無頭刑天還在憤怒地揮舞盾斧，黃帝心裡一陣顫慄，不由自主地害怕起來。他不敢再對刑天下毒手，悄悄地溜回後方去。可向後方逃的軒轅，沒逃出多遠，就中了一箭，后羿看到刑天受傷後憤怒的一箭，這次沒了金靈聖母的四象塔幫他防禦，皇帝瞬間就被那只箭穿過心口，還吞噬了他的所有的精神力氣絕，還好這日出戰的都是修士，所以黃帝的死亡對他們來說影響不大，所有人都想不就死了個人間帝王嘛，沒什麼再選一個就行了，該跟巫族拚命的還是繼續拚命。
黃帝這一死，地上這些修士到沒有什麼，可遠處就不同了，八景宮太上老君只是淡淡的道：「看來要重新指定人皇了。」玉虛宮原始天尊自語道：「看來老師合道也不能完全掌控一切。」避游宮中通天大笑道：「天道果然是可以改變的，我截教截取一線生機是對的。」其餘的大神通者都因為軒轅的死有不同的想法，對以前的安排做了調整，不過有一點是可以肯定的，軒轅的死，受到的打擊最大的是已經化身為天道的鴻鈞。在軒轅死後所有的聖人都齊聚子宵宮，向鴻鈞討個說法，鴻鈞給眾人的回答是「天地本不全，所以三皇也注定不能圓滿，總要有缺陷，軒轅的死是天道注定的。」可鴻鈞這樣說，別人如何能相信，這些聖人平日裡，處在尷尬的境地的時候，哪個沒用這幾句話糊弄過弟子，能相信這個說法才怪。所以軒轅的死最終還是讓所有的大神通者充分認識到什麼是天道可改。
卻說這場大戰人族請來的修士死傷過半，人族這邊死的基本是散修，道門三教出戰的基本都有先天靈寶，又有同門互相扶持到是死傷不大，道門三教中雖然死傷不大但又以截教的損失啊因為人闡二教畢竟人少，而且修為都不錯，所以沒人死掉，但截教人多，良莠不齊，也沒可能人手一件先天法寶，雖同門互相照應，但還是死了一些的，而且最重要的是軒轅被殺對他們的打擊很大，這直接影響到以後截教再人族的道統之爭。而巫族數百大巫只剩一百都不到，可以說人族慘勝。
軒轅死後，人族這邊黃帝的舊臣和各部落族長推選出了新的人族之主，就是黃帝次子昌意的兒子顓頊，在顓頊繼任那天太上老君命童子送來一柄劍騰空劍作為人皇配劍，顓頊於是領導手下和眾修士繼續跟巫族戰鬥。而黃帝雖沒打敗蚩尤，但他改進了在伏羲和神農的一些東西的基礎上發明歷數、天文、陰陽五行、十二生肖、甲子紀年、文字、圖畫、著書、音律、樂器、醫藥、祭祀、婚喪、棺槨、墳墓、祭鼎、祭壇、祠廟、占卜等。發明機杼，進行紡織，製作衣裳、鞋帽、帳幄、氈、袞衣、裘、華蓋、盔甲、旗、胄。制陶方面，製造碗、碟、釜、甑、盤、盂、灶等。煉銅，製造銅鼎、刀、錢幣、鉦、銚、銅鏡、鍾、銃。建造宮室、鑾殿、庭、明堂、觀、閣、城堡、樓、門、階、蠶室、祠廟、玉房宮等。製造舟楫、車、指南車、記裡鼓車。製造刀、槍、弓矢、弩、六纛、旗幟、五方旗、號角、鼙、兵符、雲梯、樓櫓、炮、劍、射御等。也算功德無量，因此得人皇之位，跟天皇伏羲，地皇神農並列，受人族供奉，只是可惜的是真靈不存沒能成聖，受供奉也只是種形式得不到任何好處。
卻說顓頊帝繼承皇位後，巫族那邊可能是因為玉玄的話起了效果，誇父刑天后羿等十幾個大巫帶族人離開，到北俱蘆洲苦寒之地定居去了，只剩下蚩猶帶著八十一個大巫戰鬥，蚩尤為了穩住剩下的八十一個大巫，跟他們結拜成為兄弟，並說勝利後共分天下，可這些人如何是人族這邊的對手，最終人族這邊打敗了巫族，將蚩尤分裂成了六份，四肢和頭鎮壓在天地五極而身體鎮壓在泰山下面，黃帝的戰勝蚩尤這個功德被顓頊得了，歷史在拐了個彎後又回到原點，可見歷史的慣性比天道還強，在人族勝利後各方修士要麼回去修煉，要麼在人族傳道，玉玄也回去了。
之後顓頊又遷都於帝丘，對官職名稱進行了改革，開始以分管民事的性質命名官職。並設重、黎分別掌管觀天象制歷授時和按統一的曆法進行社會活動的天、地指揮官，統理天下神職人員和民事人員，絕地天通開啟了以民事紀官的新時代。之後他又對中國區域建置進行明確規劃，確定了兗、冀、青、徐、豫、荊、揚、雍、梁九州的名稱和分轄區域。他還改革甲歷，始以建寅月為歷元。在二十四節氣史上第一次明確地把以物侯觀測為重點轉移到以天象觀測為重點，有了歷元、正朔、五星、營室等概念，定下一年四季。進入治歷明時的新階段，歷名《顓頊歷》。他命樂官飛龍氏融匯中國八個大區域的流行樂曲「條風」、「明庶風」、「清明風」、「景風」、「涼風」、「闔闔風」、「不周風」、「廣莫風」的風格特點，創作成「圭水之曲」，主題是「召氣而生物」，然後鑄成銅質樂鐘，作「五基六英之樂」，名為《承雲》，用來在「萬國諸侯」到國都開大會時「享上帝，朝諸侯」，創了第一首國歌。
顓頊晚年傳位給帝嚳，帝嚳他在位時嚴格要求自己，天下人都很敬服他，他發現金、銀、銅、鐵、鉛尚處於混而為一的狀態。於是命臣下鹹黑，率眾於峒山開礦冶煉，首次使金屬貨幣分為不同等級，成為流通貨幣的主要形式。