秦長封有何不妙呢？這得從朝中說起。
話說兵部調何洛進駐遵化，讓他從指揮使級別的將領降到副指揮使，其中原因文書上並未明說。只是負責下達調令的兵部侍郎李林是何洛的同鄉，與何洛素有來往，知道何洛是個政治頭腦簡單的莽漢，怕他胡鬧，這才和他講通了秦長封不久會離職的信息。
不幸的是洪承疇被貶到陝西之後，魏忠賢心腹崔呈秀接掌兵部尚書，拉攏人馬時，兵部侍郎李林情知魏忠賢黨必敗，不願意合作，得罪了崔呈秀，便被崔呈秀尋了事端下獄了。
何洛做了副指揮使，但秦長封並未像兵部官員說的自動離職，由於何洛官位莫名被降了一級，還要在地方上被人壓了一頭，心中滿腹牢騷，現在李林犯事下獄，他找不著人乾脆多次寫信質問兵部。
魏閹一黨表示效忠的方式一般都是極盡獻媚拚命討好上峰，這何洛竟敢質問兵部，挑釁上峰權威，那崔呈秀就斷定何洛必然被文官集團收買了對付他們的，心中便對那何洛起了殺心。
文官集團見何洛都進駐遵化許多時日了，秦長封竟還不知趣上書請辭，本來沒有彈劾他就是因為皇帝說給他留一條生路，如今他不知趣還等什麼？一時彈劾秦長封的奏折如雪片一般飛上朱由檢的御案，朱由檢也對秦長封的做派十分不滿意，完全辜負了自己的一片苦心。
早有朝中與秦長封交好的小官嗅到異常，告知秦長封朝中大臣欲對他不利，並好心提醒現在遵化的何洛得罪了崔呈秀，可以借幫助崔呈秀對付何洛之事向崔呈秀示好，讓兵部保他。秦長封不再朝廷，沒有覺察到魏黨和皇帝之間的矛盾已經凸顯，反而覺得那小官的提醒很有道理，便主動結交崔呈秀，信中極盡獻媚之詞，將那崔呈秀捧得比天仙下凡還偉大，簡直是前無古人後無來者草木為之含悲風雲因而垂淚……
話說熹宗一死，客氏留在宮中顯然無任何理由，她不得不提請皇上批准出宮。崇禎順水推舟，立即批准：「奉聖夫人客氏出外宅」。
客氏出宮雖然名正言順，但對魏忠賢及其黨羽無疑是一大震撼。
由於巴結客、魏而成為司禮監掌印太監的王體乾預感到事態的嚴重，立即於次日向皇上提出辭去司禮監掌印太監的要求，崇禎不允。
這個王體乾為人柔戾陰險，從尚膳監太監升為司禮監秉筆太監。王安辭去司禮監掌印太監後，他急謀於客、魏，獲取了這一太監的最高職位。此後一意附和客、魏，為之盡力。按宮中制度，司禮監掌印太監在司禮監秉筆太監之上，但王為了討好魏，破例把自己置於魏之下。因此魏對他一無所忌。目不識丁的魏忠賢按慣例不得為司禮監太監，因為客氏的作用，被熹宗任命為司禮監秉筆太監兼掌東廠。既然不識字，就無法代皇上「秉筆」，一切全由王體乾代勞，作他的「謀主」，凡遇票紅文書及改票，都出於王體乾之手。崇禎深知奧妙，暫不觸動王體乾，也就穩住了魏忠賢。
然而，對政治十分敏感的大臣們，還是嗅出了其中的微妙變化。
九月十四，右副都御史楊所修再次上書彈劾魏忠賢的親信兵部尚書崔呈秀、工部尚書李養德、太僕寺少卿陳穎等人。又是一些無關痛癢的事。遭到彈劾的崔呈秀等畢竟心虛，陸續上書請求回家辭官守制，皇上下旨慰留，不允所請。被斥為漫無主持的周應秋也上書請求罷免，皇上也下旨慰留。
這些舉措，令老奸巨滑的魏忠賢如墮雲中，不知道皇上究竟意欲何為，真所為丈二和尚摸不著頭腦。為了試探虛實，他在九月二十五向皇上乞求停止為他建造生祠的活動。為了此事，不識字的魏忠賢特定命親信代他寫了一本奏疏呈給皇上，崇禎看了奏疏，提筆批復道：「以後各處生祠，其欲舉未行者，概行停止。」從這些話中揣摩，皇上對魏衷賢的建生祠似乎採取既往不咎的態度。其實不然，這不過是權宜之計，帳還是要算的，只是時候未到。
閹黨分子當然不會甘心束手就擒，這場權力鬥爭涉及到每個人的身家性命，他們必須要在這場政治賭博中繼續押下賭注。最引人注目的事件便是吏科給事中陳爾翼以攻為守倒打一耙。他在給皇上的奏疏中，抓住前幾天南京通政司楊所修彈劾崔呈秀、周應秋之事，大做文章，斥之為「播弄多端，葛籐不斷」，歸結為「東林餘孽遍佈長安，欲因事生風」。他請求皇上下令東廠、錦衣衛等嚴加緝訪，企圖再度造成恐怖氣氛以限制輿論。
這種明目張膽的反撲意在把水攪渾，以黨派門戶之爭的表象來掩飾閹黨擅權亂政的真相。對於這一棘手的政治敏感話題，採取簡單反對的方式是無濟於事的，崇禎的表態恰到好處，他以表面上不偏不倚的其實柔中有剛的態度，果斷地制止了這一企圖。他批示道：「群臣流品，經先帝分別澄汰已清，朕初登御極，嘉與士大夫臻平康之理，不許揣摩風影，致生枝蔓」。
崇禎在駁斥了陳爾翼緝拿「東林餘孽」的主張的同時，嘉獎魏忠賢、王體乾贊襄登極典禮之功，給他們的親屬蔭錦衣衛指揮僉事；幾天後又以表彰東江之功，給他們的親屬蔭錦衣衛指揮同知。
雖然穩住了魏忠賢，閹黨份子依然意識到了危局，大肆迫害被懷疑會對自己不利的大臣，一時京師血雨紛飛，許多重臣因此喪命。此時的境況，遠遁陝西的洪承疇得聞，暗呼僥倖，幸好跑得快。
朱由檢和性命不保的文官集團那邊也意識到矛盾已經無可調和，決定起總攻。一份無名小輩的奏折在某些人的指使下飛上了朱由檢的御案。這份奏折劾魏忠賢十大罪狀：一，並帝；二，蔑後；三，弄兵；四，無二祖列宗；五，克削番封；六，無聖；七，濫爵；八，掩邊功；九，晙民；十，通關節。
這道奏疏雖出自一個小小無名之輩，寫得卻極深刻，崇禎閱後擊節讚歎，當即召見魏忠賢，命他聽內侍朗讀，內侍尖細的聲音，每一句話都刺中魏忠賢的要害，令他震恐喪魄。從皇帝那裡告辭出來後，急忙去找他的賭友、先前信王府太監徐應元，商量對策。這個不可一世的大人物，此時低聲下氣地與徐應元稱兄道弟，送以珍寶，希望他幫忙。徐應元替魏忠賢出了一個主意：辭去總督東廠提督太監之職，暫避鋒芒。於是，十月二十七魏忠賢便向皇上提出了辭呈。
崇禎對這幾天接二連三的彈劾奏疏一概不表態，乃是和一種引而不的策略。迫使忐忑不安的魏忠賢自己表態。果然不出所料，魏按捺不住，向皇上提出」引疾辭爵「。事後，崇禎知道這是他身邊的太監徐應元出的點子，一面斥責徐應元，把他貶到顯陵當差；一面迅雷不及掩耳之勢在十一月初一作出了勒令魏忠賢到奉養祖陵司香的決定，粉粹了魏閹企圖繼續留在宮中徐圖進取的幻想。
崇禎下了一道「去惡務盡「為宗旨的諭旨，終於讓長期鬱積心頭的憤恨之情傾瀉而出。當他還在信王府時，唯恐不為忠賢所容，深自韜晦，常稱病不朝；兄終弟及進入宮中，又擔心為忠賢所害；及至登基，還不得不佯裝繼續優容的樣子。難道他不想倒魏嗎？非不為也，是不能也。今日時機成熟了，他在諭旨中寫道：
朕聞除惡務盡，馭世之大權；人臣無將，有位之炯戒。我國家明懸三尺，嚴懲大憨，典至重也。朕覽諸臣屢列逆惡魏忠賢罪狀，俱已洞悉。竊思先帝以左右微勞，稍假恩寵，忠賢不報國酬遇，專逞私植黨，盜弄國柄，擅作威福，難以枚舉，略數其概：皇兄懷寧公主生母成妃李氏，假旨革奪，金冤未雪；逼裕妃張氏，立致棄生；借旨將敢諫之臣，羅列削奪，酷刑嚴拷，誣捏贓私，立斃多命。而身受三爵，位崇五等，極人臣未有之榮。通同客氏，表裡為奸。賴祖宗在天之靈，天厭巨惡，神奪其魄，罪狀畢露。本當寸磔，念梓宮在殯，姑置鳳陽。二犯家產籍沒入官，歷年獎敕全數收還，各處生祠盡行撤除，其冒濫宗戚俱煙瘴永戍！
按魏忠賢的罪狀是死有餘辜的，念在先帝殯葬期間不宜開殺戒，姑從輕落。對於魏閹而言，雖免一死，但實際上在政治上判處了死刑。與此同時，崇禎又給部院各衙門去敕文，表明他要促成」維新之治「的決心，對遭到客、魏迫害的人士，應褒贈的即褒贈，應蔭恤的應蔭恤，應復官的就復官，應啟用的就啟用，應開釋的具開釋。並下令，拆除所有的魏忠賢生祠，折價變賣資助邊餉。
江山易改，本性難移。魏閹這個政治爆戶在貶往鳳陽的途中，還要擺出威風凜凜的架勢，儼然昔日九千歲的模樣。據說他出京時前呼後擁的衛隊、侍從達千人之多，都是他平時養的私家武裝，身佩兵器，押著滿載金銀珠寶的4o輛大車，呼嘯而去，給人以意氣揚揚，雄心勃勃的樣子。
這一消息傳達宮中，激怒了崇禎，他立即給兵部去一道諭旨：「逆惡魏忠賢，本當肆市以雪眾冤，姑從輕落鳳陽。豈料巨惡不思自改，輒敢將畜亡命，自帶凶刃，環擁隨護，勢若叛然。朕心甚惡，著錦衣衛即差的當官旗前去扭解，押赴彼處交割明白，所有跟隨**，即擒拿具奏，勿得縱容。」
且說魏忠賢經由良鄉、新城、雄縣等，於十一月初六抵達阜城縣南關，找了個旅館住下，獲悉皇上派人前來扭解，知道必死無疑，頓時驚慌失措，長歎僵臥。半夜起身，隨解所攜之帶，懸樑自盡，他的貼身太監李夢欽夢中驚起，自縊殉葬。隨從急忙報知縣衙門，看熱鬧的人擁擠，4o輛大車的行李大多在混亂中散失，隨從人員也逃亡一空。