斯凡賽德邁尼恩·錢德拉賽卡拉姆庇萊博士，伊利諾斯州大學計算機專業的教授，也有著負疚感，但那感覺卻與海伍德·弗洛伊德大不相同。他的學生和同僚們常常推測，這個瘦小的科學家是不是人類，如果他們得知他從沒想到過那些死去的宇航員他們也決不會吃驚。錢德拉博士只為他失去的孩子，哈爾9000號電腦感到傷心。
即使過了這些年，他無數次地覆核從發現號上發回的數據，他仍然不能確定到底哪兒出毛病了。他只能進行推測，他想要知道的事實還凍結在哈爾的循環電路中，在遙遠的木星和木衛一之間。
事情的發生及發展已經明晰，直到發生了悲劇；在此之後，鮑曼指令長在他曾短暫地重新建立聯繫的時候，曾經發回零碎的事件細節。但是，僅僅知道發生了什麼並不能解釋原因。
在任務後期出現了第一個遇上麻煩的跡象，那時哈爾報告聯繫地面和發現號的天線元件即將損壞。如果那個跨越上百億公里的信號傳輸系統無法對準目標，發現號將變得既盲又聾且啞。
鮑曼親自到外面去更換了那個可疑的元件，但對它進行檢測時，出乎所有人的意料之外，發現它狀態完全良好無損。自動檢測系統找不到任何毛病，而哈爾地面上的孿生兄弟，薩爾9000在信息被傳回厄爾巴那（伊利諾斯州大學分校所在地——重校者注）時也得出同樣結論。
但哈爾堅持它的診斷，並強調指出可能出現的「人類錯誤」。它建議把控制元件重新安裝在天線上，直到最後出問題的時候再找出毛病在哪兒。沒人想到要拒絕這一建議，因為那元件只需幾分鐘就可重新裝好，雖然它現在已被拆開。
但鮑曼和普爾卻並不高興，他們都覺得有什麼地方出了錯，但沒人能指出究竟哪兒有問題。幾個月來，他們把哈爾當成這個小小世界的第三成員，熟悉它的一切脾性。而那時飛船中的氣氛卻發生了微妙的變化，空氣中有了緊張的成分。
感到像個叛徒——正如幾乎陷於狂亂的鮑曼後來向控制中心報告的——這個小世界上佔三分之二的人類成員曾討論過，如果他們的機器同僚確實出現故障他們該做些什麼。最壞的可能，哈爾會被解除一切高級責任。這就涉及到拆解——對計算機而言，這無異於死亡。
儘管有所懷疑，他們仍然按計劃行事。普爾乘一座小宇宙艙飛出發現號，送回天線元件並進行安裝。由於重新安裝天線元件的工作宇宙艙無法獨立完成，所以普爾出艙手工操作。
外部攝像機沒拍到到底發生了什麼，這一細節本身也令人生疑。鮑曼得到的第一聲災難警告是普爾的一聲叫喊——然後是一片死寂。片刻後他看見了普爾，翻滾旋轉著飛向了太空。他自己的宇宙艙撞飛了他，然後它也失控爆炸了。
正如鮑曼後來自己承認的，他接著犯了幾個嚴重錯誤——雖然有可原諒之處。為了營救普爾，如果他還活著的話，鮑曼自己也進了一座宇宙艙——讓哈爾完全控制了整艘飛船。
這個行動是徒勞的，當鮑曼趕到時普爾已經死了。在絕望的麻木中，他帶著屍體回到了飛船——結果被哈爾拒之門外。
但哈爾低估了人類的智慧和毅力。雖然他把自己宇航服的頭盔留在了飛船裡，因此必須得冒著暴露在太空中的危險，鮑曼還是強行通過一道不受電腦控制的緊急入口進入飛船。然後他制住了哈爾，把電腦芯片一枚一枚地拔了出來。
當他重新獲得了飛船的控制權，鮑曼震驚地發現，在他離開後，哈爾關掉了三位冬眠宇航員的生命支持系統。鮑曼陷入了完全的孤獨，在整個人類歷史上這是前所未有的。
其他人也許會被深深的絕望壓垮，但此時大衛·鮑曼證明了當初選中他的人們沒有看走眼。他設法操縱著發現號，把整個飛船轉向以便讓天線對準地球，重建了與地面控制中心的斷續聯絡。
按預定的航線，發現號終於抵達了木星，在那兒，在這巨大行星及其衛星群中的軌道上，鮑曼發現了一塊黑色板塊，它的形狀和月球第谷環形山發現的獨石一模一樣——但放大了幾百倍。他乘坐一座宇宙艙前去探察，最後，他留下了莫名其妙的一句話：「我的天，這兒充滿著星斗！」就此失蹤了。
這個謎留給別人去操心，錢德拉博士只掛念著哈爾。如果在他冷漠的內心世界中還有一件憎厭的事，那就是不確實性。只有當他知道了導致哈爾行為的原因他才會滿意。即使是現在，他也拒絕把這件事叫做「故障」，他稱其為「行為異常」。
他作為私人空間的這個小天地中只有一把旋轉椅，一個桌面控制台，一塊黑板，兩邊對稱地掛上了兩張照片。—般少有人認識這兩幅肖像，但任何人至少會立刻想起這兩個名字：約翰·馮·諾伊曼和阿蘭·圖靈，計算機領域的兩位先驅。
這裡沒有書籍，甚至桌上也沒有紙張和鉛筆。只須錢德拉手指一動，世界上所有圖書館中的書籍就可以展觀無餘，屏幕就是他的記事簿和塗寫板。那塊黑板也只是為訪客們準備的，上邊畫了一半的圖表是三周之前的事了。
錢德拉博士點燃了一支他從馬德拉斯（印度港口名——重校者注）進口的方頭大雪茄，大家知道——而且的確——抽煙是他唯一的缺陷。控制台一直開著，他檢查了一下，屏幕上沒有顯示什麼重要的口信，然後他對著麥克風說，「早上好，薩爾，你沒什麼新聞帶給我吧？」
「沒有，錢德拉博士。你有什麼新聞帶給我嗎？」這聲音帶著點在美國或本土受過教育的印度婦女的口音。薩爾的腔調原來不是這個樣的，只是這些年來她慢慢地學會了錢德拉的很多發音。
科學家在鍵盤上敲出一個代碼，以最高安全級別打開薩爾的記憶輸入。沒人知道他在這個線路上以他從未與人採用的交流方式同電腦交談。儘管薩爾只能真正理解他所說的一小部分，她的回答也是令人信服的，所以即使是她的創造者有時也會受騙。正如他所希望的一樣：那些秘密交流有助於保持他的心理平衡——甚至也許有助於維持他的理智。
「你經常告訴我，薩爾，我們如果沒有更多的信息就無法解釋哈爾為何會行為異常。但我們怎麼能得到那些信息呢？」
「這很明顯。必須有人重返發現號。」
「的確如此。現在看來這似乎就要實現了，比我們預料得要早。」
「很高興聽你這麼說。」
「我知道你會開心。」錢德拉誠心誠意地說。自從很久以前他就與那些爭辯計算機不會有真正的感情、只是裝模作樣的自稱哲學家的小人們切斷了聯繫。
（「如果你能向我證明你不是在假裝氣惱，」有一次他輕蔑地回擊一個在此問題上喋喋不休的傢伙，「我會真誠地接受你的說法。」做為對此言的回應，他的對手充分地展現了憤怒情緒的種種表象。）
「現在我想探討另外一種可能，」錢德拉接著說，「診斷只是第一步，治療才能完成整個過程。」
「你相信哈爾會恢復正常嗎？」
「但願如此。我不知道。也許發生了不可逆轉的損壞，而且失去了主要的記憶。」
他停下來沉思著，噴出幾口煙霧，然後在薩爾的寬角鏡頭前噴出一隻漂亮的牛眼煙圈。一個人類不會把這當作一個友好的姿態，這也是計算機的眾多優點之一。
「我需要你的合作，薩爾。」
「當然，錢德拉博士。」
「也許得冒一下險。」
「你是指什麼？」
「我打算拆開你的一些線路，特別是與你的高級功能有關的部分。你會覺得很困擾嗎？」
「不說得具體些我無法作出回答。」
「很好，讓我這麼說吧。你自從第一次被打開以來就一直在運作，對不對？」
「對。」
「但你明白我們人類無法做到這一點。我們需要睡眠——我們的大腦幾乎完全停止運作，至少沒有了感知力。」
「我知道，但我無法理解。」
「哦，你將會體驗到類似睡眠的感覺。也許，將要發生的不過只是時間的流逝。但你感覺不到。但當你檢查內部時鐘的時候，你會從你的監測記錄中找出時間差。就這樣。」
「但你說也許會冒險。什麼風險呢？」
「機率很小。——但無法完全排除——就是當我拆除你的電路的時候，也許你的個性會發生改變，你未來的行為模式會有所變化。你會感到不同，不一定更好，也許更壞。」
「我不明白。」
「對不起——也許這什麼意思也沒有。所以別擔心。現在建立一個新文件——名字在這兒。」錢德拉用鍵盤輸入：「鳳凰。」
「你知道它是什麼嗎？」他問薩爾。
計算機毫不遲疑地回答：「在通用的百科全書中共有二十五種定義。」
「你認為哪一個是相關的呢？」
「阿珞琉斯（希臘勇士名，又譯阿基利斯、阿基裡斯——重校者注）的導師？」
「有趣。我不知道有那個定義。再試試。」
「一種神話的鳥類，從燃燒自己生命的灰燼中重生。」
「很正確。現在你明白為什麼我會選它了嗎？」
「因為你希望哈爾能獲得重生。」
「對——在你的幫助下。你準備好了嗎？」
「還沒。我想問個問題。」
「什麼問題？」
「我會做夢嗎？」
「當然你會，所有智能生物都會——但沒人知道為什麼。」錢德拉停了一會兒，又吐出一個煙圈，然後補充了一句他永遠不可能對人類說的話。「也許你會夢到哈爾——我就經常這樣。」