核不稱及降謫者，不分南北，悉於廣東，廣西，江西龍南、安遠，湖廣郴州之地任用，以示勸懲」4。但是在如此廣大的區域內官吏互調，其難度是可想而知的。洪武二十六年（393），又對籍貫迴避重新作了界定。其應選官員人等，除僧道、陰陽醫士就原籍任用外，其餘官吏，各照籍貫例任用。嗣後官制漸定，自學官外，不得官本省，但亦不限南北。明代官吏實行本籍迴避的手續是極為嚴格的，實行一定程度上的籍貫迴避制度，有效地《明會典》卷五《改調》。
2《明會典》卷五《改調》。
3《明會典》卷五《改調》。
4談遷《國榷》卷七，萬曆五年。
割斷了地方官與宗族勢力的勾結，加強了朝廷對地方的控制。
職務迴避內容較為廣泛，這是針對一些身居要職的官吏而實行的。如戶部官的迴避。洪武二十六年（393）詔定戶部官不得用浙江、江西、蘇松人，甚至連日常辦理具體事務的吏員也包括在內。究其原因，這些地區是明朝賦稅收入的主要來源，因此為了防止戶部官吏串通江浙、蘇松、江西地方官吏豪紳徇私舞弊，上下其手，明令戶部官員不得由這些地區的人出任。
明朝的監察官也有特殊的迴避要求。洪武元年（38）規定，兩京堂上官的弟男子侄不得任科道官，「屬僚同族則以下避上」。監察御史出巡，也實行嚴格的籍貫迴避。洪武二十六年（393）規定「凡分巡按治州郡，其分巡地面，果系原籍及按臨之人有仇嫌，並宜迴避，毋得沽恩報仇，朦朧再問。」正統四年（439）又重申「凡分巡地面，果系原籍並先曾歷仕、寓居處所，並須迴避。」2明朝科舉考試中考官也實行迴避制度。景泰二年（45）詔定科場官親屬迴避。嘉靖三十二年（553）規定，考試時各省鄉試、會試主考官不得用隸籍本省的官員，兩京主考官要迴避本省。
同樣，明代官吏在執行司法職能時，也有特殊的迴避規定，迴避的範圍由親族擴大到姻親、老師及舊有仇嫌之人。明朝還有一種特殊官員的迴避，即王府官迴避。英宗以後定制，王官不外調，王姻不內除。
官吏迴避制度的實行，可以防止官吏利用親屬、地域、職務等關係以權謀私，可以克服腐敗，保證社會政治的相對清明。但在實行過程中，也滋生了種種社會弊端。《明史》卷七二《職官志一》。
2《明會典》卷二一○《出巡事宜》。
參考關文發、顏廣文《明代政治制度研究》，中國社會科學出版社995年版；張德信《明朝典制》，吉林文史出版社99年版。
第六節官吏的考核制度明朝官吏的考核分考滿和考察兩種形式。二者相輔而行，均由吏部與都察院共同負責，由吏部考功司主持。
考滿所謂「考滿」是「任滿考績」2的意思。內外官員自任現職起，三年為初考，六年再考，九年通考，然後行黜陟之典，項目分為稱職、平常、不稱職三等。由於官吏任職的地域、秩品不同，又有著不同的考滿體系、內容和升降標準。洪武十一年（378）開始朝覲考核。以後京官一般由部門長官開具情況備送考核，地方官分別由監察御史，布、按二司考核和復考。
一般說來，京官四品以上者皆自陳，由皇帝直接決定升降。五品以下京官，由吏部會同有關衙門正官根據本衙門長官的評語考核，定為稱職、平常、不稱職三等。地方官員九年任滿，給由赴吏部考核，依例升降。考滿中稱職者升，平常復職，不稱職者降。貪污或不法的送法司問罪或罷免為民。但是從明中期起，考滿往往流於形式，成為故套。「京官考滿，河南道例書稱職，外吏給由，撫按概與保留，以朝廷甄別之典，為人臣交市之資，敢徇私而不敢盡法，惡所無懲，賢亦安勸。此考績之弊。」考察是對官員進行全面考核，不僅考績，還包括居官行止各個方面，有京察、外察、閏察之分。京察的對象是朝中各機構及順天府、應天府的各級官員。最初沒有明確的時間規定，到天順時始規定每十年舉行一次。弘治十一年（504）定制，京官六年一考，在巳、亥之年，分別在北京、南京舉行，稱北察、南察。屆時四品以上自陳以取上裁，五品以下京官由吏部尚書、都察院都御史、考功司郎中主持。考功司負責具體事務。對外官考察始於洪武四年（37）。弘治時每三年，即逢辰、戌、丑、未歲到京朝覲，同時考察，謂之外察。不論京察還是外察，考察的內容主要是該官任職期間的政績、德行、過失等。考察結果，不稱職的官員分為貪、酷、浮躁、才力不及、老、疾、疲軟無為、素行不謹八類，稱之「八法」。處分分為四等致仕、降調、冠帶閒住、為民。
武官考核稱軍政，由兵部武選清吏司負責。成化二年（4）定五年一2《吏部職掌·考功司·有司科》。
《明史》卷二二六《丘蕣傳》。
次，以現任掌印、帶俸、差操及初襲官一體考察。十三年（477）令兩京通考以為常。五府大臣、錦衣衛堂上官、直隸總兵官自陳，聽皇帝裁決。五府所屬並直隸內衛所官，全部由巡視官及部官注送。在外都司、衛所官由撫按造冊送兵部。副參以下，千戶以上，由都、布、按三司察注送撫，咨兵部考舉題奏。
致仕為了進一步加強統治效能，明朝的致仕制度也規定得很具體、細緻。文武官致仕年齡屢有變動。明初規定致仕的法定年齡為六十歲。洪武十三年（380），詔令「文武官年六十以上者，聽致仕」2。致仕有的是自己請求，有的勒令退休。有些官員年齡超過的，仍不致仕，皇帝即強迫其退休。一般京官年七十，外官年六十五，乞致仕者不限年齡。五十五歲以上可以冠帶致仕，五十五歲以下可以冠帶閒住。六十五歲即使不致仕，亦不再列入銓選之列。
官員致仕以後，一般給予某些優待。致仕者官品仍在，只是沒有職權，仍可以繼續享受在職官吏的種種特權，如免除徭役、晉秩等。經濟困難的略予補助，有的還給予第宅、俸祿、伕役等。致仕後皇帝還可以特命起用，所以致仕與削職為民二者差別很大。對於犯罪的官吏，不僅革除官職，而且還要追繳誥敕，使其不能享受致仕官員的待遇。
致仕也不一定以年齡為準。凡因朝廷「有特旨選用者不拘此例」。有的年齡雖然未到退休，但因病、不稱職或其他原因，也可以致仕。但凡致仕者必須有一定的理由，沒有理由，只能請求辭職，不能享受致仕的待遇。明朝中葉以後，法紀蕩然，十官九缺，現任官吏呈辭不理，也談不上致仕或休假了。
參考王天有《明代國家機構研究》，北京大學出版社992年版；白鋼主編《中國政治制度史》，天津人民出版社99年版。
2《明史》卷二《太祖紀二》。
《明史》卷二《太祖紀二》。
第十章明代的宗教明代是宗教發展的一個較為特殊的時期，隨著宋、明理學顯學地位的確立，作為中國自身的宗教道教和較早傳入中國的佛教，都逐漸走向了衰微。宗教學術無法與新儒家們那種平民化的學術思想相對抗，所謂三教合一的趨勢的主流，實際還是宗教的儒化。這主要是由於隨著專制主義皇權統治的不斷強化，宗教作為統治工具的作用，已經最大程度地減弱。明代的宗教只是比較突出地表現在了對於少數民族地區（尤其是蒙、藏地區）的統治作用。與官方宗教的情況相反，明代的民間宗教卻經久不衰地發展，成為秘密社會乃至民眾的精神武器，因此對於宗教的控制也就成為了明代專制的一個組成部分。
伊斯蘭教在明代西北地區得到了發展。其他的少數民族地區的宗教，如藏傳佛教、小乘佛教、薩滿教、東巴教等也都有不同程度的發展。
明朝後期，西方傳教士來華，開始傳播天主教，並且打入了士大夫和部分民眾當中，成為中西文化交流中的一件大事。到明朝末年，幾乎有機會成為統治者新的宗教選擇。
第一節佛教元至正十二年（352）閏三月，一個年輕和尚脫下袈裟，投身到了農民起義的大潮之中，十六年後，這個當年的年輕和尚登上了皇帝的寶座，這就是明太祖朱元璋。從和尚到皇帝，這樣一個特殊的變化，也就必然給明初的佛教帶來一些特殊的影響，這也就決定了明初佛教的微妙地位。據《明史》記載帝自踐阼後，頗好釋氏教，詔征東南戒德僧，數建法會於蔣山，應對稱旨者輒賜金襴袈裟衣，召入禁中，賜坐與講論。吳印、華克勤之屬，皆拔擢至大官，時時寄以耳目。由是其徒橫甚，讒毀大臣。舉朝莫敢言諸僧怙寵者，遂請為釋氏創立職官。於是以先所置善世院為僧錄司，設左右善世、左右闡教、左右講經覺義等官，皆高其品秩。道教亦然。度僧尼道士至逾數萬。但這只是籠統的記述，明初朱元璋的佛教政策實際上還是以控制為主。
自洪武元年（38）設立善世（佛教）、玄教（道教）二院，到四年（37）即行革罷。五年起，詔給僧道度牒，而此後十年間並未再設立僧道官署。直到十五年（382），始置僧錄司、道錄司。
僧錄司是明代佛教最高管理機構，設官左、右善世各一人，正六品；左、右闡教各一人，從六品；左、右講經各一人，正八品；左、右黨義各一人，從八品。各府縣則設有僧綱司，選精通經典、戒行端潔者掌之。並定全國僧人為三等曰禪、曰講、曰教。
這大概就是李仕魯等儒臣上疏反對明太祖「捨聖學而崇異端」之時。
仕魯性剛介，由儒術起，方欲推明朱氏學，以闢佛自任。及言不見用，遽請於帝前曰「陛下深溺其教，無惑乎臣言之不入也。還陛下笏，乞賜骸骨，歸田里。」遂置笏於地。帝大怒，命武士捽搏之，立死階下。這是儒、釋之爭在明初的反映。在李仕魯之類的儒臣們看來，對於佛教，應該是實行厲禁的。其實在此前，明太祖已有對於僧道的限令洪武六年十二月戊戌，上以僧道日多，蠹財耗民，莫此為甚。乃詔天下府州縣止存大觀寺一，僧道並處之。非有戒行通經典者，不得請給度牒。又禁女子年四十以下為尼者。並著為令。2這個限令的下發，是因為洪武五年給度牒令後，取得度牒的僧道一時多達九萬六千餘人，不得不加以限制。然而到十五年設立僧錄司後，不到三年時間，新度牒的僧尼又達二萬九百五十四人。
元代的崇佛，到明初在民間還有較大的影響，而這與明太祖對於佛教的《明史》卷一三九《李仕魯傳》。
《明史》卷一三九《李仕魯傳》。
2龍文彬《明會要》卷三九《職官十一》。
推崇是完全不同的，用當時官員的話說「其實假此以避差役。」3所以從洪武十七年（384）起限令三年一次出給度牒，而且要嚴加考試。二十四年（39）更明確規定凡僧道，府不得過四十人，州三十人，縣二十人。民年非四十以上，女非五十以上者，不得出家。這一方面為防止勞動力流入僧道，一方面防止青年婦女出家，影響人口生育。次年，再令僧錄司造周知冊頒行天下，天下僧人皆為在冊者。到洪武二十八年（395）十月，令天下僧道赴京考試給牒，不通經典者黜之。至此，明初的佛教管理遂成定制，並且完成了官方化的過程。其實早在洪武二十五年（392），就曾有過大規模的給牒考試，而且「就試三千餘人，悉不習內典」2。太祖為此欲盡付之法。這種強調佛學的做法，使得明初的佛教帶有濃厚的學術風氣，佛教開始成為了與朱學並存的學術派別。
明初的洪武、永樂時期，帶有建國初的種種政治色彩，朱子學雖然開始成為顯學，並佔據了統治地位，但是人們對於事功的追求，給予了各種不同思想以一點活動的餘地。當時的名臣宋濂便精通佛學，這或多或少對於太祖會有所影響。當時的僧錄司左善世宗泐與僧來復齊名，都是兼通儒學的高僧，明太祖稱之為「泐秀才」。洪武四年（37）十二月的蔣山太平興國寺廣薦法會，共徵召了高僧十八人，宗泐也是其中最著名的一個。後來還俗為官的吳印也是其中之一。至於來復，則因上詩謝恩而死於文字之禍。
面對明初佛教的這種變化，當時的佛教界似乎並無自我選擇發展的餘地。在極端君主專制的條件下，明初的佛教其實並沒有因為吳印等人的為官而有所興旺，與元代相比，明顯是每況愈下的。
這種情形到永樂中稍有所變化，其原因是僧人道衍（姚廣孝）幫助朱棣奪位而成為一代功臣。道衍雖然兼通儒、釋、道三家之說，但是他在自身的學術上堅持佛家的宗旨，因此曾著《道餘錄》，從佛家學說出發，對於宋儒攘斥佛、老給予反駁。他在序中寫道「三先生（二程、朱）因不多探佛書，一意以私意出邪詖之辭，枉抑太過，世之人心，亦多不平，況宗其學者哉。」他因此擇《二程遺書》二十八條、《朱子語錄》二十一條「極為謬誕者」，「乃為逐條據理一一剖析」。這部「專攻程、朱」的著作在當時能夠問世，一方面固然由於朱子學的一統地位還沒有像後來那樣絕對，同時也由於道衍的特殊身份。待到道衍死後，他的這部著作就遭到了儒士的焚燬。其友張洪稱「少師於我厚，今無以報，但見《道餘錄》即焚之，不使人惡之也。」3龍文彬《明會要》卷三九《職官十一》。
《明史》卷七四《職官三》。
2查繼佐《罪惟錄》列傳卷二六《永隆傳》。
姚廣孝《道餘錄》序。
2目的是要使這部專攻程、朱的著作不再傳世。《道餘錄》的出現應該說是一個特例，道衍死後，這種情況便不大再會發生了。僅僅十二年以後，宣德五年（430）修成的《明太宗實錄》中已經寫道「廣孝嘗著《道餘錄》，詆訕先儒，為君子所鄙。」3而且永樂初上書「詆訕先儒」的朱季友，便曾因此罹禍。
佛教在明初即被定為了經典之學，在朱學統治地位日益確立的情況下自然是難得發展的。
永樂中佛教得到一定程度發展的另一個原因，是朝廷對於藏傳佛教的重視。不過那只是為了加強對於西南烏斯藏地區的控制，而並非真的要發展藏傳佛教。
永樂以後還有一個較為特殊的情況，便是宦官與佛教的關係。宦官因其特殊的身份和心態，頗重佛教的修來世之說，因此建寺度僧。景泰二年（45）正月，太監興安以皇后旨度僧道五萬餘人，于謙進言不納，從此以後，建寺度僧之事便一發而不可止。弘治中，尚書馬文升的奏疏中談到成化末年寺院僧人的情況定制僧道，府不過四十名，州不過三十名，縣不過二十名。今天下一百四十七府，二百七十七州，一千一百四十五縣，共額設僧三萬七千九十餘名。成化十二年，度僧一十萬，二十二年，度僧二十萬，以前各年所度僧道不下二十餘萬，共該五十餘萬其軍民壯丁私自披剃而隱於寺觀者，又不知幾何。馬文升用「創修寺觀遍於天下，妄造經典多於儒書」概括了當時佛教的情況，這與明初相比顯然有了相當大的發展。
從現存的材料看，明代佛教的發展主要還是在正德以後，這與明代思想文化發展的情況是同步的。本來也可能在成化時就發展起來，但是追尋祖制的「弘治中興」將其推後了二十餘年。正德以後心學的興起，對於禪學的發展有所刺激，到晚明王學末流更走向禪化，禪學也隨之而得到了發展。明代佛教各宗的名僧，以及明代的四大高僧均出現於正（德）、嘉（靖）以後。一、禪宗。
明代禪宗主要有臨濟宗和曹洞宗兩個支系。
臨濟宗的發展主要在嘉靖到萬曆以後，從笑巖德寶（52—58）以禪學與諸儒學者相交而知名，其後有門人幻有正傳（549—4），正傳門人中又有圓悟最為著稱。圓悟號密雲，宜興人，原姓蔣。三十歲以後出家龍池山禹門寺，天啟三年（23）於天台山通玄寺開堂說法，始有名聲。先後主持嘉興金粟寺、福州萬福寺、寧波天童寺等，因其弘揚臨濟宗風，故有「臨濟中興」之稱。
2郎瑛《七修類稿》卷四三《姚廣孝》。
3《明太宗實錄》卷一九八，永樂十六年三月戊寅。
轉引自《明會要》卷三九。
曹洞宗在明代的著名高僧有慧經及門人元來、元賢和高僧圓澄等。慧經（548—8）晚年長期主持江西黎川壽昌寺。他主張農禪並作，是一位將躬耕田野與講禪說法結合起來的高僧。他的門人元來（575—30）以提倡「禪、淨無二」而聞名。元賢（578—57）幼年致力於儒家的程、朱理學，由儒而入釋的經歷，對於他後來的發展影響頗大，他因此重於著述，主張兼容並納。曾經明確提出「禪、教、律三宗，本是一源，如鼎三足，缺一不可。」並且強調儒、釋、道三教一理。他的思想明顯地代表了明後期佛教發展的趨勢。
二、淨土宗。
明代淨土宗的發展也是在嘉靖以後，其主要代表人物是被稱為「蓮宗八祖」的袾宏，袾宏（535—5）是明代四大高僧之一。他先後著有《答淨土四十八問》、《淨土疑辯》等淨土宗的重要著作。但是他同時也積極主張「禪淨一致」，而且重視華嚴宗的教義，代表了明朝後期佛教各宗漸趨融合的發展趨勢。
三、天台宗。
明代天台宗於萬曆年間始有「天台中興」之說，其中興高僧為傳燈。傳燈（553—27）於萬曆十五年（587）入天台山，習天台之學，兼習禪宗和淨土宗教義，也是博及諸宗的高僧。其後有稱明代四大高僧之一的智旭（599—55），在弘揚天台教義的同時，進一步主張各宗融合，三教合一，成為明末三教合一的推動者之一。
除去佛教的上述三個宗支外，其餘各宗，如律宗、華嚴宗等，在明代一直處於衰微之中，沒有突出的人物與學說出現。
明代的四大高僧，除淨土宗的袾宏大師、天台宗的智旭大師外，還有紫柏真可和憨山德清。袾宏與智旭雖然各有宗派，但都是主張各宗融合的，而且主張儒、釋、道的相合。而紫柏與憨山則不僅主張三教的合一，而且自身也從無明顯的宗派。他們之所以成為名聲響亮的高僧，其原因也正在於此。紫柏（543—03）後於萬曆中「妖書案」中被牽入獄而死，憨山（54—23）亦於萬曆間以私造寺院罪入獄論戍，而其於戍所講佛，居然使戍卒們聞之若癡。
不固執於佛家之說，而與儒、道相合，就使得佛教為士大夫們所接受，這同晚明士大夫們近禪的趨勢是一致的。三教合一是晚明儒、釋、道三家發展的共同趨勢，林兆恩（57—598）的「三一教」，更是這種三教合一的具體實踐。
王友三《中國佛教史》第五編第二章《明清佛教》，第749頁。
第二節道教道教是中國本土的宗教，因此道教歷來有著較為廣泛的社會基礎。朱元璋起自民間，對於道教有特殊的感情，在他打天下時，身邊的周顛和鐵冠道人張中就都是道士。而他本人也經常閱讀道教的經典《道德經》。明初最為著名的功臣劉基，也是頗信道教的，傳說中他曾師從九江道士黃楚望，得其天文地理術數之法。在明初的功臣當中，劉基近道，而宋濂近佛。歷朝的統治者都要宣傳自己是有天命的，因此就要神化自己，道教在推算占卜方面的傳統於是成為統治者神化自己的工具。
明建國後道教與佛教一樣，成為朝廷確定的官方宗教。洪武元年（38），江西龍虎山第四十二代天師張正常被召入朝，明太祖命去其天師之號，封為真人，世襲，稱龍虎山正一真人，秩正二品。另設法官、贊教、掌書各二人。閣山、三茅山各設靈官一人，正八品。另設太和山提點一人。這完全是一種特殊的恩封，與對於當時全國道教的管理並沒有直接關係。掌管全國道教事務的機構還是與佛教的善世院同時成立的玄教院。洪武四年（37），玄教院與善世院同時革罷。次年開始由朝廷發給道士度牒。十五年（382），始置道錄司，設左、右正一各一人，正六品；左、右演法各一人，從六品；左、右至靈各一人，正八品；左、右玄義各一人，從八品，基本與佛教的管理一樣。但是道教與佛教不同之處在於它還要承擔郊祀活動，所以從洪武十一年（378）起，又專門設立了神樂觀，掌樂舞，以備祭祀。設提點一人，正六品；知觀一人，從八品。神樂觀隸屬於太常寺，與道錄司沒有統屬關係。對於地方道教的管理，則於府、州、縣分設道紀司，以掌其事。
明朝的建立給了各種勢力表現自己的機會，而朱棣的起兵奪位，在某種程度上也可以說是一次新的權力更替。在幫助朱棣起兵的謀臣當中，就有一些以占卜為長的方士，成祖最主要的謀臣姚廣孝雖然是僧人，但是也曾於蘇州靈應宮從道士席應真習方術。也許是出於這種情況，所以永樂初年，曾有人給成祖進獻《道經》，希望以此獲用，但是這時候成祖更需要標榜的是以儒道治天下，進獻《道經》的人因此遭到了成祖的斥責，他說「朕所用治天下者，《五經》耳，《道經》何用？」但是到永樂十五年（47），卻有了一次對於道人徐知證、徐知諤的敕封。徐知證被敕封為「九天金闕明道達德大仙顯靈溥濟德微洞元沖虛妙感慈惠護國庇民崇福洪恩真君」，徐知諤被敕封為「九天玉闕宣化扶教上仙昭靈溥濟高明宏靜沖湛妙應仁惠護國佑民隆福洪恩真君」。當時還在北京興建了洪恩靈濟宮。這是明初對於道教的一次盛典。據說原因是一個名叫曾辰孫的道士在為成祖醫病時禱於二徐真君，而且夢見二徐真君授以靈藥，才治好了婁性《皇明政要》卷四。
成祖的病。這件事在當時造成了一些社會影響，同年八月，便有人獻金丹方書給成祖，稱其可以長生不老。成祖沒有聽信這些話，令其人自食金丹，燒燬方書，不許再以此惑人。但是由曾辰孫進藥引起的二徐真君的封敕之事，反映了從明初開始，道士的丹藥便與宮廷生活有著緊密的聯繫。明朝的皇帝從成祖開始，幾乎沒有不服用道士丹藥和用房中術的。這也就使得明代的道教與佛教完全走上了兩條不同的道路。與佛教的學術化不同，明代的道教走的是一條修煉齋醮的道路。
在成化以前，一些知名的道士還較為追求戒行，如歷洪武、永樂、洪熙、宣德四朝的道士劉淵然，史稱其「在道術，為人清靜自守，故為累朝所禮」2。其徒邵以正及道士沈道寧，均以道術知名。再如「玄妙觀道士張宗茂，自幼傳其師李雷谷之法，祈禱必應，戒行亦端。後舉為道紀，非其所好，常托病不視事。」但是成化以後，方術便成了人們謀官的捷徑。
明憲宗時方士李孜省以方術得幸，內閣大學士萬安，也借進獻房中術而固寵。所以成化朝僧道多以符菉燒煉得官，到孝宗即位後，裁汰以僧道得幸的在朝官員，數目已經相當驚人了孝宗初，詔禮官議汰。禮官言諸寺法王至禪師四百三十七人，喇嘛諸僧七百八十九人。華人為禪師及善世、覺義諸僧官一百二十人，道士自真人、高士及正一演法諸道官一百二十三人，請俱貶黜。2孝宗雖然對僧道進行了整頓，但是他本人也是信奉道家的，宦官李廣便以道家修煉之術獲幸。
有明一代道教最為顯貴的時候是在嘉靖朝，世宗因為過度崇信道教而與宋徽宗一樣得到了「道君皇帝」之名。而且他自己也確實有道號。嘉靖三十五年（55），他為其父上道號為「三天金闕無上玉堂都仙法主玄元道德哲慧聖尊開真仁化大帝」。其母為「三天金闕無上玉堂總仙法主玄元道德哲慧聖母天後掌仙妙化元君」。自號「靈霄上清統雷元陽妙一飛玄真君」。後加號為「九天弘教普濟生靈掌陰陽功過大道思仁紫極仙翁一陽真人無虛圓應開化伏魔忠孝帝君」，再號為「太上大羅天仙紫極長生聖智昭靈統元證應玉虛總掌五雷大真人玄都境萬壽帝君」。
嘉靖朝最受寵幸的有道士邵元節和方士陶仲文。邵元節為龍虎山上清宮道士。世宗即位後，「惑內侍崔文等言，好鬼神事，日事齋醮」。邵元節於是被召入朝，大加寵幸。為建真人府於城西，以其孫為太常丞，邵本人後來官至禮部尚書，賜一品服，其徒陳善道等俱進秩，其師李伯芳、黃太初封為真人。邵元節死後得贈少師，陶仲文更得以封恭誠伯。道教的獲寵，與皇帝追求長生有直接關係。據《明史》記述2《明史》卷二九九《劉淵然傳》。
王錡《寓圃雜記》卷四《張宗茂屍解》。
2《明史》卷三○七《繼曉傳》。
帝益求長生，日夜禱祠，簡文武大臣及詞臣入直西苑，供奉青詞。四方奸人段朝用、龔可佩、藍道行、王金、胡大順、藍田玉之屬，鹹以燒煉符咒熒惑天子，然不久皆敗，獨仲文恩寵日隆，久而不替，士大夫或緣以進。陶仲文的被寵，主要是他進獻的丹藥對世宗「有驗」。
嘉靖中葉，上餌丹藥有驗。至壬子冬，命京師內外選女八至十四歲者三百人入宮。乙卯九月，又選十歲以下一百六十人。蓋從陶仲文言，供煉藥用也。2據一些史家分析，嘉靖間著名的「宮婢之變」很可能便與這種用少女煉製丹藥有關，世宗本人險些在那場宮變中喪命，但是他卻終生篤信道教不已。
內閣大學士嚴嵩便是以作青詞而得到世宗的信用，而大學士夏言則因不冠世宗所賜香葉冠而遭疏遠，終至被禍。在這種情形下，士大夫們也紛紛成為道教的崇信者。當然，明朝士大夫們對於道教的信奉還有一個原因，是他們對於道教方術的興趣。隨著明代朝政的日趨腐敗，從皇帝到官員，都成了修煉方術的信奉者，而且這種上行下效的風氣，一直影響到了民間。
明代的道教就是在這樣一種極特殊的條件下發展的。所以它的特點一方面是燒煉，另一方面是世俗化。在這樣條件之下發展的道教，很難在教義和組織上有所提高，因此也就不可能憑借從上層社會到民間對於燒煉推算的興趣而得以發展。
從第四十六代天師張元吉到第五十一代天師張顯祖的情況很能反映道教在明代的處境。張元吉於天順、成化間屢進封號，而成化五年（49）其殺人事發，論死系獄，後改杖一百戍甘肅衛，以母老還家死於家中。其子張玄慶得嗣為真人，傳至張永緒，「荒淫不檢，死無嫡子」。為吏部奏不當復襲，江西守臣亦言「張無功於世，有害於民，宜永裁革。」遂以禮部所定，革封號，以裔孫張國祥為上清觀提點，後復其真人號。至萬曆間，「其人時時入朝京師，頻留主齋醮。與其子為狎邪之遊。各買樂婦為姬妾，至今遨遊諸貴戚間，飲博諧謔之外，他無所解」。據《明史》記述張氏自正常以來，無他神異，專恃符菉，祈雨驅鬼，間有小驗。顧代相傳襲，閱世既久，卒莫廢去雲。2明代的道教經典不盛，組織混亂，日趨衰微，而且道教在民間的傳播過程中，逐漸陸言飛語全文閱讀發生變化，成為民間宗教組織，脫離了道教原有的宗旨。
在《明史·藝文志》中收錄的明代道家類著作共計五十六部。其中最為主要的有《道藏目錄》四卷，《道經》五百十二函，以及焦竑的一系列有關道教的著作《老子翼》、《老子翼考異》、《莊子翼》、《南華經餘事雜錄》、《明史》卷三○七《陶仲文傳》。
2沈德符《萬曆野獲編》補遺卷一《宮詞》。
沈德符《萬曆野獲編》補遺卷四《真人張元吉》。
2《明史》卷二九九《張正常傳》。
《南華經餘事雜錄拾遺》等。此外《藝文志》中未著錄的還有道士白雲霽所著《道藏目錄詳注》四卷，見於《四庫全書總目》。
《藝文志》中所記的《道經》，即後來世稱的《道藏》，始修於永樂間，由第四十三代天師張宇初主持纂校，終永樂之世而未竣，至正統間再行纂校，十年（445）刊行，頒賜天下宮觀，計四百八十函，五千三百零五卷。萬曆三十五年（0），第五十代天師張國祥奉敕續補《道藏》三十二函，前後合計五百十二函，五千四百八十五卷。
《道藏》按照傳統的道家「三洞」、「四輔」、十二類的分類法三洞者，一、洞真部，元始天尊所流演，是為大乘上法；二、洞元部，太上老君所流演，是為中乘中法；三、洞神部，亦出太上老君，是為小乘初法。四輔者，其一、太元部，洞真之輔也；二、太平部，洞元之輔也；三、太清部，洞神之輔也；四、正一部，三洞三輔所會歸也其七部子目，則各分本文、神符、玉訣、靈圖、譜錄、戒律、威儀、方法、眾術、記傳、讚頌、表奏十二類。《道藏》所包括的內容十分廣泛，除去道教的經典之外，還收集了先秦至宋的諸子百家之作，以及關於醫藥、養生和煉丹術方面的著作。
明代《道藏》的纂修，是對於道教文獻的一次規模甚大的總結，對於道教的發展應當具有重大的意義，但是由於明代道教後來發展的狀況所限，有明一代道教文獻還是相當貧乏的。
明代的道教支派主要有正一派、全真派、武當派和丹法派（東派）。正一派即明代敕封的張天師一派，由於得到了朝廷的有意扶持，這一派於明代最盛。武當派的創始人張三豐，生活於元末明初，太祖、成祖都曾專門派人找尋其蹤跡，他因此而名聲甚大。成祖即位後，聲稱曾受真武大帝的護佑，於是大興土本，修建武當山宮觀，武當派由此而成為明代道教的一個主要支派。丹法派創於明嘉（靖）、隆（慶）、萬（歷）間的道士陸西星（520—0）。這一派原是以燒煉丹藥為主的，到陸氏以後，進一步發展了男女同修的陰陽丹法，以煉就內丹。這種修煉方法投合了晚明士大夫們的縱慾思潮。關於道教煉內丹的著作，在明初修纂《道藏》的時候，便小心地加以刪除了，所以陸氏的著作，是在這方面保留下來的比較有代表性的文獻。
《四庫全書總目》卷一四六《子部·道家類》。
第三節民間宗教明代的民間宗教中最主要的是白蓮教。朱元璋投身元末明教為主體的農民起義而取天下建立了明朝。但是當時的明教實際上已經不是由摩尼教發展而成的明教，而是「已合於佛，已混於道，又與出自佛教之大乘教、三階教合」。「又與出自佛教淨土宗之白蓮社合，與出自佛教淨土宗之彌勒教合。至元末遂有紅巾軍之全面起義。」所以許多材料中可以看到當時的起義教眾所宣傳的還是白蓮教的教義。但這時的白蓮教所宣揚的彌勒下生及明王出世的說法，實際上是融合了彌勒教和明教的教義，成為一種混合型的民間宗教。
民間宗教一般是由佛、道兩教分化而成，它的一個主要特徵是教義的簡明，並且由於其在民間傳佈，極易發生各種民間宗教的互融，而且在傳佈過程中往往產生許多的分支，所以有時候不大容易加以區別，而習慣於統稱之為白蓮教。
明朝建立後，明廷對於明教、白蓮教等民間宗教採取了嚴禁政策。這主要是為了防止白蓮教之類的民間宗教在組織民眾反抗政府方面的潛在作用，但是白蓮教的活動卻始終沒有停止。在明初，白蓮教在全國的活動相當活躍，如洪武初年陝西的王金剛奴起義，繼承元末韓林兒龍鳳年號，前後堅持四十餘年陝西妖賊王金剛奴，於洪武初，聚眾於沔縣西黑山寺等處，以佛法惑眾。後又與沔縣邵福等作亂。其黨田九成者，自號漢明皇帝，改元龍鳳。高福興稱彌勒佛，金剛奴稱四天王。王金剛奴直到永樂七年（409）才被官府捕殺。而同年湖廣湘潭又爆發了李法良領導的彌勒教起義。永樂十六年（48）北直隸附近有劉化自稱彌勒佛下世，在新城、真定、容城和山西洪洞等地傳教，受戒者甚眾，相約起事，事洩被捕殺。兩年後便又有山東唐賽兒起義，成為明初最具影響的白蓮教起義。
唐賽兒者，蒲台民林三妻也。兒時能刻紙為人馬使戰鬥。自號佛母，預言成敗事頗驗，往來益都、安丘、即墨、壽光諸縣，相煽誘。2永樂中，山東民婦唐賽兒夫死，唐墓祭回，經山麓，見石罅露出石匣角，唐發視之，中藏寶劍妖書，唐取書究習，遂通曉諸術.因削髮為尼，以其教施於村裡，悉驗，民翕然從之初亦無大志，畫冗浩闊，妖徒轉盛至數萬，官捕之，唐遂稱反，官軍不能支。當時山東是白蓮教活躍的地區，所以唐賽兒能夠一呼百應，至其起義被鎮壓失敗後，官府仍無法得到唐賽兒的蹤跡。
這些史料中記述的唐賽兒所得的「妖書」，便是白蓮教所稱的寶卷，也吳晗《明教與大明帝國》，載《讀史札記》。
沈德符《萬曆野獲編》卷二九《再僭龍鳳年號》。
祝允明《野記》卷二。
就是教義的經典。白蓮教教義在明代還在不斷發展，到正德以後，白蓮教吸收了羅教教義中的「真空家鄉，無生父母」的說法，奉「無生老母」為創世主，而彌勒下世，則是由「無生老母」派來領導教眾前往「真空家鄉」的。這對於當時處於水深火熱中的百姓們無疑是最富吸引力的。
到明朝後期，隨著政治的腐敗，社會矛盾激化，白蓮教等民間宗教的傳播也更加活躍，並且由白蓮教眾為主體的農民起義不斷發生。主要有嘉靖二十五年（54）汶上連氏與白蓮僧惠金、楊惠通起義；嘉靖三十六年（557）烏鎮道人李松起義；嘉靖中重慶大足蔡伯貫起義；萬曆二十七年（599）徐州趙一平、孟化鯨起義；萬曆三十二年（04）福建甌寧吳建、吳昌起義；萬曆三十四年（0）臨淮劉天緒起義；萬曆四十二年（4）王森起義；天啟二年（22）王森弟子徐鴻儒起義。
明代的白蓮教在發展過程中產生出許多分支，明末著名的白蓮教經卷《古佛天真考證華寶經》中確認為白蓮教支派的就有紅陽、淨空、無為、西大乘、黃天、龍天、南無、悟明、金山、頓悟、金禪、還源、圓頓、收圓等等。而當時的涅槃教、三一教、長生教、老子教、龍華會、忠勇會等，也都是白蓮教的分支，應州的羅廷璽、湖州的馬師祖、單縣的唐雲峰、重慶的蔡伯貫等則都是當時較為著名的白蓮教首領。可以說終明之世，白蓮教始終活躍於全國各地的民間，貫穿於整個的下層社會，甚至宮中宦官也多有信奉白蓮教者，因此民間宗教的傳播成為明朝統治者深感不安之事。明代的民間宗教雖然大多屬於白蓮教的支派，但是其中也有較為特殊的情況，如羅清創立的無為教，高陽、韓太湖創立的弘陽教，即曾有不同於白蓮教的特點，只是在其發展過程中逐漸與白蓮教融合了。
無為教即羅教，創始人為明朝成化年間的山東人羅清，他初奉佛教禪宗，在其基礎上吸收道教及各種民間宗教的教義，創立無為教。後為得到正德時當權太監張永等人，寫成《羅祖五部經》（《苦功悟道卷》、《歎世無為卷》、《破邪顯正鑰匙卷》、《正信除疑無修證自在卷》、《巍巍不動泰山深根結果寶卷》），因其崇奉無為，詆毀白蓮教，所以得到了正德皇帝的，羅清被封為「無為經師」，其《羅祖五部經》由官方刊行，成為明代官方的唯一的一個民間宗教。但是因為無為教提出了「真空家鄉，無生父母」的劫變及改造現實的觀點，其後逐漸與白蓮教相接近，到萬曆四十四年（）遂為朝廷所查禁。
弘陽教的創始人為萬曆間山西洪洞高陽，他主要活動於當時的京城北京，並且在宮中宦官們的下刊印弘陽教的經卷，宣傳「紅陽劫盡，白陽王友三《中國宗教史》第五章《中國民間宗教》，第88頁。
當生」的劫變口號，認為世界分青陽、紅陽、白陽三個階段，每一劫變時便生大亂，到白陽的階段，即成為最光明的世界。
高陽死後，道士韓太湖繼續傳播弘陽教，但是他奉羅教創始人羅清為祖師，吸收羅教的教義，而且仿羅清撰寫了《混元弘陽飄高祖臨凡經》、《弘陽苦功悟道經》、《弘陽歎世經》、《混元弘陽顯性結果經》、《弘陽顯性結果深根寶卷》，也稱五部經，後又將經咒等編成五部經，稱小五部經。韓太湖也長期在北京傳教，多與宮中宦官交結，但是他與高陽不同之處在於高陽時的弘陽教入教者多為中上層人士，韓太湖時的教眾則多為下層社會的勞苦大眾。明代的民間宗教名目雖多，但多數是由白蓮教、羅教發展而成的，其後各支派互相融合，教義也互相滲透，其創立之初在教義等方面的區別到後來也就愈加不明顯了。
王友三《中國宗教史》第五章《中國民間宗教》，第88頁。
第四節伊斯蘭教伊斯蘭教唐時傳入我國，稱「大食法」，宋代稱「大食教度」，元末明初稱「回回教」、「回回教門」，明代又稱「天方教」（我國明時稱阿拉伯為天方）、「清真教」；以後「清真教」的稱呼普遍起來，伊斯蘭教寺院因而稱為「清真寺」。明代清真寺的建築比元代多了起來，朱元璋於洪武二十五年（392）敕建南京三山街淨覺寺和西安大學習巷禮拜寺（清修寺）。敕諭稱「洪武二十五年三月十四日，咸陽王賽典赤七代孫賽哈智赴內府宣諭，當日於奉天門奉聖旨蓋造禮拜寺二座，南京應天府三山街銅作坊一座，陝西承宣佈政司西安府長安縣子午巷一座。如有寺院倒塌，許重修，不許阻滯。」永樂三年（405）二月初四日立石。碑存西安大學習巷禮拜寺。明代建築的清真寺遍及各地。在北京，有東四清真寺、西花市清真寺、錦什坊街清真寺、長營清真寺。在天津，有天穆清真寺、金家窯清真寺。在寧夏，除了著名的同心大寺外，尚有納家戶清真寺、銀川南關清真寺、單家集清真北寺。在甘肅，有蘭州繡河沿清真寺、臨夏華寺清真寺、臨潭舊城清真上寺、徽縣清真寺、武都清真寺。在青海，最有名的是洪武年間始建的西寧東關清真大寺，此外有西寧北關清真寺、康家清真寺（永樂年間）、阿河灘清真寺（萬曆年間）。陝西，除敕建的清修寺外，尚有洪武十七年（384）鐵鉉修建的西安羊寺清真寺，永樂十一年（43）鄭和重修小皮院清真寺（原名真教寺，亦稱清真北大寺，始建於萬曆年間）、觀上清真寺（初建於明末）。在山西，有長治南寺、北寺。在河北，有保定清真西寺、宣化清真南寺、滄州清真北寺、大廠清真寺、山海關清真寺等。在山東，有濟南南關清真寺、德州北營清真寺、禹城韓寨清真寺、青州清真寺、菏澤西關清真寺等。在河南，有鄭州北大寺、開封文殊寺街清真寺、朱仙鎮清真北大寺、博愛縣西關清真寺、陳州（淮陽）清真寺等。在江蘇，除南京淨覺寺外，有常州清真寺、六合南門清真寺、菱塘清真寺（揚州市屬）等。在安徽，有合肥清真寺、太和清真寺、壽縣城關清真寺、安慶清真寺等。湖北明建清真寺有代表性的是沔陽清真東寺，湖南是常德清真古寺，浙江是嘉興清真寺，江西是贛州清真寺。四川、雲南的明建清真寺尤多，四川有成都鼓樓街清真寺、重慶清真西寺、都江堰市清真南寺、平武清真寺等，雲南有昆明順城街清真寺、沙甸清真寺、尋甸清真寺、小圍埂清真寺、回回營清真寺等。遼寧的錦州和瀋陽明代也建成了東北地區最早的清真寺。回族散居各地，回族村落在明代大量形成，有一定數量回民聚居的地方就有清真寺，這樣的清真寺難以計數。明代清真寺修建之多遠遠超過元代，說明伊斯蘭教在中國的發展，更深地植根於中華大地。
清真寺教職人員受到保護，永樂五年（407）敕諭中說「大明皇帝敕照片載白壽彝主編《回族人物誌》明代冊，寧夏人民出版社988年版。諭米裡哈只朕惟能誠心好善者，必能敬天事上，勸率善類，陰翊皇度，故無錫以福，享有無窮之慶。爾米裡哈只，早從馬哈麻之教，篤志好善，導引善類，又能敬天事上，益效忠誠，眷茲善行，良可嘉尚。今特授爾以敕諭護持所在，官員軍民，一應人等，毋得慢侮欺凌。敢有故違朕命，慢侮欺凌者，以罪罪之。故諭。永樂五年五月十一日。」刻石存泉州清淨寺。同一敕諭福州、揚州亦有發現，只個別文字不同。
關於清真教職人員的情況，白壽彝在《中國伊斯蘭經師傳》中有所敘述，說淨覺寺和清修寺約建於明洪武二十五年，相當於公元392年。魯密人可馬魯丁和他的子孫，從洪武年間一直到弘治五年（492）都主持淨覺寺的寺務。又有哈馬魯丁，在永樂三年（405）以後主持清修寺寺務。哈馬魯丁後，有一位阿林名擺都而的，也在清修寺，是嘉靖二十四年（545）死的。泉州清淨寺寺務元代主持人夏不魯罕丁，享有一百二十四歲的高齡。他的兒子夏敕繼承他的職務，也活了一百一十歲。他的後裔夏彥高在正德年間（50—52），夏東昇在隆慶元年（57），夏日禹在萬曆三十五六年（07—08），都相繼主持清淨寺。從夏家在清淨寺的歷史看，中國伊斯蘭教在十四世紀後期開始了掌教世襲制度。
十四世紀後期以後，伊斯蘭教傳入中國作為一個歷史階段已經結束，而清真寺在各地普遍建立，宋、元建清真寺得到重修，於是出現「經文匱乏，學人寥落」的情況2。在這種背景下出現了胡登洲創辦的經堂教育。經堂教育又稱寺院教育，是在清真寺進行的培養中國伊斯蘭教人才的教育。胡登洲，陝西咸陽人，一說渭南人，生於嘉靖元年（522），逝世於萬曆二十五年（597）。他早年讀儒書，後來改業習經，並到麥加朝覲。回來後，感到教內人才缺乏，便立志興學。招了一些學生到寺裡，親自授課，設法供給伙食。學習的主要課程是教法和宗教哲學，課本用阿拉伯文或波斯文的。他的弟子、再傳弟子及數傳弟子中，很有些著名的經師，清代康熙年間趙燦著《經學系傳譜》，系統敘述自胡登洲開始、迄康熙年間的著名經師傳承關係及主要活動。胡登洲開創了經堂教育，因此被尊稱為「太師」。到清代，經堂教育大大發展起來。經堂教育的出現，說明伊斯蘭教在明代的新發展——發展到教育領域內。
伊斯蘭教在明代最深刻的發展，是在思想哲學領域內伊斯蘭教義和中國儒家思想相結合，出現伊斯蘭教漢文譯著，最早的代表人物是張忻和詹應鵬。
張忻字靜之，山東掖縣人，熹宗天啟五年（25）進士，任河南夏邑知縣，授吏部主事，崇禎時官至刑部尚書。張忻擅長書畫，究心伊斯蘭教義、教史，撰有《清真教考》一書。書已佚，僅存序。序雲詳見《白壽彝民族宗教論集》第399—40頁，北京師範大學出版社992年版。2《修建胡大師祖佳城記》，白壽彝主編《回族人物誌》明代冊附卷。
清真教考者，考其教之源流本末，以教天下萬世者也。而其教始於天房，天房之教始於人祖阿丹？阿丹生而神聖，與天地相參，故能合天人之道，以事造化天地萬物之主。嗣後，代有聖人，相與繼述。隋開皇時，至聖穆罕默德出，而道愈昭明矣。
穆罕默德，命立於未有天地萬物之先，挺生於千萬聖人之後。其德化靈異，視前聖尤為迥絕，而為古今特出之一人。至其降生天房，其以地當天地之中央也。志雲西域諸國當崑崙之陽，於諸方為得風氣之正，故異人多自西域出。斯人其殆有所確見而云然乎？然猶未知天房之何以名也。開闢時，其房名「愷而白」者，自天而降，故國以天房號焉。房自天降，亦以地當天地之中也。惟其中，故萬國之建立寺字，以拜造化天地萬物之主者，惟天房是向焉。而禮拜之義蘊，何在乎？拜主則塵緣盡卻，而生人之本性見矣。本性見，而天運不息之機，與一切幽明兼備之理，莫不於拜跪起止之間而俱見之。拜主則物我皆忘，而身心之私妄泯矣。私妄泯，而忠孝廉節之事與一切盡己盡物之功，莫不於入寺事主之時而思盡之。夫一禮拜而其義蘊包舉之廣大如此，則其事顧不重哉？而其事則詳於阿丹諸聖、至穆罕默德之經。然經之所載，實在不止此者。言理則舉無極以前、太極既判，以及人之所以像天地與像一十八千世界之故，深切而著明之。言事則舉真主所以造化天地、造化人神萬物，以及古今聖賢作則於天下之事，歷歷而詳述之。言物則舉天以上之所有，地以下之所有，以及宇宙間風火水土、胎卵化濕之物，莫不備悉而記載之。後人稽其經傳，即白首不能盡也。若志雲曆法精詳，不過傳中片言隻字而已，豈足盡吾教經學之萬物哉？
夫以如是精微宏博之學，自天房始，則天房誠大道從出之方，至聖叢生之地。而志雲國產麟鳳獅寶，又豈足在齒頰間哉！雖然，麟鳳獅寶，天下不經見之物也，而天房諸國所在多有，又足見聖人有道之祥不絕於億萬斯年。較之鳳儀獸舞，白魚躍舟，瑞僅一時者，為獨亙終古而常存也。且其祥實不止此。志云「風俗醇美，民不犯法」，則聖道入人之深，而祥見於政清民服也。「輕財好義，恤孤賑寡」，則聖人之流風善政，而祥見於民日遷善而不知也。回鶻諸國悉遵其教，則聖道之足為祖述，而祥見於萬邦為憲也。然要非天房神聖，考其道之源流本末以教天下萬世，又烏能有此禎祥盛事也哉！而當日西遊之名公巨卿不能取其至理經學以表彰之，第多為頌說，以形其西方極樂世界焉。予故采輯數語，使大人達者知清真一教獨高出諸家之上。至其理之精深，道之正大，又當據其經傳，與有志者相求於無盡焉。
這篇文章寫於崇禎七年（34），即張忻考中進士的第九年，距明亡尚有十年。
詹應鵬字翀南，安徽宣城人，萬曆四十四年（）進士，連續三次在戶部做官。出身於穆斯林世家，對中國傳統文化和伊斯蘭教義均有很深研究，輯有《群書匯輯釋疑》並為此書作跋。跋的全文如下是集也，余於群書中偶見而偶錄之。披覽之下，遂覺天房諸國勝境儼在目前。雖然，有言之能及者焉，有言之未能及者焉。有言之所及，而無可疑者焉。有言之所及，猶必俟申明之而始知其所以然者焉。若所云風俗之純，物產之異，寺宇之美，人情之誠樸，氣候之中和，以及夫諸國遵教之廣遠，至聖神靈之迥異，教規之崇正而黜邪，皆其言之能及而無可疑者也。至道之所以精所以微，則未有能言者。吾茲且不言其所未言。第即其言之所及，而必俟申明者一言之。
志雲其教專以事天為本，而無像。無像誠是也，第以為天則非也。蓋所事者，宰乎天地之主。惟主，故無像也。若曰天，天即有像矣。有像者，皆真主之所造。吾教事主之外，凡主一切所造之物，俱不事焉。故曰事主非事天也，作此志者，或以萬物莫尊於天，故以天之名稱主，非曰天即主也。閱者於事天拜天等語，俱當以天字作主字觀，慎勿作天字觀也。志雲國人遵教，雖適殊域傳子孫，累世不敢易，蓋言其守教之專也。而實與私立其教而專守者不同。蓋諸教皆起於人物充繁之後。教立於教者，真偽難分，守之，可也。不守之，亦可也。惟吾教傳自人祖阿丹聖人，在諸教未立之先。阿丹初生，凡一切行止語默，皆真主之所命也。阿丹以真主之所命，教其子孫。歷代相傳，以至於今。是吾人之教，依然人祖之教，依然真主之所命也。惟教本主命，故適殊域傳子孫，累世不敢易也。
志雲國王穆罕默德，設其經三十本，凡六千六百餘段。又雲授受天經三十部冊。誠三十本也。但其經非穆罕默德之所自設，亦非受之於前聖者也。蓋穆罕默德為真主所篤降，較諸往聖為獨隆。主之愛之者重，故所示之者深。是經殆真主所示穆罕默德之言，而穆罕默德集之為經，以播之眾人者也。冊僅三十而不繁，自包總乎前聖億萬之經。其篇六千而有奇，皆詳闡乎幽明化育之微。一捧讀之，不獨此生倫常之理，有以知其備悉，即吾人未生以前，既去以後之境，燦若日星。不獨斯世萬有之機，有以洞其淵源，即世界未立以前，既盡以後之事，瞭如指掌。經言固若斯之詳且晰也。緣其故，皆主之厚至聖以示之，而因以及乎吾者也。讀其經又安得不因至聖之教我眾人，而益專事其主也哉！而其事主之事，則在五時朝拜，歲齋一月，以及朝天房，敦彝紀，廣施濟，無一事不遵主而行，無一念不專之於主。而後為事主之至。而究此數事之由來，又莫非主之諄諄詔示於經，以命其行者也。至其齋拜等事之精義，則非可一言盡矣。
此皆余因志所言及，而特為申明之者也。至其道之所以為道，則語焉而不精，說焉而不詳。即餘日服習其中，亦不能以言言之也。又何怪乎作志者之不能出一言以道之乎哉！雖然，道不可言，而教則可言。教貴得其原；事主而無所歧則得其原而不至入於迷。教貴得其全；事主以盡其倫，則出乎塵而更不流於虛。然要之，事主與盡倫，二者合之而無容合，亦分之而無可分也。心乎主而事君，自不敢不忠。心乎主而事親，自不敢不孝。以至視聽言動之間，自不至無所持循，而或入於非禮也。服其教者，惟心乎其主而已。心乎主，而教自得其真矣。故清真一教，真於事主而不歧也，尤真於事主而無像。真於世守之不敢易也，尤真於傳自人祖而得其原。真於主示之經可據也。尤真於事主以及盡倫之得其全。凡此，皆教之可言者也。至其道之所以為道，仍未可以易言也。
這篇跋文寫於崇禎九年（3），距明亡尚有八年。
張忻和詹應鵬的「序」、「跋」，從哲學角度認識伊斯蘭教，用儒家理論解釋伊斯蘭教，以中國太極學說會通伊斯蘭教真主本體論，把程朱理學與伊斯蘭教義相協合，成為漢克塔布（漢文伊斯蘭教譯著）的哲學基礎，伊斯蘭教中國化的開端。
漢文譯述能自成體系的，是王岱輿。王岱輿別署「真回老人」，大概生於萬曆年間（573—9），金陵（今南京）人。他的著作有三部《正教真詮》、《清真大學》、《希真正答》，是明末清初完成的。以後重刻《正教真詮》，作序的人說「自《正教真詮》出，遂以中土之漢文，展天房之奧義，故開捲了然。瀹我心源，發人聾聵。閱其條款，而黃童白叟知所欽遵；覽厥遺規，即黑漢村愚亦思所恪守。」即是說老人小孩、黎民百姓都能看懂，適應了通用漢語文的回民大眾的需要，因此漢文譯著到清代大發展起來。和王岱輿同時或稍晚的，有張中、伍遵契。前者有《歸真總義》，後者有《歸真要道》，都是早期的伊斯蘭教漢文譯述。不談新疆，看不到明代中國伊斯蘭教的全貌。伊斯蘭教自十世紀傳入新疆，元代東漸，到十四世紀察合台汗禿黑魯帖木兒時（34—33），取得進一步發展。在他強制下，有十六萬人成了穆斯林。他的後裔也都是伊斯蘭教的熱心推行者。他的幼子黑的兒火者即位後（383—399），征服吐魯番和哈剌火州，強迫那裡的居民改信伊斯蘭教，放棄佛教。黑的兒火者的後繼者馬哈麻也是虔信的穆斯林，強制推行伊斯蘭教，懲罰不歸信和不遵從教規的人。在他統治時期，新疆地區察合台蒙古人都信仰了伊斯蘭教，和已信仰伊斯蘭教的維吾爾融合，壯大了新疆穆斯林隊伍。十五世紀，伊斯蘭教傳入哈密，並擁有眾多信徒，出使哈密的馬文升在《興復哈密記》中說，哈密「回回、畏兀兒、哈剌灰三種番夷，同居一城」。到十六世紀，伊斯蘭教在哈密取得完全支配地位。與此同時，伊斯蘭教亦在新疆佔優勢地位。新疆最大的清真寺——喀什艾提卡爾大寺亦於明代建成。
伊斯蘭教在明代從廣度和深度上都得到發展。
明代，一賜樂業教傳入中國，亦稱清真教，一賜樂業是以色列的舊譯，即猶太教，與伊斯蘭教不相干，是論史者所應注意的。
《新疆簡史》第一冊第七章，新疆社會科學院民族所編著，新疆人民出版社979年版。第五節天主教明代後期西方傳教士的來華，是中國歷史上基督教的第三次傳華，在影響上遠遠超過了前兩次，這一次的基督教傳華，更加突出了中西方文化交流的內涵。明後期基督教傳入中國的西方背景，是基督教內部的新舊教派之爭與地理大發現後的海上擴張高潮時期。而當時中國的背景，則是宋明理學的一統地位發生動搖，各種學說興起，傳統社會開始向近世轉化的時期。
第一個企圖打開明朝封閉的大門進入中國的西方傳教士是西班牙人方濟各·沙勿略（fraisxavier，50—552年），他是當時天主教耶穌會的首批成員之一。但是他只到達了靠近廣東的上川島，沒有進入中國內地就在那裡病故了。
就在沙勿略死後第二年，明嘉靖三十二年（553），葡萄牙人行賄於明朝海道副使汪柏，借口遇到風暴，要求在澳門晾曬浸水貨物，由此開始進入到澳門。當時正是倭寇經常侵擾福建、廣東一帶的時候，葡萄牙人通過幫助打擊海盜取得了明朝廷的信任，嘉靖三十六年（557）被允從上川島移住澳門。於是耶穌會士也隨之進入澳門，開始在當地的中國人當中傳佈天主教。在起初的傳教過程中，傳教士們要求凡是入教的中國人，必須首先取葡萄牙文的名字，學會葡萄牙語，從生活上也必須葡萄牙化。這種傳教方式，不符合當時中國的國情，因此幾乎無法開展傳教工作。耶穌會負責遠東事務的意大利人范禮安（lexa-drevaligai，538—0年）認為只有按照中國的風俗進行傳教，才有可能打開中國傳教的大門。他的建議得到了耶穌會的批准，於是三名傳教士從印度被調往了澳門。他們是巴范濟羅明堅和利瑪竇（matthieurii）。
羅明堅於萬曆七年（579）夏天到達澳門，並開始學習漢語言，他利用語言的便利結交了明朝的當地官員，終於在萬曆十一年（583）被獲准在廣東肇慶居住，並且修建了第一座天主教堂。
在最初的傳教活動中，傳教士們盡量去適應中國的習俗，他們甚至都穿上中國式的長袍。他們非常善於不露痕跡地宣傳基督，將聖母和基督的畫像放在教堂中，任憑來訪的中國人跪拜。長期以來中國的多神崇拜，使人們並沒有對西方的神像產生過多的懷疑。但是後來便發生了教堂與當地民眾的衝突，不同文化的碰撞在這裡體現出來。羅明堅在此後雖然受兩廣總督郭應聘之請到浙江杭州傳教，但他的傳教活動始終沒有能夠展開。萬曆十三年（585），他返回歐洲後沒有能夠再回到中國，他在肇慶建立的第一座天主教堂也在六年後被關閉。但是羅明堅畢竟是明後期第一個在中國傳教的西方傳教士，他不僅印製了《祖傳天主十誡》的宣傳材料，並且是第一個用漢文撰寫宣揚天主教教義著作的外國人，他在萬曆十二年（584）撰寫了《天主聖教實錄》一書，他在書中用文言將天主教的一些名詞作了注音及意譯，對天主教的教義「用適合百姓水平的文體」進行了解釋。所以後來人們一直都將他作為明代西方傳教士在中國傳教的開創者。
羅明堅以後，繼承他在中國傳教的主要傳教士便是後來名聲頗著的利瑪竇。
利瑪竇起初作為羅明堅的助手，羅明堅走後便成為了當時傳教團的主要負責人。他同羅明堅一樣非常重視在傳教中去適應中國的文化傳統，穿中式的衣服，講漢語，並且研究儒家的經典，與明朝的士大夫們交往，這一切當然都是為傳教服務的手段，但是這些手段確實起到了相當大的作用。利瑪竇在肇慶時認識了一個名叫瞿太素的士大夫，後來利瑪竇移居韶州後，瞿太素便成為了第一個皈依天主教的明朝上層社會人物，是他告訴利瑪竇不要穿中國僧人的服裝而著儒士服裝的。關於瞿太素其人的具體情況，史書記述不詳，《利瑪竇中國札記》中說「他是一個被稱為尚書的第二級高官的兒子，蘇州人，是受過良好教育的知識分子。他的父親因有官職而知名，但更因他是三百名應博士學位考試中的魁元而著稱。」這樣的人物在當時只有死後被賜尚書的禮部左侍郎瞿景淳，《明史》中說景淳有兩子汝稷、汝說。但是當初為景淳作傳的王世貞卻明確記說他有三個兒子，瞿太素便應當是其中的一個。只是因為他後來交結敗類，沾染惡習，有辱家門而不再被人提及了。萬曆十八年（590），利瑪竇在韶州建立了第二座天主教堂。這次建立教堂與肇慶不同之處在於是它開始有了更多的信徒，據記到萬曆三十五年（07）止，韶州的教徒已經超過八百人。
利瑪竇建立的第三座教堂在南昌，這是一次計劃外的舉動。他本於萬曆二十三年（595）隨侍郎石星前往北京，後因石星改變主意而留在南京，南京官員又拒絕其住留，只得退居南昌，於是在南昌開闢了傳教事業。
萬曆二十六年（598）利瑪竇從南昌再次前往北京未成，於次年在南京城西建立了第四座教堂。南京是明朝的留都，地位僅次於北京，南京教堂的建立，說明天主教開始進入了明朝的政治文化核心地區，並由此而引發了明朝高層參與的中西方文化衝突，即後來的「南京教案」。然而當時利瑪竇對於在南京的活動並不感到滿足，他一直將傳教的目標指向北京。在《利瑪竇中國札記》中曾經這樣記述了他當時的心情他在睡眠中做了一個夢，夢見他遇到一個陌生的行人向他說「你就這樣在這個龐大的國家中遊蕩，而想像著你能把那古老的宗教連根拔掉並代之以一種新宗教嗎？」原來，自從他進入中國時起，他始終是把他的最終打算當作絕密加以保守的。所以他答道「你必定要麼是魔鬼，要麼是上帝自己，才知道我從未向人吐露的秘密。」他聽到回答說「根本不是魔鬼，倒是上帝。」看來好像他終於找到了他一直在尋找的人了，他跪在這個神秘人的足下，含淚請求他「主啊，既然你知道我的想法，為什麼不在這困難的事業中助我一臂之力？」說完這話，他趴在地上哭，泣不成聲。到最後他聽見保證的話時才感到一陣安慰「我將要在兩座皇城裡向你啟祥。」那和上帝曾在羅馬答應幫助聖依納爵的話，字數完全一樣。他仍在夢裡，恍惚進《利瑪竇中國札記》卷三第三章《瞿太素》。
了皇城，完全自由而安全，沒有人反對他的到來。他之所以會有這樣的夢境，實在是因為他太想在北京獲得成功了。
萬曆二十八年（00）年末到二十九年（0）初，利瑪竇通過太監馬堂終於再次來到了北京，而且將禮品和奏章送到了神宗那裡。那是一份無可挑剔的奏章，利瑪竇在其中聲稱自己來華的原因是「逖聞天朝之聲教文物，竊願沾被余溉，終身為氓，始為不虛所生」。他稱自己「頗知中國古先聖人之學，於經籍略能記誦，而通其旨」。「伏念堂堂天朝，且招徠四夷，遂奮志努力，逕趨闕庭」。他帶給神宗的禮物包括天主像一幅、天主母像一幅、天主經一本、珍珠鑲嵌十字架一座，報時鐘二架、《萬國圖志》一冊、西琴一張。儘管當時禮部尚書朱國祚兩次上疏請求「乞量給所進行李（貢物）價值，照各貢譯例，給與利瑪竇冠帶，速令回還，勿得潛住兩京，與內監交往，以致別生枝節，且使眩惑愚民」。2但是神宗都沒有給予理睬，利瑪竇被獲准在北京傳教，從此北京的傳教士們成了宮中尤其是太監們的常客。萬曆三十三年（05），利瑪竇在北京宣武門建立了教堂，這就是後來著名的「南堂」。這一年北京受洗的教徒超過了二百人，從人數上看雖然不算很多，但是因為是在京城，影響之大是可想而知的。萬曆三十七年（09），在利瑪竇等人的下一個取教名為路加的吏員出面成立起了中國第一個聖母會。幾個月後的萬曆三十八年（0）三月十八日，利瑪竇病逝於北京。神宗特賜墓葬，墓地在北京阜城門外。利瑪竇是繼羅明堅以後傳教最為成功的一個，是他通過晉見神宗皇帝從而打開了在中國傳教的官方通道，所以他比起羅明堅等人有著更大的影響。按照明朝人的記述，當時來華的傳教士除利瑪竇外，還有意大利人龍華民、王豐肅、熊三拔、畢方濟、艾如（儒）略，西班牙人龐迪我，葡萄牙人陽瑪諾，瑞士人鄧玉函，德意志人湯若望、羅雅谷（各），均見於《明史·意大利亞傳》，韓霖、張賡《聖教信證》中還載尚有意大利人羅明堅、杜奧定、衛匡國，葡萄牙人孟三德、羅如望、蘇如漢、費奇規、傅汛濟、費樂德、伏善望、瞿西滿、郭納爵、何大化、孟儒望、安文思，瑞士人郭居敬，拂覽第亞人金尼各（閣），西濟利亞人賈宜睦、潘國光等，並有著述，闡述教義，而納襪辣人方濟各·沙勿略，在嘉靖世，至我國邊關即卒，實早於利瑪竇來華三十年也。明代西方傳教士能夠取得一定的成功，在於他們在傳教思想上的兩方面努力，一是他們將天主教中國化的努力，一是他們與中國儒學結合的努力。他們因此而取得了一批明朝社會上層士大夫的，其中最著名的是徐光啟、李之藻和楊廷筠。而在南京的時候焦竑和李贄也都十分敬重利瑪竇，並《利瑪竇中國札記》卷三第十章《利瑪竇神父被逐出南京》。
徐光啟《徐文定公集》卷首。
2沈德符《萬曆野獲編》卷三○《大西洋》。
黃雲眉《明史考證》卷三二六《意大利亞傳》。
對其教義表示了讚賞。這與當對明朝士大夫自身的情況有直接關係。徐光啟等人都是晚明實學的倡導者，他們不僅接受了天主教的教義，而且接受了傳教士們帶來的西方科技，焦、李更是泰州學派的傳人，他們代表了晚明士大夫中思想解放的一類。當然，在當時的士大夫中間，更多的人對這種外來文化的東西是表示懷疑的，也有相當一批反對派，以沈所發起的「南京教案」，則是一次典型的東、西方文化衝突。
天主教的教義，對於晚明禪化的儒學者來說，是很難接受的，他們認為天主教的傳播是「欲掃滅中國聖賢傳統」，因此是「邪教」。一些士大夫為此而撰寫了聲討天主教的文章，如王朝式的《罪言》、李生光的《辟教辯證》、黃貞的《破邪集》等等。
萬曆三十八年（0），傳教士王豐肅在南京建起了西式教堂，引起一批官員士大夫的不滿。四十三年（5），沈出任南京禮部侍郎後，便先後兩次上疏明神宗，請求禁教，但是沒有得到神宗的批准。四十四年（），他第三次上疏，得到內閣大學士方從哲的，遂將王豐肅逮捕，同時被捕的還有一些傳教士和教徒。當時禮科給事中余懋孳的上疏中更將天主教與當時被嚴禁的白蓮教等列為一處自利瑪竇東來，而中國復有天主之教。乃留都王豐肅、陽瑪諾等，煽惑群眾不下萬人，朔望朝拜動以千計。夫通番、左道並有禁。今公然夜聚曉散，一如白蓮、無為諸教。且往來壕鏡，與澳中諸番通謀，而所司不為遣斥，國家禁令安在。其後雖然有禁教之令，而「命下久之，遷延不行，所司亦不為督發」。
「豐肅尋變姓名，復入南京，行教如故，朝士莫能察也」2。到天啟元年，沈被罷後，教禁也就停止了。現代學者普遍認為「南京教案」是一次「具有文化排外的性質」的典型東、西方文化之爭。當時一些傳教士傳說沈收受了南京佛教徒一萬兩銀子的賄賂，因此發起這場教案。這雖然只是傳說，但是佛教僧人參與排斥天主教的活動，在當時確實是相當明顯的。3與南京相比，當時新興起的城市上海的情形就截然不同。萬曆三十六年（08）郭居靜應徐光啟之邀到上海傳教時，兩個月間受洗人數便達五十人，三十八年又有一百五十人受洗，到崇禎間，上海教徒已達一千多人。這也反應了晚明南北兩京在文化政治上的保守，與江南城市的思想活躍。其實從明中後期王陽明等人講學開始，江南地區思想活躍的情況就已經比較明顯了，這也是晚明文化發展的一個特點。
《明史》卷三二六《意大利亞傳》。
2《明史》卷三二六《意大利亞傳》。
3王友三《中國宗教史》第七章《明末清初基督教再次傳入與傳播》，第893頁。