菲茨洛伊船長竟在小獵犬號駛進太平洋的平靜海面後神智錯亂了，這真是太奇怪了。
查理低頭看著這個衣衫不整的可憐人，心裡猜測，也許是因為最艱難的時刻剛剛過去，大家剛鬆了一口氣，卻還放不下心靈上所經受的痛苦折磨。
經過麥哲倫海峽的航行是凶險萬分的。航船整整一個月都在與冬天的寒風抗爭。帆索全都凍住了，甲板全被積雪覆蓋。它在大冰川的峽谷中危險地穿行，經常碰上劈劈啪啪碎裂下來的冰塊和肆虐無忌的驚濤駭浪。
這段時間查理和那些不需要操作帆索的船員都呆在甲板下面。他很高興看不到麥考密克，因為此時這位博物學家還在探險號上。當兩人在陸地上相見時，彼此都覺得有些尷尬。
查理開始以不同的眼光來看待整個世界。他興奮地在日記上狂書。一切都展現在他的面前，一切都變得如此清楚明瞭像雪球一樣包圍著航船的蝶群，船後閃著銀光的鱗片，還有一個在月光籠罩的夜晚在船桅邊劈啪作響的帶電區，這些都不是幻象它們都是真實的，大自然向人們展示了她壯麗的一面。查理覺得他可以弄清發生在身邊的一切自然現象，他具備在靈感激發下闡釋這一切的洞察力，那靈感就如夜間的閃電一般。
穿越海峽之前，小獵犬號停靠在聖克魯斯山下修理船身，探險號在附近拋錨。這是自伍爾利亞以後查理和麥考密克第一次會面。很多時候他們互相迴避。兩人間的距離現在已成了一道不可逾越的鴻溝。為了消磨時間，兩人分站在一棵樹邊，讓康拉德馬頓斯畫了一幅素描。整個過程他們幾乎誰也沒看對方一眼。
最後船駛進了太平洋，停泊在了智利海岸邊的瓦爾帕萊索港口。查理迫不及待地上了陸地，去安第斯山脈勘探。他很順利地在城裡找到了一個老同學並在此住了下來，然後就向那座山脈進發。他在那兒逗留了6個星期，深入到可危及生命的山谷中去，還穿過在大風中搖擺不定的吊橋。他捕捉了一些山中飛鳥，發掘了一些礦石，還挖出了一些海底礦床。晚上，為了取暖，他與他的兩個農民嚮導擠成一團，蜷縮起來睡覺。他大獲全勝地回到了船上，後面跟著滿載著標本的騾子，其中包括從山裡發現的整塊的貝殼狀地層。越來越多的證據因地質運動而被發掘出來，這些都能夠證明他的海洋形成山脈說。
從碼頭上看他們的船，他很快發現有點不對頭。小獵犬號看起來陷入了一種很糟糕的狀態中。船員們都懶洋洋地坐在尾部。惠格姆上尉在船上走來走去，看到查理時，一個箭步衝了上去。
船長精神有些錯亂了，他說，他辭去了他的職務，還想退役回英國去。快去跟他談談吧，阿哲，也許你能使他恢復過來。
是什麼造成了這場危機？查理問。
他收到了海軍部的通知，指責他買了探險號，他們拒絕付費。他不得不又把它賣了。這把他推上了崩潰的邊緣。我也要責怪我自己。
為什麼？
沙利文纏著他幾個星期要買下探險號，一等他有了權力，他告訴船長探險號是完成這項任務的必備之物。我本該阻止這件事的。
查理在菲茨洛伊的船艙裡找到了他。他拉著窗簾躺在船上，上衣敞著懷，一隻胳膊搭在眼上，另一隻垂在地板上。他幾乎不願看人，臉色蒼白，眼窩深陷。查理讓他喝了杯水。
起先菲茨洛伊一言不發，接著就滔滔不絕地說了起來。他的話像怒濤一樣一發而不可收，令查理不禁有些害怕。菲茨洛伊直言不諱地痛斥了海軍部、海軍部隊、輝格黨和整個政府。惠格姆聽到他在大聲說話就走了進來。兩人和船長一起呆了幾個小時，柔聲勸慰他不要再返回火地島。那兒的調查已經結束了，其餘的部分就讓剩餘人員去做吧。
他們接連幾天都在勸他。查理對惠格姆肅然起敬。他本可以坐享其成，取代船長的位置，就像菲茨洛伊在上次航行中對普林格爾斯托克司所做的那樣，但是他看起來更關心船長的健康而不是自己的晉陞。
第三天，他們的安慰之辭最終起了作用。菲茨洛伊有了不少起色，他起了床，刮了鬍子，穿好衣服，打算出去走走。查理進來幫他。走出船艙前，菲茨洛伊站在門口，四下看了看，好像剛剛大夢一場。
你知道我為什麼在普利茅斯花了一大筆錢來整修這艘船嗎？
查理回說不知。
是為了改換船長的住處，我移動了整個艙室。我不願住在前任船長的船艙裡，我不想被他的鬼魂所纏繞普林格爾斯托克司，那不幸的可憐人。
我明白了，查理不假思索地說。他又說道：我想是一種孤獨感讓他神思恍惚的。
菲茨洛伊直視著查理。
你知道，他說，他死後，他們進行了一次屍檢。他們發現了他腦子裡的一個球狀物，還發現了其他一些東西。解開他的襯衣發現了什麼？7個傷口，7個快癒合的刀傷。快癒合的。那傢伙幾星期以來一直企圖殺死自己他不知找誰幫忙，他只有一個人。
菲茨洛伊走上甲板，深吸了一口氣，說他將重新收回指揮權。一陣柔風吹了起來。
他們升起船錨時，查理朝上望去。他看到上層後甲板區準備返回探險號的麥考密克帶著他的帆布包，正朝著他的老房艙走來。5分鐘後，他出現了。他走向查理，在他面前停住腳。
達爾文先生，我們又一次成為船友，他說。
是的，查理回答道。
他們將沿著海岸前行，然後向西600英里，朝著那以玳瑁殼命名的著名群島進發。
他們駛向第一座島嶼時，查理站在菲茨洛伊身邊。他幾乎不能相信自己的眼睛，他一直在期待著加拉帕戈斯群島傳說中稱其為伊甸園。
但這是什麼！完全不是一副極樂之地的景像一堆陰沉沉的火山岩直聳天際，草木稀疏，除了海鳥以外，了無生跡。
這是個什麼島，怎麼這樣？他問道。
那是西班牙人開的一個玩笑，船長回道。它那麼無足輕重，連個名字都沒有航海圖上標的是辛農佈雷島。
他吸了口氣，繼續說：不要為它的名字IslasEncantadas所誤導，其西班牙語的意思並不是說美麗，而是迷惑人的。這是由那些使人難以登陸的危險洋流而得名的。那些鳥獸，倒真的是與人類沒有過接觸，因此，它們走近來時毫無懼怕之色一副漫不經心的樣子。還是用我的話說，這是個適合喧嚷的地方。
輪船停在第二座島嶼前。船員們把網投在水中，甲板上很快堆滿了活蹦亂跳的鸚鵡魚和神仙魚，劈啪地響。熱帶魚身上那艷麗的色彩令人目眩。查理和8個船員把捕鯨船划到了岸邊。他們發現黑色的沙灘是如此炙熱，從他們的鞋底就能感覺出來。
他們沿著岸邊走，在島上發現了大量的生命。爬在火山岩上的大蜥蜴，背上斑駁的偽裝色使它們在遠處隱藏得天衣無縫，但走近看去卻是那麼醜陋可怕。它們背部梳狀的鱗片，冷冷的雙眼，下巴上鬆弛的皮膚和長而卷的尾巴，這副模樣讓它們看起來像邪惡的噴火龍。但實際上，它們行動遲緩，缺少攻擊性。查理拽著其中一隻的尾巴，把它扔進了水裡。
轉了一圈，他們被一大群海鳥圍了起來。紅腳鰹鳥棲息在樹上，樹下的沙地上面鰹鳥聚集在窩邊，而藍腳鰹鳥則佔領了每個山脊。其中一些笨拙地用它們的藍腳跳著招攬異性的雙步舞。那些鳥一點兒都沒注意到這幾個人。查理朝著近處的一隻鷹舉起了獵槍，但它在那兒紋絲不動，他就直接用槍管把它從樹枝上推了下來。
有考文頓做伴，他們向島深處走去，最後終於見到了這島上最出名的長住動物：巨型龜有兩隻正在使勁咀嚼食物。它們發出嘶嘶的響聲，縮回了腦袋，不過很快又伸出來吃東西。查理量了量其中一隻的甲殼，圓周足足有7英尺長。他們繼續往前走，眼前一副景象令他們停住了腳步：這簡直名副其實是烏龜們的一條通天大道，他們排著長長的隊伍，有的在上山，有的在下山。
他們兩個跟隨隊伍到了山頂，那兒的一個池塘裡生活著各種各樣的生物。有些眼睛死盯著冰冷的湖水，大口大口地吞嚥著湖水；另一些在泥沼裡打滾。查理完全被震撼了他覺得就像誤闖了一個神秘的世界，一個古老的家園。在這兒，所有野獸都摘下了他們野蠻的面具，露出了真實的本質。
他們轉過身，隨著那些緩緩下山的烏龜們往回走。查理突然爬上其中一隻，坐在了上面。考文頓也照做了。他們在龜背上前仰後合地，抓著龜背邊緣以防摔下來。他們對視了一眼，仰天大笑起來，帶著快樂的心情下了山。讓他們吃驚的是，一個場景迅速讓他們從快樂的情緒中清醒過來。船員們正在屠殺巨龜，把它們翻轉過來，劃開白色的肚皮，它們很多仰面朝天躺著，四肢在空中亂擺。它們即將被運往船上，沙灘上到處都是凌亂的龜殼。
船員們跟他們一樣驚訝，快跳下來吧，快點，其中一個喊道，不然你們也要被做進龜湯裡了。
那天晚上，在小獵犬號上，查理心情一片煩亂。他最近開始從一個新的視點來看待每一件事物魚，蜥蜴，海鳥和烏龜。他是原始生態的見證人，他也看到了它的傑作美麗的一面，還有野蠻的一面他覺得他瞭解這一切，好像抓住了一瞬間的創作靈感。翻開筆記，他寫道：現在，不論是在空間上還是在時間上，我們好像都越來越接近實質神秘事物之奧秘這個地球上的第一個新物種。
第二天，小獵犬號駛向了查理島。島上有個監獄，裡面囚禁了200個流放到此的罪犯。尼古拉斯勞森，英國代理監獄長，在他長滿車前草的走廊裡為船上的人準備了一頓午宴。端上烤熟的魚肉塊和烈酒，他給大家講了些遇難人和海盜的傳說，供大家娛樂。
說到巨龜時，他偶爾提到僅憑它們的龜殼他就能判斷出它們來自這20個島嶼中的哪一座。他說這是有章可循的，棲息的環境不同，生長就會有差異。
菲茨洛伊和其他人都沒有留心他這番話，而查理卻記在了心裡，並飛快地看了一圈坐在另一邊的麥考密克正回頭看著他，好像他也注意到了這一點，也許還在發掘它的意義。
下午大家划船去了詹姆斯島。查理想更多地收集些鳥的標本。它們看起來也像監獄長說的那樣：每一座島嶼，它們都有些細微的不同，像是以此來適應不同的棲息地。查理每到一處島嶼，就射下幾隻鳥尤其是那些雀科鳴鳥製成標本，貼上標籤，做詳細的記錄。像往常一樣，這天下午，考文頓也跟他在一起，兩人獨自在外面辦事。
太陽火辣辣地烤著大地，查理感覺有點眩暈。他們走進一片灌木叢裡，發現了許多地雀和嘲鴉正在樹叢中飛來飛去。用槍是沒有必要了。因為他們發現，只要拿根樹枝，再弄點噓聲，就能引來一隻雀鳥停在樹枝上，然後抓住它。
當看到一隻不尋常的黃色地雀時，查理獨自追了上去，在樹叢中蹣跚而行，追趕著那隻小鳥。突然他的腳碰上了什麼硬硬的東西，他低頭一看，不禁倒抽了一口涼氣。那兒，從一片落葉中，露出一個人的頭顱骨來，在陽光下閃閃發光。
他覺著一陣作嘔，趕快扶住一棵樹。然後他慢慢蹲下身來把他從土裡挖出來。接著他把它拿在手上，不斷翻轉。這既令人作嘔又讓人無法拒絕那白色的顱頂，太陽穴附近鋸齒狀的裂縫，腐爛後的牙齒像是在怪笑，口腔和兩個鼻孔組成一個黑三角，在舌頭的位置還有一窩蛆在蠕動。
他再一次感到一陣眩暈。太陽正在炙烤著大地。他仔細聽了聽，到處都是昆蟲的聲音，它們成群結隊地飛來飛去，嗡嗡叫著，還不斷摩擦著翅膀，撞得樹葉咯吱咯吱響。他還聽到海鳥俯衝進海水捕魚的聲音和髯鱗蜥咀嚼藻類的聲音。恐懼攫住了他的心，這是他以前從未感受過的。一時間，滾燙的火山熔岩，可怕的蜥蜴，被宰殺的巨龜，頭顱骨和蛆蟲充滿腦際，這是一個可怕的生與死的循環，無休無止地重複著，沒有意義，而他則是這個循環的囚犯，大自然是萬物的主宰可憎而又凶暴。
麥考密克出現了，看見查理還拿著那個頭骸。
我想，這肯定是監獄長故事裡曾經提及的那艘船的船長，他說，可能是他的船員造反了，把他殘殺在這個島上。
考文頓也來了，我們拿它怎麼辦？他問道，把它加入我們的收藏嗎？
查理對這個建議表示驚恐，他吩咐考文頓挖了個坑，以基督教的儀式把它埋葬了。
晚上查理給胡克寫了封信，他沒有提頭顱骨的事，不過他以一句發自心靈深處的呼喚結尾：魔鬼的信徒究竟要把大自然那笨拙、費力、誤事而又冷酷可怕的傑作描述成什麼樣子呢！
3天後，船在忘憂島下了錨。天氣很好，很暖和，吹著柔和的西風，很適宜打獵。查理很想去收集水下生物標本。麥考密克突然來了熱情，說他也想去。於是兩人和沙利文上尉還有菲利普吉德利金一起坐小船出發了。
他們找到一個停船的好地方，又潛了幾個小時的水，還留了一個人在船上作救生員，因為沒人對自己的游泳技術充滿信心。中午時分，他們已經收集了各種各樣的魚、螃蟹、海草等東西，然後到岸上吃午飯。海灘上成排的海獅，在懶洋洋地曬著太陽，對他們這些兩條腿的生物毫不感興趣。查理用火點了一堆火，他們用酒把魚沖了一下，然後就烤了來吃。飯後，金和沙利文稍作休息，查理和麥考密克繼續上船去搜集獵物。
兩人一直沿著岸邊劃，找到了一個蘆葦環繞的淡水湖。麥考密克站在船頭上望著，說是個不錯的地方，並說要留在船上。查理跳進湖裡，潛了一會兒，露出水面時帶著些貝殼和其他寶貝。每次麥考密克都向下看看，然後示意他往更遠的地方再找。
查理浮在水面上，朝水下看去。這時他看到水下有個陰影在迅速地移動，尾巴掀起陣陣漣漪。接著是另一個，然後又一個。湖水被這些黑影攪動起來。他伸出頭，吸了口氣，接著又鑽進水裡去看個究竟。現在他看清楚了，銀灰色的皮膚，尖銳的鰭和尾巴，有五六英尺長是鯊魚。共有4頭，不，還有。它們在水中輕快地滑行，圍成一個圈子，飛快而冷靜地尋找著食物。查理貼著水面，游回小船。麥考密克抓著他的前臂，用繩子把他拽上了船。
查理坐在船板上，心還在怦怦狂跳。他看著麥考密克，血壓持續攀高。麥考密克有點沮喪，唧唧咕咕地說：感謝上帝，你沒出意外。我大聲地叫喊，警告你，可你聽不見。
查理只是簡單地說：咱們離開這個地方吧！
麥考密克朝海灘劃去。查理渾身顫抖，回頭望著那片自己差點兒送命的水面，心裡還在想著能否看見些小魚浮上水面，也許可作為他們的午餐當然是鯊魚吃剩下的。