歐洲與東洋的貿易，全歸我國（葡萄牙）獨佔。我們每年以大帆船與圓形船結成艦隊而航行至里斯本，滿載上毛織物、緋衣、玻璃精製品、英國及富朗德兒出的鐘錶以及葡萄牙的葡萄酒而到各地的海港上換取其他的物品。船從哥亞航行至愛琴得到香料與寶石，又從愛琴至嘛喇甲（馬六甲）更得香料與宋大島的白檀。其次，再把此等物品，在澳門換取絹加入為船貨。最後，又把以上的貨物到日本換取金銀塊，可得到投下資本的二三倍利潤。然後，再在澳門滯留數月，則又可滿載金、絹、麝香、珍珠、象牙精製品、航器、漆器，細工木器以及陶器而返回歐洲。
從王舒到繼任者徐州兵備副使李天寵、楊宜，浙江倭患還是沒有得以平息的跡象。閩浙總督張經、浙江巡撫李天寵、蘇松副總兵湯克寬等人先後因不服領導、貽誤戰機等存在爭議的原因而被處決，棄屍於市，參將湯克寬坐牢。兵部員外郎楊繼盛因彈劾嚴嵩「五奸十大罪」，慘遭毒手。
徽州人胡宗憲接替任職不過半年，同是徽人的楊宜便出任了浙江、南直隸總督。經過陶宅之敗，胡宗憲及權臣趙文華認識到，單靠明軍脆弱的武力難以剿滅飄忽不定的倭寇。在這種判斷下，1555年，趙文華與胡宗憲在「當事諸君與之籌劃不敢出一語」的情況下，派辯士蔣洲、陳可願等前往日本招撫倭首王直。此時，胡宗憲已經將王直的母親與妻兒接到杭州作為人質。
王直讓其養子毛海峰答覆說，「願意聽從胡公的命令，但要開放海禁」。胡宗憲一口答應。1556年，王直將胡宗憲手下的指揮夏正扣下，部隊交給毛海峰，自己孤身一人，於嘉靖三十五年十一月入胡宗憲府邸。
胡宗憲對王直早有收歸己用之心，使請皇帝饒其死罪，令其戍守海上，但浙江巡按御史王本固堅持要殺王直，雙方爭執不下。不久，朝廷有人懷疑胡宗憲收受了賄賂，群情激憤。胡宗憲為替自己辯白，將王直交給王本固，王直遂入獄。王直在死前於獄中以帶罪犯人的口氣曾寫了這樣一份上書：
連年倭賊犯邊……劫掠滿載，致使來賊聞風倣傚，紛至沓來，致成中國大患……此臣拊心刻骨，欲插翅上達愚衷，請為說客遊說諸國，自相禁治。日本雖統於一君……其國尚有六十六國，互相雄長。其犯中國之賊，大致出於沿海九州，其他十有二島，臣已遍歷，勸自約束……經臣撫諭，必不敢仍請攻犯。臣當自五島徵兵剿滅，以夷攻夷，此臣之素志，事猶反掌也。如皇上慈仁恩宥，赦臣之罪，得效犬馬之微勞馳驅，浙江定海外港，仍如粵中事例，通關納稅，又使不失貢期；宣諭諸島，其主各為禁制，倭奴不得復為跋扈，所謂不戰而屈人兵者也。敢不捐軀報效，贖萬死之罪。
在遲疑兩年後，王直被斬首，這等於判了王直死刑緩期兩年執行。《週末》雜誌曾刊發吉青文章《明代舟山抗倭二十年》，用情景式描寫簡要記述了王直死前的情形：
那天，王直被一頂小轎抬到杭州官巷口法場。臨刑前，他提出要求：與兒子見最後一面。王直把束髮金簪交給兒子，父子相擁而泣。然後，他拭去眼淚，不發一言，伸頸受刀，就此斃命。
四任首輔老臣之死
在整個抗倭鬥爭中，朱紈不是鬥爭的唯一犧牲者。同時代的主戰派官員，譬如提攜朱紈的首輔大臣夏言，以及王舒、曾銑等，也是被殺的殺，免的免，好一個慘烈的下場。
夏言是江西人，儘管他先後4次出任首輔，也沒能逃脫被誣殺的命運。夏言在1538年首次出任首輔，到1548年的10年間，明政府換過7次首輔，夏言得任4次。
在16世紀40年代，夏言是主戰蒙古、收復河套和抗倭的靈魂人物。1547年，夏言最後一次任首輔的第三年，在他的組織下，中國南北同時興兵。
在北方，明朝發動了驅逐蒙古、收復河套的戰役，這場戰役由三邊總督曾銑上書而提上日程，他一度將蒙古人趕出河套。在南方，夏言推薦朱紈前去閩浙平倭，主張要像對待「北虜」那樣以強硬手段剿滅倭寇。朱紈不負眾望，以強悍之態，肅清了盤踞在浙閩多處的中外私商乃至海盜。
但隨後發生的事情扭轉了全局。1548年，北邊韃靼首領阿勒坦汗又入境侵擾。對此，魏斐德寫道：「人們對夏言的進攻之策喪失了信心。」靖嘉帝的態度也發生了很大轉變，他下詔對驅逐蒙古提出質疑：「今逐套賊，師果有名乎？兵食果有餘，成功可必乎？一銑何足言，如生民荼毒乎？」
或許夏言也認識到，戰爭並不能解決北部邊疆的安寧問題，湖北專業作家熊召政曾在演講中指出，夏言晚年也曾提出和蒙古人改善邊關貿易，但被嚴嵩借題發揮說破壞了祖制，並污夏言收受了蒙古王的賄賂，要裡通外國。
夏言與嚴嵩是同鄉，且對嚴嵩有引薦之恩，但兩人關係處得很僵。夏言對嚴嵩傲慢無禮，並以門客視之，這是兩人關係惡化的重要原因。夏言不近女色，不貪不佔，不畏權貴，早在入閣前就參過弘治皇帝的小舅子張延齡。
得勢的時間一長，夏言也多少有些驕橫氣盛。他甚至答應了嚴嵩的宴請，卻刻意不到，借此羞辱嚴嵩。他視太監為奴才，而嚴嵩看到太監甚至會讓座，走前必給紅包，見者有份。
因拒服道冠法服等事，夏言招致嘉靖帝不滿，而此時嚴嵩則以謙恭之姿維持著嘉靖帝的恩寵。嘉靖帝不滿、做人傲慢、與蒙古關係緊張，使得夏言在1548年被嚴嵩設計致死，妻子兒女被流放。之後，嚴嵩第二次出任首輔，受寵22年不衰。
在夏言被斬的第二年（1549年），朱紈失去庇護，以「擅殺罪」被群起彈劾，最終沒等到明政府對其追究就自殺而去。王舒也是在與蒙古作戰失利後被殺。1449年土木堡之變後，于謙掀起北京保衛戰。100年後的1550年，蒙古再次兵臨北京城下，之後明朝北邊繼續受到蒙古侵擾，王舒因在抗倭中任用了俞大猷、湯克寬等人而立有戰功，被以副都御史的身份調離去巡撫大同，後加兵部右侍郎，代蘇遼總督。
1559年，因灤河失事，王舒在次年被嚴嵩構言而殺。王舒有兩個做官的兒子，在王舒被殺前，他的大兒子王世貞解官趕到京師與其弟王世懋每天在嚴嵩家門外自罰，請求寬免，但沒有如願。後王世貞累官至刑部尚書，王世懋則官至南京太常寺少卿。隆慶元年（1567年），王氏兄弟終為其父平反。
與夏言不同，嚴嵩對攻守並沒有直接表現出鮮明的態度，更多是通過他的代理人趙文華體現其意圖。趙文華是寧波慈溪人，是嚴嵩的學生兼義子，他生活作風奢靡，為人詬病，但也頗有些才幹。
早在朱紈全權總督閩浙軍務時，趙文華就建議朱紈應審時度勢，不要危害海外貿易。1554年，趙文華又請開市舶，但因戶部阻撓而未果。到達江南後，趙文華又結合實地考察的情況，向朝廷上奏《陳海防事宜六事》，明確提出「馳海禁」的主張，「宜令督撫等官，止禁通番大船，其餘各聽海盜官編成排甲稽檢出入，照舊捕采」。
歷史上的嚴嵩、趙文華，是「權奸」到只知貪權納賄、陷害忠良之人。在謝禾生看來，嚴嵩當政多年，政績並不突出，其主要作為體現在對待「南倭北虜」的民族政策上。趙文華主張馳海禁、開市舶、輕民賦，他與嚴嵩在倭寇的起因、成分及其對策上是基本一致的。
對於倭寇，嚴嵩有較為清醒的認識，他認為：「倭寇之起，因閩浙人下海通番得利，聚徒眾盛，遂起狂謀。去歲只在沿海侵犯，今則各地深入。據報，真倭數不滿千，皆系漳溫近海賊徒結伙導引，一如北虜我逆之導也。」
在趙文華保薦下，胡宗憲當上浙江、南直隸總督，招撫開市之事就是胡宗憲的主意。在胡的幕僚鄭若曾執筆的《籌海圖編》中曾提到嘉靖時的主事唐樞對商寇的認識，「寇與商同是人也，市通則寇轉而為商，市禁則商轉而為寇；始之禁禁商，後之禁禁寇」。
顯然，胡、趙等人對唐樞的話深表認同。嚴嵩不主戰的思想背後，已經初步具有推動通商互市的傾向，只是這種思想更多由趙文華出面來主張。嚴嵩在文官中的名聲不佳，似乎讓這種傾向缺少落地生根的外在環境，趙文華雖是其代言人，但其本身的份量卻不足。
碧血汗青在《明朝海禁以及倭患、王直和海商》中提到，王直在臨刑前的公開遺言中曾長歎：「吾何罪，吾何罪，死吾一人，恐苦兩浙百姓！」死後，他的話很快得到應驗。倭寇的活動並沒有如明政府一些官吏們所想像的那樣，因為王直這個「倭寇」頭目的被殺而消弭下去，而是在王直死後達到高峰。
1562年冬天，倭寇猖獗達到極點。以前倭寇充其量攻陷一座縣城，這次動靜大到直接攻陷了興化府。曾被胡宗憲陷害入獄的俞大猷，這時升任浙江總兵，戚繼光副之。早些時候，俞大猷有賴陸炳賄賂嚴世蕃和取得大學士徐階的擔保才得以脫身。
此時徐階已取代嚴嵩而位居首輔之位。當年，張璁為斗倒夏言，開啟了明朝黨爭的時代。27歲的翰林徐階違逆張璁，說其出身不正，張璁揚言要將其正法。逃過一劫的徐階，最終被發配福建為官。夏言在斗倒張璁之後，舉薦提攜了徐階。之後的故事是嚴嵩把夏言整死，徐階又將嚴嵩扳倒。後來，三起三落的高拱又將曾對他有舉薦之恩的徐階斗了下去，但沒想到高拱又被徐階提拔的張居正趕下了台。
在俞大猷被委以重任的同年，胡宗憲以「嚴黨」之流被捕下獄，其被彈劾至少有兩處：一是倭亂，二是阿諛嚴嵩。胡宗憲曾多次寫信乞求羅小華（又稱龍文）在嚴世藩面前為自己說好話，而這羅小華可不是一般人，否則犯不著胡宗憲來求他。在傅衣凌所寫的《明代徽州商人》一文中，我們得知，羅小華的身份是徽州墨商，他善用桐油煙製造上品墨，年輕時就取得了在制墨業的執牛耳地位，他拜了嚴嵩做乾爹，與嚴嵩的兒子嚴世蕃關係密切，而且還是王直的親戚。
在懲處「嚴黨」時，嚴世蕃先是發戍，後以通倭罪被殺。因一連串的關係，羅小華以同樣的罪名被抄家。而胡宗憲在強大的政治壓力之下，萬念俱灰，1565年在獄中橫刀自殺。1572年，他的死得到昭雪，並被國史錄入平倭功勳名單中。有一種說法，胡宗憲是將釣魚島劃歸中國領土的第一人。
1566年，勾結倭寇多年的大海盜吳平，從海路竄逃安南（今越南）途中被閩、粵官軍全殲，至此，中國沿海倭寇巢穴被全部蕩平，大股倭寇基本肅清。舟山史志辦撰寫的文章《明朝舟山海商研究》這樣評價明朝舟山民間海外貿易發展的意義：
糾番與誘倭私市貿易是明朝中葉民間海外貿易活動發展的兩大進程……在糾番私市貿易活動中有以許氏兄弟為首的雙嶼港私市貿易活動，在誘倭私市貿易中則有以王直為首的烈港私市貿易活動，並進而發展到以日本平戶為根據地的海外貿易集團，從而把舟山海商的海外貿易活動推進到一個前所未有的鼎盛階段，這在中國民間海外貿易史上有其重要的一席之位。值得一提的是，以王直為首的誘倭私市貿易活動的開發，加速了明朝中日官方貿易向民間貿易的演變。自王直以後，日本的平戶港一直是明末清初中國民間海商往來日本的一個主要據點。此外，據日本《鐵炮記》所載，葡萄牙人與日本的通商貿易往來以及西洋鐵炮傳入日本，均與王直有關。
同年，新任皇帝隆慶上台，日本戰國時代結束。之後，真正在政府的戰略及執行層面有毫無掩蓋的通商互市傾向的，是高拱、張居正內閣。
整個明朝，把政治權威與民意傳達拿捏得最為嫻熟的年代，當數高張內閣時代。1570年，張居正以封王和開放邊市貿易為手段，重新恢復了對北方邊疆遊牧民族的和談綏靖政策，並在1571年削減了2/3以上的軍隊，從此基本結束了明朝與蒙古韃靼各部近200年兵戈相加的局面。而之前，每次蒙古族俺答長驅直入所侵擾的地區，如晉中汾陽、介休、太原、祁縣、太谷等地，生靈塗炭，蒙受了很大的生命財產損失。也是在這期間，漢蒙邊境出現了很多明朝在塞外的固定村落「板升城」，最大的「板升城」呼和浩特，就是在1566年建成的。
與夏言、朱紈等主戰派官員被彈劾而死不同，1571年前後，因蒙漢關係及官商關係交織引發的對張四維、王崇古家族的彈劾，卻造成了被彈劾一方的政治大地震。但兩次彈劾都有一個共同的特點，那就是勝利的一方都主張通商開市。
高張內閣時期，南方海疆祥和，海商獲得合法身份，與大明社稷、輿論兩相無事，迎來了一段難得的發展機會，中國海商獲得了史無前例的發展。