神農決定將人族共主之位傳與軒轅後，便召開了人族大會，軒轅為賢能之才，神農部下大臣都沒有異議，而且軒轅乃前兩聖皇的師弟，自然可以繼承大位。
於是，傳位大典上，神農和軒轅站在高台上，先是參拜了供奉台上的葉清和女媧娘娘，然後再參拜人教教主太上老君，在天地和人族各部落的見證下，完成了傳位大典，當神農將人皇之位傳於軒轅時，天降五彩大功德籠罩在神農身上，異香漣漪，神農立證地皇之位，然後便聽見仙樂陣陣，花雨繽紛，眾人抬頭一看，只見三十三天外飛來一輛九龍御輦，御輦之上正端坐著天皇伏羲，而他的左手邊則站立著老子大弟子玄都**師。
御輦駕霧而來，停在地面，神農和軒轅見是天皇伏羲親來，趕緊帶領各部落人族拜倒恭迎，禮畢後，各部落人族俱是為天皇伏羲的到來而歡呼不已。
天皇伏羲對神農笑道：「我不在這幾十年，有勞皇弟照顧人族了，如今皇弟功得圓滿，證得地皇之位，可喜可賀。」神農亦笑著還禮。
然後，站立一旁的玄都**師向神農躬了一禮，便拿出老子賜予的太清符詔，展開來，神農見狀，忙率族人拜倒，恭聽太清法旨。只聽玄都**師念道：「奉太清道德天尊敕令：今人族共主神農氏，自任大位以來，遍嘗百草，治立醫學，發展五穀農業，不計自身，只為萬。今證得道，可飛昇火雲宮，與天皇伏羲共參大道。」
神農恭敬拜謝，雙手接過太清符詔，然後與玄都**師上了九龍御輦，對軒轅道：「師弟，以後人族就交給你了，我便與伏羲皇兄去了，以後證得人皇之位，我們再相見。」隨即，九龍御輦乘雲而起，神農與伏羲大笑而去。
軒轅率族人拜地恭送。
而軒轅接了人族共主之位時，去古末遠，族人生活還很簡陋樸素，故軒轅教人展製作衣服冠冕，御寒護體，同時，又命大臣負責不同的技術創造，如大臣羲和與常儀分別負責觀測太陽和月亮，臾區則觀測行星，伶倫創製律呂，大撓創立甲子，隸首發明算數，容成綜合以上六術，製作樂律和律歷。
軒轅還讓伶倫和垂對天皇伏羲當時所制的樂器磬和鍾進行了改進，並讓已經歸順的上古聖皇燧人氏的後孫倉頡擔任史官，進行造字。
然而，當時天下混亂，諸侯並起，軒轅雖然從神農手中接過人族共主之位，但是一些上古部落的首領卻並不服從軒轅的統轄，如上古巫族部落。
當年，巫妖兩族大戰，敗後，大巫蚩尤一直思及遠古巫族之時的榮光，並不願巫族就此沉落下去，於是，在各處邀請巫族各中小部落的小巫、巫人集聚麾下，以圖東山再起，同時，當年逃得一劫而實力強悍的大巫風伯、雨師也都願意幫助蚩尤。
不過，蚩尤所統治的九黎族部落雖然是巫族最大的部落，力量強盛一時，但是，要靠這些力量統轄並打敗億萬人族和其它一些上古種族還是不夠，於是，風伯對蚩尤道：「當年那些活下來的大巫，有些在我們遠古巫族部落中的威望很高，如果你能將他們收於麾下，那麼，以前各部落的巫人定會聞風而前來投靠於你，如此，不定我們巫族可重回遠古榮光。」
蚩尤聽後，問道：「你是指大巫刑天和九鳳嗎？」風伯點頭道：「正是，大巫刑天與當時后羿並稱祖巫之下的最強者，那九鳳更是祖巫強良的妹妹，倆人聲望極高，你如果能得這兩人之助，那麼大事可成。」蚩尤聽後，深覺有理，便要去請出一直守在祖巫聖殿的刑天和九鳳。
不過，雨師卻是有顧慮，說道：「刑天和九鳳自巫妖兩族大戰後，一直不問世事，守在祖巫聖殿，不見外人，只怕請不了他們二人。」蚩尤卻道：「女媧雖然為妖族聖人，但是造化出來的人族卻是弱小，如今大地被他們所佔據，我如何甘心？刑天和九鳳終究是我巫族大巫，總不會袖手旁觀，讓我巫族從此沉落下去。」說完，便離開了部落，往祖巫聖殿行去。
不一會兒，蚩尤便來到祖巫聖殿之外，來到祖巫聖殿後，卻看到昔日輝煌熱鬧的巫族聖地如今冷冷清清，大門緊閉，蚩尤便愈加堅定了要重複遠古巫族之時的榮光，蚩尤知刑天、九鳳便在祖巫聖殿之內，於是喊道：「大巫蚩尤前來求見刑天、九鳳二位大人。」良久，只見大殿之內傳出一渾厚地聲音：「蚩尤，你之來意，我和九鳳已知了，風伯之前來已來過，但是，我們不會再出祖巫聖殿，也不會再助你與人族奪取霸主之位。殺戮戰爭，只能讓我們巫族之人更加稀少，當年巫妖兩族大戰便是證明，我勸你還是放棄了念頭，不然，到時巫族消失於天地之間，你將是巫族千古罪人。」
蚩尤聽此，知道勸說不可能再改變刑天和九鳳的心意，計上心頭，便出方反激道：「可惜啊可惜，想我巫族遠古時期如何輝煌，便是有女媧聖人撐腰的妖族也沒有怕過，但是兩位大人居然害怕了弱小的人族而甘心龜縮在這裡，即便我們巫族沉落下去也袖手旁觀。」
說完，蚩尤轉身假裝便要離去，突然，祖巫聖殿之內傳來怒吼：「蚩尤！你放你娘的臭屁！你說我們怕了人族龜縮在這裡？！」然後，便見祖巫聖殿之門打開，從中閃出兩人。
一大漢經脈盤結，肌肉隆出，手持大斧和巨盾，另一位卻是柔弱美麗但英氣逼人的女子，兩人一出祖巫聖殿，其威勢逼迫之下，四周氣流暴虐。看著一臉怒氣的刑天，蚩尤心裡暗笑，轉首拜道：「蚩尤見過刑天、九鳳兩位大人。」
刑天冷哼了一聲，然後道：「蚩尤，你把話說清楚，你說我怕人族而龜縮在祖巫聖殿，是什麼意思？！」蚩尤道：「想我巫族，英勇善戰，自生於天地以來從來沒有畏懼過任何人，大人你身為巫族最強大的大巫看到巫族沉落，不斷被人族驅使征服卻從來不敢出祖巫聖殿一步，難道不是怕了人族嗎？」刑天怒道：「誰說我怕了人族？！人族之事，我已知了，只是，那人族共主乃青蓮聖人門下，又是女媧造化，如與人族爭那霸主之位，豈不是和兩聖人結下了因果？而且太清道德天尊老子是人教教主，肯定也不會放過我們巫族。」