董仲舒為什麼要編造這樣一套「天人感應」的目的論呢？一方面為了嚇唬老百姓，你們如果不老老實實按照「天」的意志辦事，那就要受到天的懲罰；另一方面也是為了欺騙老百姓，皇帝的所作所為都是體現「天」的意志的，如果皇帝沒有照「天」的意志辦事，「天」會懲罰他們的。這兩方面都是為了鞏固封建專制統治的，前一方面當然是這樣，後一方面的實際作用是，皇帝所做的好事或壞事自有「天」來賞罰，老百姓是不必管也不能管的。為此，董仲舒說：「天人相與之際，甚可畏也。國家將有失道之敗，而天乃先出災害以譴告之；不知自省，又出怪異以警懼之；尚不知變，而傷敗乃至。以此見天心之仁愛人君，而欲止其亂也。」統治者如果違反天意，天就會出現災異現象加以警告，使其覺悟，如果不省悟，就會帶來嚴重的後果。
他又說：「五行變至，當牧之以德，施之天下，則咎除。不救以德，不出三年，天當雨石。」他這是企圖用怪異現象規勸統治者施行德治，但他用「天當雨石」加以警告，是荒誕的。這種譴告說似乎是利用宗教迷信對人君的「失道」加以限制，但從維護封建社會的根本利益來說，這也是體現天對人君的一種愛護。這是從另一角度論證君權神授的。封建統治者因為有君權神授這一護符，可以隨意地對一些自然現象穿鑿附會，來為自己的腐敗政治進行粉飾或開脫。統治者絕不會用什麼「譴告」說來限制束縛自己的手足、動搖自己的統治的。例如，董仲舒寫文章講災異，被人偷去給漢武帝看了，皇帝幾乎砍掉他的腦袋，使他以後不敢再講災異，這也說明了「譴告」說的破產。董仲舒的「天人感應」思想，為漢代後來讖緯迷信的興起開了先河。以後歷代封建統治者，都注意吸收董仲舒的「天人感應」思想作為神道設教、君權神授的理論根據。
董仲舒為了把封建的統治秩序說成是神聖不可侵犯的，他還用所謂「陽尊陰卑」的理論，把封建的倫常關係絕對固定化起來。他說：「君臣父子夫婦之義，皆取諸陰陽之道。君為陽，臣為陰；父為陽，子為陰；夫為陽，妻為陰。」
這就是說，陰陽兩個對立面，陽始終處於主導地位，陰始終處於從屬的地位，陰為了配合陽才有存在的價值；因此，君、父、夫永遠應該處於統治的地位，而臣、子、妻則永遠應處於被統治的地位，統治和服從的關係就像陰陽的關係一樣是天經地義的。這樣他把對立雙方的地位絕對固定起來，否認對立面有地位和性質的轉化。這成為他「天不變，道亦不變」的形而上學的理論根據之一。
董仲舒的認識論是服務於他的「天人感應」的神學目的論的，因為天創造人是要實現天意的，因此，人的認識主要是認識天意。他認為，一方面由於「天」與「人」有感應的關係，可以從「天」的各種表示來體察「天」的意志，並據此以付諸實踐，所以他說：「天亦有喜怒之氣，哀樂之心，與人相副。以類合之，天人一也。……故為人主之道，莫明於在身之與天同者而用之，使喜怒必當義乃出，如寒暑之必當其時乃發也。」這就是說，「天」的意志通過四時表現出來，統治者必須認識這一點，而且要根據「天意」來行事。
另一方面，董仲舒又提出體會「天意」要通過內心的體驗去認識，他說「道莫明省身之天」，意思是說，沒有比向內反省更加能認識「天意」的了。他說：「天不言，使人察其意；弗為，使人行其中。」這是說，天雖然不言語，但要人領會它的意志，天雖然不行動，但要人按照它的意志去行動。這也是說人的認識和行動的標準就在於是否能夠與天意相符合。因此，在董仲舒看來認識就是認識「天意」，體會「天意」。怎樣來體察「天意」呢？因為，在董仲舒看來，「天」與「人」本來是合一的，「天」具有的道德品質（封建的倫理道德），在人內心本來就有。這樣，董仲舒在認識論上就完全陷入主觀唯心主義和神秘主義了。
當然，認識「天意」並不是董仲舒的目的，他的目的是要人們在思想上牢牢地樹立起封建倫理道德觀念，並把它貫徹到實踐中去。怎樣貫徹到實踐中去呢？這就是他的「正名」思想。董仲舒認為，名是決定是非的標準，是非應該由「名」來決定，他說「事各順於名，名各順於天」，事由名決定，名由「天」決定，「名」就是聖人代表「天意」給事物起的名稱：「鳴而施命，謂之名。」這種由天的意志決定名，由聖人代「天」給事物命名，由名決定事物的認識路線，就完全顛倒了認識的主客觀關係，是十分荒謬的。
「正名」的思想在董仲舒這裡和在孔子那裡一樣，都是為了維護上下尊卑的等級制的。孔子的「正名」的核心就是「君君，臣臣，父父，子子」；董仲舒的「正名」就是他所說的：「受命之君，天意之所予也，故號為天子者，宜視天如父，事天以孝道也。號為諸侯者，宜謹視所侯奉之天子也。號為大夫者，宜厚其忠信，敦其禮義，使善大於匹夫之義，足以化也。士者，事也。民者，瞑也。」他要求封建制各個等級都根據「名」來確定其地位，處理相互之間的關係，這無非是為著封建等級制的鞏固而已。這種基於「名」是實際事物的標準和名的神聖不可侵犯的性質的「正名」學說，正是我國封建「名教」思想的理論基礎。
與這種唯心主義認識論相聯繫的就是董仲舒的英雄創造歷史的唯心主義歷史觀。照他看來，只有聖人能體察天的意志，並代天命名，聖人的認識是不受任何實踐的制約的，所以他說：「聖人者，見人之所不能見者也。故聖人之言，亦可畏也。」這就是說，聖人具有超乎常人的認識能力，他們是一些能「知天地鬼神」、知「人事成敗」、知「古往今來」的先知先覺。因此，聖人的地位同於天，「聖人之道，同諸天地」。這樣一來，聖人對自然界和人類社會就可以任意穿鑿附會、隨心所欲地作解釋。這種先驗主義和神秘主義的認識論，正好在認識論方面為「天人感應」尋找根據。同時，又是在認識論方面為封建最高統治者樹立絕對權威，證明應該由這些先知先覺的聖人來進行統治。
三、「性三品」的人性論
董仲舒的歷史觀是復古主義的循環論，他為了論證漢王朝統治的必然性和合理性，提出「三統」、「三正」的學說。
「三統」就是黑統、白統和赤統。歷史的變化，就是「三統」的週而復始。「三正」就是夏以寅月為正月，商以丑月為正月，周以子月為正月。寅月以黑色為上色，因此夏為黑統，丑月以白色為上色，商為白統，子月以赤色為上色，周為赤統。漢代繼周而起，應以寅月為正月，這就叫做「改正朔，易服色」。用這種辦法表示一個新的朝代統治者重新受天命，所謂「新王必改制」就是指履行這種類似宗教的儀式。這純粹是一種「天人感應」的迷信主張，是沒有任何科學的根據的。「三統」的交替，純粹是表面上形式上的改變，而沒有任何實質的意義。至於那些維護封建制度的基本原則永遠不會改變，所以他說：「若其大綱、人倫、道理、政治、教化、習俗、文義盡如故，亦何改哉？故王者有改制之名，無易道之實。」歷史上雖然朝代更替了，但封建制度的根本原則是沒有任何變動的，封建社會的生產關係是不能有任何觸動的。歷史的每一循環，都不過是復古的表現，所以他又提倡「奉天而法古」，他說：「春秋之於世事也，善復古，譏易常。」這種復古主義的歷史循環論，論證了封建制度的永恆性和不可侵犯。
董仲舒根據儒家的倫理思想提出「三綱」、「五常」的學說。儒家倫理道德思想講君君、臣臣，父父、子子，講仁、義、忠、信等。董仲舒在這種倫理道德的基礎上提出所謂「王道之三綱」，即以後所說的「君為臣綱」，「父為子綱」，「夫為妻綱」。「五常」即仁、義、禮、智、信。「三綱」和「五常」都是「天」的意志的表現，「三綱」的主從關係是絕對不可改變的。「五常」是用來調整這種關係的一些基本原則。
董仲舒在人性論問題上，提出了「性三品」說，把人性分為上、中、下三等，即聖人之性、中民之性和斗筲之性。聖人之性是天生的善，斗筲之性是天生的惡，都是不可改變的，因此也可以不叫做性。只有中民之性，可以經過教化成為善性，可以叫做性。
所謂聖人之性就是指的封建統治者的人性，斗筲之性是對勞動人民的人性的侮蔑。董仲舒的這種人性論正是孔子「惟上智與下愚不移」的翻版。中民之性是指多數人的人性能夠接受封建統治者的教化而言，他認為人性雖包含了善的素質，但不經過教化還不能成為善，他說：「禾雖出米而禾未可謂米也，性雖出善而性未可謂善也。」因此，要達到性善，必須經過統治者的教育，他說：「卵待覆而為雛，繭待繅而為絲，性待教而為善。」而擔當教育者的責任的就是封建統治者，他說：「王承天意，以成民之性為任者也。」他還說：「民之號取之瞑也。」把「民」說成「瞑」，侮辱勞動人民都是昏昏沉沉冥頑不靈，必須經過統治者的教化才能覺醒。這是對勞動人民的侮蔑，是董仲舒的「人性」學說的地主階級本質的暴露。董仲舒的「性三品」說，為後來的封建統治階級所繼承，作為他們壓迫奴役勞動人民的理論根據。
董仲舒用「天意」來解釋社會倫理道德，在「三綱」之上加上了「天」，用來論證「三綱」、「五常」的合理性和永恆性。這樣就在君權、族權和夫權之上又加了神權，為中國封建社會的四大繩索提供了理論根據。
四、西漢末年讖緯之學的盛行
西漢末年，由於社會危機的嚴重，讖緯迷信宗教思想開始盛行。到了東漢初年，統治集團發現讖緯對加強封建專制統治極為有利，大力提倡，因而一度成為佔有統治地位的官方宗教神學。
讖是一種「詭為隱語，預決吉凶」的粗俗迷信，用模稜兩可的文字假托神的預言，為現實政治鬥爭服務。早在春秋時期就曾出現過趙讖、秦讖，秦始皇時期更在燕齊一帶的方士中流行。西漢初期，社會比較安定，這類讖語也少。到了西漢末年，各種讖語又與緯書結合在一起，逐漸流行。
緯是「經之支流，衍及旁義」，即對經而言，是由儒生用陰陽災異之說來解釋、演繹和附會儒家經典的著作，例如有七經就有七緯，易有易緯，書有書緯等。這些緯書的名字都很怪誕，如易緯有《乾鑿度》、《稽覽圖》等，書緯有《考靈曜》、《刑德放》等。此外還有大量有關河圖、洛書一類的緯書則是附會易經河出圖、洛出書的說法而來。據說這些緯書顯示經書中隱藏的思想秘密，因此，一時緯書的地位反在經書之上，一些士大夫以「博通五經，尤善圖緯」，受到賞識。
緯書中所包含的具有一些哲學意義的理論主要是易緯中的象數之學。易傳中本來包含有象和數，其中最基本的像是陽爻（—）和陰爻（拟拟），及由其組成的卦象。最基本的數是所說的奇偶，天一地二、天三地四，大衍之數五十等。數中的奇偶與象中的陽、陰相應。易緯及當時與易緯相呼應的周易注，專門發展易傳中這方面的思想，構成一個世界圖式，成為所謂象數之學。易緯以外其他緯書，大都是將儒家經典宗教化、神秘化，將儒家推崇的帝王、聖人神靈化。例如尚書緯《璇璣鈐》中說：「尚書篇題號，尚者上也，書者如也。上天垂文象，布節度，書也如天行也。」這是說尚書具有代天立言的神秘意義，是永恆不變的真理。又如春秋緯《演孔圖》中說，孔子首類尼丘山，長十尺，大九圍，在端門受命，上帝派他為漢代劉家立法等，將孔子描繪成神，將儒家思想變成一種極端粗俗的宗教神學。
這些書大部分都沒有完整地留傳下來，但從保存得比較完整的易緯《乾鑿度》，還可以看出這種象數之學的主要觀點。