台灣特種部隊的士兵主要從志願兵中精心挑選意志堅強、身體強健、反應敏捷、紀律性強、能吃苦耐勞、敢於「玩命」、大專以上文化程度、有5年以上軍齡、精通戰術技術、訓練成績突出者；軍官要通曉特戰理論原則，觀察、分析、判斷和獨立組織訓練、指揮作戰能力強。入選者無論從事過何種兵種、有何專長均需經過6∼9個月的初期訓練，並採取嚴格的全程篩選，淘汰率達80%，爾後進入特種作戰訓練中心進行強化「地獄」式的封閉訓練，畢業後分配到陸、海、空特種作戰部隊服役。此訓練期為45周左右。
訓練上，台灣特種作戰司令部官員宣稱：「超常的戰鬥力來自超常的訓練，只有經過嚴格的『地獄』式訓練，才能完成神聖的使命。」其訓練內容主要有：
1士兵基礎訓練。一般為期3個月，在遠離城鎮的荒山野嶺進行各種輕武器射擊，為飛機、戰艦、導彈、火炮指示目標，修正彈著點，判定方位，選定攻擊路線、目標、戰術技術等科目訓練，以實地演練操作為主，其中夜間訓練占總訓練時間的1/3。
2軍官（軍士）訓練。主要進行學習基本指揮理論原則、程序方法，快速用、標圖，戰術想定作業，實兵實地指揮，組織展開偵察、獲取、分析、傳遞使用情報，組織通訊聯絡、作戰協同和各種戰術技術訓練，目標識別訓練，運用「敵我識別系統」識別敵各類目標，並進行用肉眼快速識別敵機、艦、火炮、車輛等目標的訓練，要求隊員對不同角度、不同形態、經過偽裝的運動目標能在10秒鐘內識別出目標的數量、性質、方向、速度和企圖等。
3海上訓練。主要進行對海戰兵器、海岸島嶼、軍港碼頭、戰鬥設施的爆破，高難度潛水，海上機動工具操縱，水中射擊，擒拿格鬥，判定方位，定點機降，水中自救，武裝泅渡，夜間通訊等科目訓練。
4特種技能訓練。主要在深山老林、丘陵地訓練武裝越野，鑽管道、涵洞，走圓木、三角木，使用繩索，攀登，越牆，排雷破障，徒手奪槍（刀），監視、追蹤捕殺對力要員，審訊俘虜，搜集整理情報資料等。
5求生訓練。到荒無人煙的深山老林、江河湖泊、高山平原、泥濘沼澤等各種地形訓練單兵淨水取火防寒保暖、採食野生動植物、無煙野炊，並將隊員空投到台灣東部人森林和鯊魚出沒的海域，不發給食物進行絕地求生訓練。
6偽裝訓練。利用偽裝網、套、衣、罩、塗料等制式器材和樹木、竹枝、草皮、巖洞等簡便器材和地形偽裝身體和武器裝備；夜間構築工事、掩體、藏身洞，要求50分鐘構築完畢、1.5米內不被人察覺且不露痕跡。
7戰術訓練。主要進行遊擊戰與反游擊戰，破襲與反破襲、偵察與反偵察、追蹤與反追蹤，搜剿與反搜剿、滲透與反滲透、攻擊與反攻擊、追擊與反追擊、堵截與反堵截、包圍與反包圍、伏襲與反伏襲等戰術訓練，並進行嚴格考核。為提高訓練質量，台軍特種作戰部隊每年均派遣官兵到美國等西方發達國家的特種作戰部隊訓練中心（基地）「加鋼淬火」，取經學藝。
武器裝備
經過一番瘋狂採購，台灣特種部隊的武器裝備在近幾年有了較大飛躍，而各特種部隊的軍營儼然成了世界先進武器裝備的展覽館。特種作戰部隊的武器裝備形成了種類多、性能優、精度高、速度快、體積小，重量輕、抗干擾、威力大等特點。目前，台軍特種作戰部隊的武器裝備主要有：（1）各種輕型火炮、單兵導彈、輕重機槍、微型（聲）衝鋒鎗、手槍、匕首槍、磁性及膠貼定時炸彈、瞬發手雷、地雷等：如購置的美制M733突擊槍、格洛手槍，以色列製造的「迷你」型烏茲衝鋒鎗和瑞士製造的SS-2000狙擊步槍等。（2）武裝直升機、輕型運輸機、兩棲裝甲輸送車、偵察車、輕型艦船、微型潛艇、橡皮舟、翼型傘、滑翔、滑水器等。（3）高頻發收信機、多功能電台、盔式通話器、袖珍報話機、超遠長距照相機、偵測雷達、戰場監視、傳感目標測向、跟蹤定位儀、夜視鏡、竊聽儀，如購進的摩托羅拉2000型耳膜無線電、TAC-VI型戰術背心、德國製造的奔馳3000運輸防暴車。（4）雷障探測儀、攀登越障、泅渡、防鯊槍、刀、潛水和美制LAR5型封閉式純氧水下呼吸器等。
「台灣魔鬼戰士」——余奎麟
2004年8月3日，台灣「國防部」舉行了一次特殊的記者招待會，一名從美國「學成歸來」的台灣海軍陸戰隊兩棲偵搜大隊隊員余奎麟，在台灣當局的安排下，到「國防部」接受島內記者的採訪。
這次記者招待會立即成了島內最熱的話題。據台灣媒體報道，2003年9月16日，台灣海軍陸戰隊選派兩棲偵搜大隊的余奎麟前往美國，接受美軍「海豹」突擊隊的特種兵作戰技能培訓。在長達7個月的時間裡，余奎麟先後參加了體能訓練、戰鬥潛水、陸地小部隊戰鬥三個階段的訓練。台灣《中國時報》等報道說，余奎麟靠著「不怕苦、不怕難、不怕死」的精神，每天訓練12—16小時。其中體能訓練階段被稱為「地獄周」，長跑、游泳及駕舟的時間長達112小時，而睡眠時間只有5個小時，「把人類的潛能發揮到極致」。在冬季進行的蛙訓中，習慣了台灣南部高溫天氣的余奎麟，長時間身處溫度低於5攝氏度的海水中，「更是飽受失溫及意志力打擊……」多數台灣媒體都在報道中強調，共有123名學員參加了這次培訓，能夠堅持到最後的只有11人，余奎麟是其中唯一的外籍人士。
余奎麟家住台灣花蓮，現年28歲，畢業於台灣陸軍軍官學校，曾任排長等職。在接受美國「海豹」突擊隊訓練之前，他還曾兩次赴美國參加陸戰隊兩棲偵察班及陸戰隊初級班的訓練。美軍「海豹」突擊隊訓練艱苦、淘汰率高，余奎麟能夠堅持完成訓練的確不易。不過，在台灣一些媒體的宣傳中，余奎麟徹底被神化，在兩天時間內，就由一名普通低級軍官變成了「台灣魔鬼戰士」、「台灣悍將」等等，就連台灣特種部隊的整體戰鬥力，也因余奎麟而陡然在宣傳中被「提升了一大塊」。
不少分析人士指出，台灣特種部隊自組建以來，一直處於機密狀態，很少出現在媒體面前，即使台灣發生了自然災害，台灣「國防部」也嚴禁特種部隊參與救災。台軍這麼做，目的是要保持特種部隊的秘密，以期在關鍵時刻發揮「撒手鑭」的作用。這一次，台灣當局一反常態，為一名普通的特種部隊士兵安排專場記者招待會，甚至允許媒體進行渲染性的報道，「狀況實屬少見」。分析人士認為，台灣「國防部」刻意編排這麼一場戲，必有深刻的背景和用意。
據台灣《東森新聞報》報道，8月3日，台灣「國防部」官員公佈了幾項重大決定：第一，1999年被裁撤的台灣陸軍空特部特勤隊、海軍陸戰隊特勤隊都已恢復建制。第二，要繼續加強與美軍的合作，全面培訓台灣的特種部隊，「未來甚至不排除派遣班級以上建制人員，以反恐名義前往美軍特戰基地協同演習」。第三，基於「決戰境外」的戰略考慮，下一階段將擴編目前的特戰部隊，「以進行跨海及要點突擊」作戰。這名台軍官員還解釋了他們擴充特種部隊規模的原因：一是「台灣長期面臨大陸強大的軍事壓力」；二是特種部隊是實施「決戰境外」的重要參與者。
據美國國防部的軍力報告透露，台灣特種部隊在正規軍中的比例接近千分之一，這一比例居世界第一。美國儘管極為重視特種部隊，但這一比例也只有十萬分之一；而全球80%以上的國家和地區至今仍沒有特種部隊。由此可見，台灣當局對特種部隊有多麼重視。
然而，令人覺得困惑的是，台灣當局重視的只是特種部隊，並不重視其特戰隊員。在台灣高官們的眼裡，特戰隊員不過是一種工具而已。有一次，台軍的某個總司令視察海軍陸戰特勤隊時竟然公開對大家說：「你們是一群最便宜且最優秀的殺手。」辛辛苦苦在長官面前操練了半天的「甲等作戰單位」竟落得如此評價。這位高官的講話立刻在陸戰隊特勤隊中引起了軒然大波，隊員們都表示了極大的憤慨和委屈，情緒受到了很大的打擊。此外，在台灣軍隊中外行領導內行已經不是什麼新鮮事了，在特種部隊內也不例外。一些從未幹過特戰的人通過拉關係等手段混入特種部隊，然後就為所欲為，這些都極大地影響了部隊的士氣。這些都是阻礙台灣特種部隊發展的負面信息。