是年，御史郭翰巡察隴右，寧州歌狄刺史者盈路，郭翰返朝後上表舉薦，狄仁傑升為冬官（工部）侍郎，充江南巡藏書網撫使。
垂拱四年八月，因韓王之侄李藹告密，琅玡王李沖率領五千人馬，在博州倉促起兵，短短七日九九藏書網，即已兵敗；其父越王李貞也於豫州響應，武後相繼派丘神勘等人討平，斬殺李貞等人，並因此大相誣引，九九藏書殺韓王李元嘉等宗室數百人，改姓虺氏，「自是宗室諸王相繼誅死者，殆將盡矣。」
武後平定了此次宗室叛亂後，派狄仁傑出任豫州刺史。其時，受越王株連者六、七百人在監，籍沒者多達5000人。狄仁傑深知黎民百姓，多被迫在越王九九藏書軍中服役，因此上疏：「此輩鹹非本心，伏望哀其詿誤。」武後聽從了他的建議，特赦這批死囚，改殺為流，穩定了豫州局勢。