福王朱常洵是萬曆最喜歡的三兒子，為了把他立為太子，萬曆與朝廷眾臣常年對峙，後終因反對洶洶，而不得不把他分封到河南洛陽。萬曆為了補償他，先是給了兩萬頃良田，然後把沒收的前首輔張居正的家產也都給了他，接著又把江都到太平沿江的雜稅和四川的鹽稅、茶稅也給了他。然而，福王還不滿足，請求每年再給他一千三百引（每引為兩百斤）的淮鹽，由他在洛陽設店銷售，萬曆竟也爽快的答應了。河南地區原本吃的是河東鹽，福王獲得淮鹽專營權後，下令河東鹽一律不准銷售，從而把運營上百年的鹽政一舉擾亂。河東鹽銷量銳減之後，與之掛鉤的軍需邊餉也沒有了著落。朝臣向萬曆上奏，希望改賜福王河東鹽，而且最好不要與民爭利，萬曆不准。
國營事業的權貴化是專制政體下的必然趨勢，不過在萬曆之前，權貴大多以貪污、與鹽商勾結等方式獲利，到了「福王開鹽店」便已是公然的化公為私了。在這樣的示範之下，各州府縣衙門前的那個「皮場廟」便成為一個最最殘酷而可笑的擺設了。
而所有這一切，還不是最惡劣的。
1597年前後，心思已經完全鑽到錢眼裡的萬曆幹出了一件動搖國本的亂政之事，他向全國廣派礦監、稅使，從而惹下「礦稅之禍」。
此時的萬曆，已經執政長達二十五年，因平定寧夏、播州叛亂以及東征援朝，朝廷耗費上千萬兩白銀，再加上宮廷靡費日增，一時國庫大空。1597年（萬曆二十五年），紫禁城裡發生大火，三殿兩宮－－皇極殿、建極殿、中極殿、乾清宮、坤寧宮，遭災難性破壞，萬曆大急，就想出了開礦、徵稅的斂財招數，一時間，手握皇令的礦稅太監奔馳大江南北，所謂「天下在在有之。」
派太監們去開礦、徵稅原本就是一件很荒唐的事情。開礦是一個技術性很強的工程，不是幾個太監在短時間內就能完成的，有些地方名為有礦，實際開採不出什麼東西，太監們強令富戶承包，不足之數由富戶賠償；或由地方政府承包，不足之數動用地方財政抵充。這樣一來，開礦徒有其名，不過是以開礦為幌子的一種攤派而已。而徵稅太監的派出，則意味著在原有的鈔關之外增設了新的徵稅點，造成了對行商貨物的重複徵稅，長江沿岸商業口岸林立，弊端尤為顯著。於是，礦監稅使很快成了「合法的強盜」。吏部尚書李戴記載了當時的恐怖景象：礦監、稅使們指著一個屋子恐嚇說，「這戶人家有礦！」這一家應聲就破產了，指著另外一個屋子說，「這戶人家漏稅！」這一家馬上就錢財全空了。（指其屋而恐之曰：「彼有礦」，則家立破矣；「彼漏稅」，則橐立罄矣！）
礦稅太監們所到達的地方，往往是工商經濟比較發達的地區，他們的野蠻苛斂,很快造成了「貧富盡傾,農商交困」的景象。萬曆二十九年,稅監孫隆到蘇州督稅,不論織機和紡織品都「廣派稅額」,凡織機一張每月納稅銀三錢,才許開織;紡織品每匹抽稅銀三分,才許出售。於是,「機戶皆杜門罷織」、「相率改業」,而「傭工無所趁食」,織工失業的有數千人,染工失業者也數千人,他們「岌岌乎,無生路矣」。稅監魯保在浙江徵稅更是搞得「家家閉戶割機」,那些「貧匠倚織為命」的也失去了生計。聞名全國的山西潞綢最盛時，長治、高平、潞州三衛共有綢機一萬三千餘張，經礦稅太監們的劫掠，只剩下二千餘張。
從制度的角度來看，礦稅大興,實質上是萬曆對國家財政制度的一次大破壞，礦稅太監是皇帝直接委派，又直接向內庫進奉，不受中央與地方政府財政監督，這等於把政府的錢掃入皇室。礦稅大興期間，「凡店租、市舶、珠榷、木稅、船稅、鹽茶魚葦及門攤商稅、油布雜稅,無不領於中使」，對此，主管財稅的戶部尚書趙世卿憤怒地說:自礦稅大興以來,戶部的各項稅收為之大減，地方的稅繳不上來，國庫幾乎空掉了。
因此，「礦稅之禍」是權貴經濟的一個極端案例，而主導者竟然是皇帝本人。
後世學者曾一再統計，如此大動干戈的橫徵暴斂到底所得多少。據計算，從萬曆二十五年到萬曆三十四年的十年間，礦稅太監向內庫共進奉569萬兩白銀，平均每年進奉五十餘萬兩白銀。在這個數字的背後，存在兩個相關的結果：萬曆拿到的礦稅收入約等於全國關稅和商稅的總額，而太監們所得則是萬曆的九到十倍。
很顯然，太監成了這場斂財運動的最大得益者。據時任內閣輔臣趙志皋說，礦稅太監以官府的名義剝削百姓，將公家財富據為私有，上繳給皇帝的不過十分之一，落入自家囊中的則佔到十之八九。也就是說，貪污率高達百分之八十至九十。也正因此，太監成為明代中期最富有的一個群體。
以廣東稅監李鳳為例子，據揭發，他「明取暗索，十不解一，金玉珠寶堆積如山，玲瓏異物充塞其門」，貪污白銀達到五千萬兩，其他珍寶還不計在內。他從萬曆二十七年到三十四年，向內庫進奉的稅銀僅僅只有三十六萬兩，貪污的銀兩是八年間進奉稅銀的一百三十九倍，令人瞠目結舌。從現有的史料看，李鳳就是當時的首富。
可能萬曆自己都心知肚明，礦稅政策不是治國的正道，所以，他多次公開下詔，承諾紫禁城裡的幾個宮殿修復之後，就立即停止。然而，「礦稅之禍」前後綿延長達十年之久，算得上是一場「十年浩劫」。
在朝堂之上，它遭到眾多官員的抗議和抵制，《明史·華鈺傳》說，自礦稅興，中使四出，凡阻撓礦稅太監橫行的地方官，都遭到誣陷，神宗一聞謗書，聖旨立下，先後懲處的地方官不下二十五人。1606年，雲南官民不堪稅監楊榮的滋亂，把他抓住處死，投屍於烈焰之中，萬曆聞訊後怒氣衝天，竟至絕食數天，直至皇太后勸解，閣臣上疏安慰，才消氣進食。
在民間，「礦稅之禍」弄得天怨人怒。自古富足的江南水鄉流傳一首《富春謠》，詞曰－－
「富陽江之魚，富陽山之茶。魚肥賣我子，茶香破我家。採茶婦，捕魚夫，官府拷掠無完膚。昊天胡不仁，此地亦何辜。魚胡不生別縣，茶胡不生別都。富陽山，何日摧！富陽江，何日枯！山摧茶亦死，江枯魚始無。山難摧，江難枯，我民不可蘇！」
「山摧茶死、江枯魚無」，老百姓已經發出了這樣的詛咒，受禍之深，可以想像。
十年之間，在摧殘逼迫之下，民間引發了多次市民和商人的反抗事件，有史可查的有臨清民變、湖廣民變、蘇州民變，江西民變、遼東民變、雲南民變和福建民變等等，這是中國古代史上極少見的、不屬於「農民暴亂」範疇的市民反抗行動。
山東臨清自古是中國北方的商貿中心，京杭大運河穿城而過，是南北商品轉運的重要通道，號稱「漕挽之喉」、「萃貨之腹」。明宣德年間，政府在全國最重要的商貿中心設置了七個鈔關，分別是河西務、臨清、蘇州、九江、杭州、淮安和揚州，其中，臨清每年所得關稅遙居各大鈔關之首。對於這樣一個財稅重地，萬曆自然不會放過，他派出最信賴的太監之一馬堂坐鎮此地。馬太監急於表現，在臨清的新城、舊城內遍佈稅吏，凡遇背負肩挑米豆雜糧的小販統統要繳納雜稅，以致小商小販不敢到城裡作買賣，小民生理頓時受到很大影響，終於在1599年（萬曆二十七年）四月二十四日激發民變。
當日下午，有商販小民三四千人，聚眾包圍了馬堂的稅監衙門，大聲抗議，衙門兵丁手持弓箭、木棍射殺數人，於是眾心忿激，一齊衝進門內，放火焚燒，衙門盡被燒燬。在內外互毆及踐踏中，死亡三十多人。此次暴亂的發起者是臨清商販王朝佐（「以負販為業」），他向衙門自首，被公開處死，「臨刑神色不變」，圍觀者數千人，無不為之歎息泣下。
《明史》記載了王朝佐被處死後的一個細節：臨清知府李士登親自前往撫恤他的母親和妻子，當地市民立祠堂祭祀他。這是一個不同尋常的舉動，表明礦稅政策不但遭到民眾反抗，甚至連地方官員也公開站在了太監們的對立面。
臨清民變是「礦稅之禍」造成的第一個公開反抗事件，在朝野引起很大的風波，連傳教士利瑪竇也注意到了，他在《中國札記》中記錄道：「皇帝派太監們出去收稅，其實就是掠奪。其中一個名叫馬堂，住在著名的臨清港。當地的居民和駐軍奮起反對他，燒燬了他的家，殺死他所有的家奴。他若不是化裝逃跑，避開了憤怒的人群，自己也會遭遇同樣的命運。但是恐懼並沒有結束他的貪婪，人們說他自從遭了那場災難後，變得比以前更壞了。」
在馬堂的治理下，臨清工商業飽受蹂躪，民變發生三年後，戶部尚書趙世卿向朝廷報告，臨清原有緞店三十二家，關閉了二十一家；布店七十二家，關閉了四十五家；雜貨店六十五家，關閉了四十一家，商業極度蕭條。
在明史上，比臨清民變更出名的是發生在1601年的蘇州民變。
被萬曆派到蘇州的太監名叫孫隆，他勒令蘇州絲織業機戶，凡織機一架加徵稅銀三錢，一時人情洶洶，訛言四起，機戶們紛紛關門罷織，被僱傭的織工（「織傭」）面臨失業餓死的威脅。孫隆還在蘇州的六門水路孔道設立稅卡，一隻雞、一把蔬菜過去，都要繳稅（「隻雞束菜，鹹不得免」）。六月，蘇州爆發民變。文秉的《定陵注略》和沈瓚的《近事叢殘》詳細記載了整個經過：
時年33歲的葛成是昆山的絲織商販，他見商賈織工都苦於孫隆的盤剝，就挺身而出說，「我願意帶頭，為蘇州民眾剿亂。」他約了幾十個人聚會於蘇州玄妙觀，大家約定，「所有人的舉動，都以葛成手中的芭蕉扇為指揮棒。」
六月六日那天，蘇州街頭突然出現二十七個蓬頭赤腳的人，穿著白布短衫，每人手中都持著一把芭蕉扇，他們跑遍城內的稅官住宅，焚燒、搗毀所有傢俱，把稅官綁扯到大街上毆打，稅官黃建節等人被當場擊斃，有的稅官跳進河裡逃命，也被抓起，打得兩眼突出，到死為止。鬧事的人逐漸增多到上千人，四周圍觀者更多達萬人，帶頭的葛成提出「罷稅」要求，還貼出告示曉諭大眾說：「稅官作惡，民不堪命。我等倡議，為民除害。今大害已除，望四民各安其業，勿得借口生亂。」儼然是一場有組織的抗議行動。蘇州知府不敢派兵鎮壓，與葛成談判，好言相慰。
這場風波持續了三天，整個蘇州城「若狂三晝夜」，孫隆嚇得連夜逃往杭州。到了第五天，道府才出面平定民變，葛成前往自首，說，「我是帶頭的，殺我一人就可以，不要牽連別人，如果株連平民，一定會引發更大暴亂。」最後，官府判葛成死刑，卻一直不敢殺他，關了十三年，就把他悄悄放了。葛成到1630年才去世，這已是崇禎三年。葛成活著的時候就成了江南一帶的民間英雄，時人稱之「葛賢」、「葛將軍」，在他死後，蘇州市民在虎丘山前建葛將軍廟祭祀他。
在後世的很多史書中，蘇州民變和葛成的事跡被看成是明代中後期市民社會成熟以及資本主義萌芽的佐證。而事實上，這些民變對制度和法理的挑戰是羸弱的，對社會進步並沒有發生決定性的推進－－無論是臨清還是蘇州的民變，都沒有終止「礦稅之禍」，也沒有引發制度變革，因而，最終是悲劇性的。