「我親愛的朋友，帕蒂斯坦，我離開了佛羅倫薩要到法國去。但是，當我來到威尼斯時，我向當地人打聽路徑。人家告訴我，若想去法國，必須穿過德國的境地。這對我來說，這是十分危險而且艱難的路。您還要去法國嗎？……請您盡快給我答覆，我在哪兒等著您呢？我們一起走……如果收到此信，請盡快回答我，因為我十分急迫地要去法國。假如您沒有去法國的意思，也請您告訴我，以便我下定決心獨自前往……」
法國駐威尼斯使節拉扎爾·德·巴爾夫連忙給弗朗斯瓦爾一世和蒙莫朗西陸軍統帥寫信，請求他們趁此機會，一定要把米開朗基羅留在法國。而法國國王也馬上表示，可以賜給他一筆的年金和一幢房子。但是，接收信件需要一定的時間；當弗朗斯瓦爾一世的第二封信到來時，米開朗基羅早已回到了佛羅倫薩。
瘋狂的熱度漸漸退盡。在寂靜的吉烏德卡，他有充足的時間為自己的恐懼而感到羞慚。整個佛羅倫薩都在沸沸揚揚地談論著他的逃亡。9月30日，市政議會下達命令，凡逃亡者，若在10月7日之前不歸，將判處反叛罪。到了這一天，所有逾期未歸的逃亡者都被宣佈是叛逆者，而且他們的財產也會被沒收。但是，米開朗基羅並沒有名列其中，而且市政議會給了他最後的期限。這是因為佛羅倫薩駐費拉雷的使節加萊奧多·朱尼，提前通知佛羅倫薩的最高統領，米開朗基羅並沒有及時得到這樣的法令，而且他告訴對方說米開朗基羅正準備返回自己的家鄉，如果佛羅倫薩會赦免他的話。最終，市政議會真的饒恕了米開朗基羅，而且還命石匠巴斯蒂阿諾·迪·弗朗切斯科將一張特別通行證帶到威尼斯，交給米開朗基羅。同時，巴斯蒂阿諾還給他帶了十封友人的信，這些信的內容全都是懇求他回去的。其中有一封是豪爽的帕蒂斯坦·德·巴拉寫給他的，這是一封充滿對祖國熱愛之情的召喚信：
「您所有的朋友，不管持哪種觀點，都絕不遲疑、異口同聲地懇求您回來，為了您寶貴的生命、偉大的祖國、親愛的朋友，以及您的財產和榮譽，當然，還為了享受這個您曾經強烈渴求與盼望的新時代。」
米開朗基羅深信，佛羅倫薩的黃金時代即將到來，於是他滿懷希望地憧憬著自己光明的前途。但這個可憐的人兒卻成為了梅迪契家族歸來後，反動勢力的第一批受害者。
米開朗基羅被帕蒂斯坦的話打動了。他回來了，慢慢地回來了。帕蒂斯坦·德·巴拉前往盧克奎，準備迎接他的到來，可一連等了好幾天，到最後都快不抱希望了。[他再次給米開朗基羅寫信，敦促他盡快回來。
]直到11月20日，米開朗基羅才重新回到佛羅倫薩。[四天前，市政廳下令將他的薪俸取消了。
]三天後，市政議會撤消了對他的指控，但卻決定未來三年內不允許他參加大會議。[根據他寫給巴斯蒂安·德·皮翁博的信，可以發現，他還被罰了1500杜加的罰金。
回到佛羅倫薩後，米開朗基羅自始至終恪盡職守地做著自己的工作。後來，他又恢復了在聖米尼亞托的職位，而此時的聖米尼亞托已經被敵人炮擊了一個月之久。米開朗基羅重新加固高地上的防禦工事，還發明了一項新武器，用棉花和被褥把鐘樓覆蓋住。據說，被包裹住的大教堂並未遭到破壞。關於他在圍城期間的最後一個行動，即1530年2月22日的一則消息上說：米開朗基羅爬到大教堂的圓頂，以監視敵人的行動，並且可以察看圓頂的狀況。
可是，預感到的災難最終還是發生了。1530年8月2日，馬拉泰斯塔·巴利翁叛變。12日，佛羅倫薩投降，皇帝把整座城交給了教皇的特使巴喬·華洛利。於是，行刑活動開始了。剛開始幾天，任何人都無法抵制戰勝者們的報復行為。而米開朗基羅的那些摯友們，例如帕蒂斯坦·德·巴拉，就是第一批被殺害的。據說，此時的米開朗基羅藏身在阿爾諾河對岸的聖尼科洛教堂的鐘樓裡。當然，他完全有理由害怕，因為城中傳言他曾經想拆毀梅迪契府。但是，克雷蒙七世並未減少對他的關愛。按塞巴斯蒂安·德·皮翁博所說的，在得知米開朗基羅深陷圍城的緊張時期裡，克雷蒙七世感到很寒心，但他也只能聳聳肩膀，說：「米開朗基羅真不應該，我從來都沒有要傷害他。」[1531年4月29日，塞巴斯蒂安·德·皮翁博在寫給米開朗基羅的信中這樣說到。
]當怒氣漸漸消了，克雷芒七世便給佛羅倫薩城的政府寫信，命令全城尋找米開朗基羅，並且還補充了一點：如果米開朗基羅願意繼續修建梅迪契家族的陵寢，那麼他將受到他應有的待遇。[根據克蒂維的記述，直到1530年12月11日，教皇才恢復了米開朗基羅的月俸。
於是，米開朗基羅從他的隱避所走了出來，重新擔負起他那曾經遭人反對的榮耀的工作。可憐的天才還不止於此，他還同意為一個人——曾替教皇幹過各種壞事的工具、殺害其好友帕蒂斯坦·德·巴拉的劊子手巴喬·華洛利，雕刻《拈手搭箭的阿波羅》。不久之後，他竟然否認那些被放逐的人是他的朋友。像他這樣偉大的人物，被一個可悲的弱點逼得不得不卑怯地在物質力量的暴虐淫威下低下他那高貴的頭，只為保全自己追求藝術的夢，不然它就會被任意扼殺！他把自己的晚年全部用在了建造一座超凡脫俗的紀念碑上，這是不無緣由的。他同彼得一樣，當聽到雄雞啼唱時不止一次痛哭流涕。
被逼著說謊，被迫奉承華洛利，被迫對烏爾班公爵大加歌頌。為此，米開朗基羅感到痛苦不堪、羞愧難當。他只好把心思全都放在工作上，把一切虛無狂亂統統發洩其中。事實上，他並非為梅迪契家族雕刻，而是在雕刻自己的絕望。當別人指出他所雕刻的朱麗安諾和羅內·德·梅迪契不像時，他巧妙地回答：「待千年之後，誰又能分辨出像與不像呢？」他將其中一個雕成「行動」，另一個雕作「思想」，基座上的那些雕像則是在詮釋這兩尊雕像——《晝》與《夜》，《晨》與《暮》——它們似乎道出了人世間的痛楚以及對現世的厭惡。這些象徵著人類痛苦的不朽之作完成於1531年。這是絕妙的嘲諷！但任何人都看不出來。當喬凡尼·施特洛看到這尊雕像——可怕的《夜》時，曾寫下這樣的詩句：
「《夜》，因你的目光而嫵媚地睡著的《夜》，是一位天使在這塊岩石上雕刻而成的；正因為它熟睡著，所以它活著。假如你懷疑，請將她喚醒，她將同你說說話。」
對此，米開朗基羅回答道：
「對我來說，睡眠是甜美的。而能夠成為頑石是難能可貴的，只要罪惡與恥辱還在無休止地進行著。眼不見耳不聞對我來說是一大幸福。因此，請不要叫醒我，啊！請輕聲說話！」[出自米開朗基羅《詩集》卷109，第16，17。
而在另一首詩中，他又這樣呼喊道：
「人們睡在天空中，因為只有一個人才能佔有許多人的好的東西！」
被奴役的佛羅倫薩城同他痛苦的呻吟相呼應[米開朗基羅想像與佛羅倫薩及其流亡者進行對話。
]：
「您神聖的思想，請不要被擾亂迷茫。以為已把您從我這兒奪走的那個人，注定享受不到大罪大惡的樂趣，因為他時刻感到惴惴不安，會異常恐懼。對於戀人們來說，細微的歡樂都會令他們感到完滿的快樂，因為它澆滅了慾念，只有苦難才會因希望過大而使慾念增強。」[出自米開朗基羅《詩集》卷109，第48。
羅馬的遭劫、佛羅倫薩的陷落對人們心靈造成的影響是不容忽視的：理智的破產與崩潰。許多人的精神都因此而墮入到哀苦的深淵之中，一蹶不振。
塞巴斯蒂安·德·皮翁博則加入了一個及時行樂的懷疑主義者的行列之中：
「我竟會走到這步田地，即使宇宙塌陷，我似乎都毫不介意，因為我嘲笑所有的事物……我認為自己已經不再是羅馬遭劫前的那個巴斯蒂阿諾，我再也不能還原我自己了。」
此時的米開朗基羅甚至想到自殺：
「如果自殺被允許的話，那麼，對於一個心懷信仰但卻過著奴隸般悲慘生活的人來說，我認為他是最應該給予這種權利的。」[出自米開朗基羅《詩集》卷38。
米開朗基羅的精神出現了極其混亂。終於在1531年6月，他病倒了。克雷蒙七世竭力撫慰他，但也無濟於事。他讓他的秘書和塞巴斯蒂安·德·皮翁博轉告他，不要過度勞作，生活要有節制，更要在輕鬆的條件下幹活，有時間就要出去散散步，不要把自己弄得像個囚犯一樣。同年秋天，大家開始擔心他的身體，甚至是他的生命。他的一個朋友在寫給華洛利的信中說：「現在的米開朗基羅已經精疲力竭了，他都瘦得不成人形。我最近同布賈爾迪尼以及安德尼爾·米尼說起過：我們一致認為，假如我們不認真地關懷、關心他，他將活不了多久。他干了太多的活兒，吃得卻又少又差，而且睡眠嚴重不足。一年來，他整日忍受著頭疼、心口疼的折磨。」——教皇克雷蒙七世真的擔心起來。1531年11月21日，他下達指令，除了尤利烏斯二世陵寢和梅迪契家族陵墓，禁止米開朗基羅做任何別的工作，否則開除他的教籍。這樣做只是為了能夠照顧他的身體，「使他能繼續活下去，以便能更久地為羅馬、為他的家庭、為他自己增光添彩」。
克雷蒙七世保護著他，使他免受華洛利們和闊綽的乞丐們的煩擾，因為這些人總喜歡跑來找他要藝術品，並且要求他替他們創作新的作品。「當有人向你求畫時，」教皇派人代筆寫信給米開朗基羅，「你就把畫筆繫在腳上，隨便畫上幾道，說：『畫畫好了。』」當尤利烏斯二世的承繼人開始對米開朗基羅實施恐嚇時，教皇克雷蒙七世還常在他們之間充當說客。[1532年3月15日，皮翁博寫信給米開朗基羅，說：「要不是教皇給你當擋箭牌，那些像毒蛇一樣的人還不跳起來把你吞掉。」
]1532年，烏爾班公爵的代表們和米開朗基羅就陵墓事宜簽訂了第四份契約：米開朗基羅答應另外再造一座新的小陵墓，[此時，為陵墓修建的雕像中，只有後來立在梵柯利聖彼得堡大教堂的六座還沒有完成，包括《摩西》《勝利》《奴隸》和《博力石窟的群像》等。
]計劃在三年內完工，所有費用都由米開朗基羅承擔，並再付兩千杜卡托，作為償還他以前從尤利烏斯二世及其繼承者那兒得到的一切。「只要在作品中使人感受到你的一些氣息就可以了。」塞巴斯蒂安·德·皮翁博在信中對米開朗基羅說。多麼可悲的條件啊！米開朗基羅簽下的是他一項偉大計劃的破產，為此，他還要付一大筆錢！年復一年，米開朗基羅的每一件絕望之作，都是他生命的破產，是他「人生」的破產。
在尤利烏斯二世陵寢的計劃失敗之後，修建梅迪契家族陵墓的計劃也泡湯了。1534年9月25日，教皇克雷蒙七世逝世了。幸運的是，當時的米開朗基羅並不在佛羅倫薩。他早就在佛羅倫薩活得膽戰心驚了，因為城中的亞歷山大·德·梅迪契公爵對他恨之入骨。若不是出於對教皇的尊敬，他早就派人將米開朗基羅殺掉了。[有幾次，克雷蒙七世不得不在侄子亞歷山大面前公然保護米開朗基羅。皮翁博曾給他講述了這麼一個場景：「教皇說話時，情緒極其激動，充滿了憤恨和不滿，他的語氣很生硬，表情嚴肅，真是無法形容……」
]自從米開朗基羅拒絕建造一座要塞，以控制佛羅倫薩全城，梅迪契公爵對他的仇恨就越演越烈。但對於膽小的米開朗基羅來說，他的行為卻是英勇之舉，是他對偉大祖國的愛的表現。[正因為這樣的一座要塞，意味著對佛羅倫塞的奴隸和威脅。
]此後，米開朗基羅就做好了迎接來自公爵方面的任何打擊；而當克雷蒙七世逝世時，米開朗基羅之所以能夠保住性命，完全出於偶然——他當時不在佛羅倫薩。從此，米開朗基羅再也沒有回到那裡去，他也不願再見到它。修建梅迪契家族的小教堂計劃也告吹了，永遠無法完成了。我們所瞭解的所謂梅迪契家族小教堂，與米開朗基羅最初所夢想的相差甚遠，只有一點點相關之處，留給我們的頂多也就是牆壁上裝飾的大致構架。米開朗基羅不僅連雕塑的一半都沒有完成，他所設想的繪畫也沒有完成，而且，後來當他的門徒們竭力要找回和補全他的構想時，連他自己都說不出它們當初的情況。[人們不知道應該把雕塑好的作品放在哪，也不清楚他準備在空的壁龕裡放哪個雕像。負責完成他未完成的作品的瓦薩裡和阿瑪納蒂都曾寫信向他咨詢，可他也什麼都想不起來了。1557年6月，他在回信中寫道：「記憶和思想跑到我前面了，它們已經在另一個世界等著我呢。」
]就這樣，他放棄了自己的一切工作，甚至把所有東西都忘得一乾二淨。
1534年9月23日，米開朗基羅回到了羅馬，之後一直待在那裡，直到去世。[直到1546年3月20日，米開朗基羅才獲得羅馬市民的身份。
]他已經離開羅馬二十一年了。在這段時間裡，他創作完成了尤利烏斯二世陵寢的三尊雕像、梅迪契家族陵墓原本沒有完成的七尊雕像，以及洛朗教堂的過廳、聖·瑪麗·德·密涅瓦教堂的《基督》和為巴喬·華洛利創作的《阿波羅》。他在藝術與國家之間喪失了健康、精力和信仰。他失去了最愛的一個兄弟[此處指的是弟弟博納羅托，1528年死於一場瘟疫。
]，並且失去了他崇敬的父親[父親死於1534年6月。