軒轅本來就是聖父門下，並且得到神農丹道傳承，雖然神農臨走之時並沒有明言，但是人族大部分部落都把軒轅當成了人族下一個人族共主，只不過沒有誰明確說出來，大家也都想看看軒轅的本事。
有一次，有熊部落捕獲了一匹野馬，每當人們接近它時，它就前蹄騰空，昂頭嘶鳴，或把後腿崩起，但它並不傷害人和其它動物，只以草為食。當時人們都還不認識這種動物，便把軒轅請來辨認。軒轅觀察很長時間，也未能認出是什麼動物，只讓大家不要殺掉，派馴養動物的能手王亥用木欄先把它圈起來。
過了一段時間，王亥發現欄杆外邊又來了幾匹這種紅色的野馬，它們對著欄杆內的那匹野馬叫個不停，不肯離開。過了一天，王亥把木欄門打開，不料外邊的好幾匹野馬一下子都衝進木欄，和圈在欄內的野馬混在一起，互相嘶叫了一陣，然後又都臥了下來。王亥把欄杆門關住，用割來的草餵它們。過了不長時間，其中一匹馬突然生下了一隻小馬駒。王亥高興極了。消息傳開，人們也都紛紛前來觀看。這些野馬和人接觸的時間一長，好像發現人類並不想傷害它們，所以在人面前也不驚慌，變得十分溫順。特別是小馬駒，很喜歡和人在一起玩耍。
有一天，王亥餵過馬後，牽出一匹性格溫順的馬，縱身跳上馬背。馬一受驚，猛地四蹄騰空飛奔起來，把毫無精神準備的王亥一下子拋下來跌了個仰面朝天。等王亥從地上爬起來，馬已跑得很遠了。王亥站起來望著越跑越遠的馬，心裡十分著急，以為它再也不會回來了。正要往回走，不料，這跑得很遠的馬，又扭頭跑回來了。王亥高興極了，忙把馬引進欄杆內圈好。後來他想出了一個辦法，用桑樹皮擰成一條繩子，把馬頭綁好，慢慢牽出來。然後又跳上馬背。馬仍像頭一次一樣，四蹄騰空，飛奔起來。這回王亥吸取了上次教訓，一隻手緊緊抓住綁在馬頭上的繩子，另一隻手又緊馬鬃，任憑馬怎麼飛跑，王亥總是不鬆手。跑了一陣後，馬的速度減慢下來，直到馬不再跑時，王亥這才勒過馬頭，緩緩地騎著回去。
在後來一次常先騎著馬射死一直鹿以後，大家認識到了馬的巨大作用，不僅可以用來馱東西，還可以騎著戰鬥。
後來有一天，山洪突然暴發。洪水像一頭猛獸，橫衝直撞，滾滾而下，把半山坡上群民的房屋、生產工具和食物沖得一乾二淨，連正在山上伐木造房的共鼓，也被洪水捲走了。
卻說共鼓和朋友狄貨被洪水一直衝下山，捲進一條大河裡。他們兩人抓住漂浮在水面上的一棵大樹，始終沒有放開。當他兩緩過氣來發現洪水不論怎樣上漲，這棵大樹始終浮在水面上沉不下去。原來，這棵大樹半面子都是空的。大浪擊來，只把大樹翻個過，仍照樣地浮在水面上，始終沒沉下水去。
共鼓和狄貨坐在空心樹的兩端，把樹身穩住，就這樣聽天由命地漂，由於沒有東西吃，他兩餓得昏了過去。當他們甦醒過來時，洪水不知啥時候已經退了，他們乘坐的大樹已被夾在河邊一塊巨石縫裡，他兩又飢餓又疲勞，連說話的力氣都沒有了。這時幸虧有一個部落打獵的隊伍經過這裡把他兩救了出來。得救之後，共鼓和狄貨問起那些當地人，才知道離開有熊部落已經不知多遠了，兩人也不知道回去的路。沉默了很長一段時間，共鼓突然對狄貨說：「咱兩既然能扒著大樹漂流到這裡，難道就不能扒著這棵樹再漂去?」
狄貨覺得他說的話很有道理。於是，他兩便動手把夾在石縫裡的大樹使勁拖出來，又用樹皮擰了一條長繩，先把大樹一頭拴住，然後把大樹使勁拖出來，又用樹皮擰了一條長繩，先把大樹一頭拴住，然後把大樹推進河裡，共鼓牽著繩子的另一頭往前走，大樹也順水移動，共鼓又讓狄貨坐上去，自己牽著繩子走了一段路，同樣證明大樹在水裡不會沉下去。兩人這才借來了刀、斧等工具，把大樹兩頭修理了一番，又從當地群民那裡討了一些吃的東西帶在身邊。一切準備停當，他們便告別了當地人，冒著生命危險，登上了這棵空心大樹，費了九牛二虎之力，經歷千辛萬苦，終於回到了有熊部落。
從此，人類就有了船，以前不能到達的江河現在也不再成為人類的阻礙。
有了馬與船之後，有熊部落就比別的部落多了兩種交通工具，在以後的狩獵以及與外族的爭端中佔了很大優勢，漸漸周圍的部落都願意歸附到有熊部落。等馬和船傳到別的部落以後，那些觀望的部落也都逐漸與有熊結盟。有熊氏的實力一天比一天大起來。
軒轅在得到神農的丹道之法後，又結合自己從玄天道學到的煉丹術，總結出一整套適合人類的醫藥寶典，作《黃帝內經》。並定下歷數、天文、陰陽五行、十二生肖、甲子紀年等等規矩。
神農雖然教會了人族種植，灌溉等，讓人族不在收到飢餓的威脅，但是那都只是一些簡單的方法。
而軒轅不同，他從老師那裡學到的是完整、系統的農林牧耕之術，兩者之間的差別還是相當大的。軒轅在自己的部族中運用了老師教的方法之後，發現比起以前的收穫不知大了多少。等到軒轅把這些東西傳到各個部族之後，所有的人類都承認了軒轅的地位，便是有史以來，第三位人族共主。
成為人族之主後，軒轅開始了一系列的動作。他劃野分疆，八家為一井，三井為一鄰，三鄰為一朋，三朋為一里，五里為一邑，十邑為都，十都為一師，十師為州，並全國共分九州。
他在部落內部提出「六禁重」，「重」是過分的意思，即「聲禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重」，要求所有人節簡樸素，反對奢靡。提出以德治理部族，「修德振兵」，以「德」施天下，一道修德，惟仁是行，修德立義，教養百姓九行，即孝、慈、文、信、言、恭、忠、勇、義。在使用人才上，訪賢、選賢、任能，因才使用。實行以法治理，設「禮文法度」、「治法而不變」，命力墨主管刑罰，對犯罪重者判處流失，罪大罪極者判處斬首等。