當新制度把封國變成了郡縣，把原本分散獨立的「許多國家」（邦國）變成了集中統一的「一個國家」（帝國）時，它無疑需要一個強有力的中央機關。這個機關，錢穆先生稱之為「中央政府」；郡縣機關，則稱之為「地方政府」。這當然便於我們理解，但略嫌「現代化」。要知道，中國古代的政權機構，和現在所謂「政府」，並不一個概念。在嚴格的意義上，前者是不能夠叫做「政府」的，因為它根本就不具備現代政府管理和服務的職責和功能。它只有一個職能，就是統治，因此也許應該叫做「衙門」，或者中央的叫「朝廷」，地方的叫「衙門」。但這樣也有問題。中央機關不僅有「朝廷」，還有「宮廷」，而所謂「宮廷事務」則既包括國家公務，也包括皇家私事，是「公私不分」的。正因為宮廷公私不分，所以宮廷加朝廷組成的機構，就不好叫做「中央政府」。「衙門」的說法也有問題。地方上的機關固然是衙門（比如縣衙），中央各部院府台又何嘗不是衙門？看來也只好馬馬虎虎地分別稱之為「中央政府」和「地方政府」。但要說清楚，此政府非彼政府，它們和現代意義上的「政府」有著天壤之別。而且，能不使用這兩個概念時，就盡量不使用。
秦漢時期中央統治機構的制度設計，應該說還是比較合理的。其最為合理之處，就是區分了「宮廷」與「朝廷」，或「皇權」與「相權」。漢制，國家最高領導人為皇帝和宰相。皇帝所處為「宮」（皇宮），辦事機構為「尚」（尚衣、尚食、尚冠、尚席、尚浴、尚書）。這六尚，前五個都是管生活的，只有尚書和政治有點關係。宰相所處為「府」（相府），辦事機構為「曹」，曹數有說六曹的，有說十三曹的，有說十五曹的，職司則有府史署用、官吏遷除、農桑祭祀、文書奏章、民事訴訟、郵傳交通、穀倉漕運、貨幣鹽鐵、盜賊刑法、兵役武裝等，全是公事。皇帝之尚多為私而宰相之曹全為公，可見在當時人們的心目中，以皇帝為首的宮廷是「半公半私」的（既代表國家同時又是私人），以宰相為首的朝廷才「一心為公」，除了為國家服務以外再也沒有別的作用和意義，是真正的「中央政府」。所以，他們的經費來源也不一樣。朝廷經費來源於大司農掌管的田賦收入。這是大頭，歸政府用，是「公款」。宮廷經費來源於少府掌管的工商稅收。這是小宗，歸皇家用，算是皇帝的「私房」。
這樣看來，漢代制度，大體上還算「公私分明」（但也只是「大體上」，嚴格說來並不清楚，這才造成後來的問題）。同時，機構的設立，也還算「職權分明」。皇帝是國家元首，主要起象徵國家統一的作用；宰相是政府首腦，帶領官員實際管理國家，並負政治上一切實際之責任。打個比方說，皇帝好比是董事長，宰相好比是總經理。總經理之外，還有「監事會主席」，就是御史大夫。他同時也兼副總經理（副宰相），副手則為御史中丞，此外還有侍御史（監察中央）和部刺史（監察地方）。不過國家畢竟不是公司，所以除總經理（宰相）和監事會主席（御史大夫）外，還有一個管軍事的官員，就是太尉。宰相管行政，太尉管軍事，御史大夫管監察，合稱「三公」，是王朝的最高官員，共同向皇帝和國家負責。
這種制度，應該說還是蠻合理的。因為在這樣一種制度下，皇帝授權而不負責，宰相負責而無主權，一旦國家有事，皇帝就能夠以授權人的名義責問宰相和政府，宰相和政府也不能不承擔政治責任。這樣，宰相領導的政府就有可能成為「責任內閣」或「問責政府」。如果反過來，皇帝自己授權，同時又自己行政，則一旦國家有事，也就無人負責，無責可問。皇帝負責吧，無人來問（別人不是授權人，沒有資格責問）；宰相負責吧，無責可負（宰相不是負責人，沒有理由責問）。結果大約只能像隋煬帝，說朕的江山朕自丟，丟了拉倒。除此之外，也只有三種可能：一是下罪己詔，說什麼「四方有罪，罪在朕躬」，把責任大包大攬認下來，卻並無處分，也無法處分，實際上並不負責。二是找替罪羊，說什麼「君非亡國之君，臣乃亡國之臣」，所有的事情，都是「群臣誤我」，然後挑幾個確有問題或看不順眼的殺掉，實際上仍是不負責任。第三種更糟糕，就是在國難當頭時，說什麼「天下興亡，匹夫有責」，把責任推到老百姓身上，當然是更不負責。一個不負責任和不能負責的政權是必定要垮台的。所以要想政權穩定，君主就不能做行政首腦。用梁啟超的話說，就是「必元首無責任，然後可以責諸內閣」；「必君主無責任，然後可以責諸大臣」。
漢初的情況，便大體如此。劉邦打天下時就不帶兵，具體事情都交給張良、蕭何、韓信他們去做。他的幾個接班人，崇尚「無為而治」，也都樂意當「甩手掌櫃」。所以秦人創立的帝國垮了台，取而代之的漢人卻搞得有聲有色。遺憾的是，宮廷與朝廷，或皇室與政府的這種關係，道理上並沒有講清楚，制度上也沒有做規定，不像現代西方國家，憲法明文規定皇帝不得過問政府的事，而是想過問就過問，想不過問就不過問。結果，漢武帝一上台，事情就起了變化。漢武帝是一個「雄才大略」的人。這樣的人，多半都喜歡親自操刀。所以武帝一朝，宰相成為擺設。漢武帝既當董事長又當總經理，既當運動員又當裁判員，事情倒是弄得轟轟烈烈，遺患卻也無窮，因為他把制度破壞了。正因為破壞了制度，這才有後來的外戚專政和宦官弄權（後者又因前者而起），漢王朝也終於滅亡。從這個角度講，皇帝雄才大略並不是好事情。雄才大略的皇帝往往獨斷專行，無法無天，不把制度放在眼裡。當然皇帝太愚蠢太昏庸也不好，最好是頭腦清楚又不好大喜功，事情交給政府做，自己只拿大主意。但這並由不得我們。錢穆先生批評破壞制度的人，說他們不知道「皇室之存在，由於有皇帝，而皇帝之存在，由於有政府」，我看沒有哪個皇帝會懂這道理。相反，帝國制度既然是以皇帝為中心建立的，就不能不規定皇帝至高無上的地位和不受限制的權力，皇帝也不會自動交出自己的權力，只會不斷從宰相和政府那裡把它收回來，最後把自己變成獨裁者。
事實上從東漢以後魏晉南北朝起，皇家就開始侵奪相權。唐初雖然「把以前皇室濫用之權重交還政府」，卻再也回不到漢初的理想狀態。錢先生說：「漢宰相是採用領袖制的，而唐宰相則採用委員制。換言之，漢代由宰相一人掌握全國行政大權，而唐代則把相權分別操掌於幾個部門」，「凡事經各部門之會議而決定」。這原本也沒什麼不可以，但只分相權不分君權，權重就向皇帝傾斜了。
不過唐代宰相雖不如漢，比起後世來權力還是大得多。唐代相府共三個衙門（相當於宰相的人就更多），都叫省：中書省、門下省、尚書省。中書管出令，門下管覆核，尚書管執行，類似於立法、司法、執法三權分立，只不過所立、所司、所執的不是「法」，而是「令」。當時王朝的最高命令，都由中書省擬出，而且一拿出來就是定稿，叫「熟擬」，皇帝只能在上面畫圈，叫「印畫」。也就是說，宰相有決策權，皇帝反倒只有同意權。當然，門下省可以駁回中書擬定、皇帝同意的命令，但門下省也是相府，門下省的否決權也是相權。可見唐代相權也不很小。皇帝不經中書、門下副署就直接下達命令，在當時是視為非法的。
宋就不行了。「宋代的最高政令之最後決定權在皇帝，不在宰相」，宰相上朝也不能像秦漢隋唐那樣「坐而論道」，只能站著。明清更糟，乾脆廢了宰相，而代之以六部和內閣。六部原屬尚書省，尚書省的長官和中書、門下兩省長官同為宰相。朱元璋把中書、門下兩省都廢了，只留下尚書省，卻又不設長官，讓六部尚書直接對皇帝。這就等於是不要總理，由總統直接領導部長，和美國的體制差不多。問題在於美國的總統是選出來的，也是有人管的。國會管，法院管，媒體輿論也監督，出了事情要下台。何況美國的總統也不是董事長，而是總經理。明清的皇帝卻是董事長，現在又來做總經理，還沒人管，結果可想而知。
以內閣代宰相就更不通。我們要知道，明清的內閣可不是由總理、副總理、部長組成的「國務院」或「政府」，其實不過是皇帝的顧問班子，頂多叫「秘書處」。內，是內廷、大內的意思。閣，則是宮內的殿閣。可見內閣屬於宮廷，不屬於朝廷。內閣的成員叫大學士，官階只有五品。按尚書二品、縣令七品計算，五品不過副司級，怎麼能是宰相？但在明代，「入閣」卻又相當於「拜相」，這就是只講法術不講制度了。
到了清代，雍正皇帝連內閣也信不過，又搞了個「軍機處」。這就更荒唐。皇帝不但董事長兼總經理，還兼司令員，司令部則成了政務院。說穿了，這是只要皇帝獨裁，不要政治制度。當然，康熙、雍正、乾隆這三個，是有精力也有能力獨裁的，所以造就持續百年的「盛世」，論版圖、人口、國力，均不亞於漢唐。但最後的結果，卻是逼出來一個辛亥革命。這事說來話長，我們以後再講，現在先來看看地方上的情況。