李建成長期經營政治中樞，在以長安為中心的關中地區構造自己的勢力範圍。在長安，李建成擁有一支完全聽命於東宮太子的軍事力量——長林兵，關中地區的文武官員基本被太子網羅在自己周圍。因此，儘管在全國範圍內，李建成的勢力不如弟弟李世民，但在關中局部，在京都長安，李建成完全擁有對李世民的實力優勢。在長安的齊王李元吉的勢力遠比不上大哥李建成，但他和大哥一樣對李世民心存妒忌，非常不滿。李建成就和李元吉結成政治聯盟，共同對付李世民。
儘管兄弟間的猜忌非常深，但三人間的矛盾是逐漸顯現的。在唐王朝統治尚未鞏固，天下依舊大亂的時候，兄弟三人基本相安無事，李元吉還參與了李世民在關東地區的征戰。
唐朝建立的第五個年頭，全國統一戰爭即將結束。打天下的階段要過去了，終於到了大家處理內部權力矛盾的時候了。李世民榮耀地進入了京都長安，他那龐大的聲望和勢力讓李建成感到了極大的威脅。
長安的大臣們也不是傻瓜。大家看到老皇帝李淵優柔寡斷，看到最新的實力對比關係，不得不為自己的未來考慮。大臣們以兄弟矛盾分為兩派，互相傾軋。宰相裴寂，大臣王珪、魏征，將領薛萬徹等跟隨李建成、李元吉一派，此外還有李綱、竇軌、裴矩、鄭價果、賀德仁、徐師漠、歐陽詢、任璨、唐臨、韋挺、唐憲、榮九思、武士逸（武則天的叔父）、裴宣儼、袁朗等人。將「寶」押在李世民一邊的有大臣蕭瑀、長孫無忌、杜如晦、房玄齡，大將秦叔寶、尉遲敬德、程知節、侯君集、段志玄、王君廓等，此外還有高士廉、柴紹、唐儉、張公謹、劉師立、李孟常、張亮、龐卿揮、樊興、元仲文、秦行師、封倫、錢九隴、劉弘基、公孫武達、屈突通、杜淹、李安遠等人。掌握外地兵權的將領李靖、徐世績，朝中大臣宇文士及等人則保持中立。派系之爭緊隨著統一戰爭的結束而出現。
最先發動進攻的是哥哥李建成。李建成憤憤地說：「秦王外托禦寇之名，內欲總兵權，成其篡奪之謀。」他憑借自己在政治中樞的基礎，有計劃地逐步削奪李世民的兵權和勢力。當然，任何政治鬥爭開始都輪不到主角赤膊上陣，前哨戰是從調整秦王陣營的重要成員的官職開始的。
在李建成等人的主導下，李淵輕易就同意了一系列人事任命。房玄齡、杜如晦等人離開秦王府，出任外地文官；武將程知節外調為康州刺史。一時間，「時府中多英俊，被外遷者眾，太宗患之。」這些謀士和親信都是吹吹打打地到地方去擔任實職的，李世民為什麼擔心呢？因為身邊親信被不斷調離，最直接的負面影響就是李世民身邊出謀劃策和衝鋒辦事的人少了，間接地影響了李世民對朝政的掌握和控制。
如果李世民的目的是做一個稱職的好藩王，那麼這些幕僚的離去不會對他的心理造成太大的影響，但是李世民的人生目標並不止於此。房玄齡對李世民說：「府僚去者雖多，蓋不足惜」，但是重要的人物必須盡力挽留住。比如像杜如晦這樣聰明識達的王佐之才，藩王是用不上的，但是皇帝肯定能用得上。房玄齡就評價說：「若大王守藩端拱，無所用之；必欲經營四方，非此人莫可。」李世民覺得事態嚴重了：「爾不言，幾失此人矣。」他違背正常的人事程序，急忙將已被任命為陝州府長史的杜如晦調回秦王府。
李建成見公開的人事程序起不了作用，就開始「暗箱操作」。他開始收買秦王陣營的成員，希望為己所用。李建成首先看中的是勇將尉遲敬德。太子屬官載著一車金銀，悄悄地去拜訪尉遲敬德。來人說太子是如何看重尉遲將軍，相信將軍以後肯定更有作為。尉遲敬德斷然拒絕說：「我是秦王的部下，如果背離秦王投入東宮，我不就成了個貪利忘義的小人嗎？太子要個卑鄙的小人又有什麼用呢？」尉遲敬德將滿車金銀原封不動地退還給了來人。
李元吉的涵養不夠，聽到哥哥手下的回話後暴跳如雷。當天夜裡，他就派了個刺客去刺殺尉遲敬德。刺客溜進院子，隔著窗戶偷看，尋找下手的機會。尉遲敬德行伍出身，早就發現了刺客，故意洞開大門，斜靠在床上休息，床邊放著長矛。刺客知道尉遲敬德是身經百戰的勇將，現在又見他這樣，愣是沒敢動手，偷偷逃走了。
李世民也沒閒著，開始收買李建成的親信。他的「挖牆腳」工作比李建成陣營要稍微成功一點，雖然沒有大將領轉投入李世民陣營，但有幾個小角色投靠了李世民。在做「二五仔」的人中有一個職位很低的軍官——玄武門的值勤軍官常何。常何是個名不見經傳的小角色，但是武德九年（626年）六月初四，剛好輪到他值宿玄武門。正是常何在之後發生的決定歷史走向的那場大事變中提供了一把打開宮門的鑰匙。如果知道事後的結果，不知道李建成會不會對常何這個小軍官充分重視起來？歷史就是這麼奇怪，重大事件的結果往往就是由一些不經意的小鋪墊決定的。
第一階段的人才爭奪中，李世民取得了勝利。不甘心的李建成和李元吉就將戰場轉移到了李淵的後宮。李淵很清楚宮門之外黨同伐異，兄弟相爭的現實，但是他不知道怎麼辦。李淵是政壇高手，卻處理不好家事。當骨肉親情與政治紛爭糾集在一起的時候，李淵更是不知從何下手了。隨著年齡的增長，他採取了一種近乎不負責任的態度，對兒子們的矛盾不聞不問，將越來越多的時間荒廢在後宮生活之中。李淵寵愛后妃，希望從她們那裡得到親情的回報。
兒子們可沒放過躲避起來的父親，李建成首先曲線救國。東宮的人經常在後宮出沒，給后妃們拍馬送禮，討她們的歡喜。在第二回合的鬥爭中，李建成取得了勝利。這倒不是李建成他們採取了多麼靈活正確的方針政策，而是李世民的後宮人緣基礎太差了。李世民平定洛陽的時候，宮中派遣一些妃子來接收王世充等人的後宮。這些后妃私下向李世民索取珍寶和其他戰利品，李世民斷然拒絕了。之前，李世民在關東廣大地區說一不二。宮中自然有人來走後門，為自己的親戚謀官謀利，李世民也拒絕了。一來二去，宮中人對李世民的態度就很差了。現在有李建成一幫人的挑唆，收到好處的后妃和宮人們很樂意在李淵面前盡說李世民的壞話，順帶說說太子的好話，李建成也源源不斷地得到了後宮的情報。李淵久經官場，對這些抹黑手段心知肚明，但架不住宮中充斥著的李世民的壞話的侵擾，對李世民的印象自然比上不以前了。
李世民亡羊補牢，也緊急展開「枕邊外交」。秦王王妃長孫氏開始頻繁出入宮中，賄賂嬪妃，求得後宮勢力的支持。史載長孫氏「孝事高祖，恭順妃殯，盡力彌縫，以求內助」。李建成的財力不如李世民，而「枕邊外交」很大程度上就是「金錢外交」。李建成的資金匱乏使他第二回合開始的優勢逐漸喪失，只能酸溜溜地說：「秦王遍見諸妃。彼金寶多，有以賂遺之也。」
最先動殺心的人是齊王李元吉。《舊唐書·元吉傳》說：「及與建成連謀，各募壯士，多匿罪人。復內結宮掖，遞加稱譽，又厚賂中書令封倫以為黨助。由是高祖頗疏太宗而加愛元吉。」
李元吉是李建成、李世民爭權過程中的重要人物。不論是血統、能力，還是聲望，李元吉都比不上兩位哥哥。他在感情上親近大哥李建成，為大哥的登基之路出力頗多。但是李元吉有一個致命的缺點，那就是他沒有接受過現實政治的考驗，一直漂浮在金碧輝煌的天空。
李元吉和兩位哥哥的年齡相差很大。唐朝建立時李元吉被封為親王，此時他只有15歲。與兩位哥哥真刀真槍地參與王朝肇建不同，李元吉進入政壇的時候起點很高。他以一種眾星捧月的狀態參與政治操作，他將政治理解得太簡單、太魯莽、太直接了。李淵雖然讓李元吉經過了幾次基層鍛煉，結果在中國特色的政治環境下，齊王李元吉的政治鍛煉被異化成了「鍍金」和「度假」。
李淵不願意骨肉相爭，希望通過家庭表面的和睦來加深親情。他好幾次臨幸太子東宮，召集幾個兒子聚會，營造和睦氛圍。這樣的場合，李世民是不得不參加的。李元吉的魯莽起了作用，他命令部屬護軍宇文寶帶人埋伏在李建成的寢宮中，打算在父子聚會的時候，一擁而出，殺死李世民。
李元吉為什麼起了殺意呢？因為他想不出更複雜的手段了，他等不及更緩慢的政治操作，他想看到迅速的結果。
面對可能的流血，「性頗仁厚」的李建成搖頭反對。他怕事情不成，更接受不了在父親面前殺死弟弟的現實。他想了很多，連自己都不知道為什麼反對了，總之李建成接受不了通過流血兇殺來解決兄弟權力之爭。李建成甚至還罵了李元吉，責備他不應該產生這麼兇惡的念頭。李元吉不高興地對大哥說：「我這是為大哥你著想，與我有什麼相關？」
在李建成與李世民的爭權過程中，魏征是個不得不提的人物。他作為李建成的主要謀士，為李建成提出了許多有益的建議。與李元吉一樣，魏征多次建議李建成除掉李世民，「征見太宗勳業日隆，每勸建成早為之所」，都不被李建成採納。對此，魏征感歎不已。
李世民成為皇帝後，曾經問魏征：「你老是離間我們兄弟，為什麼呢？」魏征說：「先太子如果能聽魏征的話，我也就沒有今天的福分了。」當時魏征備受唐太宗的信任、重用，是朝廷重臣，推動了「貞觀之治」的出現。對魏征此言，唐太宗點頭表示贊同。
魏征的成功很大程度上是對人心的把握，他非常清楚李淵的心理。隨著唐朝的統一和穩固，李淵已不再是那個爭奪天下的梟雄了。李淵對兒子們爭奪皇位繼承權的行為始終處於左右為難之中。他要避免骨肉相殘，希望大家各安其位，卻只會採取「和稀泥」的方法，既要維護李建成的太子地位，又對李世民的功勳心懷感激，一再補償。「每當發生兄弟之爭，訴到李淵那裡，李淵不是把雙方勸解一番，或者加以斥責，就是把罪責歸於其僚屬。結果造成更深的矛盾。」李英祥、尹春明：《唐玄武門之變真相初探》，載於《河北師範大學學報》（社會科學版）1999年1月。矛盾已經激化了，但是李淵的心理沒有改變。魏征認為在這樣的情況下，李淵能夠接受的只能是通過正常途徑、緩慢地削弱李世民的勢力。
李建成苦惱的是通過正常人事途徑和後宮途徑削弱秦王力量的兩個回合，自己都沒有撈到好處。還有什麼其他方法呢？
這時候從宮中傳出一條情報。李淵對宰相裴寂等近臣評價李世民說：「此兒典兵久，在外專制，為讀書漢所教，非復我昔日子也。」陳叔達等人見李淵有準備貶責李世民的意思，慌忙諫阻，李淵也沒有再說什麼。
這極可能是李淵對李世民的一時不滿，隨便發洩的一句話。但是魏征敏銳地窺探到了李淵的點滴真實想法。他發現李淵已經對李世民的大權獨攬開始感到不滿了，太子陣營完全可以利用皇帝的這個情緒為己所用。
兄弟二人的第三回合較量開始了。626年，李建成畢竟還掌握著行政力量，通過正常途徑徵得李淵同意，對李世民勢力開始抑制和削弱，但並未損害其根本。
這一年，突厥大軍再次南侵。李建成決定利用突厥寇邊的良機，實質性地削弱李世民的勢力。太子陣營的人上奏以李元吉為元帥，徵調全國精兵強將出征，與突厥決戰，秦王陣營的許多文臣謀士都在被抽調的範圍內。李淵同意了這個奏折，任命李元吉為北伐軍主帥。李元吉公開徵調尉遲敬德、秦叔寶、程知節等大將和李世民屬下的精兵，「奪太宗兵以益其府」，組建北伐軍。這是名正言順的實力搶劫。