送走了郝搖旗，李鴻基也把目光投向太原，巡撫宋統殷見太原危急，此時太原下屬縣郡除了西邊的清徐縣，其餘縣城都被義軍攻破，忙將副將吳才率精兵五千人，星夜前往清徐扼守。
此時高迎祥部眾已發展到了三十萬，除老弱外，精銳之士不下六萬，吳才也不是什麼將才，果然合了他的名字無才，見義軍聲勢浩大，哪敢守城，義軍剛到沒幾天，便棄了城池，向太原逃去，不妨與張獻忠相撞，吳才更是大驚，打馬便逃，主將沒信心，官兵的士氣自然也高不到哪兒去，幾乎是一觸即潰，吳才由太原帶出去的五千大軍，只逃回了不到千人。整個太原城頓時被義軍圍了個水洩不通。
宋統殷又急又怕，看見吳才那種狼狽不堪的樣子，恨得咬牙切齒，直接把他推出轅門斬首，然後吩咐各將緊守大門，嚴令出戰。
太原是晉王番封重地，太原被圍，朝庭振動，崇禎嚴令曹文詔加快速度，去救太原，曹文詔不敢怠慢，一路上攻城拔地，收復了永守，澤洲等城，向太原的外圍壽陽逼近。
高迎祥不敢放鬆，曹文詔是有名的智勇雙全的大將，當時軍中流傳一句話，叫：「軍中有一曹，義軍見了心惶惶。」高迎祥手下多數被曹文詔敗過，死在曹文詔手下的義更是數不勝數，其手下眾將都有懼意，不肯前去守城，其中只有王自用，王嘉胤，老回回馬守應，滿天星先已入山西，錯過與曹文詔交手的機會，見其他人都害怕，主動請求前往，高迎祥大喜，調給四人一萬精兵，前住壽陽。
安排好了壽陽人選，高迎祥不敢怠慢，馬上向太原進攻，巡撫宋統殷知道太原是晉王番封重地，朝庭肯定會發兵來救，雖然斷了與外面的聯繫，但打定主意死守，不理外面義軍的嘲罵，高迎祥無奪，只得傳令全力攻城。
王自用四人到了壽陽，高迎祥本要求他們死守，若能先拿下太原，把晉王處死，曹文詔救援不及，恐怕不需義軍來攻，朝庭自會拿他定罪。
本來壽陽縣雖小，但作為太原的屏障，城池高大，若四人真個死守，城內一萬多精兵，曹文紹還真不容易拿下來，無奈高迎祥只看過四人對曹文詔沒有懼怕心理，卻沒有想到四人是不知天高地厚之徒。
曹文詔見壽陽城高，兵精糧足，若要強攻，損失太大，也非短期能夠攻下，故意讓老弱兵卒天天在壽陽城下叫罵，四人果然受不得急，第三天，王自用四人就大開中門，率領精兵將曹文詔罵陣的部隊殺了個七零八落，還連追十里，被曹文詔用精兵團團圍住，義軍拚命殺出重圍，儘管義軍都是精銳，但曹文詔的大軍也都是精兵強將，滿天星更是被曹文詔的侄兒曹變蛟一刀斬為兩斷。
王自用三人也各自帶傷，一萬精兵只逃回了三千，壽陽也被曹文詔奪去，自此，高迎祥的義軍中再也沒有將領還末在曹文詔手下敗過。
這些天，高迎祥日夜不停攻打太原城，城外伏屍纍纍，太原不但城高牆厚，城頭還有五門紅衣大炮，架在城頭，射程達十三四里，而且都是開花彈，一炸就是一大片，義軍紮營都得遠遠避開大炮的射程，搞得義軍的進攻鬱悶無比，進攻也不得不避開有大炮的地方，還好城中大炮不多，否則就根本沒法進攻了。
高迎祥正在進退兩難之際，王自用三人狼狽而回，高迎祥大驚，這麼快就丟了壽陽，詢問了一下丟城經過，高迎祥大怒，指著三人大罵：「我叫你們死守，死守，什麼叫死守，來人，將他們推下去全砍了。」
王自用三人大聲求僥，羅汝才，張獻忠等人也有免死狐悲之感，這些人都是自領一營或數營，若也像官軍一樣，丟城就處死，那以後輪到自己怎麼辦，紛紛向高迎祥求情，暫且僥了他們，以後帶罪立功。
高迎祥見眾人求情，餘怒末消，道：「既然眾人求情，死罪可免，活罪不赫，來人，把他們拖下去每人打二十大板。」
親兵將三人拖了下去，不久就聽到啪啪的大板聲，夾雜著三人的痛叫，張獻忠等人都聽得心驚肉跳，暗暗尋思：「人在屋簷下，不得不低頭，以後還是得尋個機會自立才是。」
高迎祥見丟了壽陽，太原又非短期可以攻下，若大軍在堅城之下，曹文詔再一堵住退路，那全軍可就死無葬身之地了，心中已有退意，和眾將商議，下步將何去何從。
張宗衡、許鼎臣兩人因爭將遲疑不決，被義軍趁機壯大，還圍攻太原，受到崇禎嚴厲指責，兩人知恥後勇，張宗衡飛調左良玉，虎大威，艾萬年，猛如虎及副將頗希牡等各鎮大兵，以及宣府，大同兩處的兵馬，陸續出發，往救太原。
許鼎臣亦遣副將張應昌，督率撫標人馬，前來夾攻，和剛破壽陽的曹文詔組成了一個半圈，隱隱要把義軍在包圍在太原。
高迎祥大驚，趁著官軍還末合圍，急忙向和順縣城方向退去，太原之圍遂解，曹文詔等人率兵緊追不啥，高迎祥斷後的部隊被殺的七零八落，高迎祥立不住腳，大敗，只得往河南退去，整個山西被官軍次第撫平。
高迎祥進入河南，一舉拿下盧氏，欒川等縣，都督鄧祖禹率總戎張全昌、副將楊世恩、先鋒鄧天河、參將李文雲、游擊朱世盛、以五千人前來迎敵，高迎祥恐曹文詔追至，不敢迎戰，被追殺二十里。
高迎祥還想再退，其部下老回回馬守應道：「我軍新來河南，若是一退再退，恐不等曹文詔來，我軍就站不住腳了，不如先戰一場，若再戰不勝，走未晚也。」