6月9日，前線副總指揮率中紀委有關人員抵福州。第二天上午，同省委、省紀委等有關方面負責同志會面。他通報了尉健行、羅乾等中央領導批示，說明已組建專案組，準備徹底查處廈門走私大案，希望得到福建有關方面的配合與支持。
賴昌星自從知曉「4·20」批示內容以後，已從多方面實施了挽救頹勢的措施：其一，賴攜5000萬錢款進京多方打點，企圖擺平事件。然而，努力並未取得任何結果。在中央下了決心以後，北京方面在李紀周被「兩規」的情勢下，無人敢輕舉妄動，哪怕發表關於查處的反對意見也被認為是越了「雷池」，查處廈門案的總趨勢是無法改變了。現在的努力是要讓查處擱淺，造成查不下去的局面才是上策。到那時，才可出來說話；其二，賴組織關係網內的律師，有關媒體的欄目主持人，有關創作人員，為其鳴冤叫屈，也未見成效。為此，賴昌星繼續在全面銷毀走私證據方面狠下功夫。他自己辦公室的電腦硬盤被拆下，扔到了白鷺洲湖中。侯小虎系賴昌星走私集團中的骨幹分子，他到口岸各環節找人談話，曉以利害，佈置再檢查一遍，一定要做到不留下有關走私的任何證據；並且，賴昌星將掌握走私核心機密的人員作了排隊，讓這些人隨時準備離境出去。
6月10日，專案組領導向省高層領導通報的內容，賴昌星當天就掌握了。專案組當時對此還未有所察覺。
6月20日，專案組領導率章國勝、呂濱、孫文健等幾個司局長飛抵福州。此行目的是與省市有關方面，落實聯合行動計劃。21日上午，福建省、廈門市有關領導、紀委、政法委、公安廳、局的負責人出席會議。會議氣氛熱烈，開了一個上午。湛江走私大案偵破的重要成功經驗之一，就是「特案特辦，快速抓捕」。1998年9月8日，中央批示查處湛江大案（所以專案代號為「9898」），至9月底走私主犯和主要腐敗分子幾乎全部落網。因此，「4·20」專案的領導兩赴福州，就是為動手抓捕賴昌星等走私要犯作好組織準備。
專案組領導雲集福州的同時，章局已受命佈置調查局從各地海關抽調辦過大案的好手共18人待命。一旦專案組下令動手，18人即可當天趕到廈門，執行作戰方案。
然而，21日上午會議剛結束，專案組領導便接到廈門偵查人員報來的消息，賴昌星等走私骨幹分子已於6月11日始相繼外逃。
根據技偵手段獲得信息，是有人通風報信。專案組組織抓捕賴等要犯的信息是在6月10日晚被通報給賴昌星的。向賴通報專案組行動計劃的有北京和福建兩地的渠道。由於通風報信者採取了防範措施，無法落實到具體人頭上。
另據偵查得知，直到賴昌星逃走前夕，走私活動還在繼續。就在5月16日，駐廈門部隊某部向海關提供情報：「大鷹」號外籍油輪走私柴油5000噸。海關對該船在港內偷卸走私油雖有發現，但未及時拿獲。待到6月17日將「大鷹」號油輪押回廈門時，船上僅剩500噸柴油。而賴昌星集團的核心人物林清輝，打電話告知調查處某處長：「大鷹」號所載之油是遠華公司的。後來，調查處某處長就事論事象徵性處罰了一下。另外，據偵查到的信息，賴昌星的香煙走私還在搞。