歸化城本就是土默特部所築，明隆慶六年(公元1572年)，阿拉坦汗和王妃三娘子開始共同主持修建一座名叫庫庫和屯的城池。庫庫和屯城進人施工階段後，王妃三娘子是主要的主持者，萬曆三年，城池建成，大明朝庭賜名為歸化城，這座城池是模仿元大都的樣式修建的，有8座樓和琉璃金鑾殿。
在修建歸化城時，阿拉坦汗已經進入老年，並且疾病纏身。三娘子積極輔佐丈夫處理各種事務。萬曆九年(公元158l羊)，阿拉坦汗和三娘子再次擴建歸化城，又修築了一座規模宏偉的外城。
當時歸化城的城牆全部用青磚砌成，遠遠望去一片青色。因此，有人說青城之名便是由此而來。萬曆六年．阿拉坦汗在青海向達賴三世許願回來後，開始和三娘子共同主持修建弘慈寺，（現在的大召寺），兩年後竣工，並花費巨額白銀鑄成一尊巨大的釋迦牟尼佛像，由達賴三世親自前來開光後供奉在寺內。這座城成了土默特部的聖城。
天啟七年(公元1627年)，察哈爾部林丹汗攻下歸化城，奪取了銀佛寺，林丹汗對這座城市很是重視，把他當成蒙古人可以侵入大明的最重要基地，林丹汗本人多次駐紮在這裡。
崇禎五年（公元1632年），皇太極戰敗林丹汗，追到歸化城後縱火燒城，對銀佛寺卻倍加保護。林丹汗逃走後，這座城市又回到了土默特部手中，很快，所有的土默特人都聚集在城內，由於感激皇太極幫他們奪回了自己的聖城，土默特部是草原除了科爾沁外最鐵桿的盟友。
闖軍要想拉攏分化蒙古各部，使他們不為滿人所用，最好的打擊對像當然是科爾沁，但科爾沁在靠近吉林一帶，闖軍鞭長莫及，只好選擇土默特。
歸化城的地位如此重要，但蒙古人的築城技術實在是不行，加上剛剛遭到後金的一場大火，到處都還火焚燒的痕跡，雖然外牆沒有損壞，但陝西的一個稍大一點的縣城都比得上它。
此時歸化城中有四萬多部民，這幾乎是土默特部的全部人馬了，本來歸化城中沒有這麼多人，但闖軍外圍的掃蕩，做得再隱秘，還是讓許多部民得到信息，逃了進去，但城中人數雖多，蒙古人也經常有全民皆兵的做法，城中真正的戰士只有不到三千人，其它精銳戰士都被和布石圖帶走了。
大明太祖，成祖兩人多次派兵殺入草原，當時兩個民族仇深似海，根本沒有緩和的餘地，明軍對蒙古人也絲毫沒有手軟，不知有多少個部落在明軍的打擊下消忘，但自土木堡之變後，大明的皇帝都成了躲在紫禁城裡的膏粱子弟，再也不能統軍，而文官們也不讓皇帝親自統軍打仗，大明的後代是一代不如一代，除了一個正德皇帝還帶著大軍來到草原溜躂了一圈外，蒙古人從來都不用擔心大明的軍隊進入草原。
歸化城中的土默特部見闖軍兵強馬壯，派出使者想求和，在蒙古人看來，漢人經常會做一些莫名其妙的事，有時你打了他，搶了他的東西，只要服一句軟，漢人就會把蒙古人的仇恨忘記，還會賞賜許多財物。
這次闖軍突然出兵，土默特部還以為是哪個部落的大汗進了關內得罪了闖軍，心想只有說上幾句軟話，送上幾頭牛羊，闖軍自然會撤走，哪知幾個蒙古使者來到闖軍營房，還沒見到主帥就會喝令綁了，每人重打三十軍棍，打得幾個蒙古使者哭爹喊娘。
打完之後，闖軍馬上就給使者下了最後通蝶，要求明天投降，不然闖軍馬上要攻城，幾個使者回去一說，蒙古人面面相覷，漢人不是最講禮嗎，使者怎麼會挨打，但已無他法，讓蒙古人不戰而降是絕不可能的，只能守城。
李鴻基對蒙古的使者見也不見，直接打出去，闖軍原先跟隨李鴻基的各人都紛紛叫好，只有洪承疇勸了幾句，說這樣做太過野蠻。
李鴻基正色地道：「洪愛卿，野蠻和文明也要看對象，若對文明人當然不然這樣做，但蒙古人殺入漢人領地的次數數也數不清，被他們殺死的婦儒小孩更是無數，就是現在，蒙古人跟在後金的背後在山西燒殺搶掠，這種人必須野蠻對待，何況蒙古人殺害大明的使者還少嗎，我不殺他們已經是文明了。」
洪承疇想起蒙古人多次侵入內地向朝庭討要封賞，朝庭給的稍不滿意，派出的使者不是被殺就是被殘去肢體，以至於每次和蒙古談判，使者都膽戰心驚，無人敢往，洪承疇再不相勸。
闖軍出關總共有十二萬大軍，加上草原上收編的蒙古各部，此時已有十三萬人，闖軍進入草原的消息已洩露，李鴻基怕其它部落逃入草原深處，李鴻基留下九萬人圍住歸化。另外派出四個野戰軍，要求在一月內，橫掃了草原上千里，凡是出兵和皇太極進入長城的部落都要掃蕩，然後回歸化城會合。
闖軍雖然城下有九萬人，其實正規軍只有二萬多，還有一萬是地方守備軍，民夫有五萬多，不過對只有四萬人，兵只有三千的歸化城來說已經足夠，只要攻下了歸化城，派出的四個軍能按時歸來，就是滿蒙聯軍全部殺了回來，李鴻基也有信心讓他們在歸化城下吃盡苦頭。
闖軍的四個軍分成數個方向在草原掃蕩，每個軍中都有二至三千蒙古人，他們都是小的部落，以前受林丹汗的欺壓，滿人將林丹汗趕跑後，又受投靠後金的各部欺壓，這次闖軍大舉壓境，迫不得已只能投靠闖軍，但對能夠打擊以前欺壓自己的部落卻沒有反感，許多人還是認為闖軍總要回去，這次打下的草場就會歸自己了，許多蒙古人比闖軍還要賣力。
崇禎七年的七月，注定是一個流血的月份，不但大明王朝在滿蒙聯金下流血，那些進入中原的蒙古人家鄉也在流血，一報還一報，只是這個報應來得太快了點。