朝庭不知道的是甘肅並沒有全境落在唐軍手裡，此時嘉峪關還在官軍手中，馬維興拿下蘭州後停了下來，只是派出人員前往甘肅以西的永昌，山丹，甘州說降，這三處地方見事不可為，爽快的降了，唯有去嘉峪關的人毫無所獲，反被守將扣住。
聽到此事，唐軍都義憤填膺，要求馬維興馬上發兵，拿下嘉峪關，卻被宋獻策止住，嘉峪關是萬里長城西端主宰，始建於明洪武五年(1372年)，從初建到築成一座完整的關隘，經歷了168年（1372－1539年）的時間，是明長城沿線九鎮所轄千餘個關隘中最雄險的一座。
嘉峪關自建以來，屢有戰事。明正德年間的1515－1522年，吐魯番滿速爾兵數犯河西。當時嘉峪關只是座孤城，以致滿速爾兵兩破關城，並屢掠附近諸部民眾牛羊。直到1539年嘉峪關建成為一座完整的軍事防禦工程後，關城鎖陰邊陲，又有明牆暗壁相合，才真正成為固若金湯的天下雄關。
唐軍在不到二十天的時間裡拿下一省之地，許多地方都是主動投降，馬維興只留下小部兵馬，大部份原明朝官員都得以留任，若有點風吹草動，恐怕許多地方都要反覆，宋獻策勸馬維興停下來，是怕嘉峪關的險峻，若是不能快速攻下，徒損士卒事小，惹得以前的地方反覆事大，還是先把佔領的地方鞏固再說。
另一方面宋獻策也在等待賀景的到來，現在的各種補給都已快跟不上了，賀景來後，補給也會跟著來到，唐王的犒賞也可以大大提升士氣，對嘉峪關一座孤城，反而不用太放在心上，現在不能說降，等他們的補給沒了，不降也不行。
嘉峪關的守將為林日瑞，林日瑞原名日烺，因避東宮太子慈煩諱，改名日瑞，若歷史沒有改變，他會在崇禎十五年，升任甘肅巡撫、都察院右副都御史。崇禎十六年，賀景攻下蘭州後，進遏甘州，圍城半月，城破，在巷戰中被俘，拒降。在崇禎十六年十二月被賀景凌遲處死。
此時他卻還只是一個都司，手下只有三千將士，但都是經久戰陣的精銳之士，從林丹汗被皇太極擊敗，逃到青海以來，為了取得補給，林丹多次率軍攻打嘉峪關，妄圖攻破嘉峪關進入甘肅搶劫，最多時出動了二萬人，都被林日瑞依托堅城，粉碎了林丹的夢想，據說林丹是憂憤而死，除了不能打敗皇太極外，恐怕在只有三千人的城下屢次吃癟也不無關係。
馬維興派出去勸降的是原甘肅的總兵楊麒，馬維興兵圍蘭州後，董學禮進城勸降，楊麒親手將肅王府的人捆綁後獻城，得到馬維興的誇讚，這次在他看來，說降一個小小的都司，易如反掌。
林日瑞一見楊麒，就想將他殺了，身為朝庭的總兵，城中尚有一萬多人，未出一兵一卒抵抗，還把肅王捆綁獻給唐軍，如此不忠不義之人，留下世上有何用，楊麒大為恐懼，他本來就怕死才會投降，沒想到這個低自己數級，以前在自己面前連座位都沒有的人不但對他破口大罵，還想殺他，楊麒苦苦求饒，林日瑞的副手郭天吉看不過去，勸道：「大人，此等人殺之有污刀斧，不如暫且監禁，等叛軍來攻時，再在兩軍陣前用來祭旗。」
林日瑞想了想，倒也不忙先殺他，到時等唐軍來了，在兩軍陣前斬殺，也可激勵士氣，便道：「好吧，先把他押下去，嚴加看管。」
楊麒象死狗一樣被拖了出去，丟進了大牢，暫時保住了性命，林日瑞在楊麒拖下去後，憂心忡忡，以前敵人再多，有後方源源不斷的支援，依靠完善的城防，他從沒懷疑敵人可以從他手中攻下關隘。
可現在敵人從後方來，嘉峪關再險，沒有了補給也只會活活困死，何況嘉峪關主要是防備外面的遊牧民族，面對後方來的襲擊，卻並非那麼牢不可破，林日瑞只得吩咐所有人加緊修建防禦工事，隨時準備迎戰來犯的唐軍。
可他們等來的卻不是唐軍，竟然還是蒙古人的侵襲，崇禎八年的六月，原林丹汗的手下大將貴英率軍一萬人再次進犯嘉峪關。
林丹自從被皇太極擊敗後，率眾十餘萬人逃亡，到達青海後，尚有二萬精銳戰士，林丹還想依靠這兩萬戰士東山再起，為了能夠籠絡住人心，他只得向嘉峪關進攻，可是面對這天下雄關，林丹只能損兵折將，眼看部眾越來越少，再也沒有機會向他的大敵皇太極尋仇了，林丹一病不起，丟下了他重建大蒙古的希望，撒手而歸。
林丹的部眾由他手下大將貴英接管，此時離林丹逃到青海已有兩年了，他們以前帶過去的各種日用品早已用完，其它東西尚可忍受，唯有鹽茶兩項不可或缺，沒有茶葉，肚裡的油膩不能去除，長期會造成便秘，拉稀，沒有鹽，會變得手軟腳軟，全身都沒有力氣。
但嘉峪關的可怕已讓蒙古人有了恐懼心裡，林丹汗數次率軍也沒有攻下，他們更不敢造次，他們只能依靠走私販子運來的少量鹽茶苦苦支撐，到現在再也支撐不下去，沒有這兩樣東西，他們只能慢慢等死，那還不如博一把，能死在馬背上也算死得其所。
林日瑞率軍登上了十餘米高的城樓，嘉峪關城由內城、外城、城壕三道防線成重疊並守之勢，壁壘森嚴，與長城連為一體，形成五里一燧，十里一墩，三十里一堡，一百里一城的軍事防禦體系。現在關城以內城為主，以黃土夯築而成，西側以磚包牆，雄偉堅固。內城開東西兩門，東為「光化門」，意為紫氣東昇，光華普照；西為「柔遠門」，意為以懷柔而致遠，安定西陲。
門台上建有三層歇山頂式建築。東西門各有一甕城圍護，西門外有一羅城，與外城南北牆相連，有「嘉峪關」門通往關外，上建嘉峪關樓。嘉峪關內城牆上還建有箭樓、敵樓、角樓、閣樓、閘門樓共十四座，整個建築佈局精巧，氣勢雄渾。
登上關樓遠眺，長城似游龍浮動於浩翰沙海，若斷若續，忽隱忽現。塞上風光，奇特景色，盡收眼底，可城下萬餘名蒙古士兵的呼呵聲卻給這美麗的景色憑添了無數的殺氣。
城下的蒙古人已開始進攻了，他們一部分人下馬，扛著簡陋的雲梯就往上爬，其他的蒙古人一邊騎馬飛奔，一邊取箭向城樓攢射，城樓的明軍也開始了猛烈的還擊，箭像雨點般向蒙古人落去，在蒙古人中間濺起了一陣陣血雨。相反，蒙古人的箭支對明軍卻沒有什麼傷害，箭樓太高了，蒙古人的箭飛到明軍跟前時，箭的力道已盡，明軍用刀稍微一拔就可以打落，只有一些特別力大的蒙古人用的強弓可以給明軍造成傷害。
城牆上的滾石也開始往下砸去，蒙古人所做的雲梯甚是粗糙，只要多被幾塊石頭砸到就會散架，不過，現在的石頭大多數砸在爬牆的蒙古人身上，一個個腦漿迸裂，有的連慘叫聲都沒發出，一聲不吭倒了下去。
很快城下就倒下了數百具蒙古人的屍體，蒙古人卻像發瘋了似的，一點也不在意傷亡，反而加大了攻擊力度，又有一批製造粗糙的雲梯搭上了城牆，城下密密麻麻的擠滿了蒙古人，明軍毫不客氣，箭支，石頭，火油一刻不停的往下傾倒，火油倒在蒙古人的身上，讓他們痛的哇哇狂叫，隨即被明軍拋下的火把點燃，沾到油的蒙古人立馬變成了一個個火球，在地上滾來滾去，妄圖把火撲滅，卻只能圖勞無功，很快火焰吞沒了他們的全身，還有很多雲梯也被點燃，城下成了一片火海。
這種打擊挫傷了蒙古人的勇氣，何況城下一片大火，也不利於進攻，蒙古人終於撤退，留下了一千多具屍體，城樓上的明軍也累得坐了下來，剛才蒙古人的進攻太猛烈，所有人都拚命向城下丟東西，此時蒙古人退後，他們才感到了累。
蒙古人半天就遺屍一千多具，這種攻擊強度只有次林丹率軍兩萬多人時才有，現在他們只有一萬來人，一次就死了十分之一，還一點退意也沒有，看來他們這次是要拚命了，林日瑞吩咐士兵好好看守後，和郭天吉一起回到將軍府，等火焰熄了下去，天就要黑了，今天蒙古人是暫時不會攻擊。
外有強敵，內無援兵，還有另一強敵在虎視眈眈，嘉峪關此時已到生死關頭的時候，若是一個處理不好，嘉峪關就要面臨著建成以來一百年首次破城的記錄，返回了將軍府，林日瑞向郭天吉問道：「城內糧草可有短缺。」
郭天吉道：「大人放心，城內糧草足夠三月所需，只是守城用的火油有所缺泛，若以今天的強度來看，只要再用兩次就沒有了。」
火油是守城最有用的武器，沒有了火油守城再也不會像今天這樣輕鬆，林日瑞毫無表情，問道：「那其它物質缺不缺。」
郭天吉道：「箭支尚有四萬餘支，兵器刀槍有六千餘把，足夠將士們使用。」
林日瑞點了點頭，再也不說話，郭天吉幾次張口欲言，還是沒有說什麼，見林日瑞在沉思，道：「若大人沒有其它吩咐，屬下告退了。」
林日瑞道：「好，吩咐大家晚上加緊戒備，防止蒙古人晚上摸城。」
郭天吉應了一聲：了下去。郭天吉本來有太多話要問，就算打退了蒙古人的這次進攻，唐軍要是再來怎麼辦，或者還沒有打退蒙古人的進攻，唐軍就來了怎麼辦，唐軍就是不來，三個月的糧草吃完，又何去可從，但他還是沒有問出來。
天一黑，城下的大火已經熄滅，蒙古人一改以往夜裡不攻城的習慣，摸黑強攻起來，明軍在黑夜，準頭大失，竟然有幾處讓蒙古人悄悄爬了上來，雖然上來的蒙古人馬上被明軍殺死，但蒙古人卻大受鼓舞，更加瘋狂起來，整整一夜，明軍都沒有得到休息。
第二天，蒙古人剛剛退下不久，又開始了進攻，這次從早到晚蒙古人進攻了一天，又在城下丟下了一千多具屍體，天黑了才退下，若是往常，蒙古人受損這麼嚴重，早就退兵了，可是蒙古人就在城下生起火來，一點要離去的跡象也沒有。
晚上，蒙古人趁著黑夜，悄悄的靠近了城牆，被明軍發現後，乾脆又開始了強攻，到了第六天，明軍的火油早已用完了，蒙古人經過五天捨生忘死的進攻，這天的攻勢依然未減，他們臉上一片崢獰，向城牆撲了過來，明軍大部分人都已五天沒有合眼了，手裡的刀都舉不起來，眼皮一直在打架，蒙古人也雙眼血紅，他們畢竟人多，又是攻城一方，可以輪流休息，狀態要比明軍好一點，但要爬牆，損失了更多的體力，剛好和明軍拉平。
已有蒙古人爬上了城牆，雙方在城牆上舉著刀搖搖晃晃的拚殺，就像兩個醉漢在打架，林日瑞將他將軍府中的所有護衛派了上去，堪堪將城守住，到了天黑，蒙古人終於受不了，許多爬牆的蒙古人爬著爬著，沒有受到明軍任何打擊，就直接栽了下去。貴英睜著血紅的雙眼還在大喊：「殺，殺。」
他的部下將他扶了下去，一到帳篷就倒地睡了下去，貴英作為主帥，五天五夜照樣沒有合眼，蒙人終於退了下去，雙方雖然都是疲累已極，但蒙人要爬十多米的高牆太過吃虧，若還要打下去，上面就是沒有明軍也不知有幾個人能爬上去。
見蒙古人退下去，明軍也都一頭倒下，躺在城牆上就呼呼大睡，再怎麼叫也叫不醒，林日瑞站在城頭，彷彿成了一尊塑像，得知蒙人連夜攻城，他跑上城牆就一直站在那裡，五天來甚至位置都沒有換，一直鼓舞著官軍的鬥志。
他的親兵走了上來，搖了搖他，道：「大人，蒙古人也累得不行，短時間不會再攻了，可以休息一下。」
林日瑞好像才反應過來：「哦，是嗎。」直挺挺的倒了下去，親兵嚇了一大跳，摸了一下他的鼻息才知道他睡著了。