隨後，肖鵬飛調動本源之力幫助昊天武尊提升境界，沒想到在本源之力的改造下，昊天武尊竟然直接被提升到了仙帝初期，遠遠超過了當初所說的洞仙之境，不僅讓昊天武尊驚得目瞪口呆，就連肖鵬飛自己也倍感震憾。
他沒想到本源之力竟有如此奇效，想到自己獲得了秘界的本源之力，又打開了混元之境，頓時想到了飛天獸境中的混沌獸，更想到了自己與混沌獸的交易，於是動念之間，便將混沌曾從飛天獸境轉移到了混元之境中的混元海。
當混沌獸突然被轉移到混元之境時，先是愣了半天，待發覺自己所處的環境之後，不由大喜，頓時發出心念傳音，向肖鵬飛連連感謝，並保證只要他有事需要幫忙，隨時可以召喚於它，它會很開心地出來幫忙。
得了混沌獸的保證，肖鵬飛自然是笑逐顏開，從今以後，自己又有了一個強有力的打手，以混沌獸的實力，那可是一所向披靡的超級打手啊。
這時，肖鵬飛又想到了呆在乾坤袋空間的鯤鵬，自己此時的修為已經達到了玄靈師尊的層次，從修為層次上，已經超越了鯤鵬的層次，也是時候去接收它（或者說自己）的本體肉身了，若是能順利地將之接收，與其合二為一，那麼自己的實力必將更上一層樓。
主意打定後，便將昊天武尊轉移至萬倍時間流速的次元空間，讓他先自行修煉，以便鞏固剛剛提升的修為和境界，自己則告罪一聲，一晃身，進入了鯤鵬所在的空間。
不提肖鵬飛融合鯤鵬本體的事，且說當日肖鵬飛被偷襲擊落絕仙崖後，三界聯軍各自返回，回返各自駐地的各方勢力，卻發現平靜的三界驟然形勢大變，到處魔物氾濫，凶靈成災。
就在三界聯軍與肖鵬飛等人在崑崙之巔對訣之時，天界妖皇、人界妖皇、鬼界妖皇均成就魔帝之身，功力妖法俱皆大成，三者意識合而為一，自稱九天妖皇，宣佈即日起三界一統，盡歸麾下，並以大神通復活百妖門一干妖王，驅使這些妖王率領魔靈大軍分別向三界大舉進攻，凡人、鬼、仙三界中人，順者昌，逆者亡，並開始誅除異己。
神州修真界四大宗門被打上門的諸位妖王軟硬兼施，欲收為己用時，宣告了當初擊殺各派弟子、毀滅宗祠的兇手乃是這所謂的九天妖皇，而並非肖鵬飛，欲以此鎮伏各宗就範。
四大宗門這才知道當初果然冤枉了好人，中了妖皇的借刀殺人之計，個個悔不當初，若是肖鵬飛沒死，以他的身手，應對這些魔物，實在不在話下，畢竟只有他以前有過獨力應對魔靈的經驗，並且大獲全勝。可是此時肖鵬飛已被擊落壁高萬仞的絕仙崖，就算他法力再怎麼高強，掉落崖下，被禁絕了法術，也是徒歎奈何，只有死路一條。
後悔歸後悔，再後悔對當前的局面也沒有絲毫的幫助，對於前來招降的妖皇門下，四大宗門拚死抵抗，可是妖皇早就留有後手，配合上次毀滅四大宗門宗祠時潛伏在各大宗門之內的暗棋，裡應外合之下，四大宗門被各個擊破，各派掌門的元嬰皆被魔靈吞噬，最終四大宗門悉數淪陷。