孫文從倫敦經由加拿大抵達橫濱，時值一###七年八月十六日。橫濱是以前的亡命之地，孫文對當地的地理略有所知。
原本孫文是打算在中國發動革命，與日本這塊距離遙遠的土地相較之下，在屬於中國一部分的香港設立革命基地當然更為合適。
但托人打聽之後，孫文獲知香港當局並無意取消禁止他在五年內入境的決定。
孫文從溫哥華搭乘「印度女皇」號出發，駐英的大清國公使館三等書記官曾廣銓也明目張膽地搭上了這條船，又大剌剌地在橫濱下了船。
在大英博物館的圖書閱覽室裡經過一番苦讀後，孫文對國際法瞭然於胸。一抵橫濱，他立即在已能說些不甚流利日語的陳少白陪同下，先造訪了加賀町警察署長公捨，並出示英國的新聞報道和說明事件始末，然後請求保護。
「當然會提供適當的警備保護。可不能再發生前年下關事件那樣有辱國家的案件。那是日本武士道的恥辱。在去年參加俄皇加冕禮歸來時，李大人怒氣猶未息，儘管船隻停靠此地，他卻不肯下船。委實遺憾！只因一小撮別有用心的人，竟然讓全體日本人都遭到誤解。」
加賀町署長為前年的下關事件再三道歉，並保證會提供警備保護。
「以後的事才重要。過去的事已不可挽回。」
陳少白如此說道。
為了調查「反清秘密結社」，日本的外務省派遣宮崎寅藏、可兒長一、平山周這三人赴中國。
宮崎寅藏，以別號滔天而知名。
他在橫濱和陳少白結識，對於反體制的領導人孫文之事，也是通過陳而得知。
宮崎滔天等人從大清國出差回來時，陳少白碰巧去了台灣。儘管介紹人不在，但滔天並不是那種會因此就作罷的人。孫文也從陳少白處聽到關於滔天的事而對他知之甚詳。
對方似乎是個爽快之人，孫文也期盼能與此人見面。然而，初次見面卻是滔天不告而來訪，符合滔天一向的行事風格。
孫文連忙請滔天入內，因是在熟睡中被訪客吵醒，他身上還穿著一襲睡衣見客。
反清革命的領導人，在重陽起義時亦實際率領同志潛入火網下的指揮者。陳少白告訴滔天有關孫文的形象就是如此。
興中會的組織者孫文的英雄形象就這樣烙印在滔天的腦海。然而，開門出來的卻是一個身材中等的男子，身穿一襲皺巴巴的睡衣，一面用手搔著睡亂的頭髮，一面伸出手來用有些結巴的日語說道：
「你好！初次見面請多指教。」
——這就是天下第一豪傑嗎？……
滔天日後在書中寫著對初次見面的第一印象感到很失望。
兩人開始用筆談交換意見。孫文的雙眼閃閃發光，內蘊的熱情如激流般急湧而出。
這讓滔天對英雄的期待由失望轉為歡喜。
——對了，這才是四百餘州引頸期盼的英雄啊！……
滔天感動得幾乎落淚。此人和南方熊楠似乎具有極相似的氣質。
對於南方要將西洋人全部逐出境外的想法，孫文曾說過那決不可設為最終的願望。在追求大同這一理想的過程中，「反西洋人」或「反清革命」在所難免，但終極目標則必須是將之揚棄的境界。
從西醫書院時代起，孫文便苦心研究過黑格爾。在說服他人時，他的思路井然有序。
思路井然有序的外在象徵顯現在孫文的身上，尤其是在進行筆談時的身影更加令人折服。
滔天之前去過中國，曾和許多人進行筆談，這些人當中比孫文字寫得漂亮的多得是。有些人下筆立刻就名句不斷出現，也有些人具有「舉人」資格，更有些是盯著筆直瞧的洪門首領。但這些人不知何故都讓他覺得「矯飾做作」。
而身穿睡衣的孫文則絲毫沒有矯飾做作之氣，想說什麼就寫下什麼——僅此而已。
日後孫文與滔天的長期友誼就從此刻展開。這時陳少白並不在場，而是去了台灣。
在重陽起義失敗後，興中會會員楊心如逃往台灣。他是四大寇之一的楊鶴齡的堂弟。逃往台灣的人非僅他一人。台灣剛割讓給日本，對反清起義的殘黨而言是塊較易逃亡之地。
若留在清朝的領土，他們有遭逮捕處決的危險。就算是在香港，孫文也被禁止在五年內居留，對反清分子而言，未必是個安全之地。
從這點來看，反清分子倒是可以昂首闊步行走於剛納入日本掌中的台灣土地。為了與藏身於台北永樂町某外國人商社內的楊心如取得聯絡，陳少白才去到台灣。
根據所簽訂的和談條約，台灣的居民皆成了日本帝國的臣民。但若此時人不在台灣，即使家在台灣也不算是日本人，日後即使歸來也只算是居留此地的大清國人，也就是被視為華僑。
即使是兄弟，若兄長赴廈門辦事，弟弟留在台灣的家中，等到日後兄長歸來仍是大清國人，而弟弟則擁有日本國籍。
和談時人不在台灣的楊心如和陳少白當然被視為是華僑。
後來與起義失敗而逃至此地的容祺年、吳文秀、趙滿潮取得聯繫，並設立興中會台灣分會後，陳少白便又返回日本。在滔天拜訪孫文之時，少白人正好在台灣，但那只是一段短期旅行。
先在橫濱安頓下來後，孫文隨即又轉至東京居住。宮崎滔天等日本同志代為介紹的財政界重要人士大多居住在東京。
孫文先是住在銀座的旅館。此時大清國政府通過駐日公使館要求將孫文驅逐出境。
大清國駐日公使自甲午之役（日清戰爭）後一直由漢軍旗人裕庚擔任。之前孫文剛從香港亡命出奔時，裕庚也才剛到任，因尚要處理敗戰問題（賠償等事宜），故雖也曾提出驅逐出境的要求，但僅是做做樣子而已。此次則是比前一次更嚴厲的要求，而比這種正面要求更可怕的是暗地裡的刺客。
受到倫敦事件的教訓後，孫文比以前更加小心行事。雖是如此，日本同志中仍有人對宮崎滔天表示不滿：
——孫文明明得到教訓，卻又處處露出空子，這未免太小看清朝當局了吧。清朝或許是在覆亡前夕，但也正因如此，反倒可能使盡全力一搏呢！
孫文必須同時對抗清朝的表面權威和暗地謀略。日本的官員也未必個個都是秉持著善意的中立想法。有些日本人甚至認為，萬一到了緊要時刻，可將孫文出賣給清朝，這樣對日本更為有利。
「總之他是客人，只能自求多福。」
滔天一概如此說道。
孫文使用日本式的化名。
中山樵。
有一次在日比谷公園散步時，見到一幢豪宅的門牌上寫著「中山」二字。孫文見了便用筆談方式問道：
「中山這姓氏在日本算稀有嗎？還是很普遍？」
「是很普遍的姓氏，比我這個宮崎還普遍。此宅的中山是侯爵世家，但也有乞丐或小偷同樣姓中山。」
滔天如此寫道。
「能在此見到，應該是有緣吧！我就用它來當化名。姓中山，名樵，那是樵夫之意，小時候我曾經想過要當樵夫呢！」
孫文這段話是通過陳少白的翻譯。在日本已停留一段長時間的陳少白也使用「服部次郎」這個日本名字。
孫文自己選定的中山樵這名字後來過於有名，幾乎成了孫文的別名而被稱為「孫中山」。
他在簽署機密文件時也使用「中山樵」這名字，但出了名之後就不得不再次改用別的名字。甲辰（一九○四）之後的機密文件大多署名為「高野長雄」。此化名是將同是醫師也同為國事奔走的高野長英之姓名變更其中一字而成。
孫文的運動目的有兩項，即消滅大清國和建立新的共和國。換言之，就是破壞與建設。
孫文很早就在思考建國的理念，而其理論基礎則是在大英博物館附設圖書館裡經過研究而奠立的。
孫文將之命名為「三民主義」。
民族主義。
民權主義。
民生主義。
有時也會分別改用「國家主義」、「民主主義」、「社會主義」代替來做闡釋。當然這都是後來的命名，在他第二次訪日之時，這些理論都還只是處於混沌的狀態罷了。
此一時期或許可稱為是孫文的「待機時期」吧。
（確實有些累了。真想去到鄉下暫時過著悠閒日子。）
孫文如此想著，此時宮崎滔天伸長了自己原本高大的身子，取出近來常備的紙筆寫下：
——養吾浩然之氣？
最後還畫上一個大大的疑問號。
一旁的陳少白說道：
「宮崎先生是想邀請孫先生到自己的故鄉熊本縣荒尾村去嗎？」
剛才想到要去鄉下田莊哪！孫文頗覺不可思議，通過陳少白告訴滔天：
「宮崎先生，莫非你會什麼奇術？我剛剛心裡想著要去鄉下，你竟會立即出現並邀我前往九州島。看來你會讀心術呢！我當然樂意和你一道去。」
滔天仰天大笑。
於是孫文與陳少白一道造訪位在熊本縣荒尾村的滔天老家，時間是那年（一###七）的十一月。
孫文在荒尾村停留了十餘日。滔天之妻槌子熱情款待，讓失意的亡命客孫文等人寬慰了心懷而永銘肺腑。