九陰真經乃是前輩高人黃裳所創的絕頂神功，它的每一次出現都會引起武林震動。看過神雕三部曲的楊過當然明白這九陰真經的重要性，自從他來到古墓的第一天起，他就在暗中尋找九陰真經的下落。
不過，由於前世大學之後就很少再閱讀神雕俠侶，所以神雕中的很多細節他都記憶不清了，他只是知道王重陽將九陰真經刻在了活死人墓中，但卻記不清九陰真經的具體所在。
現在他來到古墓已將近兩年，古墓中的機關道路也都已清楚，兩年來他幾乎尋遍了古墓中的每一個角落，但是仍然沒有絲毫線索，楊過有時甚至懷疑這裡和原書中的記載是否不同。
這一日，楊過突然想起了初來古墓時那個放著石棺的房間，心中微微一動，繼而只聽他興奮的自語道：「石棺，這裡面一定有什麼秘密！」
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楊過拿了一盞油燈，舉步向著那個房間走去，推開石門之後，進入了房間。面對著五具石棺，楊過略顯激動，他來到了那兩具空的石棺面前。
伸手掀開第一具石棺，拿油燈照了照，楊過仔細觀察，但是沒有發現任何不同之處，楊過微微洩氣。他深吸了一口氣，來到第二具石棺面前，心中有些忐忑，若是這裡再沒有，那他就要放棄尋找九陰真經了。
掀開棺蓋，楊過拿油燈一照，眼角突然發現有幾個大字，當下輕輕的躍入了石棺之中，只見石棺的內側清晰的刻著十六個字：「玉女心經，技壓全真。重陽一生，不弱於人。」
這十六個大字後面還有一排小字，大概意思是說，王重陽在林超英死後又來到了古墓中，他看到林超英創立的玉女心經將全真教的武功全部破去，心中佩服不已但卻不肯認輸，於是將全真教最上層的功法留了下來，並且指出林超英破去的只是全真教的中下層功夫。
楊過心中無比激動，他明白這所謂的「上層全真功法」一定就是九陰真經了，沒想到這個王重陽如此的好面子，九陰真經沒有留給自己的徒弟，卻刻在古墓裡，只是為了證明他比林超英強。
楊過此時也有些明白為何王重陽與林超英最終沒有結合，這二人都是一代人傑，原本是天造地設的一雙，兩人之間既沒有第三者插足，也沒有什麼恩怨情仇，但是想必這兩人都無比自負，喜歡爭鬥。林超英為了超過王重陽不惜耗費精力創造出玉女心經，而王重陽更絕，拿別人的功法和林超英爭鬥，甚至在林超英死後還不肯放過這個機會。
暗暗歎了口氣，楊過也沒有再多想，按照王重陽的提示，在石棺中不斷的摸索，找到了一個可容一手的凹處，當下往左一轉然後往上一提，只聽「喀嚓」聲不斷，石棺底部慢慢的陷了下去。
楊過一聲歡呼，拿了那盞油燈，從石棺底部走入。原來石棺的底部竟然是一行石階，在石階的盡頭是一條甬道，楊過沿著甬道往前，轉了一個彎後出現了一間石室。
這間石室也沒有絲毫的獨特之處，裡面空蕩蕩的，楊過看向牆壁，什麼都沒有，轉眼又看向房頂。只見屋頂密密麻麻的刻滿了蠅頭小字，最右邊是四個大字「九陰真經」。
楊過興奮的大叫了一聲：「果然是九陰真經！太好了！」接著他又從頭讀起，只見開頭是這麼一句話：「天之道，損有餘而補不足，是故虛勝實，不足勝有餘」，竟然和金庸原書中的記載一模一樣，楊過都有些懷疑金庸是否也穿越過，否則如何能一字不差！
當下凝神查看，他已經跟著小龍女修習了兩年武功，根基不淺，再也不是現代社會裡的那個懵懂青年，這九陰真經已經能夠讀懂，果然是精微奧妙，比之他以前學習的功夫都要高深。
讀到最後，楊過在石室的西南角發現了一幅圖，似乎和武功沒有什麼聯繫，楊過略加思索，即明白這是原書中所說的那條出墓秘道了。
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楊過在石室中閱讀九陰真經，卻不知此時小龍女已經急昏了頭。她早上起來叫楊過練功，竟然發現楊過沒了蹤影，一直等到午間，楊過也沒有回來。
兩年的相處，二人之間早已暗生情愫，小龍女心思單純，沒有什麼其他的想法，只是覺得楊過是自己最親的人，絕不能讓他離開自己。而楊過來自於現代社會，心理成熟，雖說武功不如小龍女，但是其他方面卻都是小龍女的依靠。
楊過平日裡經常表現出對墓外世界的嚮往，此刻突然消失不見，小龍女當然心急，待到中午，楊過還沒有出現，小龍女就以為楊過離開古墓了。
於是小龍女也急匆匆的走出古墓，她開始在古墓旁的那片樹林裡尋找楊過的蹤跡，但是樹林裡沒有一點人走過的跡象，小龍女心急如焚的找了整整一個下午，直到天色黑了之後才走回古墓。
這時楊過也早已從那個石室中出來，他正準備將九陰真經的事情告訴給小龍女，然後才發現小龍女不在古墓中，他也不心急，開始在寒玉床上打坐。
小龍女滿臉沮喪的回到古墓，來到房間，才發現楊過竟然在寒玉床上坐著，當下擦了擦眼確認無誤，一股失而復得的感覺盈滿心間，心裡一下子安定了下來。
楊過在小龍女回來的瞬間就已察覺，他睜開眼問道：「師姐，你去了那裡，怎麼現在才回來？」小龍女橫了他一眼，道：「還不是為了找你，你早上就不在了，我還以為你離開古墓了。」聲音中有著不滿，但眼睛中卻含著笑意。
楊過歉然說道：「師姐，我早上在古墓中發現了一個秘密之處，沒有及時回來。你放心，我這一輩子都不會離開你的。」聽了楊過的話，小龍女臉上露出了一絲幸福微笑，她好奇道：「什麼秘密之處？」楊過道：「你隨我來。」
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兩人來到了放石棺的那個石室，小龍女從來都沒有想到石棺中還有這樣的秘密，她隨著楊過跳入石棺之中，來到了那間九陰真經房間。
楊過將九陰真經指給了小龍女，小龍女凝神細看，過了好久，她才微微歎了口氣道：「這九陰真經確是不凡，我原本以為祖師婆婆所創的玉女心經已經能將全真武功悉數破去，沒成想王重陽還留下了如此神奇的功夫，恐怕本門的玉女心經也不是敵手。」說完之後，臉上表情複雜，略帶失落。
看到小龍女這樣，楊過輕輕笑道：「師姐，你卻不知，這九陰真經並非王重陽所創。他爭強好勝，將別人的功法刻在這裡，不過是打腫臉充胖子罷了。」小龍女轉頭看向楊過。
當下楊過將九陰真經的來歷細細說給小龍女，就連華山論劍也說了出去，這華山論劍最早其實就是為了爭奪九陰真經，王重陽戰勝東邪西毒南帝北丐之後奪得了九陰真經，然後又將九陰真經刻在了古墓中。
小龍女聽了後道：「沒想到這九陰真經來歷如此神奇，師弟，你是如何得知？」這一切楊過都是來自於金庸的神雕三部曲，這當然不能說給小龍女聽，當下楊過道：「我幼年時與郭伯伯在桃花島生活，這些都是他當年告訴我的。」小龍女沒有再問，楊過心中暗暗舒了口氣。
此時又聽小龍女道：「我本來準備過些日子就傳授你玉女心經，今天見了這九陰真經，我才知道天外有天，人外有人，從明天起我們就一起研習這九陰真經。」楊過點了點頭，時間已是不早，二人回房間休息。楊過心中激動，在寒玉床上過了好久才沉沉睡去。
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第二天起來，二人來到石室，將九陰真經誦讀數遍，記憶無誤，這才開始參悟修習。
九陰真經博大精深，裡面的內容有些晦澀難懂，碰到這種狀況，兩人往往要參悟許久。虧得小龍女自幼習武，武學基礎紮實，將那些不懂之處慢慢的全部參透。
整部九陰真經共有上下兩卷，其中上卷記載的是內功修習之術和一些武學理論，而下卷記載的是具體的招式。古墓中的重陽遺刻只是對付玉女心經的法門，所以上卷內功部分完整，而下卷的招式僅是九陰真經的一部分，楊過雖然知道，卻沒有告訴小龍女，他怕小龍女問起無法解釋。
時間就這樣過了一年，兩人不論內功外功俱有精進，王重陽留下的九陰真經已經全部學會，但要融會貫通還不知要到何年何月，而其中的訣竅奧妙已經盡數掌握，只要日後勤加練習，功夫越深，威力自然就越強。
楊過性格沉穩，練功之勤奮遠超原書中那個生性浮躁的楊過，加上有寒玉床的輔助，此刻他的功力之高竟是不在小龍女之下。
而小龍女心思單純，一心練功，武功進展也是極快，兩人現在的功力已是遠超江湖上的一般高手，比之郭靖、黃蓉年輕之時也要勝過一籌。