在秦小白的全力推動下，用股權分配的方式，將周水聯盟的內部各個產業進行了一次全面的利益協調。周水重工、周水造船廠、周水礦業、周水藥業、周水車業、周水航運一、周水航運二這種股權方式雖然更複雜，但是能夠讓聯盟內部各個派系的利益更加平衡，把近十萬玩家的經濟利益緊密的連在一起。
在完成了經濟利益分配之後，秦小白開始在周水聯盟內部的權力分配上，也進行了一些局部的改進。
聯盟議會依舊是最高的政權機構，集行政權、制度制定權、軍權為一身。
依舊是一名議長，三名副議長。但是議會代表，則由各個行業代表，變成了改股之後各個大型工廠、商業企業、軍隊的代表。最大的改變，還是軍隊的權力分配。
周水安全部一直是5大軍團32名行司馬的模式，進行軍權運作。
不過這種簡單的軍權分配方式，已經無法滿足周水聯盟進行一場全面作戰的需要。隨著周水的軍隊編制擴大，各個兵種增加，軍權分配上顯得有些混亂，誰應該出任什麼位置，都沒有明確的規章制度。5大軍團之間相互爭權，爭功勳的事情時常發生，這直接削弱了周水聯盟的整體戰鬥力。
秦小白要解決聯盟內部的派系山頭，軍權是其中地重要一個環節。
他跟安全部的千里不留行、成者為王、血殺、神王、拔劍問天這五位軍團長，以及五個軍團的眾行司馬玩家們集體商議。眾人同意對軍隊進行改革。決定將安全部正式更名為軍部。
秦小白笑道：「軍部隸屬於聯盟議會，根據聯盟議長的指令進行設立。我看，軍部暫時一共分為：最高統帥部、總參謀部、總後勤部；二個獨立軍部：陸軍部、海軍部；三個獨立戰區：周水軍事基地、塘沽口軍事基地、旅順口軍事基地。」
眾首領們靜靜的聽著。他們都很清楚，小白老大對利益分配進行洗牌之後，接著又繼續對聯盟軍權的改組，無疑是要將五個軍團派系進行一次全面的洗牌，減少內部地潛在消耗。這此洗牌直接涉及到眾人的利益。但是誰能得益。誰會受到損失，就不好說了。他們每一個人都必須打起十足的精神，考慮小白老大的每一句話。小白對軍部的劃分，顯然是以職能基礎，而不是以派系為基礎。
秦小白一一打量著眾人的神色，繼續說道：
「下面，我提議一下各個部門的職權。最高統帥部：統一指揮周水聯盟軍隊，擁有最高軍事決策權。擁有各級軍官的人事調動權。由我出任統帥。千里不留行、成者為王、血殺、神王、拔劍問天，你們五位一同出任五副統帥。你們每人一票，我二票，六人七票一起作出戰略決策。四票便能通過一項軍事決策，也能否決一項軍事決策。另，我個人單獨擁有否決權。」
千里不留行等五人明顯地鬆了一口氣。小白擁有地軍事權力依舊像以前一樣強大，但是這次改革至少他們幾人的權力基礎沒有被完全削弱，依舊擁有僅次於小白的軍事決策權。他們中的四人合起來，擁有決策否決權。
他們暗暗鬆了一口，但是其他的行司馬卻並沒有因此而樂觀。軍權的變動才剛剛開始。
秦小白繼續道：「接下來。是總參謀部。總參謀部，負責各項戰略、戰役計劃，擁有戰術指揮權。總後勤部負責軍隊的後勤保障。採購、供應、運輸等諸多方面，軍事次級中樞。這兩個部門都由最高統帥部任命，選舉五位副總統帥之一分別出任總參謀部長、總後勤部長。任期為一個月，允許連任。對於這兩個部門，大家認為由誰出任較為合適？」
秦小白說完之後。會議室內馬上有了反應。如果說最高統帥部是一級軍權的話。那麼總參謀部便是二級軍權，後勤部便是三級軍權。總參謀部。類似於過去的安全部長這個職務。
成者為王、千里不留行兩人，曾經在2月份、3月份先後出任過聯盟的安全部長，現在已經是4月，自然不能再由他們兩人出任總參謀長這個職位。剩下地，便是血殺、神王、拔劍問天三人，只有他們這三位副統帥有資格擔任這個職務。
其中地拔劍問天，是後勤軍團出身，是總後勤部長的合適人選。剩下的，只有血殺和神王，適合出任總參謀長。
血殺和神王雙方的人馬都清楚這個規則，紛紛提議，由血殺、神王中的一個出任總參謀長。這雙方人馬爭執不下。秦小白也不方便直接進行任命，最後還是用眾人投票方式，來決定誰出任總參謀長。
血殺以多4票的微弱優勢，贏得了總參謀長的職務。神王一邊地人有些怏怏不樂，但是考慮到血殺擔任這個職務之後就是神王出任總參謀長，他們也沒有多說什麼。
血殺笑了笑，朝神王拱手表示承讓，然後朝秦小白道：「小白兄，總參謀長地權限，具體有多大？」
秦小白沉吟了一下，道：「這次軍事改革，是為了增強軍隊的作用，更加有效地進行作戰。最高統帥部下達戰略目標之後，總參謀部立刻負責拿出方案，策劃、協調、指揮各個軍隊進行聯合作戰。總參謀部是策劃部門，最高統帥部是決策部門。從程序上來說，必須是最高統帥部軍令，才能調動一支軍級單位軍隊。總參謀部無權調動軍級單位軍隊。」
在場的眾玩家們聽完秦小白的敘述之後。馬上明白過來，總參謀部被定義成了一個輔佐機構，自身並沒有太多地權力，集中在最高統帥部。而最高統帥部的軍權又高度的集中在六人的身上。
血殺並沒有因為出任總參謀長而增加太多的作戰權力。
血殺點了點頭，道：「也就是說軍隊的作戰權力高度集中於最高統帥部。但是一旦發生戰爭，一道決策需要來回通過幾個部門，效率上恐怕很難保證這會不會有影響？」
秦小白並沒有做任何讓步。道：「這是保證最高統帥部權威的必要手段，對效率雖然有一定地影響，但這也是必須承受的，否則權力過度下放至總參謀部，戰爭的進展程度很容易失控。其他幾位副統帥以為呢？」
神王笑道：「我贊成小白老大的規則。」
隨後，包括千里不留行、成者為王、拔劍問天在內，等都贊同秦小白的這項決議，以免總參謀部權勢過大。造成血殺的權力膨脹。
這是一個微妙的平衡。如果是他們出任總參謀長。無疑會希望總參謀部的權力能夠大一些。可惜不是，現在是血殺出任總參謀長，他們只會希望總參謀部地職權能夠小一些，再小一些。
六人，必然有五人不贊成賦予總參謀部過大地權力。另外還有總後勤部，也同樣受到高度的限制。調度物資的權利集中在統帥部，總後勤部只是負責執行。
血殺對此心知肚明，也無法說什麼。
關於總參謀部和總後勤部的決議通過。血殺、拔劍問天擔任總參謀長、總後勤部長。
秦小白道：「接下來是二個軍部：陸軍部、海軍部。陸軍部，現在包括10支青銅騎兵（千騎）、1支步兵軍隊（萬人）。海軍部，現包括3支海軍艦隊。每支艦隊50艘鬥艦。我所說的軍級單位。便是指的10支騎兵、1支步兵、3支艦隊這幾支軍級軍隊。
這些軍隊分別部署在三個基地：周水基地、塘沽口軍事基地、旅順口軍事基地。周水軍隊基地，擁有5支青銅騎兵。塘沽口軍事基地，5支青銅騎兵、1支萬人步兵軍隊、2支海軍艦隊共100艘鬥艦4萬兵力。旅順口軍事基地：1支海軍艦隊，50艘鬥艦2萬兵力。」
說到這裡，他掃視了眾人一眼，忽然用冷峻的聲音道：「我知道在座的諸位兄弟都有一個習慣，那就是一旦自己出任某個重要的職務。馬上使用自己的嫡系人馬周水聯盟內部地各支軍隊。基本上被諸位地嫡系人馬給瓜分光了。」
這句話如同一個重磅深水炸彈，把會議室內的眾首領們給頓時炸的心頭一震。震驚驚訝的目光看著秦小白。這在周水聯盟其實是一種普遍的現象，他們並不擔心因此而受到什麼懲戒。但是誰也不知道小白現在忽然說這個是打算幹什麼，是想打破這種格局？採用新的秩序？他們無法猜透小白的心思，一時間心中忐忑不安。
秦小白一揮手淡聲道：「不用緊張。我並不反對這種做法，這很尋常，其實我自己也不自覺常常這樣做。使用嫡系，能讓我們在最短地時間內掌握局面，充分調動各方面地資源，這是這種做法的好處。壞處，便是每個人地嫡系多了，自然派系山頭太多，這很容易帶來太多的阻礙和對抗。任何一項政策，都可能遭到阻力。
我今天把這個問題挑明了，就是把一個規矩立起來。
有嫡系、有派系山頭，這個沒問題。但是必須服從調配，不能搞派系對抗。如果把某位兄弟調離了某個職務，那麼把你的嫡系人馬都帶走，換到新的位置上去，方便由續任的人全面進行接任。為了對各個派系進行激勵，需要加強各個部門的人員流動性，能者上，不能者下。最高統帥部要對每一支軍隊進行人事調動，希望在場諸位兄弟進行配合，不要因此而產生牴觸情緒。」
眾玩家們笑了起來。
山海大聲道，「小白老大嚇我一大跳呢，咱保證服從最高統帥部的安排。需要怎麼調動，只管說！」
秦小白點了點頭。
會議室內的眾人開始進行人事調動。每一支軍隊其實都已經有了指揮官，這次是對各個指揮官進行更換，避免同一名指揮官長期待在同一個位置上，缺乏激勵、晉陞、降級，造成懈怠。
經過一番調整。
陸軍部：暫無人選。由最高統帥部代行職權。
海軍部：暫無人選。由最高統帥部代行職權。
周水城寨，由「笑傲」出任防區指揮官，統領5支青銅騎兵
塘沽口城寨：由「紫雲」出任防區指揮官，統領5支青銅騎兵軍、1支萬人步兵。
塘沽口海軍基地，由「青衣如水」出任指揮官。「迷茫」、「無敵戰將」兩位屬於32名行司馬玩家，分別出任駐紮在塘沽口的海軍艦隊1、2編隊的指揮官。
旅順口要塞、旅順口海軍基地，由「流氓不是罪」出任防區指揮官，兼出任駐紮在旅順口的海軍艦隊3編隊指揮官。
經過一番調整之後，原先的五個大軍團派系山頭逐漸被打破分散，形成了單獨的小勢力，不再有明顯的界限。各個新上任的軍隊首領，開始前往周水、塘沽口、旅順口各地赴任，調回原先的指揮官。
最高統帥部、總參謀部、總後勤部的編制也開始建立起來，都設在塘沽口城寨內進行辦公。尤其是總參謀部和總後勤部這兩個部門需要大量招募玩家人員，進行擴編運作。
讓周水聯盟的軍部上下成員感到震驚的是，流氓不是罪才剛剛乘船抵達旅順口接替大鵬展翅的職務，一件足以影響整個渤海的海上軍事衝突便爆發了——我行我素的海盜團伙駕駛著十艘輕型海盜鬥艦，在山東一帶打劫沿海商船的時候，遭遇到了一支來自青島的護衛商船的艦隊，一場海戰頓時爆發。
海盜跟商船護衛艦隊打起來並不稀奇，問題是，這場衝突把周水聯盟也給捲了進去。
周水聯盟的軍隊實行4等12級軍銜制度：元帥（大元帥、元帥、次帥）、將官（大將、中將、少將）、校官（上校、中校、少校）、尉官（上尉、中尉、少尉）
最高統帥部的統帥、副統帥，是稱謂，不是軍銜。