軒轅做上共主之位後，也十分認真負責，玉鼎陪了他一年後就離開了，三教弟子也到了出關的時間，更主要軒轅要學會自己處理事情，孩童就像風箏，長輩的庇護和關愛就像牽著風箏的線，雖然有約束，卻可以讓風箏飛的更久更高，但是如果太過的話，用麻繩放風箏是一定飛不起來的。
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三教弟子出關後齊聚崑崙山，三清一看眾弟子，除了黃龍、多寶進步比較多，玄都也還過的去，其它幾乎沒有精進。大怒！大伙被三清輪著訓斥，原始更是發飆，狠狠訓斥了他們長達３年之久，嚇的三教弟子半死，最後三清定下規矩，等人皇軒轅證位後，他們全回自己的仙府閉關，在玄門大劫結束前不許串門全去閉關。
燃燈正好這時候也出關，就聽見原始大發雷霆，三清冷冰冰規定三教弟子不許串門，心下一驚想到：三清恐怕出問題了，正想說話就發現，多寶和黃龍居然也達到准聖，玉鼎的修為依舊看不透，卻是有點灰心，本想自己這次出關，憑自己准聖修為多少會得到原始青睞，沒有想到多寶和黃龍也准聖了。燃燈還在鬱悶中，通天和老子就帶著自己的弟子離開了，原始看了眼燃燈淡淡說：「你不錯！」就閉上眼睛。
大家一看原始這樣，都退出大殿，燃燈看了下大伙：「老師怎麼了？」
文殊沒有好氣：「生氣了，還能怎麼了？」眾人被罵的有火不能發，就這燃燈沒有被罵還被表揚，大家看燃燈的眼神那是非常不友好的。再想到燃燈一回來就閉關，都覺得燃燈簡直就是故意賣乖給老師看，好讓他們成為反面教材。
道行陰陽怪氣：「副教主您倒是不必擔心，老師都說了您不錯。」
玉鼎有深意的看下燃燈，對大家說：「各位師弟回去吧，等人皇大劫一過就閉關，下次大劫是否平安實力才是最重要的，現在就等著幫人皇過劫還因果！」大家一聽大師兄發話，一個個都走了。
燃燈對玉鼎說：「大師兄這是發生什麼事情？」
玉鼎歎口氣：「就和你看到的一樣，唉！道友你也不要隨便去師叔門下那串門了，省得師父不高興。」燃燈點點頭想：果然出問題了！看來自己要打算一二才是。
黃龍跟著玉鼎回玉泉山，孔宣和玉泉都出關了，玉鼎看他們修為精進也很是欣慰，黃龍也修煉了玄功，平時就和孔宣、玉泉在一起切磋，三人進步也不小。
軒轅在玉鼎離開後，軒轅在和長老們管理時候，發現土地不好丈量也不好管理，便想出一辦法以步丈畝，以防爭端，將全國土地重新劃分，劃成「井」字，中間一塊為「公畝」，歸政府所有，四周八塊為「私田」，由八家合種，收穫繳政府。又鑽土鑿井灌溉田地，對農田實行耕作制，及時播種百谷。
軒轅三十的時候，一個春天，軒轅巡查時候走到一園子，看見一女子在養蠶，軒轅看到在她的身上穿著一件金色綵衣，閃著輕柔、溫和的黃光，地面上堆著一堆蠶繭。很好奇就問：「汝為何人？汝身上穿的是何物？竟如此華美。」
少女回答：「我叫嫘祖，衣服是這蠶絲製成的。」
軒轅一聽：「如何製成？很難嗎？」想起人們還在過著夏披樹葉、冬穿獸皮，一年四季衣不蔽體的生活，軒轅想到，這衣服不但美觀還能御寒，如果族人都可以穿上這華麗的衣服，那有多好。
嫘祖認真的述說：「植桑養蠶、抽絲織綢的道理。」
軒轅覺得這女子很是聰明，回去後和大家一商量，便像嫘祖提親，嫘祖也覺得軒轅一心為民，是個很好的共主就同意了，結婚後她向百官和百姓傳授育桑養蠶的技術。還組織一大批女子上山育桑養蠶織絲。
嫘祖很快又遇到了一個大難題，蠶養了很多，繭也產了不少，但抽絲和織帛卻有了困難。就在這時，群女中有一個身材矮小、皮膚黝黑、面部醜陋的女子發明了纏絲的紡輪和織絲的織機。軒轅得知後，對此項發明大加讚賞，讓她給眾人傳授技藝。後來在嫘祖的撮合下，軒轅娶了這位醜女，作為次妃，這位次妃被後人尊稱為嫫母。
這時候有人匯報說九黎族長蚩尤和兄弟81人，英勇不凡部落發展迅速，軒轅聽後很是高興，讓人請蚩尤前來。蚩尤得到共主邀請很是高興，他也想見見天下共主。伏羲請神農後傳位，神農請軒轅後傳位，九黎部眾都覺得軒轅要傳位了，軒轅和蚩尤一番長談，發現蚩尤好蠻力喜殺伐，當一部落之長善可，如何可以交予天下，卻是不提傳位事情，好好招待了蚩尤，便讓他離開。
蚩尤回去後，族人問起情況，蚩尤便說了，大家都不明白共主這是什麼意思，有九黎族人打聽後才知道，軒轅覺得蚩尤殺伐氣太重，不適合當共主，蚩尤本沒有想當共主之心，但是軒轅的話讓他很生氣。勇猛如何有錯？不這樣如何保護族人，有人給蚩尤建議用武力讓共主知道，他們才是對的，蚩尤決定要攻打軒轅，讓軒轅知道只有勇猛才可以保護族人，才能給人族帶來希望，證明勇猛才是最重要的。
蚩尤起兵叛亂，一路的征戰激發了體內巫性，原來九黎部落，是洪荒時候巫族和人族生下孩子居住的地方，由於他們有巫族的血統，沒有遭到巫族的屠殺。血統覺醒後得到巫族傳承，看著擁護軒轅的人數眾多，蚩尤決定去祖巫殿尋找巫族幫忙。
蚩猶帶著他８１個兄弟來到北俱蘆洲，見到了刑天，說出想法，刑天一聽也很是心動，但想到共工和老師的話，卻是又不敢輕易答應，最後決定讓蚩尤和族人說，願意去的去，不願意的留下。不少巫人跟著蚩尤離開。
蚩猶帶著巫人回去後，就直接向軒轅下戰書，一路打去。軒轅徵召各族族長兵馬討伐蚩尤。歷經15旬後，也未能打敗蚩尤，只好退兵。
為此軒轅憂心仲仲，日夜盼望能有賢哲輔佐他，以滅蚩尤。有人提出請聖師前來，軒轅歎氣：「吾連共主都當不好，如何有面目見老師，再說怎麼可以為我共主之位，勞煩老師出手。」大家沉默不語想到：找聖師幫忙好像是不大好，都是自己人之爭，如何勞得聖師出手，也覺得沒有臉面去說。
有一天晚上，軒轅夢見大風吹走了天下的塵垢。接著又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬群。醒來後，心覺奇怪。暗想，風，號令而為主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎?千鈞之弩，是希望為能致遠，驅羊數萬群，是牧人為善，難道有姓力名牧的人不成?於是便派部下在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風後，在澤邊找到了力牧。軒轅以風後為相，力牧為將，開始大舉進攻蚩尤。
在涿鹿郊野，兩軍擺開陣勢大戰。蚩尤布下百里大霧，三日三夜不散，至使軒轅兵士辨不清方向。黃帝便令風後造指南車，暫時收兵。