凌霄在有熊部落附近的一座山上開闢了個臨時洞府，平時無事，盡力教導軒轅和女娃。時間一晃就是十八年。
兩年前，少典去世，軒轅繼任有熊部落的族長之位，這一日，有熊部落來一人，手持赭鞭，背著一個竹筐，皮膚黝黑。正是遊歷洪荒的神農。
神農三年前將多年行醫的經驗和醫理編製成書取名叫做《神農百草經》，此書一成，神農只覺心中空靈一片，心知大道已成，便四處遊歷洪荒，一邊傳授丹道醫理，一邊尋找自己的接班人。
直到今日，來到有熊部落，聽說軒轅被人族聖祖凌霄收為徒弟之時，便知道軒轅十有八九便是自己要找之人。
叫人去將軒轅請來，軒轅得知是共主神農前來，急忙恭敬的迎接進部落之中。
屋內，神農見軒轅丰神俊朗，生的是一表人才，心中甚是滿意。笑道：「聽聞軒轅部落出了一位大賢，福緣深厚，竟然拜在聖祖凌霄門下，吾心甚喜，今日一見，果然名不虛傳。」
軒轅謙虛道：「皆是師父教導有功，軒轅不敢居功，倒是聽聞共主種五穀而飽天下，養六畜而興天下，治丹藥而醫天下，乃是繼天皇伏羲之後的又一位大賢，心中嚮往已久，今日得見，吾心足矣。」
神農與軒轅坐下後，因為一拜玄都為師，一拜凌霄為師，又都是天定三皇之一，互稱兄弟，聊得甚是投機。
神農問了軒轅一些有關民生部落管理之事，軒轅對答如流侃侃而談，時而發表自己的見解，不少見解讓神農眼前一亮，久聊之下，發現軒轅果真學識淵博，便表示了自己的退位讓賢之意。
軒轅心懷天下，也不推脫，二人商議三個月後，舉行接位大典。
神農本來打算去拜見凌霄，卻被凌霄傳音告知三月後，自會相見作罷，回到陳郡，便開始安排傳位之事。
三個月後，到了神農證道的日子，陳郡站滿了前來管理的人族，高台上供奉著聖母女媧娘娘，聖祖凌霄道君，三清教主和天皇伏羲，凌霄身為軒轅的師父，又為人祖便趕了過來。
玄都是神農的師父，也站在高台上觀禮，神農走上台，忽然間天光大亮，一架有九匹龍馬所拉的輦車自天外飛來，一聲朗笑自攆上傳出：「這些年來辛苦皇弟了，如今皇弟證得地皇道果，真是可喜可賀啊。」
凌霄和玄都聽得清楚，知道是天皇伏羲來了，神農一見是天皇伏羲來了，急忙迎接，一番見禮之後，玄都大法師取出三清符詔朗聲念道：「奉玄門三清天尊敕令，人族共主神農自接任人皇以來，天下大治，務利至己矣，不望其報，不貪天下之財，而天下共富之；不以其智能自貴於人，而天下共尊之。今可得道，飛昇火雲宮，當歷無量量劫不滅！另著人族公孫軒轅繼位。」
神農拜了三拜，雙手接過三清符詔，與軒轅一起登上高台，拈香拜了三清女媧和凌霄三拜，朝下方人族高聲道：「神農自自成為共主以來不敢有絲毫懈怠，天幸如今下任共主已出，神農也可放心離去，今日神農禪位，天下共知！」言罷從袖中取出人皇至寶崆峒印，又摘下頭上的九龍星辰冠，捧著來到軒轅面前，表情嚴肅地說道：「軒轅，今日我把人族的未來交到你的手中，你定要將我人族帶領壯大，莫要辜負了聖祖期望！」
軒轅帶上九龍冠，雙手接過崆峒印，舉過頭頂，朝三清拜了一拜，跪倒在凌霄身前高聲道：「今日軒轅接掌大位，必不負師父教導，不負地皇所托，望天祐我人族。」
這時，天邊飛來一片巨大地七色功德霞光，一分為三，八成落在神農身上，神農立時證了地皇道果，身顯五色霞光，直衝天際，仙音陣陣，金蓮亂湧，修為瞬間突破大羅金仙。
一份約一成左右的功德落在玄都大法師身上，乃是有感玄都大法師教導人皇有功，以示獎勵，功德臨身，玄都大法師立時突破到了大羅金仙中期。
還有一成一份為二，湧入赭鞭和造化鼎中，成為兩件功德聖器。
神農上了玉輦，轉身對軒轅笑道：「皇弟，自此人族就交給你了，吾與複習皇兄在火雲洞內候你。」說完朝凌霄和玄都拱了拱手，與伏羲大笑著乘輦往火雲洞而去。
自此，軒轅接受人族共主之位，只是軒轅出生之時，正逢魔星降世，北斗沖七煞，自身沾染殺氣，出生以來好武成風，不像前兩代人皇一般以仁義治天下，且此時洪荒之中部落林立，人族四分五裂一盤散沙，軒轅身負一統人族的大任，注定要在將來掀起一場腥風血雨。
軒轅接位之後，凌霄帶著女娃回了瀛洲島，傳授女娃修煉之法，自己卻回了天霄宮中，繼續煉器。
人族有一部落名喚九黎，部落中人大多是巫族和人族所生，天生好戰，體能強盛，部落之中有一人名叫蚩尤，能征善戰，乃是九黎部落的第一高手兼族長。
在多年的打獵廝殺中，巫族血脈覺醒，成了巫族新生的大巫，蚩尤巫族血脈覺醒之後，想到遠古時期巫族的榮光，不願看到巫族被弱小的人族統治就此落寞，便開始行走洪荒，尋找那些覺醒了巫族血脈之人。一時間，還真被他找到了不少。
共八十一人，蚩尤與他們結拜成兄弟，蚩尤也知道天道之下，人族當興，但是卻不惜看到人族騎在巫族的頭上，苦思之下，決定以九黎部落為根基，統一人族。
借人族的汽運重興巫族，此乃人族內戰，想來那些聖人也不好拉下面皮來拍死自己。
打定主意之後，蚩尤全力發展九黎部落，發明了長弓，長矛等武器，傳授巫法。改善族人體質等等。
想到要統一人族不免要征戰天下，與軒轅爭奪共主之位，就想煉製一件趁手的兵器，這一日，蚩尤出去打獵，發現一隻奇異妖獸凶殘無比，嗜食人肉，而且能夠吞皮化骨，蚩尤心中暗喜，知道煉製此物，必成神兵，於是不斷以人餵食，最後連親生骨肉亦成為飼料。
異妖噬食萬人後，積聚無窮怨氣，終於化為奇石，蚩尤欲將它煉成兵器，誰知異妖竟然反噬，蚩尤坐騎戰虎救主心切，將異妖一口吞噬。但蚩尤一心只怕神兵受損，竟無視戰虎忠義，一手將戰骨連同異妖抽出，其時異妖與戰骨已連成一體，變成凶中之凶的虎魄。蚩尤大喜，便將這把神兵命名為虎魄刀。