1、三公、三孤：三公：太師、太傅、太保（正一品）三孤：少師、少傅、少保（從一品）令有太子太師、太子太傅、太子太保（從一品）；太子少師、太子少傅、太子少保（正二品）這些均為加官，用來表明受官者的功績與崇高身份，沒有實際管轄範圍。
2、六部：吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部（按順序）六部各設尚書一人（正二品），直接對皇帝負責，尚書之下有左右侍郎（正三品）、郎中（正五品）、主事（正六品）等。吏部：負責官吏的管理，考核，陞遷等；戶部：有十三個司，分別管理各地的收支與報銷；禮部：主管國家凶吉大典，教育與考試，招待外賓，宴勞功臣等；兵部：管理天下軍政（軍令由五軍都督府管理）；刑部：管理天下刑名。工部：管理建築、後勤、水利、製造等。
3、督察院：直屬於皇帝的監察部門下設左右都御史（正二品）、左右副都御史（正三品）、左右僉都御史（正四品）再往下設十三道監察御史（正七品）110人，分管每個省的檢查工作（當時中國分十三個省）十三道監察御史與直屬於皇帝的六科給事中統稱『科道『屬於言官範疇。
4、六科：分為吏戶禮兵刑工六科，每科設督給事中（正七品）、左右給事中與給事中（從七品）。給事中品級雖低，權利很大，皇帝交給各個衙門辦理的工作由六科每五天註銷一次，如果有脫拉或者辦事不力的，六科可以向皇帝報告。六科還可以參與官員的選拔，皇帝御前會議，審理有罪的官員。最為重要的是六科有封還皇帝敕書的權利，皇帝的旨意如果六科認為不妥可以封還，不予執行。
5、五寺：五寺是五衙門的簡稱，包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺大理寺：相當於今天的法院，是全國最高上訴機關。與督察院、刑部構成了三法司。太常寺：主管祭祀光祿寺：主管宴享太僕寺：管馬鴻臚寺：管招待外賓。
6、詹士府：詹士府是負責輔助太子的機構設正三品詹士一人，正四品少詹士一人，正六品府丞一人詹士府設左右春坊，司經局，主簿廳。
7、太醫院：太醫院是管理宮廷及貴族診斷，製藥的，設正五品院使一人，正六品院判二人，正八品御醫四人，從九品吏目若干人。
8、翰林院：相當於現在國立大學，幹部學院等的綜合，翰林院的首長稱為翰林學士（正五品），侍讀學士兩人，侍講學士兩人（從五品），侍讀、侍講各兩人（正六品），修撰（從六品）考中狀元後就會被授予此職位。編修（正七品）榜眼、探花考中後就會被授予此職位。