接著，達爾文又證明，狗可以理解人們的話語，鸚鵡能夠說一些單詞。通過將鳥唱歌和人說話比較，達爾文認為鳥其實在練習發出多種聲音的技巧。他說：「一種鳥如果學會了另一種鳥鳴聲，它們會很自然的傳授給自己的雛鳥，聲音也就可以代代相傳了。權威們認為，鳥啼聲中細微的自然差別相當於方言的差別，非同種但有親緣關係的鳥的啼聲，則可以看做是不同人種的語言。」清晰語言的起源和發展又是怎樣的呢？達爾文又引用了著名學者的話，他認為是借助於符號和手勢，模仿並改變各種自然的聲音和其他動物的聲音再加上人的本能最終導致了語言的產生。單獨的行為不可能創造出來語言，從本質上說語言同社會的動物發出的信號和聲音沒有區別。在這一章節中，達爾文還是無情的駁斥了華萊士的觀點。
還有這樣一種觀點：美的感覺也是人類特有的，達爾文駁斥說，雄鳥在雌鳥面前喜歡打扮，喜歡把窩巢裝飾的華麗，體現了動物也有美的感覺。
宗教界的作者認為，在信仰上帝方面，人跟動物截然不同。達爾文認為，上帝這一概念並不是自古就有，是在人類發展到一定階段才會產生，也不是人人都信仰宗教。其他種族中普遍流傳的對神的信仰，是一種迷信，基於這種迷信，人們通過比較自己的行為和動植物、無生命物和自然界中的動作和現象，發現自己對後者的動作和現象無法作出合理解釋，所以把這些原因都歸結為一種神秘的力量，就像狗看到某個移動的物體時，就會開始無理由的狂叫。
最後，還有很多人認為道德感、責任感或良心是人跟動物之間最大的差異。因為這是一個不能迴避的問題，所以達爾文對這個問題作出了說明：
一、任何社會動物都會對同伴展現出同情心和強烈的幫助欲，這也是它們的本能。
二、如果共同本能被其他本能掩蓋而得不到滿足的話，社會動物就會表現強烈的、不滿的情緒，這可以認為是動物的良心的來源。
三、在語言發展的情況下，對公共福利來說，衡量行為的最強有力的尺度是社會輿論本身對人的本能的同情。
四、對團體願望的服從鞏固了這些共同本能和動機。
達爾文堅持，這些共同本能和同情心，最初只針對同一個群裡的成員而不是對所有的人。正如人的其他特徵一樣，所謂「絕對命令」的相對性是經過了歷史上的發展和進化的，當代外交史的一個原則是，可以對自己的敵人撒謊。
對當時普遍流行的「利己主義是道德的基礎」觀點，達爾文持反對態度，利己主義就是愛自己，利己是「最大幸福的法則」，其實，利己可能是目的，但卻不是幸福的原因。達爾文認為為公共福利去行動的「共同本能」才是道德的基礎,所以個人的享樂並不是道德的基礎。
華萊士在1864年發表的一篇關於人類的文章中認為：純粹人體構造的體力變化並不能完全展現人類的進步，人類發明工具的行為、獲得食物的手段、尋找避難場所、獲取火種等這一切行為才可以真正體現人類的發展。達爾文對此持肯定態度，人類是通過技術、智力和精神才能的發展才獲得了上述成就。這裡我們只大概提一下「自然選擇和開化民族」理論。其中很多東西是錯誤和不成熟的，這表明即使是一個天才，也不可能提出高於自己意識形態的東西，尤其是第二次世界大戰中發生的事件，更說明了這一點。因為我們不同意達爾文的觀點，所以我們不需要證明「野蠻人」是一切「開化」民族的起源：我們堅決反對「高度文明的民族不像未開化的部落那樣相互傾軋」這一論調，以「擁有高度文明」的法西斯分子為例，他們更是殘酷地消滅其他「劣等」民族。
在第六章，達爾文確定了人在動物體系中的位置。他與奧溫和華萊士這些人的觀點完全不同，因為他們準備僅僅在一個特徵的基礎上區別人和動物，這個特徵就是人的大腦或精神上的能力發展。達爾文在1864年寫信給華萊士，信中提及華萊士在《人類學評論》上發表的一篇文章時說，即使螞蟻有很高的本能，但螞蟻終究還是膜翅目昆蟲。在1863年，赫胥黎寫了一篇文章《人類在自然界中的地位》，而在另一部1869年發表的著作中他把靈長目劃分為人、猿和狐猴等亞目。
達爾文進行了更為深入地研究，按其身體特徵來說，人是屬於舊大陸狹鼻猿類的，因此，不應該把人歸為一個完整的亞目，而只能是較小的等級，即科或者是亞科，達爾文認為，人類的故鄉應該在舊大陸，就像所有的狹鼻猿的故鄉在舊大陸一樣，但是，如果認為人和大猩猩、黑猩猩的相似之處更多的話，人類的故鄉可能是在非洲。為什麼說人類的故鄉是在熱帶呢？人用果實填飽肚子，並且喪失了毛皮層，都說明了這個問題。
達爾文談到假想的人的系譜時，認為人來源於從闊鼻猿類中分了出來狹鼻猿類。根據赫胥黎的說法：猿、狐猴、其他高級（有胎盤的）哺乳動物，有袋亞綱、爬蟲綱，存在著後者是前者的來源關係。達爾文補充說道，當人們想徹底研究哺乳動物的系譜時，科學領域的界限是模糊的。達爾文介紹赫克爾的《自然創造史》時，面對的是那些「願意知道智慧和知識可以達到何種程度」的人們，他作了簡明的解釋，可以作出這樣一種設想：所有的脊椎動物亞門都來源於無顎類祖先，且在彼此之間有血緣關係。
達爾文列舉了文昌魚即蛞蝓魚的例子，作為人類更早的祖先，當時它被歸為魚類的同時還被看做是脊椎動物亞門中最原始的動物。1833年4月，他還在福克蘭群島時，就開始研究這些海鞘，並用放大鏡把它們畫了出來。他借用了亞·奧·科瓦列夫斯基的那波利的成果，就發展方式和神經系統的位置，就蛞蝓魚和高級脊椎動物胚胎所固有的脊索的存在方面來說，海鞘的幼蟲和脊椎動物亞門相似的。達爾文斷定說：「因此，作為分類學中最權威的指導的胚胎學，唯有相信它，我們才會最終找到脊椎動物亞門的起源。我們有充分的理由認為，在很久以前，就存在過一類與海鞘幼蟲相似動物，這一類動物有兩大分支，其中一支比較弱，形成了現在的海鞘綱；另一分支則作為脊椎動物亞門的基礎，發展到了高級階段。
達爾文認為人類近期的遠祖的外貌可以通過未發育器官設想出來，這一章的結尾是這樣的：「這沒什麼覺得羞恥的。即使最簡單的生物也要比無生命的塵土高貴得多，在研究生命甚至是最低級的生命時，按一般人的智商，都會為被它特殊的構造和屬性震撼。」
因此，在廣度和深度上，《人類的起源》的第一部分都發展了赫胥黎和赫克爾的基本思想。他研究的主題包括的內容很龐大，證明人是如何起源於動物的事實時，在數量上，他所列舉的論據遠遠的超過了赫胥黎和赫克爾，例如，讓人們感到驚奇的是，他列舉了許多人的未發育器官。無疑，內容是關於人類才智和精神方面的能力逐漸發展的幾章，與華萊士就同樣問題提出的「人類才智和精神方面的能力有特殊來源」這一觀點有密切關係的。
達爾文用完全創新的方式對人種起源這一問題作出了回答。在物種起源、種的區別中起過重大作用的因素即自然選擇，不能回答人種起源的問題。通過自然選擇的作用是保存一些有益的變異，但是因為各種人種外表上的差異並未對本人帶來很明顯的好處，所以我們認為人種起源並不具備自然選擇的特徵。他認為，外界條件的「直接影響學說」和拉馬克關於「器官使用和不使用學說」都不能解釋這些特徵。對其他有益特徵的某種依附性，即「相關作用」，也很難作出合理的說明。在他的思路中，始終貫穿著「選擇」兩字，所以他用「性選擇」原則回答了這個問題，早前他曾在動物的第二性徵的起源問題中，使用了這個原則。他對這個問題相當的感興趣。例如，1869年2月22日，他給弗裡茨·繆勒寫信說：「因為人們責怪我隱瞞了自己的看法，所以關於《人類的起源》，我正在考慮再寫一篇小論文來論述面部表情的原因和作用。」
最初，在《1842年概要》中，他決定研究性選擇這個題目，他把性選擇分成兩種:由於雄性想要佔有雌性，因而雌性在爭鬥中取得勝利時，就有權利選擇最漂亮、最有吸引力的雌性。變異使選擇成為可能，這在自然選擇中的情況一樣，後代通過遺傳性使特徵得以鞏固，但是選擇的原因已經超越了生存鬥爭。達爾文在《概要》中寫道：「無論是雄性還是雌性，它們身上的優點，經達幾百代的發展，就會轉變成為一定的優勢，後代也會繼承這些特徵。」因此，雄性在為佔有雌性而發生的爭鬥導致了性選擇的產生，在爭鬥中擊敗對方或是對雌性有吸引力的雄性，就是競爭的勝利者。
《物種起源》第四章主要是關於自然選擇的問題，作者論述性選擇這一問題大約用了兩頁左右的紙張。因為他堅信「人的種族特徵的起源有賴於性選擇」，所以他更加全面深入地分析了動物的第二性徵。所有種類的動物中，那些性崩解作用明顯表現出來的動物才有第二性徵。還在1868年5月，他寫信給虎克說：「性選擇是一個很大的題目，我竭盡全力的在研究它。」而1869年12月13日，他又和虎克說：「我感到疲倦，我經常寫到的是雄性、雌性、公雞、母雞，請原諒我，我覺得我現在像只既是雄性又是雌性的笨鴨。」1870年5月15日，他又寫信給虎克：「我對性選擇課題很感興趣，但我要盡量避免我過去常犯的推理性錯誤（最後一句話可能是指他的泛生學說，那時此學說還不流行）。」
這樣，達爾文就開始著手研究全部的浩瀚的實際資料，這些資料說明是在動物交配期間，在動物的生活中，第二性徵具有何種意義，起什麼樣的作用，是否影響動物的發展。所以，在《人類的起源》中第八章至第二十章專門談性選擇（第七章是研究人種問題的）：動物的性選擇佔了十一章的篇幅，人的性選擇只佔了兩章的篇幅，而書名卻叫做《人類的起源和性選擇》。
此書列舉並分析了很多有關動物的性選擇和第二性徵的事實以及觀察到的現象，這展現了達爾文一貫秉持的耐心和嚴謹原則。不論我們如何看待性選擇理論（我深信它的基本原則是正確的），此書卻有不可忽視的深遠意義：他不僅研究第一性徵還詳細研究第二性徵的作用，特別是在動物交配期間的作用，這是研究一般高等動物的生物學所必不可少的材料。至今這部書在這方面還是受到人們的反覆膜拜，人們還將長期從中汲取營養，儘管這些事實或者解釋後來被證實是錯誤的。
華萊士和達爾文在性選擇原則上存在著一個重大的分歧。
華萊士和達爾文在各自獨立的情況下的得出了完全一樣的自然選擇理論，這基本已經是公認的說法。他們都不關心優先權和相互競爭的問題。這一說法大體上是正確的，但是某些細節上華萊士和達爾文還存在分歧，帶有原則性的觀點上還比較統一，不存在分歧，在第十二章，我們就指出過這一點，十二章的內容主要是發生在華萊士身上的事情。剛剛列舉的關於精神特徵來源的例子中我們也指出過這一點。
華萊士性格的許多方面都得到了達爾文很高的評價，他曾有一次寫信給華萊士說：「雖然你我在某個方面相互是對手，但我們從未嫉妒過彼此。」達爾文讚賞華萊士有大無畏的科研精神，讚賞他在解釋很困難的問題時，比如說有機物產生的原因時，頭腦清楚，例如家兔和野兔尾巴上搶眼的亮白色，或者鹿身上的「鏡膜」（這是成群的幼小且沒有經驗的動物在一起逃避敵人，所攜帶的「可以辨認的重要標記」），又如鱗翅類幼蟲的鮮明色澤代表著「他們不可以被食用」等，這些問題，華萊士都給予了合理的解釋。儘管他們的通信一直都是溫和有禮，但我們還是可以看到在學術觀點上他們一直都存在分歧，信中他們爭論和辯論，並且每人都矢志不渝地堅持自己的觀點。例如，華萊士認為「自然選擇」這一稱呼常常會使讀者覺得混淆。而他本人提出的是「淘汰」而不是「選擇的創造性作用」，即不太適應的絕滅，他認為斯賓塞的表述方式更清晰：「最好的或最有適應性最強的才會得到保留。」達爾文還是認為自己提出的術語最好，他認為，雖然人類的實踐中已採用了選擇原則，但是在自然條件下，實行選擇原則也很重要。