日本政客以「失言」的方式吐露的真音其實並沒有多少新意。早在三百多年前，日本民族主義學者山鹿素行就稱日本為「中央之國」「本朝當天地之正，得地之中樞。」「雖然四海廣大而國家眾多，但無堪與本朝相比之國土，即使大唐，亦不如本朝之完美。」時過境遷，日本已是一個科學技術高度發達的國家，「神國」觀念依然幽靈般地糾纏著日本人，這是為什麼？
儘管在日本歷史中的很長一段時間裡，天皇都沒有掌握實權，不問人間世事。日本的歷史是動盪的，充滿了野心勃勃的慘烈戰爭，讓外國人最為驚奇的是，天皇家族卻從未因此中斷過，雖然也不是沒有被臣子廢棄、謀害的天皇，可中國歷史上那種「今天李姓人當皇，明天朱家人稱皇」的情況卻始終未曾出現過。
本居宣長（1730-1801），是日本歷史上最著名的國學大師之一，他的學說對日本文化有著深遠影響，而「天皇統治，萬世一系」的說法，也由他正式提出。本居宣長不滿中國的朱子學在日本大行其道，希望重新確立日本文化的自主性，他認為日本有完全不受佛教和儒教浸染的獨特文化，這種文化才是日本文化的「真心」。
和本居宣長同時代的一些學者，比如上田秋成、津田左右吉等都先後指出了本居學說中的漏洞。從表面上看，日本天皇確實是「萬世一系」，菊花王朝堪稱世界上歷史最長的王朝，從建立至今，擁有著125位天皇，雖經過不少坎坷，卻從沒有被其他王朝取代過，直到今天依然存在。但深究起來，就會發現，「萬世一系」不過徒有其表罷了，天皇在絕大多數時間裡，都不是國家權力的中心。
在日本大化改新之後至明治維新的1200年間，天皇能夠親政的不過屈指可數的幾年。天皇雖然擁有了連中國皇帝難以比擬的「神權」，卻丟失了中國皇帝手裡望而生畏的實權。歷代天皇為了保全自己，不得不過起了「非人」的日子，為扮演「神」的角色捨棄人世間的快樂和權利。
與天皇相比，操控了實權的幕府、將軍和武士則必須為爭奪兵權而奮力廝殺，因為他們沒有「神權」作為護身符，手中的軍刀便成為唯一能說話的依靠。與中國走馬燈般的朝代更替不同，從唐朝後期至清朝的一千多年間，日本的歷史只是單線條地被劃分為兩個時代：一是在權臣籐原氏家族把持政權的「院政時代」，幾任天皇被迫退隱寺院，與青燈古佛為伴。二是在由武士階層掌握實權的「幕府時代」，國家大權更是掌握在武士們手中，他們為國家製法，還將朝內的敵對大臣驅逐出去，他們擁有全國大部分地區的軍權。從戰國時代開始，直到江戶時代，將軍都是日本實際權力的象徵，這一時期的天皇根本沒有政治權力。由此可見，由於中日古代史很早就分道揚鑣了，所以對於歷史的不同理解，其實從一千年前就已經鑄成了。
從日本自身的歷史來看，日本引進和模仿中國大唐制度的時期，其實到了「奈良時代」就大致上終結了。而奈良時代主要從大唐帝國主要引進兩個東西：一是天皇治下、以太政大臣為宰相的「紫微中台」儒教文官官僚制度，並頒布了「大寶律令」；另外一個其實就是佛教的傳入和隆盛。但是，這兩個引進的東西一開始在日本社會內部就嚴重「水土不服」，陷入劇烈的互相衝突、尖銳鬥爭。其實也正是它們之間的衝突，才導致了日本歷史上的「奈良盛世」的瓦解。
據中國學者韓毓海考證：公元764年，日本的女天皇醇仁因不滿太政大臣籐原氏的政策，轉而任用她十分寵愛的道鏡禪師擔任太政大臣，主理國政，籐原氏皇親貴族集團隨即被鎮壓，這一事件從而開啟了日本歷史上佛教干政的局面。
奈良時代的終結其實就是與這種貴族官僚和佛教僧侶之間的劇烈衝突有關。而隨後的「平安朝時代「（時間相當於中國的唐宋之間），日本的政治中心之所以要從奈良遷都於京都，其中一個重要原因，就是為了擺脫佛教僧侶對於奈良政權的控制。這就是為什麼——「平安朝時代」是以原來被和尚們鎮壓的籐原氏皇親貴族復辟，及皇親對於政治的控制達到高潮為標誌的。
從中國人的視角來看，日本平安朝時代籐原家族的攝政，其實就是典型的「外戚專政」。這裡還是有根本上不同的一點：中國歷史上少數的外戚干政，如王莽和霍光的統治非常短暫，很快被推翻，而籐原家族的統治卻長達一個多世紀，而且這種外戚專權還被充分地「制度化」了，這就指籐原家族創立的「攝關家」制度。根據這種特殊的制度：天皇由籐原家族生育、教養，天皇的舅舅、義父、外祖父都是籐原家族的家長。例如：其中籐原道長一人就將這三個角色集於一身，這位外戚貴族大權獨攬，他一個人「攝政」就長達52年之久。
「攝關家」制度自然導致了天皇與外戚的衝突，而恰恰又是天皇與外戚的長期尖銳衝突，最終才使得軍事貴族集團崛起和寺院勢力復活，它最終瓦解了奈良和平安朝時代確立的、類似於中國的「文官制度」。而日本歷史的主角：軍事貴族集團，這個時候終於「浮出了歷史地表」。
平安朝後期，天皇與外戚為了鞏固自身，都力圖借助軍事貴族的力量在權力博弈中取勝，而雙方衝突的結果卻是：天皇和外戚在長期的衝突中兩敗俱傷，而被雙方拉攏、利用的軍事貴族集團卻在衝突中得利、脫穎而出。平安朝後期，以太政大臣和「攝關家」面目出現的文官官僚制度被軍事貴族集團所摧毀，而天皇隨後被徹底虛位，實際上等於被軟禁於京都，而日本的政權從此被一個極其強大的政治勢力所壟斷，這就是平安朝後期「軍事貴族集團」崛起的歷史根源。
鐮倉幕府時代其實也是日本與中國關係的一個轉折，由於蒙古入主中原，所以鐮倉幕府斷絕了與中國的關係，並成功地在海上借助「颱風」的力量，抵抗了無堅不摧的蒙古鐵騎。擊敗蒙古極大地增加了新興的幕府制度的合法性，也使得日本是「神國」的神話從此得以流行。只是當蒙古的威脅不在的時候，日本內部中央幕府、地方大名、武士三者之間的矛盾卻尖銳地展開了。而三個軍閥一台戲，幕府——大名——武士這三股軍閥勢力之間的這台「武戲」長演不衰，從此主導了日本的政治歷史舞台。
1333年，掌握軍權的地方軍閥（大名）足利尊氏奉幕府之命討伐「天皇叛亂」，當時的醍醐天皇妄圖「復位」慘遭失敗，被幕府流放到歧隱小島，而他卻如拿破侖一般成功從島上逃脫，在討伐天皇的半路上，足利尊將軍傚法北宋太祖趙匡胤，黃袍加身，突然調轉矛頭，對鐮倉幕府反戈一擊，摧毀了鐮倉幕府，進而在京都挾制天皇，建立了由地方大名主導的第二任幕府制度——室町幕府。
為中國人所知的一休和尚也是出生在這一個時代，一休法名一休宗純，真名「千菊丸」（因是天皇家族後代，而日本天皇自號神之後裔，故無姓），1394年1月1日生於京都，父親是後小松天皇，母親是日野中納言的女兒伊予局，一說是籐原顯純的女兒籐侍從。
當時的日本在幕府將軍足利義滿的統治下，結束了長達六十多年的南北對峙的局面，政權中心從鐮倉轉移到京都。由於一休的母親是被擊敗的南朝權臣籐原氏人，足利義滿逼迫後小松天皇將其逐出宮廷。足利義滿令一休從小就在京都安國寺出家，據日本史料記載，一休公開聲稱自己「淫酒淫色亦淫詩」，而且在1471年78歲時，遇到一個名叫森的盲女，彼此產生愛情。在題為《夢閨夜話》的詩中，一休這樣寫道：「有時江海有時山，世外道人名利間。夜夜鴛鴦禪榻被，風流私語一身閒」。當時的日本佛教、禪僧和女人私通更是公開的秘密。也曾流行這樣的諺語：「不為者佛，隱匿者上人」。
室町幕府時代是日本政治上的亂世，但卻是文化上的「盛世」。一方面，圍繞著後醍醐天皇的名義上的任命，日本南北兩個朝廷同時存在，並分別聲稱具有唯一的政治合法性，日本此時分裂為「南北朝」，進入到所謂的「戰國時代」；不過另一方面，雖然這個時代政治上一塌糊塗，地方勢力猖獗，因而在日本被稱為「下克上」的時代，但城市和商人階層卻與地方勢力同時發達起來。
隨著日本與中國明朝關係的恢復，中國的貨幣「永樂錢」傳入日本，日本從此進入了貨幣經濟時代，商人和手工業者的組織「座」（如今東京的「銀座」即根源於此）和貿易場所「市」，也就是從這個時代開始興盛。亂世的風氣往往是奢靡，而作為「亂世的哲學與美學」著名的京都金閣寺和銀閣寺，也都出自這個時代的禪宗和尚之手。
室町幕府的統治階級以禪宗作為自己的意識形態，足利尊家族作為文化愛好者，推動了能樂、和歌和繪畫藝術的發展，特別是在造園方面成就卓著。室町幕府的附庸風雅助長了社會上層的奢靡之風，室町後期的大肆興建銀閣寺，更加重了社會經濟負擔，導致了內戰加劇和四處造反。在戰亂中，京都首先遭受了巨大的破壞，而戰亂的最終結果依然是，三個主要的地方軍閥（「守護」）：織田信長、豐臣秀吉和德川家康通過戰爭統一了日本，建立了由武士為主體的第三代幕府政權，這一次才最終使得日本從中世紀的戰亂中走出。這個幕府政權以兩個盛產武士的地區為標誌，被稱為「安土——桃山時代」。
如果說鐮倉時代是中央幕府獨大的政權，室町時代是地方大名的政權，那麼安土——桃山時代則是以武士為統治基礎的政權。作為受家臣（武士）支持的政權，安土——桃山時代是「武士」的權力得到充分發揮的時代。其主要標誌就是：武士道的形成以及成為社會的主要意識形態。
在這個時代，武士作為一個特殊的社會階層有了他固定的居所——城堡。而武士同時還有他特定的生活方式。例如：城堡裡的武士通過一種特殊的儀式將自己與外界隔絕開來，並完成自我修養。作為日本特殊的武士意識形態的起源和武士生活方式的象徵，日本的「茶室」和「茶道」就是這樣產生的。
武士特定的生活方式中，除了以茶道修身的方式以外，還格外強調「忠」的培養，不過，忠的思想雖然與儒教有關，但是這裡的「忠」只是對於「主人」的忠，換句話說，儒教的諸範疇在日本既不能如茶道、禪宗那樣儀式化，也不能如佛教與神道結合而普遍化，這是日本文化與中國文化的另一個重大不同。
在很長一段時間裡日本人都堅信日本是神國，天皇是人與神的結合體，是日本人的祖先。受神道教影響頗深的日本，格外尊崇祖先，天皇對人們的統治是神聖的，為神庇佑治理的日本自然要肩負起統治世界的使命。在二戰中，最能鼓舞日本士兵士氣的口號莫過於「對天皇效忠」。為了天皇，這些士兵從不顧及自身生死，遠離家鄉的他們，時常會對著日本皇宮所在的方向叩拜，彷彿天皇就在眼前，他們以這樣的禮節表達對天皇效忠的決心。而在絕大多數日本士兵眼裡，由神聖的天皇宣佈發起的戰爭，毫無疑問也是神聖正義的，不容懷疑。
1989年裕仁天皇去世，日本國內很快便開始了對天皇以及天皇制的評價工作，為了瞭解日本國民對天皇的真實想法，日本《讀賣新聞》特地組織了一次全國性的抽樣調查。
調查將「昭和」，也就是裕仁天皇在位的年代，以戰爭的結束為界，劃分成「昭和初年到戰敗」和「戰敗到昭和結束」這兩個年代，結果有13%的人認為「昭和初年到戰敗」是日本的「輝煌時代」，認為其是「晦暗年代」的占74%。同時，有89%的人認為「戰敗到昭和結束」這一時期是「輝煌的時代」，也只有9%的人認為戰後的日本是晦暗的。
絕大多數日本人都對戰後的昭和時代表示認可，也並沒有認同舉國狂熱的戰爭時代。調查又發現，大部分對戰敗前作出高評價的多是一些老人，而年輕人絕少有對那個時代作出「輝煌」評價的，另有20%的年輕人乾脆表示自己對戰敗前的狀況很不瞭解。受教育程度越高的人越傾向認為戰前是「晦暗時代」。而從來都在政事上各抒己見的各個黨派，在對戰前戰後的看法上並沒有很大差別，大部分都認為戰前的日本是晦暗的，認為戰前「非常晦暗」的自民黨人占總數的33%，社會黨人佔了41%，共產黨則佔了60%。
幾乎沒有哪個階層認為戰後的日本不「輝煌」，無論人們年齡大小，學歷高低，有著什麼樣的政治背景，大家都普遍認為戰後是「輝煌時代」，親身經歷了殘酷戰爭，並耳濡目染戰爭狂熱氣氛的70歲老人為83%，只受過中小學教育的人為86%。
已故裕仁天皇的生日是4月29日，新登基的明仁天皇的生日是12月23日，在被調查者中，有82%的日本人都希望能將這兩天作為節日，而反對把天皇生日當成國家節日的只有2.9%，令人驚訝的是，越是年輕人越希望定這兩天為節日，在20歲的被調查者中有91%的人都贊成把這兩天當成節日，這些從沒有受過皇權教育的年輕人，對充滿傳統文化氣息的天皇和皇室表現出濃厚的興趣。