人族經過青蓮挑選千萬少年之後，已是五年過去，神農根據天時之宜，分地之利，創作了來招等農具，教民耕作，同時，他還發明了陶器，解決了人類的生活用具——器皿和陶盆、陶罐等。使人族生活更加方便，但由於人們經常使用五穀等，漸漸的越來越多的人開始生病，神農見到此情每天都忙著尋找解救的辦法，但是並未又多大效果，整日裡眉心深鎖，愁眉苦臉，短短幾天以他天仙境界也雙鬢半白，手下眾人和長老們看到神農為的此時如此苦惱也都替神農擔心，這是有個長老對神農建議既然聖父忙著籌備人族守衛軍團之事，卻可以去找神農老師雲霄，於是神農便上東海三仙島找雲霄。
神農心急如焚，全力飛行之下，僅僅一天的時間就趕到了三仙島，通報後見到三霄。碧霄確實受神農身上皇者之氣影響，也老老實實的站在雲霄後面打量這位人族聖皇。雲霄見到神農前來有些驚訝，正要詢問神農卻上前對雲霄一拜道：「弟子神農見過老師。」雲霄忙還一禮問道：「你來此又何事。」神農將人族情況說明後道：「換請老師教弟子解救之法。」雲霄道：「我可與你幾粒仙丹，你用水稀釋，讓生病之人服下便可。」說完取出一瓶仙丹遞與神農，神農結果丹藥後道：「還請老師教弟子煉丹之法。」卻是神農想到以後人族生病自己也好解救。雲霄聽得神農要學丹藥之道，心中對青蓮甚是佩服，便取出一玉簡交給神農道：「這是我參悟青蓮四卷中造化卷所領悟的丹藥之道和靈藥介紹，不過其中卻沒有普通人族可用藥草煉製之法，尚需你親自創造，這也是對你的考驗。」神農接過玉簡向雲霄道謝後，斬釘截鐵的道：「哪怕踏遍千山萬水，我定會為創出屬於人族的丹藥之道。」說完抬頭望天，雙眼放出神光，渾身帝王之氣暴漲，身邊的碧霄差點被突如其來的皇者之氣壓得向神農下拜，忙運起發力抵抗這才不再難受。
神農自三仙島回來之後，將雲霄所給的丹藥交給手下著他們去解救生病的人們，自己卻是閉關參悟丹藥之道。神農不愧是天定之人，一年後便已經將雲霄經過三年才領悟的丹藥之道完全領悟，神農參悟以後才知道雲霄所給的丹藥之道，只能作為借鑒只用，上面所記載的全是仙丹的煉製方法，不說靈藥難尋，就是練成之後以人族的身體吃了也只有爆體的後果。神農想到要是用普通藥草煉製的話，人族就可以服用，於是神農開始在洪荒大地尋找普通藥草，並挨個親口嘗試，記錄藥性。
蓬萊島大殿，青蓮睜開雙眼，自言道：「神農嘗百草，葫蘆籐易主時機已到。」便吩咐紫劍著孔宣來見。孔宣同紫劍一道來到大殿見過青蓮之後，青蓮對孔宣道：「你且將葫蘆籐拿來，待我煉製一番你且將他交予神農。」孔宣也不問為何，只管取出葫蘆籐呈給青蓮，青蓮結過後，取出乾坤鼎將葫蘆籐放於其中煉製，待到即將完成之際，青蓮又取出大道錄，開口道：「大道之下，善惡皆明，箴言所至，除惡揚善。」說完之後，葫蘆籐在大道箴言的作用下放出耀眼的綠光，良久才漸漸消失，孔宣定眼一看，那葫蘆籐經過青蓮一番煉製，已經僅剩不到四尺，一段帶有四寸的手柄，上面寫著神農鞭，青蓮將神農鞭交給孔宣道：「你去將此神農鞭交予神農。」孔宣結果神農鞭向青蓮告退後，起身離開蓬萊島。
神農自出關後便帶著一批臣民，出發向西北方向走去。他們走哇，走哇，腿走腫了，腳起繭了，還是不停地走，整整走了七七四十九天，來到一個地方。只見高山一峰接一峰，峽谷一條連一條，山上長滿奇花異草，大老遠就聞到了香氣。神農他們正往前走，突然從峽谷竄出來一群狼蟲虎豹，把他們團團圍住。神農帶領臣民們向野獸們打去。打走一批，又擁上來一批，一直打了七天七夜，才把野獸都趕跑了。
這時，臣民們說這裡太險惡，勸神農回去。神農搖搖頭說：「不能回！黎民百姓病了沒醫的，我們怎麼能回去呢！」他說著領頭進了峽谷，來到一座茫茫大山腳下。
這山半截插在雲彩裡，四面是刀切崖，崖上掛著瀑布，長著青苔，溜光水滑，看來沒有登天的梯子是上不走的。臣民們又勸他算了吧，還是趁早回去。神農搖搖頭：「不能回！黎民百姓病了沒醫的，我們怎麼能回去呢！」神農帶著臣民，上了山頂了，嘿呀！山上真是花草的世界，紅的、綠的、白的、黃的，各色各樣，密密叢叢。神農喜歡極了，他叫臣民們防著狼蟲虎豹，他親自採摘花草，放到嘴裡嘗。為了在這裡嘗百草，找醫藥，神農就叫臣民在山上栽了幾排冷杉，當做城牆防野獸，在牆內蓋茅屋居住。後來，人們就把神農住的地方叫「木城」。
白天，他領著臣民到山上嘗百草，晚上，他把它詳細記載下來：哪些草是苦的，哪些熱，哪些涼，哪些能充飢，哪些能醫病，都寫得清清楚楚。
一天，他把一棵草放到嘴裡一嘗，霎時天旋地轉，一頭栽倒。臣民們慌忙扶他坐起，他明白自己中了毒，可是已經不會說話了，臣民們正束手無策之際，孔宣卻從天而降，眾人正在焦急，眼前突然出現一人，一看正是人族護法孔宣，正要向前求救，孔宣見到神農面上發青，雙唇烏黑，知道神農中毒。也顧不上和眾人客氣，取出神農鞭向著神農一指，神農鞭上射出一道濃厚的綠色生氣進入神農體內，神農被生氣入體之後，面色漸漸好轉，一炷香的功夫就回復正常人也清醒過來，見到孔宣再次，方知道乃是護法所救，忙上前見禮謝過孔宣。孔宣對神農道：「不必謝我，我是奉師尊之命將此物交予你。」說完將神農鞭遞與神農，神農接過之後，見到上面所寫神農鞭疑惑的看著孔宣問道：「此物有何用途。」孔宣道：「此乃師尊用女媧娘娘造人所用葫蘆籐經乾坤鼎煉製，為先天靈寶，能辨萬物善惡，除惡揚善。你嘗百草正需此物分辨藥草。」神農得知此鞭竟有此神效，感激的向著東海蓬萊島方向拜了三拜，感謝聖父大恩。
自有了神農鞭之後，能夠分辨那些是對人體有害的毒藥，那些是能治病的良藥，神農記錄藥草的速度卻是加快了不少，三年後神農將常見的藥草全部記錄之後，便帶領臣民回到華胥城，開始整理自己三年間記錄的各種藥草將其分類，並開始參照丹藥之道將數種藥草一起煉製試圖煉製出人族能用的丹藥。
經過十多年的時間，神農經過上百萬次的煉製，終於將各種藥材搭配能治療何種病症都搞清楚了。神農將各種藥草的樣子，生長環境，藥性，和他十多年創造出的上數百種藥方編寫成冊，傳給人族各個部落，就是後世所傳的《神農本草經》。
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