阿諾德強烈反對讓自己現在去接受新的審判的做法。他給華盛頓寫了一封信，內容說裡德的敵意讓自己困難重重，他斷言，裡德一定會影響到軍事法庭的裁決。在信中，他敦促華盛頓盡早任命適當的人選來完成這項審判，目的是讓他的冤屈得以昭雪。阿諾德認為自己受到的傷害是前所未有的，他是一個戰士，當然有著戰士所特有的火爆脾氣，這個脾氣讓他無法安心等待將要到來的審判。但是令阿諾德感到欣慰的是捨潘小姐對他的愛並未因這件事而有所減弱。在做出上述裁決後的第5天，阿諾德如願娶了捨潘小姐。華盛頓對阿諾德的遭遇表示非常同情，所以指定5月1日為審判日期。但是賓夕法尼亞州議會不斷的請求以及戰事的迫近，導致審判時間一再被拖延。在此期間，阿諾德依舊在費城擔任軍事總指揮，只是沒有正式的公職以及收入。後來阿諾德背負了債務，並且遭到了人們的厭棄。在一起群眾的動亂事件中，他受到了襲擊。考慮到自己的安全問題，他向大陸會議提出了帶警衛的申請。但他的這個申請被大陸會議以相信紐約州議會可以保護他的安全為由拒絕掉了。
接下來的幾個月中，阿諾德一直都感到非常焦慮。他只能繼續承受煎熬，除非軍事法庭宣佈他無罪，他的這種狀態是由他的性格決定的。並且也是因為這件事，他不能參加很多的軍事活動，這樣的情況讓他感到非常氣憤。現在，他只想盡快將這種生活結束。不管會有怎樣的結果，只要軍事法庭盡快開庭審判，他都願意承受。耽擱很久的法庭在幾個月後終於開庭了，經過反覆的討論，軍事法庭裁定在提出的8項指控中只有4項成立。在這4項中，他們又宣佈其中只有兩項有罪，其中一項就是阿諾德在瓦利堡軍營私自向一隻屬於不滿分子的船進行書面授權，讓船隻離開了費城港，並且能夠自由駛入美國的任意港口而不受阻攔；另外一項就是他利用自己的公職權，在一次特殊緊急轉移中挪用了公家馬車去運送私人財物以及那些願意留下同敵人呆在一起的人。他的這些行為被認為是損害了國家的利益，並且還對祖國的獨立不忠。
阿諾德分別對這兩項指控做出了辯解。針對第一項指控，他解釋說當時自己並不在費城，並且提出申請的人和他的船看起來並沒有什麼異常的狀況。至於他沒有經過授權就決定行動的那件事，他說將軍級別官銜的軍官在必要的時候可以做出適當的變通，並不需要事事都向總司令請示，更何況他做出這樣的舉措也只是出於對士兵生命安全的考慮。針對第二項指控，他很乾脆地承認了自己曾經徵用馬車的事實，但為了試圖減輕罪責，他聲稱自己曾付了錢給那些馬伕，所以應該算是僱傭。經過最後的判決，阿諾德將他欺詐行為的罪行洗清了。考慮到他的軍銜，第二項指控被認為是因為他自己的謹慎而導致了錯誤，所以他應該接受指責。法庭最後判定他要承受總司令的斥責，這項判決在1780年2月12日這天得到了大陸會議的正式確認。
林肯將軍駐守在查爾斯頓，他開始對自己失去了信心，因為他無法判定敵人的動向。他一直以來都習慣了聽命於華盛頓，因此他把自己的困難告訴了華盛頓，並且請求華盛頓的支援。1月23日，他給華盛頓寫了一封信，將自己的請求說了出來。在當時，英將領亨利給予了林肯軍隊巨大的威脅，不久前，亨利帶著大批的戰艦到達了美洲，他們的旅程很漫長，並且遇到了暴風雨，大部分船隻被吹散，很多軍馬也損失掉了。風雨過後他們的船隻在薩凡納河特比灣集合，當時是1780年的1月底。亨利爵士覺得他們最大的損失是騎兵馬匹的失去，這是因為騎兵軍隊很擅長與美國南方靈活的游擊隊進行作戰。騎兵軍隊作為亨利爵士軍隊的先鋒隊之一，其主要任務就是到敵軍的營地進行掃蕩以及在有緊急情況時去執行封鎖任務。
艦隊登陸後，亨利爵士就沒了馬匹。因此，他準備去南卡羅萊納補充馬匹，無論用哪種方法，他都要想方設法讓騎兵隊重新站起來。這種方法令他獲得了一些馬匹，但質量不佳。不過在當時，能有馬騎就已經很好了。2月11日這天，亨利爵士帶領的主力軍登上了聖約翰島。他在出發找馬之前，先到了與查爾斯頓城相對的阿希里河岸，那裡能夠進行有效的進攻或防守。亨利爵士是一個用兵謹慎的人，他們大部分時間都在港口悄悄地修築工事。另外，他還調動薩凡納所可以調動的所有軍隊來增強阿希里的防禦力量。在此期間他寫信給在紐約的克尼福森，希望他能夠盡力保證駐地的安全。亨利爵士非常看重這場戰役，因為如果戰爭失利的話，他的前途便將會是一片黑暗。
進攻者緩慢的動作，讓林肯將軍有了充分擴大以及加強防禦的時間。為了穩妥，他在主體防禦工事前挖了一條可以連通兩個沼澤的運河。這樣一來，稜堡與大炮群就可以被安置在運河和主體工事之間了。
由惠普爾指揮的一個擁有9艘大小不齊戰艦的中隊，能夠和莫爾奇與詹姆森這兩個堡壘以及各式大炮共同進行港口的保衛工作。林肯為了牽制敵軍，在位於工事前的地裡安置了大批的軍隊，其中共有200名優秀的騎兵。在3月12日，亨利到達了查爾斯頓。阿巴斯諾特上將想讓戰艦率先通過渡口，隨後憑著他們海軍的優勢去突破封鎖線。而惠普爾認為，目前敵人不清楚海水的深度，所以這也令他們的軍艦與船隻不能通航，按照他所想的，敵人應該只能將在這個區域停泊船隻的目標放棄。也正是基於這種判斷，在破壞了敵人的一些航標後他很快便佔領了那些可以停泊艦隊的位子。
華盛頓在知道這些情況後產生了不好的預感，所以他很快便回信對他們進行了警告，說不準堅持己見去守衛沙灘，因為那很可能會帶來讓城鎮以及要塞淪陷的損失。在華盛頓看來，保衛城鎮要比保衛沙灘輕鬆得多。華盛頓給予了林肯將軍高度的評價，並鼓勵其可以再接再厲。在當時，諾頓勳爵帶領的援軍正趕過來支援亨利爵士，他們將會在紐約登陸。華盛頓聽到這個消息後非常擔心。因為敵人顯然是準備要將南方作為主戰場並進行大規模的軍事行動。他們的計劃嚴重地威脅到了美軍的安全。華盛頓自願趕往了南方，並且盡最大努力去保衛紐約這個哈得遜河地區的重要城市，讓它免於淪陷。以前當北方有戰事發生的時候，需要南方幫忙，但是現在北方是否可以幫助南方卻仍舊是一個未知數。目前華盛頓所面臨的最主要問題是兵力不足，難以為南方構築起強力的屏障。
華盛頓在哈得遜河兩岸僅有10400名官兵，並且其中的2800名官兵還將在3月下旬服滿役，但是，敵人在該地區的兵力，哪怕保守估計也有1.1萬。華盛頓向大陸會議匯報了這個情況，但大陸會議像往常一樣，考慮到聯邦的利益，依舊主張讓中部各州冒險，理由是他們的內部穩定。華盛頓在接到大陸會議的同意後便向馬裡蘭前線的士兵與特拉華州的兵團佈置了進軍的任務，接到任務後，馬里蘭州指揮官巴倫·卡爾布便立刻動身去支援林肯將軍，並且希望他可以在這即將到來的戰爭中獲得利益。