他指出，水火土三者可以說比較根本，至於金木乃是後來發生的，何能認作萬物根本；金木是不能和水火土相配的。王廷相對於五行說的批判是相當精細的。他說：「且夫天地之初，惟有陰陽二氣而已，陽則化火，陰則化水，水之渣滓便結成地，渣滓成地即土也，金木乃土中所生。」王廷相還對於鬼神、風水等宗教迷信進行了批判，堅決反對唯心主義的「天人感應」思想。
王廷相的唯物主義，富於戰鬥的批判精神，他的「理載於氣」的學說正確地說明物質與規律的關係，擊中了道學唯心主義的要害。他堅決反對「理先於氣」的學說，有時講「理生於氣」。
王廷相肯定「氣有變化」，他繼承張載，也以「性」、「機」、「神」來說明變化的根源。他說「陰陽也者，氣主體也；闔辟動靜者，性之能也；屈伸相感者，機之由也；搵綱而化者，神之妙也」，性指變化本性，機指變化的內在動力，神指變化的複雜難測，陰陽是氣的兩部分，陰陽有動有靜，這是變化本性的作用；陰陽此屈彼仰，相互推蕩，這是萬物變化之內在動力的根源；陰陽密切結合，所以變化微妙難測。他又提出所謂元神的觀念，即元氣中所包含的微妙的變化作用。他說：「元氣之上無物，有元氣即有元神，有元神即能運行而為陰陽，有陰陽則天地萬物之性理備矣，非元氣之外又有物以主宰之也。」元神是氣所固有的內在的變化根源。
王廷相還討論了精神與物質的關係問題，即形神問題，他斷言，精神是以物質為基礎的，不能離開物體而獨立存在。「神者形氣之妙用。……夫神必借形氣而有者，無形氣則神滅矣。」精神祇是物體所具有的作用，並不是另外一種實體。形神之神與陰陽變化的神不是一回事，但形神之神也只是一種作用。
王廷相著重批判了客觀唯心主義，也附帶批判了主觀唯心主義，他說：「若曰天乃天，吾心亦天；神乃神，吾心亦神，以之取喻可矣，即以人為天為神，則小大非倫，靈明各異，征諸實理，恐終不相類矣。」主觀唯心主義以心為天，實則天大人小，天的神化妙用與人的心靈精神是大有區別的。
先秦時代的五行學說以五行為世界的基本元素，本來是一種樸素唯物主義觀點，但到後來，五行觀念被唯心主義者所利用，牽強附會用五行解釋萬事萬物一切現象，於是五行竟和宗教迷信結合起來。
他說：「氣，游於虛者也；理，生於氣者也。氣雖有散，仍在兩間，不能滅也，故曰萬物不能不散為太虛，理根於氣，不能獨存也，故曰神與性皆氣所固有。」這裡強調理不能獨存，是正確的；但講「理生於氣」就不夠確切了。應當說，物質是第一性的，物質有規律。規律不能離開物質而獨立，但物質與其規律是無先後之分的。
五、王廷相的人性論與歷史進化觀點
雖然王廷相在人性論歷史觀方面不能擺脫唯心主義，但是他在自然觀及認識方面發展和推進了過去的唯物主義，對於當時占統治地位的唯心主義展開了有力的批判，從而把古代樸素的唯物主義哲學提到更高的水平。在人性論方面，王廷相力圖用唯物主義觀點來說明人性問題，反對程朱學派所講性有兩種的唯心主義。他認為，人性是有生以後才有的，是以身體的生理條件為基礎的。
王廷相反對宋儒所講性有兩種的學說，他說：「人有二性，此宋儒之大惑也。……余以為人物之性，無非氣質所為者；離氣言性，則性無處所，與虛同歸；離性言氣，則氣非生動，與死同途。是性與氣相竅而有，不得相離者也。」
在歷史觀方面，王廷相也提出一些進步性的見解。他肯定歷史是發展的，他說：太古洪荒時代，人和禽獸差不多。堯舜的時期，男女已經有分別了，而婚姻制度還很簡單。商朝五世以外的親屬可以結婚，周朝的婚姻，妹陪姐嫁，從現在看來，那違反禮制太甚了。當時的聖人不以為非，不過是遵守當時的制度罷了。
所以，男女婚制，古代是簡單的，到現在就細密了，禮制是根據道德的原則逐漸完善起來的。「洪荒之世，猶夫禽獸也。唐虞之際，男女有別，而禮制尚闊也。殷人五世之外許婚，周人娶婦而侄娣往媵。以今觀之，犯禮傷教甚矣，當時聖人不以為非，安於時制之常故爾。是故男女之道，在古尚疏，於今為密，禮緣仁義以漸而美者也。」婚制是逐漸進步的，古代還有群婚制的殘餘，後來就嚴格了。王廷相從婚姻制度來論證歷史的發展。他又講政治也隨時變化，他說：「道無定在，故聖人因時。堯舜以禪授。湯武以征伐，太甲成王以繼序。道無窮盡，故聖人有不能。堯舜之事，有羲軒未能行者，三代之事，有堯舜未能行者。」堯舜是禪讓，商湯周武是征伐，太甲成王是繼承。堯舜與伏羲黃帝不同，三代又與堯舜不同。王廷相肯定了歷史的演化。
性就是氣質之性，在氣質之性以上的「天命之性」是不存在的。王廷相主張人性有善有惡，他反對傳統的性善論，他說：「自世之人觀之，善者常一二，不善者常千百；行事合道者常一二，不合道者常千百。……故謂人心皆善者，非聖人大觀真實之論，而宋儒極力論贊以號召乎天下，惑矣！」他這裡把多數人都看做「不善」的。
他又認為，所謂善或不善，在於氣質的不同。他說：「性之善者莫有過於聖人，而其性亦惟具於氣質之中。但其氣之所稟，清明淳粹，與眾人異，故其性之所成，純善而無惡耳，又何有所超出也哉？聖人之性既不離乎氣質，眾人可知矣。氣有清濁粹駁，則性安得無善惡之雜？」
這是說，氣質清明純粹的就性善，昏濁雜駁的就善惡混雜。他反對程朱學派的人性論，卻仍然承認有氣稟清明純粹的聖人，沒有擺脫程朱學派的影響。
王廷相從歷史演化的觀點反對復古泥古，主張隨時改革，因時制宜，他說：「法久必弊，弊必變，變所以救弊也。」但他只承認逐漸的變化，不主張革命的轉變，他說：「變有要乎？日漸，春不見其生而日長，秋不見其殺而日枯，漸之義也，至矣哉。」
所謂漸就是一點一滴地改良。他認為歷史就是這樣一點一滴地演進的。這是接近庸俗進化論的觀點。
他僅僅把人看做自然界各種物類的一類，不瞭解人的社會性，因而他雖然反對過去的人性論，卻不能達到科學的唯物主義的歷史觀，他所講的仍然是抽像人性論，仍然屬於唯心主義的。
六、對道學唯心主義的反對
張載在自然觀方面發展了唯物主義，而在認識論方面雖然也發揮了一些唯物主義觀點，卻終於陷入唯心主義的先驗論中。陳亮、葉適反對唯心主義的先驗論，都沒有詳細的論證。王廷相在認識論中基本上貫徹了唯物主義，對於程朱陸王的唯心主義先驗論進行了比較深刻的批判。
王廷相的唯物主義之戰鬥的批判的精神，在認識論方面，有突出的表現。王廷相的認識論和他的自然觀一樣，富有戰鬥的批判精神，在反對道學唯心主義的鬥爭中達到了比較高的成就。
嬰兒生來就會飲食，目能視，耳能聽，這是天生的，可以叫「天性之知」，此外就沒有天生的認識了。父母兄弟的親愛，也是由於習慣，由於久久在一起生活，特別熟習罷了。假如一個小孩，從小寄養在別人家，長大了就知道養他的人是親人，路上遇到本生父母，就絕不會認識，甚至會加以欺侮，加以咒罵的。能把父母之親看做天性之知嗎？
諸凡關於萬事萬物的知識，都是由於習慣，由於省悟，由於過失，由於懷疑而得到的，都是出於經驗，都不是天生的，這也就是說，如果說有天性之知，只有飲食視聽可以說是天性之知，此外都是後天的認識。王廷相這樣講天性之知，其實是否認天性之知。他對於唯心主義先驗論的批判，是相當深刻有力的。但他不敢否定聖人生知的傳統觀念，他說：「而不知聖人雖生知，惟性善近道二者而已，其因習、因悟、因過、因疑之知，與人大同。」這樣把聖人生知限制於道德意識方面，仍保留了先驗論的殘餘。
王廷相認為：「心者棲神之捨；神者知識之本；思者神識之妙用也。自聖人以下，必待此而後知。故神者，在內之靈；見聞者，在外之資。物理不見不聞，雖聖哲亦不能索而知之。使嬰兒孩提之時，即閉之幽室，不接物焉，長而出之，則日用之物不能辨矣，而況天地之高遠，鬼神之幽冥，天下古今事變，杏無端倪，可得而知之乎？」
人心有精神活動，這精神活動具有思維的作用，這是認識的必要條件，但必須憑借感官的經驗，才能有所認識。如果把一個嬰兒從小關閉起來，不接觸外界事物，長大出來，就連日常的東西也都不能辨識了，何況廣大的自然界，何況久遠複雜的歷史？精神能思維，這是認識的必要條件之一，但必須依靠感官的見聞。如不見不聞，只有心神，也無從得到知識。王廷相又說：「嬰兒在胞中自能飲食，出胞時便能視聽，此天性之知，神化之不容己者。自余因習而知，因悟而知，因過而知，因疑而知，皆人道之知也。父母兄弟之愛，亦積習稔熟然耳。何以故？使父母生之，孩提而乞諸他人養之，長而惟知所養者為親耳，塗而遇諸父母，視之則常人焉耳，可以侮，可以詈也。此可謂天性之知乎？由父子之親觀之，則諸凡萬物萬事之知，皆因習因悟因過因疑而然，人也，非天也。」
王廷相特別強調認識必須憑借感性經驗，他認為，倫理道德的認識不是先天的，事物變化的認識也不是先天的，必須憑借經驗。他說：「夫心固虛靈，而應者必借視聽聰明，會於人事而後靈能長焉。赤子生而幽閉之，不接習於人間，壯而出之，不辨牛馬矣；而況君臣、父子、夫婦、長幼、朋友之節度乎，而況萬事萬物，幾微變化不可以常理執乎？」同時，王廷相又指出，僅僅有感性經驗也是不夠的，不能局限於耳目聞見。他說：「耳目之聞見，善用之足以廣其心，不善用之適以狹其心。」
王廷相粗略地看到感性認識和理性認識的區別及其聯繫，認為一切知識必須憑借見聞和思慮，而所謂知識就是見聞與思慮的結合。他說：「夫神性雖靈，必借見聞思慮而知；積知之久，以類貫通，而上天下地，入於至細至精而無不達矣，雖至聖莫不由此。」又說：「夫聖賢之所以為知者，不過思與見聞之會而已。」
一切知識都來自見聞與思慮，沒有超經驗超思維的知識。於是王廷相批判唯心主義的先驗論所謂「德行之知」說：「世之儒者乃曰思慮見聞為有知，不足為知之至，別出德行之知為無知，以為大知。嗟呼，其禪乎！不思甚矣，殊不知思與見聞必由吾心之神，此內外相須之自然也。德行之知，其不為幽閉之孩提者幾希矣！禪學之惑人海如此。」這裡王廷相糾正了張載哲學中先驗論的錯誤，深刻批判了程朱陸王的先驗論。他指出，這種先驗論的德行之知，乃是佛教禪宗的流毒。
他強調「思之自得」，強調「習之純熟」，他說：「廣識未必皆當，而思之自得者真；泛講未必吻合，而習之純熟者妙。是故君子之學，博於外而尤貴精於內；討諸理而尤貴達於事。」
這是說，人們的認識不但要憑借感官經驗，要用思維加以分析；而僅僅分析道理也還不夠，必須把道理運用於事情上，才能得到正確的認識。因此，王廷相特別強調行的重要，他說：「學之術有二，曰致知，曰履事，兼之者上也。」又說：「雖然，精於仁義之術，優入堯舜之域，必知行兼舉者能之矣。」
所謂行就是履事，就是實際做事，其中包括日常生活、道德行為、政治活動等，這在古代哲學的認識論中是有重要意義的。
王廷相批判程朱陸王兩派唯心主義的弊病道：「但近世學者之弊有二：一則徒為泛然講說，一則務為虛靜以守其心，皆不於實踐處用功，人事上體驗。往往遇事之來，泛講論者多失時措之宜，蓋事變無窮，講淪不能盡故也；徒守心者茫無作用之妙，蓋虛寂寡實，事機不能熟故也。晚宋以來，徒為講說；近日學者，崇好虛靜，皆於道有害。」「徒講說者」指程朱學派，「徒守心者」指陸王學派，兩派都脫離實際，遇到問題都是不能解決的。王廷相這裡強調「實踐」。他所謂實踐，不等於我們今天所謂實踐，但他強調了實際活動對於認識的重要作用，可以說他把唯物主義的認識論提高到了新的水平。
但是，他也和古代一切唯物主義者一樣，不瞭解人的社會性，不可能科學地理解認識對社會實踐的依賴關係，更不可能認識革命實踐的意義。他仍推崇孔孟，不敢觸及孔孟的唯心主義的先驗論，這是他的唯物主義認識論的主要局限。