神的空間重新的支撐亮起，與前不同的只是那種絕對的安靜。沒有零在時無盡的法則和嘮叨，還真有點失落感。大概事情就是無法做到完美吧？
「真的要這樣孤獨的過上一百年嗎？」夏娃歎息的自問著，笑容顯得有些無奈。
可事情並沒有她所想像的那麼簡單，突然一個人影站立在了夏娃的面前。
空間彷彿在這一刻凝固，呼吸都變得無比困難。那全白的長髮，威嚴而佈滿皺紋的臉，和長長的法袍。雖然夏娃並沒有見過創始，但在歷史文獻中卻有圖片的記載。面前的全息圖像，正是自己和亞當的父親，創始神！
「難道零說的都是真的？」冷汗不自覺的冒出，雖然過上了幾百萬年的歲月，夏娃還從未想過能再見到親身的父親，特別是他的表情讓自己有一種不好的預感。
「已經過去了22年嗎？看來你就是新的祭師，夏娃了。」自己打量著面前坐立在曾經屬於自己神座上的夏娃，有點些許的欣慰，「你已經長大了，和你母親一樣的美麗，也一樣的善良！」
說話的瞬間，夏娃只覺得空氣變的重如山峰，將自己硬壓在了這座位之上，連移動根手指都格外的困難。
「你……你想……幹什麼？」努力將自己的話語從牙縫中擠出，現在的神看上去竟是那麼的可憐。
「你真是太讓我失望了，夏娃……」上前了一步，輕撫著夏娃的額頭，彷彿慈祥的父親在教誨不聽話的孩子，只是全息圖像的手臂只能象徵性的來回移動，而夏娃能感受到的也只是讓人窒息的重力而已，「這二十幾年來，雖然我無法出聲，但我一直都在看著你和亞當的成長。在我原來的計劃中，那個被聶雲帶走的孩子會成為保護人類的戰士，而你則會成為絕對將世界歸零的神，結果竟然你們的位置發生了調換，甚至還讓亞特蘭蒂斯血脈的複製品存活在世界上。我更正剛才的話，你不是讓我失望，而是徹底的傷了心。」
猛的一下那撫摸的手掌掐住了夏娃的脖子，和剛才不同的是在壓強細微調整下，真的讓夏娃無法呼吸了一樣。
「為什麼……為什麼要安排這樣……的劇本？」反抗嗎？即便自己現在是神也沒有絲毫反抗的力量。
「你問倒我了……」創始的表情告訴夏娃自己開始思考，不自覺的放開了施壓的手掌，夏娃激烈的咳嗽起來，「創造這一切到底為了什麼呢？理由我記得在我死的那天就想好了的，你這樣突然一問，我還真有點記不得了。對了！我想起來了！」那慈祥的微笑重新回來了創始蒼老的臉上，「我需要一個帝國，一個以我為絕對尊神的帝國，我的亞特蘭蒂斯！」
張開了雙臂，彷彿等待擁抱屬於自己的未來……
「笑話，父親你是不是睡太久而糊塗了？」未知的情緒在心中形成，身體上的銀白圖騰贊放出最美麗的光暈，那壓迫自己的重力已不是讓自己憤怒的東西，相反痛恨的是面前的老頭，努力的從神之寶座站起，站得比什麼都堅挺，表情異常的嚴肅，「我才是現在亞特蘭蒂斯之神，即便建立新的亞特蘭蒂斯，也是我的亞特蘭蒂斯。你的時代已經結束了！」
「是嗎？」鄙視的看著面前反抗自己的孩子，重力瞬間加大了十倍。夏娃所承受的衝擊已經超出身體的極限，嘴角的齒縫中流出了鮮紅的液體，可依舊緊握著雙拳站立著，這是神的姿態！
「你憑什麼成為亞特蘭蒂斯的神？憑什麼在這裡站著和我說話？你知道為了你和亞當，我和你母親承受了多大的痛苦嗎？什麼都不知道的你只會撿先人的『便宜』，你們這些做孩子的，是不是太卑鄙了點？」創始置疑的看著面前努力支撐的夏娃，卻沒有絲毫同情施捨給自己的女兒。
「算了，既然你已經長大，有些事情還是告訴你知道好了……」微微的歎息，創始竟心軟了起來。空間的重力瞬間的消失，夏娃的身體也疲憊的倒在了神的寶座上，順暢的呼吸變得是那麼的讓人慶幸。
「一切都要從你母親查出是雙胞胎開始說起……」記憶的長河開始激盪，這也是亞特蘭蒂斯最後的記憶片段。
亞特蘭蒂斯歷十億六千一百萬零七十三年的一天，祭師之妻懷有兩子的消息，在亞特蘭蒂斯城中不脛而走，全國上下陷入了亞特蘭蒂斯遷都到地球後最大的一次恐慌。一時間，暴動，遊行，紛爭，使得亞特蘭蒂斯城毫無次序而言。
作為這一切初始者的祭師配偶——瑪雅，每天的每天都是看著兩隻裝有受精卵的試管發呆，根本無法想像這場動亂該如何收場？
而創始所承受的壓力更是難以想像，如此的情形是自亞特蘭蒂斯有史以來第一次遇見，當時的創始一心只想讓亞特蘭蒂斯繼續的繁衍生息下去，所以甚至決定親手殺掉一個孩子來結束這一切。雖然如此自己便將成為亞特蘭蒂斯最大的罪人，可只要民眾的混亂能夠停止，那麼一切也就沒有關係了。
當時的創始，沒有人可懷疑他對亞特蘭蒂斯所做的貢獻，他是真正受人民敬仰的神。遺憾的是，接下來的劇情卻是讓創始真正對亞特蘭蒂斯死心的原因。
跟隨了自己半輩子的妻子，被人民的公審推上了斬首台。即便身為神的自己跪在了民眾的面前，乞求著這些自己所愛的臣民，可卻沒有任何人聽從自己的意見，被徹底的忽視不見。
當了幾百年的神的創始，第一次落淚。看著手拿冷兵刃的屠夫，那依舊對自己微笑的妻子……
「其實我並不是神，也沒有人是神，在一個已經成型的社會，任何所謂的當權者，依舊要受到民眾的擺佈。於是我選擇了死亡，換回你母親的性命，和你們的性命……」凝視著自己用生命換回的女兒，說沒有一絲感情，那是騙人的，「你真的和瑪雅很像，像她一樣的堅強，即便被困在這漆黑的海底，依舊努力扮演著自己神的角色。」單膝半蹲在了女兒的面前，微笑的撫摸著她溫暖的臉龐。
「零說，當亞特蘭蒂斯被離子風暴吞沒前，你強行逼他陷進了休眠，這是怎麼回事？」呼吸顯得有些急促，夏娃想起了一個重要的問題，不過在看見創始的反應時，答案自己基本已經猜到。
「因為他不休眠，我就沒有辦法使用挪亞方舟的離子主炮了啊？」創始的回答是那麼的輕鬆自然，彷彿就跟告訴別人晚餐吃什麼一樣，而夏娃的瞳孔卻瞪的異常之大。
「果然是你！果然是你滅掉了亞特蘭蒂斯？！」從翻找歷史的文獻中，夏娃一直都有一個最大的迷團沒有解開，那場吞食亞特蘭蒂斯大陸的離子風暴，並不是同時的開始，也是一塊一塊地方的暴烈型吞食。而且離子風暴的威力，也是歸零SEED所不能比擬的規模。用夏娃的話說，更像是一種他族的入侵……
「這是他們應該有的下場，說什麼幫我重塑身體，說什麼挑出誰繼承下界的神？都是裁判團愚弄民眾的鬼話。他們將我困在這電腦程序之中，還殺了我最愛的妻子，所做的一切都是為了瓜分我神的權利。在我死去的幾十年中，亞特蘭蒂斯的社會已經徹底的腐壞。
貪污，搶劫，偷竊，暴力組織，毒品，強姦，賄賂，我們的社會比現在人類的社會還要的墮落。什麼神的子民，簡直變成了一群垃圾。而所謂的裁判團，卻都是些濫用權力，欺壓百姓的混蛋。而關於你和亞當的選擇問題，從建立的那一天他們就沒有討論過。你認為這樣的世界還有存在下去的意義嗎？」創始憤怒的質問著。
「怎麼可能？可挪亞方舟中對這一段的解釋是，『裁判團雖無建樹，可亞特蘭蒂斯也依舊保持著繁榮昌盛。』就是零也沒有跟我提過……」夏娃不敢相信創始的話。
「別幼稚了我的女兒，你認為我們亞特蘭蒂斯的歷史難道全都是真的嗎？即便是再完善的社會，都會存在對權力貪婪的族人。只要有這樣的人存在，社會就不可能像書上所寫的那樣美好。
你的一個觀點很對，我們跟人類幾乎沒有區別，要是硬說有區別的話，我們則是更加擁有魄力。每當在社會中發現這樣的人，作為神的我們都會毫不姑息的殺死。為避免讓他的家人對我們神產生怨恨，我們也會殺光他的家人，修改些許的歷史，保持亞特蘭蒂斯的純潔乾淨的交到下一屆的後代神手中。
於是我做了屬於我神該做的事情，既然整個帝國都腐壞了，我也只有滅掉整個的帝國，將亞特蘭蒂斯的歷史歸零，只要從頭再來就好，等過上幾百萬年，我們的後代子孫便會忘記這樣的歷史，能記得的只有，是我創造了這個世界，這樣的我才是真正絕對的神，誰都無法左右我決定的神！」這便是亞特蘭蒂斯最真實的歷史。
「那你意思是滅掉人類建立起新的帝國？」父親的計劃是那麼的顯而易見。
「差不多和你所說的一樣，不過要是一口氣就殺光了他們，也會是件讓我頭痛的事情。畢竟新的帝國不可能由我一人，一手塑造，這些奴隸還是需要積極的配合我才行。但為了讓他們認清誰才是真正的主人，我會適當的清除其中的一部分，樹立神的威信。」
「我不會同意你這樣做的，既然你還依附在戰艦系統上，只要沒有我的同意，戰艦連一步也別想離開這海底！」夏娃已抱了死的決心，就像零所說的，亞特蘭蒂斯的歷史只能向前推進，決不可讓過去的神重新的執政。
「既然如此，那麼便把你的身體給我吧……」創始的笑容突然變的異常冷酷……
只見白色的神之空間，顏色逐漸的混沌，沒有絲毫明朗的感覺，一條極細的金屬線突然的插進了夏娃的眉心，痛苦的咆哮聲迴盪在著戰艦之中。
從外層看，整個挪亞方舟的光暈跳動的更加明顯，最後的BOSS漸漸的成型……
時間緩緩的流逝，當空間重新恢復如初的明亮時，那插進夏娃頭中的細線也消失不見了。留下的只有一個靠在椅背上疲憊的神，彷彿剛剛的一切都真是一場噩夢而已。
努力的睜開了雙眼，胸部的起伏找回了從前的規律。嘗試的支撐坐起，但身體的疲憊並沒有跟隨剛才的噩夢而消散。
「看來剛剛做的有點過分……」呆呆的看著自己的雙手，夏娃的表情變的格外的奇怪，「這樣的狀態至少要三天才能恢復行動力，不過還是年輕的身體好啊……」
夢已經不再是夢，創始奪過了屬於自己女兒的身體，重新以神的姿態降臨在了世界。
「看來還是要等三天才能開始我的計劃啊，算了，也沒有關係……」看著熟悉的「天空」，夏娃笑了，笑得是那麼的自然，「三百萬年我都等了，再多三天也沒有什麼關係……
瑪雅啊，我們新的世界快要來到了……」