這時，忽然天上傳來一聲鶴唳，一個白衣童子跨白鶴而來。孔宣幾人首先飛到空中迎接，正是白石的童子玉笙。
軒轅見孔宣等人率先出迎，就知道是玄天宮中傳來的旨意，馬上帶著人族跪下，聽候聖父法旨。
玉笙童子也不下到地面，便在白鶴背上宣旨，令軒轅遷九黎八十一部出山，而蚩尤等人，雖發動大戰，罪無可恕，但情有可原，讓孔宣等人將五人帶回蓬萊，聽候處置。
人族雖然痛恨蚩尤，發動大戰，讓自己失去了親人，但是所有人也都知道，如果不是聖父門下弟子的話，人族可能一敗塗地。既然聖父傳下旨意，自然沒有任何異議。
原來后土和女媧在白石等人離開之後，看見下面兩軍大戰，九黎必無勝理。但是九黎一族畢竟是巫族的血脈延續，后土也不忍心讓他們從此就一直生活在那種險惡的環境之中。對於蚩尤等幾人，雖然后土覺得他們不該肆意發動大戰，但是他們那種為了巫族，捨生忘死的精神，還是讓兩個女聖人感動了一下，覺得就這樣死了實在是可惜。女媧對於這些倒是沒什麼意見，自然贊同后土的處理。於是兩人來到蓬萊，與白石的了因分身商談關於蚩尤等人的處置之法。了因也不會讓兩人不快，便讓童子來到人界傳訊，將他們帶回。
孔宣等人帶著碧霄，蚩尤幾人回到蓬萊之後，了因便讓毓竹安排，將幾人帶到地府之中交給平心娘娘處置。平心娘娘知道幾人的來歷，對他們大力振興巫族的志向暗暗讚賞，便令九鳳化作孟婆，守在奈何橋頭，專門為鬼魂洗去前世的記憶，蚩尤等人則分任閻羅，各掌一殿。
孔宣擒拿住天魔之後，用神念得知尚有一個分身深藏在血海深處，孔宣也無法從偌大得血海中將他找出，只好稟告了因道人，任憑了因處置。
因為白石本尊尚在天外與聖人打鬥，不能用混沌珠滅掉天魔，但蓬萊島中央的懸空島內也有充沛的混沌之氣。了因便將天魔禁錮在此，並設下一陣封印之陣，將天魔封印在此，讓那混沌氣慢慢磨去天魔的修為，最終將他滅掉。
軒轅將人界統一之後，那些大的部落在這次的大戰中，都受到了不少的損失，元氣大傷。而有熊部落因為得到孔宣等人的保護，相比之下實力遠遠高於別人。在軒轅手下大將常先等人的提議下，各族紛紛歸順，自願成為軒轅的臣子，從而結束了以前那種鬆散的部落結構，確立了軒轅的統治地位。
軒轅將統一的人族稱作，之後，軒轅將各族聚集在一起，各種資源也得以統籌分配，減少了很多的浪費。人族又以極快的速度迅速的發展起來，幾十年間，便恢復了大半的元氣。但是這個時候，所有的人，都不再以部落為主，而是自覺的稱自己為子民。
軒轅為百姓披荊斬棘，開山通道他的足跡東到渤海，登丸山和泰山，西邊到崆峒，登雞頭山，南到長江，登上熊山、湘山，北邊驅逐葷粥，與各部落首領在釜山合符。他在涿鹿的廣平山下建立都邑，周圍守衛著軍隊；用雲來命名官員的職位，設五種官職分別管理天、地、神、祗和物類，使各司其序，不相混亂。軍隊稱雲師；設立左右大監，以監察數以萬計的大小部落；親自主持對鬼神山川的祭祀封禪之禮；立寶鼎，用蓍草推算曆法，預測未來的節氣朔望；任用風後、力牧、常先、大鴻等賢能之人治理國家；順應天地四時的輪迴，遵循陰陽五行的變化，服從生死存亡的道理。
黃帝和妻子嫘祖身體力行，帶領百姓開墾田地，播種百谷草木，植桑養蠶，用德行教化天下，勤勞心力耳目，節用水火財物，使人民安居樂業。
軒轅見人族漸漸興盛，就知道自己離去之日已經不遠了，於是他四處巡遊，選擇自己的繼任者。
顓頊是軒轅與嫘祖之子玄囂所生，聰明敏慧，有智謀，在民眾中有很高的威信。他幼年曾去叔父的「少昊之國」遊玩,10歲時就幫助治理國政。20歲時當了首領。當時,搬遷到平原之上的九黎族依然敬奉他們的巫教,崇拜鬼神。顓頊成為少昊首領之後,便下令禁絕巫教,要九黎族遵從軒轅的教化。他又重視人事治理,努力發展農業。他在任部落首領的期間，傾項視察所到之處，都受到部落民眾的熱情接待。
軒轅在巡遊中，發現了顓頊的才能，雖然顓頊是他的孫子，但是所有人都不是因為顓頊的身份才認同他，這也堅定了軒轅傳位給顓頊的決心。
軒轅將一些治理國家的方法教給顓頊之後，便慢慢的放開手中的權力，讓顓頊一步步的去實踐中獲得經驗。同時也給軒轅留出了更多的時間，讓他來參悟天道。
顓頊不愧是軒轅看重的人，在軒轅離開的時候，他仍然將整個人族的事務處置的井井有條，一些本來不怎麼服氣的老臣也漸漸改變了看法，一心一意的幫助顓頊，治理起整個人族。
這天，軒轅從靜室中出來，哈哈大笑，狀極歡愉，眾人急忙詢問緣故，軒轅不答，只是下令，讓顓頊接任人主，眾人才知道，軒轅離開的時候到了。
這時天空傳來陣陣異香，眾人抬頭望去，只見伏羲皇，神農皇聯袂乘坐輦車而來，輦車前由數條飛龍拉車。人們見到這些景象，紛紛下拜。伏羲大笑道，「恭喜皇弟歷盡塵劫，證得人皇。」
軒轅深深一禮，「勞駕皇兄前來接引，小弟愧不敢當。」要論輩分得話，從白石那裡算起，三人得輩分相差甚遠，但是一旦成為人皇，就是不死不滅得存在，雖然必起修為來，神農與軒轅遠遠落後在伏羲之後，但是彼此卻能以兄弟相稱。
伏羲一笑，「皇弟還不歸來，更待何時？」
軒轅亦笑，「俗事皆了，正要與兄長同去。」說罷便飛身而起，天上降下大片得功德金光。軒轅證得人皇，修為又連上幾層。
三皇伏羲居中，左邊是神農，右邊軒轅。人族見三皇同現，同時下拜，三跪九叩。三皇處射出點點光點，落在人界各地，凡是被光點接觸到的，病者去盡沉痾，老者退去華髮，幼者身輕體健。
三皇相視一笑，功德圓滿，無限歡欣，架起龍輦，往火雲洞飛去。