除了在資本市場上的激情表演，面對洶湧的互聯網熱浪，趙新先也表現得非常積極。2000年4月24日，就在三九醫藥上市的同時，號稱全國最大醫藥健康網站的999健康網開通。趙新先宣佈，三九將採用「四網合一」的思路，以三九全國的銷售網絡為依托，以全國醫藥連鎖店為端口，以三九健康網為樞紐，以中藥遠程診療網為延伸，組成一個超級醫療健康服務體系。在「概念就是一切」的互聯網熱中，趙新先的這番遠景描述，自然又是受到市場的一片追捧。
然而，在日後的經營中，「四網合一」根本無法實現，健康網的定位搖擺不定，從健康門戶網到學習型網站，再到電子商務，每一次轉型就意味著大量的資金投入。趙新先為了展現公司在網絡時代的超前形象，又不斷收購中小網站，到2003年，三九名下共有13個公眾服務網站和29個企業網站，其網站數目之多、性質之雜、燒錢之多都讓人驚歎。
在這一時期，三九的發展戰略已經從之前的「八大產業並舉」，變成了「以生命健康產業為主營，網絡信息和金融租賃兩大產業為支柱」。趙新先的表述是：「主營好像是飛機一樣，支柱則像飛機的兩個發動機，它們推動主營發展。」
這樣的描述看上去無比鮮亮，它既堅持了三九的中藥路線，同時又嫁接了當今商業圈最炙手可熱的兩大產業——互聯網和金融。三九的戰略始終看上去非常美好，但是在執行中卻缺乏整合和深耕，第二次的擴張，仍然沒有讓三九實現決定性的飛躍。
一個事實是，三九集團自1990年之後便再也沒有開發出一個成功的中藥產品。後來的10多年裡，它一直靠三九胃泰以及皮炎平等「老臣」支撐著天下。2000年，深圳召開全國性的高科技商品交易會，三九集團一口氣推出了一大批帶有高新科技含量的醫藥醫療設備，如精製中藥電子調配中心、三九智能煎藥機、網上中醫診療系統、近紅外線乳腺癌診斷儀、數字化心臟介入C臂系統等。另外，還有一批網絡信息產品亮相，如「VIOP」電話系統、三維數碼立體圖像製作系統、東方新幹線網絡信息系統等。這些新產品讓三九成為高交會上最耀眼的明星，人們對它的科研開發能力大為驚歎。然而，讓人遺憾的是這些高新產品最終都沒有形成規模生產，自然也沒有為三九帶來相應的經濟效益。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情況下遭到中國證監會的警告。這天晚上，趙新先在中央電視台的新聞聯播節目中意外地聽到了自己的名字。新聞稱，中國證監會公開通報批評三九醫藥，指稱其在募集資本的使用上與招股說明書不符，大股東及關聯方佔用上市公司資金超過25億元，占公司淨資產的96％，嚴重地侵佔了廣大中小投資者的利益，直接威脅到上市公司的資產安全。通報還公開點名批評三九醫藥的董事長趙新先，稱其「有重大失職行為，情節特別惡劣，應當予以譴責」。這是中國證券史上，中國證監會第一次用公開通報的方式，對一家上市公司董事長進行點名譴責批評。
這則新聞對一向形象良好的三九而言，損害之大可以想見。在過去的1年裡，莊家呂梁事件、銀廣夏事件以及基金黑幕等證券市場的負面新聞已經讓人們對上市公司失去了信心，中國證監會的公開譴責一發表，三九頓時成為又一個「股市巨騙」。
趙新先對這次事件毫無預知。在他的意識中，三九集團和三九醫藥本就是他的左口袋和右口袋，資金挪用應屬正常之事。想當年他創辦三九，便是把建職工用房的錢擅自挪用去買設備了，因此還被傳為佳話。有一次，他去北京大學做演講，還曾用嘲諷的口吻講過一段他與外國投資商的「鬥爭」逸事：「當初外方收購我們的股權時，按照當時我們的財務管理，外方的錢進來，是進到財務結算中心的，這個財務中心的錢放在這裡，大家可以花。我拿這些錢，搞了房地產，搞了旅遊，外方不滿意了。按他們的企業管理規則，公司的錢母公司不能佔用，寧可存在銀行裡也不能動。外方的幾個代表就到上級管理機關告我們的狀，說你們的趙總花了我們的錢。上級領導也是業務幹部，就說，你們看看《中外合資法》，上面寫的是，為了利用外資搞中外合資企業，為什麼趙新先給你們打工？不就是為了錢嗎？」據記者記錄，趙新先的這番話，「引來了巨大的掌聲」。
沒有想到此一時彼一時，反差如此之大。不過儘管內心不滿，他還是表現出了企業家的風度和理性。3天後，他出現在中央電視台記者的鏡頭前，第一句話是「接受批評」，第二句話是「道歉」。不過他始終認為，自己「其實沒有錯」。他對記者說，我們這些項目沒有造成國有資產的流失，而是為將來國有資產的增值做了保障。
第三次擴張：回歸專業化的狂想
「公開譴責事件」讓趙新先的資本擴張受到了戰略上和心理上的雙重打擊。自此以後，「三九系」的多家上市公司基本上失去了融資功能。根據年報數據顯示，到2002年底，三九集團的經營淨利潤只有2271.3萬元，資產負債率高達92%，債務總額為191億元，資產回報率僅為0.1%。在這種十分嚴峻的形勢下，趙新先轉變了多元化的資本擴張戰略，而試圖回歸中藥行業。然而，他的回歸，仍然表現得激情無限。他提出了三九專業化的「三化戰略」，即「中藥現代化、中醫專業化、健康服務化」。
他觀察到，中國商業似乎進入到了一個「渠道為王」的時代，比如說在家電領域，國美、蘇寧等連鎖渠道商迅速崛起，對製造商構成了強大的渠道優勢威脅。三九的藥品絕大多數是通過醫藥站和醫院出售的。趙新先敏銳地意識到，隨著醫療體制的改革，連鎖藥店勢將成為最熱門的投資領域。這個時候，他已經對中國製藥企業在技術上的開發和競爭能力產生了極大的懷疑。他認為：「對於沒有太多核心技術的國內製藥企業，其優勢不在技術，也不在研發，而應該是在國外製藥大佬進來之前盡快建立自己的生存壁壘。」他所謂的「生存壁壘」，就是要把三九從生產製造向營銷、商業服務方向轉型。
為了實踐這個理念，他提出在國際和國內兩大戰線同時出擊，分別實施「麥當勞計劃」和「沃爾瑪戰略」。
「麥當勞計劃」是在全球建立一個連鎖型中藥診所網絡。趙新先計劃在5年內開辦1000家連鎖診所。他算了一筆賬，在美國開一家診所大概需要20萬美元，一年可收入1000萬美元，總額就可達100億美元。根據他的調查，在美國就有大約1萬家小型的中醫診所，在加拿大也有2000家，如果能夠把這些資源整合起來，就可以十分輕易地建成一個全球性的中醫連鎖診所。三九先是在加拿大多倫多創辦了第一家中醫藥醫療中心，之後又在英國、美國和馬來西亞等國家相繼開設了50多家類似的中心。此外，還在洛杉磯開辦了一所現代中醫藥研究院。然而，因為種種緣故，這個激動人心的「麥當勞計劃」最終也跟三九的很多項目一樣，成了一個「半拉子工程」。
「沃爾瑪戰略」則是在國內編織一張最大的連鎖藥店網絡。趙新先對連鎖藥店的關注其實在2000年就開始了，在那年的7月30日，三九召開連鎖戰略研討會，確定從金融租賃公司籌資13億元，建立5000家連鎖藥店的發展計劃。後來，這個計劃又增加到了空前的1萬家店。趙新先對連鎖藥店寄予厚望。他不斷催促部下到各地跑馬圈地，控制終端。他甚至認為，連鎖藥店將是三九集團的第一品牌。在短短1年多時間裡，三九連鎖藥店就發展到了1000家的規模，但是由於開店費用很高，而規範化管理及營運成本控制不力，連鎖藥店很快呈現後續乏力之勢。趙新先再次犯了「戰略清晰、戰術紊亂」的老毛病。美國的《財富》中文版在一篇評論中，直接稱之為「中國『大躍進』式的冒進，美國安然式的牛皮泡泡」。
三九的第二大「專業化工程」，是籌建一家中醫院集團。它與海南省達成協議，收購海南中醫院，同時還跟廣東省的一些中醫院商談收購事宜。趙新先打算把這些中醫院整合成一個新的集團，買殼在香港上市。同時，三九在深圳東部籌劃開建一個規模驚人的健康城，其中包括90個洞的國際上最大的高爾夫城、一個超豪華的五星級健康賓館，以及一個包括療養院、臨終關懷醫院和特殊護理醫院在內的大型綜合健康服務系統，其總投資將超過40億元。
趙新先是那種頗有戰略直覺的企業家。在產業的每一個轉型點，他都能很早就意識到，並迅速地做出反應。但他在項目的執行上卻總是顯得「大而不當」，在一次又一次的佈局和衝殺中，三九的企業規模越來越大，但是能夠給企業帶來直接效益的項目卻始終未出現。在第三次擴張中，趙新先的表現像一個巔峰已過、力不從心的老棋士，開局宏偉，中盤紊亂，尾局不堪入目。《新財經》在一篇評論中分析說：「三九的專業化戰略讓人疑惑，製藥業屬於生產領域，連鎖藥店業務屬於流通領域，醫療健康更側重於服務領域，三項業務均和『醫藥』有關，但實質則截然不同，投資風險更大。」在某種意義上，三九的此次專業化回歸是一次缺乏深思熟慮、更具冒險性的賭博。
龍種與跳蚤
2003年，四處狂奔而無所收穫的趙新先和他的三九衝到了懸崖的邊緣。
5月，曼哈頓時代廣場上的那塊「999三九藥業」廣告牌被悄然拆除了，趙新先堅守了8年的夢想隨風飄逝。為了這塊廣告牌，三九每月大約需支付12萬美元，8年下來總金額超過1000萬美元，三九的資金現狀已經養不起這道昂貴的風景線了。
9月28日，《21世紀經濟報道》刊文《98億貸款：銀行逼債三九集團》，披露三九共欠銀行貸款餘額98億元，已經陷入巨額財務危機。此文一出，頓時把三九的資金窘境曝光天下，接下來的1個多月裡，「討債大軍」紛至沓來，三九總部一片混亂。一些性急的銀行開始封存三九資產，凍結質押股權，並向法院提起了訴訟。三九在全國各地的數百家子孫公司都成了銀行逼債的對象。其中做得最絕的是浙江湖州的中國工商銀行，索性凍結了三九湖州藥廠的銀行賬戶，將所有進入的流動資金全數扣押，造成藥廠資金鏈斷裂，生產經營陷入停頓，只好宣佈破產。
對於所有企業來說，銀行信用的破產幾乎是無可救藥的。三九到了自創辦以來最驚險的時刻。在這樣的時候，試圖自救的趙新先突然把矛頭對準了國有資產的擁有者。他認為：「三九負債率偏高的根源在於三九集團是一個怪胎，作為國有企業，其國有出資人是存在的，但卻沒有實際出資，國有出資人沒有履行出資義務。對於三九集團而言，國家不僅沒有出一分錢，而且也從未享受過債轉股、貼息貸款等優惠政策。」
很顯然，已經超過了60歲退休年齡的趙新先不想再坐等下去了。他想利用此次財務危機，徹底——至少部分地解決三九的產權問題。
在三九的產權問題上，趙新先表現得非常搖擺。
他一直覺得三九是他一手締造出來的。甚至在一次中高層幹部會議上，他對台下的部屬說：「沒有我趙新先，就沒有三九。」這句話在某種意義上是不錯的，在他治理三九的相當長時間裡，幾乎沒有受到過太大的約束和干涉；他所受到的待遇也是極高的，除了全國勞模、全國政協委員等政治榮譽外，他還擁有軍中文職二級官銜，享受中將待遇，這在中國企業家中絕無僅有。不過，儘管他締造了三九，但三九卻始終不是他的。