軒轅位登人皇便開始劃分州野，加強中央集權，不過卻有九黎部落不尊軒轅號令，這九黎部落卻是巫族的一個分支，為當初大戰之後剩餘的一些巫族巫眾組成，當年巫妖大戰之後眾聖忙著修補天地，這些實力低微的巫眾無人問津便蚩尤大巫的帶領下聚集一處形成這九黎部落，繁衍生息，在這凡人界紮下根來。人族大興，軒轅劃分州野加強集權，這些巫眾雖然於巫族之間實力較弱，但對比人族來說，卻是身堅力悍，而這九黎部落以巫族後裔自居，看不起人族，在大巫蚩尤的帶領下，不服人族管教，誅殺無辜，是故大戰一觸即發。
而青蓮得知自己此量劫之內不能逆轉天道，便將屠巫劍煉製一番,即是人道聖劍——軒轅劍，青蓮將軒轅劍交予孔宣並吩咐孔宣照看人族之後，便同神農來到無爭天。青蓮不忍見到逐鹿之戰，便留在無爭天為千萬人族講到。
九黎部，有蚩尤兄弟81人，號稱是神帶的後裔。這81人全都是獸身人面，銅頭鐵額，不含五穀，只吃河石。他們不服從黃帝的命令，殘害黎庶，誅殺無辜。又製造兵杖刀載大弩，與黃帝為敵。黃帝遂順民意，徵召各路諸侯兵馬討伐蚩尤。歷經15旬後，也未能打敗蚩尤，只好退兵。為此，黃帝憂心仲仲，日夜盼望能有賢哲輔佐他，以滅蚩尤。有一天晚上，他夢見大風吹走了天下的塵垢。接著又夢見一個人手執千鈞之弩驅羊數萬群。醒來後，心覺奇怪。暗想，風，號令而為主；垢，是土解化清，天下難道有姓風名後的人嗎?千鈞之弩，是希望為能致遠，驅羊數萬群，是牧人為善，難道有姓力名牧的人不成?於是便派部下在天下到處訪尋這兩個人。結果在海隅找到了風後，在澤邊找到了力牧。黃帝以風後為相，力牧為將，開始大舉進攻蚩尤。在涿鹿郊野，兩軍擺開陣勢大戰。蚩尤布下百里大霧，三日三夜不散，至使兵士辨不清方向。黃帝便令風後造指南車，不過卻遇到蚩尤八十一兄弟布下的九幽大陣，軒轅被九幽大戰堵在逐鹿之地，整整一個月時間一無寸進。
軒轅正在帳中同風後、力牧等人商議如何破陣勤敵，門外來報說人族護法孔宣來此，軒轅忙帶領眾人出去迎接，在帳門外見到一人約二十上下，身著一襲青色道袍，從容自若的站在那裡，正是孔宣護法，軒轅等人忙孔宣攔住軒轅道：「人皇不可如此。」軒轅還要拜卻被孔宣托住只好站了起來，孔宣待得眾人起身後，取出軒轅劍道：「此乃師尊將人族冤魂所制屠巫劍煉化，反後天為先天，並以大道箴言加持，可聚人族士氣提升戰力。」孔宣說完將劍交予軒轅。軒轅接劍謝過聖父孔宣之後，看著手中四尺長劍，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策。拿在手中勇氣、智慧、仁愛……等感覺直衝元神，軒轅提劍在手，今日來對九幽大陣無奈低落的情緒一掃而空，精神大振，招呼眾人回到帳內開始招兵點將，準備打破九幽大陣生擒蚩尤。不想軒轅剛進的帳內，門外又是一聲通報，這次是廣成子同師兄弟前來，軒轅上前見過廣成子老師後，眾人一同進賬，孔宣一見十二金仙一個不差全都來了，而廣成子幾人見到孔宣也是微微一愣，不過想到孔宣身為人族護法也不很奇怪，上前見禮過後，軒轅開始點將，三日後開始破陣。
三日後，乃是烈陽高照，晴空萬里無雲，正是破陣好時機，風後帶領十萬精兵從東方入陣，廣成子、赤精子、黃龍真人跟隨壓陣，力牧帶兵從南方殺入，懼留孫、太乙真人。靈寶**師跟隨壓陣，常先帶兵從西方入陣，文殊廣法天尊、普賢真人、慈航道人跟隨壓陣，大鴻帶兵從北方入陣，玉鼎真人、道行天尊、清虛道德真君跟隨壓陣，孔宣跟隨軒轅直入陣中。
大軍入陣後，蚩尤顯出大巫真身，乃是三頭六臂，八隻腳定在地上，而蚩尤八十一兄弟也都個個顯出獸身人面，銅頭鐵臂猛運轉九幽大陣，忽然天昏地黑，濃霧迷漫，狂風大作，雷電交加，天上下起暴雨，九幽地府陰氣籠罩整個戰場。孔宣揮手放出無色神光將方圓百丈陰氣濃霧驅散，卻並未再有動作，只是在軒轅身邊守護，廣成子等二十金仙個個顯出慶雲三花，靈寶護身，在陣中衝殺，只見廣成子三花漂浮，三花之上落魂鍾不斷震動，將週身大陣暫時定住，而廣成子卻是趁機雌雄劍一陣砍殺，赤精子身穿八卦紫壽仙衣護體，陰陽鏡向著陰氣彙集指出連連射出白光，將陰氣打散，唯有黃龍真人無甚法寶，只好顯出真身，在陣中來回衝殺。其他三個方向也是大同小異，眾人都顯出靈寶毫無顧忌的向著陣中衝殺。
在十二金仙全力衝殺之下，九幽大陣漸漸失去威力，顯出本來面貌，這時東南西北四路大軍，加上軒轅共五路大軍將蚩尤團團圍住，蚩尤的八十一位兄弟也大都死在十二金仙手中，僅剩蚩尤一人，軒轅走下戰車對蚩尤喝道：「蚩尤，你殘暴不忍，帶領族人挑起戰爭，使得生靈塗炭，如今你已是窮途末路，還不快快束手就擒。」蚩尤看著八十一位兄弟個個慘死，蚩尤雙眼寒光直射，帶著無盡的怨恨環視一周，仰天怒吼道：「天道不公，覺我巫族，我永不甘心！永不甘心！」十二金仙幾人被看蚩尤掃過一眼，直覺渾身一陣寒意上升，再聽蚩尤怒吼，懼留孫卻是看不下去，揮手放出捆仙繩將蚩尤困住，道：「你等巫族逆天行事，天道不容，且容你在那亂吼。」
擒下蚩尤之後，孔宣同十二金仙向軒轅告辭，軒轅帶領大軍壓著蚩尤凱旋而歸，待回到都城之後，軒轅下令將蚩尤斬首示眾，不料蚩尤大巫之身尋常兵器卻是傷不得蚩尤分毫，蚩尤站在那裡哈哈大笑，嘲笑軒轅無能，軒轅見此，提起軒轅劍，向著蚩尤頸部一劍劃過，蚩尤頭顱被看落在地，軒轅又是四劍，將蚩尤四肢也斬了下來，下令將蚩尤肢體分別封印在天地五方，使之不得完屍。
至此逐鹿之戰之後，天下始歸一統。於是軒轅制禮興樂，教化百姓。同時還發明各種器具用物，方便日用。其中伯余造了下衣，於則做了鞋子。百姓們從此不再穿獸皮樹皮。黃帝還依浮葉飄於水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟楫行於水上。又根據轉蓬的道理發明了車輔，便利了交通。黃雍父發明了春，黃帝接著又令人製作了釜甑，使得百姓可以蒸飯烹粥。他還確定了天下萬物的名稱，劃分星度為28宿。以甲乙十天干紀日，以子丑十二辰來紀月，而六旬為一甲子。如此又有時空觀念。史稱當時的百姓"甘其食，美其服，樂其俗，安其居。"一派太平景象。
而在軒轅斬殺蚩尤之後，洪荒大地巫族全滅，六道輪迴中后土也是雙眼淚如雨下，卻是天道限制，不能出手相救，只好眼睜睜看著最後的巫族被天道借得軒轅之手滅去。
誰說聖人無情，卻是未到至情時，君不見元始天尊為的弟子，大破九曲黃河陣，擊殺三霄。據不見通天教主一怒之下大擺誅仙劍陣。聖人雖然元神寄托虛空融入天道，卻並不是天道，每個聖人都有心中的執念所在。
正當后土為巫族滅絕，自己束手無策，傷心自悔之際，突然間整個六道輪迴一陣巨震，接著射出光柱直插雲霄。一陣浩大詭異的威壓瞬間擴散至整個洪荒，后土被這劇烈的變化驚醒，這六道輪迴可是她一身所化，后土自是緊張，也顧不得傷心急忙趕往光柱之處查看。