其實，對於海瑞的政績，許多人都不否認。
海瑞被免去應天巡撫之後，繼任人是朱大器。高拱和張居正都給朱大器寫了信，也都談到如何看待海瑞政策的問題。高拱和張居正雖然是政敵，也都主張罷免海瑞，但對海瑞的評價都很高，也相當一致。第一，他們都認為對海瑞不可全盤否定，高拱甚至開宗明義就說：「海君所行，謂其盡善，非也；謂其盡不善，亦非也。」第二，他們都認為海瑞的目的是「除弊」而動機是「為民」，只不過做法不妥。張居正甚至用替海瑞辯解的口氣說，「其施為雖若過當，而心則出於為民」，總之動機和出發點是好的。第三，他們都認為海瑞的政策只需調整不可推翻。張居正說得比較客氣，說：「霜雪之後，稍加和煦，人即懷春，不必盡變其法，以徇人也。」高拱則說得斬釘截鐵：「若於其過激不近人情處不加調停，固不可；若並其痛積弊、為民做主處悉去之，則尤不可矣。」這「尤不可」的一個「尤」 字，說明高拱對海瑞的肯定要超過否定，甚至寧肯不否定海瑞的不足之處，也不能否定海瑞掃除積弊、為民做主的大方向。
看來，高拱和張居正這兩個人，還不能算是什麼壞人，更不是庸才。他們的頭腦都很清楚，度量也不算小。他們並不因為討厭海瑞這個人，就否定他的人品人格和他的正確方向，也不因海瑞已經罷官，就落井下石，窮追不放，非把他說得一無是處不可。兩位閣老，真有些「宰相肚裡能撐船」的味道。相比之下，海瑞的罵倒一切，倒顯得有些小家子氣。
高拱、張居正他們與海瑞的分歧，主要在方式方法上。高拱認為他「過激」，張居正認為他「過當」，海瑞自己則覺得還不夠。他曾對人既憂慮又憤懣地說：現在醫國的，只有一味藥：甘草。現在處世的，也只有兩個字：鄉願!鄉願也叫鄉原，孟子下的定義是：「同乎流俗，合乎污世，居之似忠信，行之似廉潔，眾皆悅之，自以為是，而不可與人堯舜之道。」可見鄉願就是虛偽、敷衍，四處討好，八面玲瓏，不講原則，表面上廉潔自律，實際上同流合污。這樣的人，開出的醫國藥方，當然只是甜津津的甘草，治不了病，也治不死人。海瑞卻認為應該下猛藥。他給嘉靖皇帝上的奏折，就是他下的猛藥，藥引子則是他自己的生命。他希望這味藥能使皇上猛醒，能使帝國振作。可惜，那位皇帝從身體到思想都已病入膏肓，終於一命嗚呼。難怪海瑞聽到消息要號啕大哭了。他既是哭這位死去的皇帝，也是哭自己失效的藥方。
現在，海瑞好不容易才有了一個醫國的機會，自然不肯放過。因此他一到應天巡撫任上，便大刀闊斧，雷厲風行，甚至不怕矯枉過正。本來，徐階的田一退，他便應該見好就收。因為此事已經產生了影響，大地主沈愷等人見海瑞對徐階都毫不通融，也只好主動地把侵奪的民田退了出去。這時，誠如黃仁宇先生所言：如果海瑞「採取懲一警百的方式，把徐家或其他幾家有代表性的案件廣事宣傳，以使藉富欺貧者知所戒懼」，那麼，「他也許會在一種外張內弛的氣氛中取得成功」。然而海瑞似乎並不懂得「一張一弛，文武之道也」的道理，他的工作熱情不但沒有稍減，反因初戰告捷而倍增。他不滿足於坐在巡撫衙門接受投訴(前面提到，這種投訴已達每月七八千件之多)，還要親臨府縣聽取訴訟，一一過問，一一審理，一發而不可收拾，鬥爭的弦也就越繃越緊。
這樣一種工作熱情也是海瑞所獨有的。他本來就是工作狂，下車伊始，又發現要做的事千頭萬緒，真可謂百廢待興。海瑞深知，像他這樣既非進士出身又沒有後台老闆的人，能官任封疆，是特例中的特例，唯有拚命工作，才能報答國家，不負皇恩。何況，這時他已經五十好幾，能做事的時間已不太多，亦所謂「時乎不待」。因此他有一種緊迫感，很有些韓愈當年「欲為聖朝除弊事，肯將衰朽惜殘年」的味道。另外，他心裡也有數：天下沒有不散的宴席，也沒有不下台的官，他海瑞就更是如此，只能在任一天就猛干一天，能做多少事就做多少事，為了加快吳淞江治水工程的進度，他把行署設在工地，並斬殺了三個監工不力的吏員，把他們的屍體用蓆子捲起埋在行署廳前。結果，工程進展迅速異常。一個本想阻攔、陷害海瑞的巡按御史還沒來得及下手，工程便已完成，那個巡按也只好徒喚奈何，歎息說「萬世功被他成了」。當然海瑞也讓人挖出了廳前的屍體，卻是三隻肥豬，而那三個吏員則被海瑞轉移藏匿在別處。
一項水利工程或許可以這樣加緊進行，政治工程可就沒有那麼簡單。現在看來，海瑞當時的處置可能是簡單了點。他受理的案件如此之多，事實上也不可能不簡單。可是他涉及到的問題，卻又十分複雜：丈量土地，清退農田，平反冤獄，整頓治安，興修水利，遣散募兵，刷新吏治，考核官員，以及推行「一條鞭法」 (一種新的賦稅制度)等，哪一件不是盤根錯節，牽一髮而動全身？然而海瑞的力量卻很單薄，既沒有明確的法律條款，又沒有得力的專門機構，僅憑一股政治熱情，外加對善與惡的道德直覺，就希望快刀斬亂麻，在一個早上把百年積弊清除殆盡，其不能成功也自不待言。
對海瑞的彈劾幾乎與海瑞在應天的改革同步進行，而且同樣出手極重，攻勢凌厲。給事中戴鳳翔甚至危言聳聽地說，在海瑞的治下，佃戶不敢向業主繳租，借方不敢向貸方還債，民間流傳的說法是「種肥田不如告瘦狀」。如果不是因為海瑞自己清廉到無可挑剔，他一定會被描述成周興、來俊臣那樣的酷吏。內閣也深為海瑞的做法憂慮。他們想起一個醫生，這個醫生曾給病人猛吃巴豆，還振振有辭地講什麼醫書上說「巴豆不可輕用」，當然要重用了。內閣覺得海瑞就是這樣一個醫生，應該迅速地將其從巡撫的任上召回，以免我們這個原本就病病歪歪的帝國被他過度的熱情醫得人仰馬翻。
海瑞以身作則，力圖以道德來清除積弊，結果怨聲四起；張居正銳意革新，力圖用法令來振作精神，結果抗拒橫生；申時行妥協安撫，力圖用調和來維持團結，結果眾叛親離。他們都失敗了，正所謂「可憐無補費精神」。顯然，他們這個帝國，其實已無藥可救。