我國封建時代的神權，從古老的天命論到佛教和道教，形成了一個龐大的系統，在精神上壓迫了中國農民幾千年。不打倒封建神權，農民在思想上便抬不起頭來。基督教作為一個神教具有強烈的排他性質。洪秀全利用了這個特點，塑造了一個反對傳統宗教迷信的「皇上帝」，向封建時代的神權系統進行了鬥爭。他指出，秦漢以來的道教和佛教，毒害了人們的靈魂有兩千年之久，是「佛老之徒」為了騙取「財利」捏造出來的，是由秦始皇、漢武帝、梁武帝、唐憲宗等這些封建帝王的提倡而流行起來的。他把秦始皇宣佈為鼓吹封建神權論的「罪魁禍首」。
他宣稱，「皇上帝」是唯一的「真神」，人們只能拜「皇上帝」，不能崇拜其他任何神。他說「開闢真神惟上帝，無分貴賤拜宜虔」；「五行萬物天造化，豈有別神宰其中」；「勿拜邪神，須作正人」。據此，他把中國幾千年來流行的宗教迷信，包括佛教和道教，都宣佈為以「閻羅妖」為首的邪神系統，宣佈為「偶像」，加以排除和打倒。他說：「閻羅妖乃老蛇妖鬼也，最作怪多變，迷惑纏捉凡間人靈魂，天下凡間我們兄弟姊妹所當共擊滅之。」
封建的神權論歷來是為地主階級專政作辯護的工具。洪秀全打擊封建神權的目的，在於打擊封建地主階級政權的代表——皇權，號召農民為推翻封建王朝而鬥爭。他認為，世界是一個以「皇上帝」為首的大家庭，在這個大家庭中，「普天之下皆兄弟」，「上帝視之皆赤子」，人類在上帝面前是平等的，人間的皇帝不得私自稱帝，也沒有拜上帝的特權。
他說：「他是何人，敢靦（不知羞恥）稱帝？」「只見其妄自尊大，白干永遠地獄之災。」又說：「天人一氣理無二，何得君王私自專。」洪秀全的這些觀點，是借「皇上帝」的名義，剝奪了地上皇帝的一切特權，宣傳了君民平等論。
他們宣佈：清王朝的罪行觸怒了「皇上帝」，中國人民只有行動起來造反，「創建義旗，掃除妖孽」，才能「同享太平之樂」。以洪秀全為首的農民起義領袖，借「皇上帝」名號發佈的聲討清王朝的檄文，集中地表達了中國農民對封建主義的強烈仇恨，大大地激發了中國人民的革命熱情。
因此，他又指出，地上的皇帝如果不愛護人民，則變成了「魔鬼」或「閻羅妖」，人民就應該起來把他打倒。據此，太平天國革命人民，把清王朝的皇帝宣佈為「閻羅妖」，把大小貪官污吏、豪紳惡霸宣佈為各種各樣的「妖魔」、「鬼怪」，沉痛地控訴了封建惡勢力對中國人民的殘酷剝削和壓迫。他們指出：以清王朝皇帝為首的妖魔鬼怪，製造許多「妖魔條律」，鉗制人民手足，使人民不能脫其網羅：水旱之年，坐視人民到處流亡，餓殍遍野，人口日益稀少；貪官污吏滿天下，「剝民脂膏」，男女皆哭泣道路，人民日益貧窮；有錢者可以免刑，「富兒當權，豪傑絕望」，使中國之英俊抑鬱而死；總之，把中國的大好河山，變成了人間地獄。
洪秀全把孔子宣佈為「妖人」，把儒家的典籍宣佈為「妖書」，認為孔子的學說「不曾發揮真理」，孔子之書，「甚多差謬」，把天下人都「教壞了」。他們以神話的形式譴責孔子說：孔子受了「魔鬼」的誘惑，著書立說，幹了不少壞事，「皇上帝」把他捉上了高天，「罰他種菜園」，並且對他進行審判；孔子見人們都斥責他，想與「妖魔」一起逃走，又被天使捉了回來，加以「鞭撻」，孔子哀求不止，不敢再到人間去了。
鞭撻孔子，在地主階級學者看來是不能想像的事，可是革命的農民卻敢於衝破封建傳統的束縛，革命政權建立後，為了肅清「孔孟之道」的流毒，洪秀全進一步又提出了對儒家典籍《五經》、《四書》進行刪改的政策，要求把其中的一切鬼話、怪話、妖話和邪話，「刪除淨盡」。
拜上帝會成立後，洪秀全和他的戰友馮雲山，便拆毀了私塾中供奉的孔子的牌位。以後，隨著革命的開展，對孔子這個偶像進行了無情的鬥爭。洪秀全和太平天國革命人民對孔子的譴責，表達了中國農民對「孔孟之道」的憎恨：「罰他種菜園」，是對孔孟宣揚的「芳心者治人，勞力者治於人」的剝削階級哲學最有力的批判。
洪秀全和太平天國對封建神權和孔孟之道的革命批判，引起國內外反動勢力的極端恐懼和仇視。他們不僅在軍事上對革命人民進行血腥鎮壓，而且還從文化戰線上向農民革命思想猖狂反撲。地主階級反動派的代表、大劊子手曾國藩（1811—1872年）就是反對農民革命運動的急先鋒。
為了對抗太平天國農民革命運動，他搬出了「孔孟之道」，在文化戰線上打起保衛名教和封建神權的大旗，對太平天國農民革命文化和革命思想進行了惡毒的攻擊。曾國藩在清王朝的支持下，大辦地主階級反革命武裝——「團練」，後來發展成為「湘軍」。因為鎮壓農民起義「有功」，他當上了兩江總督和直隸總督。他是程朱學說的擁護者，封建主義的衛道士，自認為是道學家所宣揚的「道統」中的繼承人，竭力吹捧程朱派的唯心主義的先驗論和英雄史觀。
曾國藩站在反動的地主階級立場，列舉了太平天國革命的四條「罪狀」：一是上自君臣，下至兵卒，「皆以兄弟稱之」，把父母看成同兄弟姐妹一樣，破壞了「君臣父子，上下尊卑」的秩序；二是「農不能自耕以納稅」，「商不能自賈以取息」，把土地和財貨變成「天王」的產業，破壞了地主對農民的租佃關係；三是知識分子「不能誦孔子之經」，使「中國數千年禮儀人倫，詩書典則，一旦掃地蕩盡」，破壞了「孔孟之道」；四是「不敬畏神祇」，上至孔廟，下至佛寺、道院，「無廟不焚，無像不滅」，破壞了「神道設教」。他哀歎說「此豈獨我大清之變，乃開闢以來名教之奇變，我孔子孟子之所痛哭於九原」，不僅讀書人，連「鬼神」都不能容忍。
總之，太平天國起義是中國舊式農民戰爭的最高峰。它把千百年來，農民對土地的渴望在《天朝田畝制度》中較完整地表達了出來。《資政新篇》則是中國近代史上第一個比較系統的發展資本主義的方案，反映了太平天國某些領導人在後期試圖通過向外國學習來尋求出路的一種努力。因此，太平天國起義具有了不同於以往農民戰爭的新的歷史特點。太平天國起義衝擊了孔子和儒家經典的正統權威，在一定程度上衝擊了統治階級的精神支柱。但是，太平天國以宗教來發動和組織群眾。宗教教義不是科學理論，它不僅不能正確指導鬥爭，而且給農民戰爭帶來了危害。
三、基督教神學思想的影響
封建社會中的農民小生產者很難擺脫神權的束縛，他們往往在反對維護封建統治者的神權的同時，也要給自己找一個超人世的保護者。洪秀全心目中的「皇上帝」就是這樣一個農民利益的超人世的保護者。洪秀全最初接觸到的基督教思想，是一本宣傳基督教教義的通俗讀本《勸世良言》。這本小冊子的作者是中國第一個華人傳教師梁發，他是一個投靠帝國主義的民族敗類。他在《勸世良言》中，除了把《新舊約全書》中關於基督教神學的基本內容照搬過來外，還竭力鼓吹那些披著宗教外衣，實際為帝國主義、殖民主義服務的傳教士，是什麼奉天主之命，抱著「愛人如己」的「仁愛之心」，來「救我國人」出「災難」的救世主。他所謂的「勸世」的「良言」，就是叫人們「上不違逆神天上帝之旨，下不干犯王章法度」，「遵守神天上帝之命，安貧樂業」。他認為，這樣就可以「生前身心獲安，死後靈魂亦享永樂」。一句話，就是要人們安於受剝削、受壓迫，而不許起來反抗、鬥爭。所以，梁發所著的《勸世良言》，與一切宗教宣傳品一樣，是一種毒害人民的麻醉劑。
洪秀全如果完全按照《勸世良言》的說教去做，至多只能成為一個虔誠的基督教徒，而絕不會成為一個叱吒一時的農民革命領袖。於是，洪秀全在利用基督教時，對其中的許多教義，根據農民革命的現實政治要求，進行了改造。如他塑造了一個宣示農民要求從封建統治下解放出來的意志的「皇上帝」。他拒絕了基督教關於「忍耐」、「謙卑」等教義，認為「過於忍耐或謙卑，殊不適用於今時，蓋將無以管鎮邪惡之世也」。對於基督教所謂的「戒殺」教義，洪秀全也認為，「殺妖殺有罪，不能免也」，等等。無怪乎當時就有一些外國傳教士認為太平天國所宣傳的上帝臨凡是「一種偽的啟示」。
應當肯定，洪秀全對基督教某些教義的改造是有見識的，是適應當時農民革命需要的，在反對封建主義的鬥爭中是起了進步作用的。但是，也應當指出，洪秀全在哲學思想上並沒有衝破基督教神學唯心主義的藩籬。他是篤信上帝的真實存在的，他是把太平天國農民革命的勝利與成功完全寄托在「皇上帝」的保佑上的，這正是農民小生產者分散、落後一面在思想意識上的反映。
所以，洪秀全是把「皇上帝」作為唯一「真神」來崇拜的。他引經據典論證「皇上帝審判世人，陰隙下民」，相信《舊約》中關於上帝「親手繕寫十款天條在石碑付畀摩西」，「親口吩咐摩西」等說教，而且製造種種上帝「下凡」、「附體」的神話。這樣，洪秀全所建立起來的「皇上帝」，明明白白是一個人格神。洪秀全是篤信上帝創世說的。他說：「予想夫天下凡間。人民雖眾，總為皇上帝所造所生？生於皇上帝，長亦皇上帝，一衣一食並賴皇上帝；皇上帝天下凡間大共之父也，死生禍福由其主宰，服食器用皆其造成。
仰觀夫天，一切日月星辰雷電風雲，莫非皇上帝之靈妙；俯察夫地，一切山原川澤飛潛動植，莫非皇上帝之功能。」在認識論問題上，洪秀全等人也是十分相信「天啟」說的。洪秀全所以「知識超邁萬眾」，那是由於他得到「皇上帝」的直接啟示。這些都是唯心主義有神論思想，它說明基督教神學思想在洪秀全等太平天國的領袖中有著嚴重的影響。這種影響到太平天國中、後期表現得尤為嚴重，甚至為太平天國內部宗派鬥爭所利用。洪秀全在後期更是迷信他那套宗教信仰，他不去如實地總結經驗教訓，而把革命的成敗歸結為是否忠誠於宗教信仰。對於太平天國內部的矛盾，他也企圖通過宗教的啟示，用改換國名、官名等方法去解決，等等。
洪秀全和太平天國其他領袖，利用基督教的一神教，宣佈「皇上帝」為唯一「真神」，以衝擊中國幾千年來的封建神權思想。這對當時動員勞動人民衝破封建傳統思想的束縛，組織他們起來參加反封建統治的鬥爭，都起了重要的作用。太平天國失敗原因是很多的，但思想意識上不能擺脫宗教神學思想的束縛也不能不說是其中原因之一。