喬布斯在皮克斯的人際關係並非都這麼好。最嚴重的一次衝突是同阿爾維·雷·史密斯——卡特穆爾的聯合創始人。史密斯來自得克薩斯州北部農村，在浸信會的熏陶下長大，是一個擁有自由精神的嬉皮士，擔任電腦圖像工程師。他身材高大，笑聲爽朗，很有個性，有時也很自負。「阿爾維光芒四射，笑容友善，在會議中有一大堆擁護者。」帕姆·克爾溫說道，「阿爾維這樣的個性可能會觸怒史蒂夫。他們都是有遠見的人，精力旺盛，非常自負。阿爾維不願意像埃德一樣息事寧人，無視一些不高興的事。」
史密斯認為，喬布斯的領袖魅力和自負致使他濫用權力。「他就像一個電視節目中的布道者史密斯表示，「他要控制別人，但是我不願意做他的奴隸，因此我們發生了衝突。而埃德更願意順其自然。」開會時，喬布斯有時會說一些離譜或不真實的東西來確立自己的主導地位。史密斯喜歡在這種情況下和喬布斯叫板，他會邊笑邊說，最後露出得意的笑容。這讓喬布斯感到很不爽。
有一次董事會會議上，因為新版皮克斯圖像電腦的電路板遭遇延期，喬布斯開始訓斥史密斯和皮克斯的其他高管。當時，NeXT電腦的電路板也推遲了很久。史密斯指出了這一點：「嘿，你們的NeXT電路板更遲呢，所以別對我們大呼小叫了。」喬布斯頓時大發雷霆，或者用史密斯的話來說「完全不可理喻」。當史密斯覺得被攻擊或遭遇對抗時，會不由自主地冒出西南部口音。喬布斯於是挖苦著模仿史密斯。「這簡直就是欺負人，我完全爆發了。」史密斯回憶道，「我還沒反應過來，我們倆就已經面對面了，相隔只有3英吋，朝著對方大吼。」
喬布斯對於會議中的白板極具控制欲，於是魁梧的史密斯推開他，開始在白板上寫寫畫畫。「你不能這樣！」喬布斯大喊。
「什麼？」史密斯回擊道，「我不能在你的白板上寫字？放狗屁！」聽到這話，喬布斯摔門而出。
史密斯最終辭了職，成立了一家新公司，製作數字繪圖和圖像編輯軟件。喬布斯拒絕史密斯使用他在皮克斯時編寫的代碼，這又進一步加深了彼此的敵意。「阿爾維最終得到了他需要的東西，」卡特穆爾說，「但是，他這一年的壓力都很大，坯患上了肺部感染。」最後，結果還算不錯，微軟收購了史密斯的新公司。自己成立的公司，一家賣給喬布斯，另一家賣給蓋茨，這樣的人也只有史密斯了吧。
不過，即便在境況最好的時候，喬布斯的脾氣也很暴躁。因此，當皮克斯的三項努力——硬件、軟件和動畫內容——都在賠錢時，喬布斯就越發如此了。「我制訂了這些計劃，結果卻得不停地投錢進去。」他回憶說。他會責罵皮克斯的人，但還是會給他們開支票。已經被蘋果驅逐，又被困在NeXT，他不能接受再一次打擊了。
為了止損，喬布斯下令進行一輪大規模裁員。他缺乏對待他人的同情心，冷酷地執行了這一決定。正如帕姆·克爾溫所形容的：「對於要解雇的人，他在感情和財務上都不留餘地。」喬布斯堅持裁員立即開始，且不支付遣散費。克爾溫拽著喬布斯在停車場周圍散步，請求他至少提前兩周告知員工們這一消息。「好吧，」喬布斯回答道，「但通知應該倒推回兩周生效。」卡特穆爾當時在莫斯科，克爾溫瘋了似的跟他打電話。卡特穆爾回來後，研究出一個遣散計劃，給予被解僱員工微薄的補償，稍微平息了事態。
皮克斯動畫團隊曾一度試圖說服英特爾公司，希望承接對方的部分商業廣告製作業務。然而，喬布斯沒有一點兒耐性。一次會議上，喬布斯正痛斥英特爾的營銷總監，說到一半又拿起電話，直接打給英特爾的CEO安迪·格魯夫。格魯夫在某種程度上仍然算是喬布斯的老師，他想要給喬布斯上一課，他支持英特爾公司的經理。「我支持自己的員工，」他回憶道，「史蒂夫不喜歡被當做供應商來對待。」
皮克斯針對普通消費者市場，或者至少是認同喬布斯對於設計的狂熱之情的消費群體，創造出了一些強大的軟件產品。喬布斯仍然希望，在家中創作超級逼真的3D圖像能夠成為桌面排版熱潮的一部分。例如，皮克斯的Showplace軟件，用戶能夠用它改變3D物體的陰影，這樣，在不同的角度下，能以適當的陰影展現出現實物體的模樣。喬布斯覺得這個軟件很酷，但是大多數消費者覺得這種功能可有可無。喬布斯的激情誤導了自己，Showplace軟件就是一個例證：該軟件擁有如此多神奇的功能，但卻缺少喬布斯一向要求的簡單性。皮克斯無法與Adobe公司競爭，後者做的軟件並不像Showplace那樣高級，但更簡單，也更便宜。
即使皮克斯的硬件和軟件產品線都失敗了，喬布斯也還會保護著動畫團隊。對他來說，這已經是一個擁有魔力的藝術之島，能給予他深層次的情感愉悅，他願意培養它，為它賭上一把。1988年春，資金實在太緊張了，於是他召集了一次痛苦的會議，宣佈全面深度削減開支。會議結束後，拉塞特及其動畫團隊十分害怕，幾乎不敢再向喬布斯要更多的錢來拍攝另一部短片。但最後，他們還是提起了這個話題，喬布斯靜靜地坐著，滿臉疑慮。如果同意這個項目，他就得再從自己腰包裡掏出近30萬美元。過了一會兒，喬布斯問他們是否已有了故事板。卡特穆爾帶他來到動畫辦公室，拉塞特立即開始了自己的表演——展示故事板，自己配音，盡情地展現對自己產品的激情，喬布斯被感染了。故事是關於拉塞特的心愛之物，經典玩具。故事以一個單人樂隊玩具小錫兵（Tinny）的視角展開，它遇見了一個讓自己又愛又怕的人類小寶寶。逃到沙發下後，小錫兵發現其他玩具也被嚇壞了躲進這裡。但是，當小寶寶撞到頭後，小錫兵又爬出來哄他開心。
喬布斯表示自己會提供資金。「我看好約翰在做的東西，」他後來說道，「那是藝術，是他關心的東西，也是我關心的東西。我總是同意他的計劃。」看完拉塞特的單人表演展示後，喬布斯只說了一句活，「我只要求一件事，約翰，把它做好。」
《錫鐵小兵》（TinToy）贏得了1988年奧斯卡最佳動畫短片獎，這是首部獲此殊榮的電腦製作動畫短片。為了慶祝，喬布斯帶著拉塞特和整個製作團隊來到綠地餐廳——舊金山一家素食館。拉塞特抓起放在桌子中央的小金人，舉得高高的，向喬布斯敬酒道：「你所有的要求，便是要我們做一部偉大的電影。」
迪士尼的新團隊——CEO邁克爾·艾斯納，電影部門主管傑弗裡·卡曾伯格（JeffreyKatzenberg）——開始要求拉塞特重回迪士尼。他們喜歡《錫鐵小兵》，認為這種動畫故事——讓玩具擁有生命和人類的感情——還有很大的發揮餘地。但是，拉塞特感激喬布斯對自己的信任，認為皮克斯才是自己能夠創作電腦動畫的唯一地方。他告訴卡特穆爾，「我可以去迪士尼，在那兒做個總監；或者留在這兒，譜寫歷史。」於是，迪士尼反過來開始接觸皮克斯，希望簽署製作協議。「無論是從講故事還是從技術運用的層面上來看，拉塞特的動畫短片真的令人歎為觀止，」卡曾伯格回憶說，「我非常努力想讓他回到迪士尼，但是他忠於史蒂夫和皮克斯。如果你打不過對方，那麼就加入他們。我們決定找出能夠加入皮克斯的方法，讓他們為迪士尼製作關於玩具的電影。」
至此，喬布斯已經在皮克斯投入了近5000萬美元，佔其離開蘋果時所拿到錢的一半以上，而NeXT公司當時還在虧錢。對此，他非常精明實際。1991年，喬布斯強迫皮克斯所有員工放棄期杈，作為交換，他會再投入一筆私人資金。不過，對於藝術和科技融合所能做出的成就，喬布斯卻傾注了浪漫之愛。他曾認為，普通消費者會喜歡用皮克斯的軟件來製作3D圖形，但現實並非如此。不過替代的是他直覺上的先見之明，那就是自1937年迪士尼公司拍出《白雪公主》後，再沒有比讓藝術和數字技術相融合能給動畫電影帶來更大變革的了。
喬布斯表示，回首過去，如果自己能知道得更多，就會更早地專注於動畫，而不會費心去推動皮克斯的硬件和軟件應用。但另一方面，如果喬布斯早就知道硬件和軟件都不會贏利，那麼他也不會接手皮克斯。「命運似乎誘騙我去做這件事，而這也許是為了把它做得更好。」