朱元璋擊敗了張士誠後，便把主要精力放在對付徐壽輝身上，但他明白，自己真正的對手並不是那個虛有其表的徐壽輝，而是他背後那巨大陰影——陳友諒。
在這段時間裡，朱元璋做出的兩個決策使得他成為了最終的戰爭勝利者，第一個決策是高築牆、廣積糧、緩稱王，正是這個決定讓他避開了天下人的注意，當其他農民起義領袖帝王思想膨脹，扯張虎皮做大旗，鍋裡沒幾兩米就敢開幾千人的飯時，朱元璋充分利用了時間，不斷發展自己的實力。
另一個決策是在陳友諒和張士誠兩個人中間拿誰開刀，當時大家普遍認為張士誠比較弱，希望先對付他，並利用佔據的江浙一帶土地擴張自己的勢力，從而與陳友諒決戰。應該說這個決策無論從哪個角度看都是正確的，但朱元璋在此時體現了他的天才的戰略眼光。
在實際決策中，不受他人，特別是多數人的意見的影響是很困難的，當許多人眾口一辭時，很多人都會從大流，甚至改變自己原來的看法，而朱元璋用他的智慧告訴了人們，真理往往是站在少數人一邊的。
朱元璋對他的謀士們說，你們的看法是有道理的，但你們沒有看到問題的關鍵，張士誠的特點是器小，陳友諒的特點是志驕，器小無遠見，志驕好生事。如果我進攻陳友諒，張士誠必然不會救他，而進攻張士誠，陳友諒就一定會動員全國兵力來救，我就要兩線作戰，到時就很難說了。
精彩！真精彩！
如此之見識，此人不取天下，何人可取！
【大戰的序幕】
無論怎麼躲避，決戰這一天終究會到來，這是朱元璋和陳友諒的共識。
至元十九年（公元1359年），陳友諒已經完全控制了天完國，他的兵比朱元璋多，訓練水平也比朱元璋的士兵高，更要命的是，他的長處正是朱元璋的短處——水軍。
陳友諒佔據了湖北和江西，也就是說，他佔據了長江上游，而朱元璋佔據的應天是下游，必須要仰首而戰，由於他們正好在一條水路上，水戰就成為不可避免的戰爭方式。朱元璋一再避免決戰的原因也就在於此。
雖然朱元璋不懂物理，但他也知道拿漁船去和戰船決戰於水上，無異於自殺。
恰在此時，一件事情的發生使決戰提前爆發了。這是朱元璋萬萬沒有想到的。
至元十九年（1359年）11月，常遇春率部攻克池州，陳友諒大為吃驚，準備安排部隊奪回，但事情洩漏，朱元璋有了準備，命令徐達與常遇春採用伏擊方式作戰，常遇春與徐達在九華山下設伏，打敗了陳友諒的軍隊，並俘獲了三千人。
此時，常遇春的老毛病犯了，他對徐達說，我要殺掉這三千人，徐達堅決不同意，並表示要上報朱元璋，但他沒有想到常遇春膽子大到驚人的程度，竟敢不經過請示，連夜將三千人全部活埋了！
常遇春殺降是有目的的，他留下了幾個人沒有活埋，讓他們回去給陳友諒帶去了一句話：
我是常遇春，是我打敗了你！
麻煩大了。
【陳友諒的憤怒】
陳友諒真的憤怒了，自他從軍以來，沒有人敢再欺負他，在他面前總是畏畏縮縮的，常遇春何許人也，居然敢向自己挑釁！
他終於動手了，這次不再是小打小鬧了，打到應天，把朱元璋趕回去種田！
當然這是朱元璋所不願意看到的。
這次常遇春是真的把狼招來了。
至正二十年，陳友諒率領他全中國最強大的艦隊向應天進發，他的戰船名字十分威風，在此要詳細說說，分別是混江龍、塞斷江、撞倒山、江海鱉等，就差取名為驚破天了。
船名威風，那麼戰船呢，應該說戰船也很厲害，這些戰船大都有三層樓高，各種火炮齊備，用這樣的船來與朱元璋的漁船打仗是不用攻擊的，只要用撞就可以了。
陳友諒在攻擊前通知了張士誠，讓他夾攻朱元璋，然後他以迅雷不及掩耳之勢命令他的無敵艦隊向應天出發。
陳友諒指揮作戰有個很大的特點，這個人似乎從來不去仔細研究作戰計劃，而是率意而為，打到哪算哪，這個特點也一直讓他為軍事專家所垢，但客觀看來，這正是他的作戰特點，也是他的指揮藝術的精華之處。
連他自己都不知道要攻擊什麼地方，敵人能知道麼？碰到這種不按常理出牌的人，誰能頂得住？朱元璋就吃了他的虧。
當朱元璋得知陳友諒率領大軍攻擊時，陳友諒的艦隊已經攻佔了軍事要地採石，速度之快，讓朱元璋咂舌，而應天最重要的屏障太平現在就孤零零的屹立在陳友諒的十萬大軍面前，由於沒有想到陳的漢軍攻擊如此迅速，城內只有三千士兵，由花雲任統帥，陳友諒在攻擊太平的戰役中充分顯示了他的艦隊的可怕實力。
他並沒有讓士兵去攻城，只是讓士兵將船隻開到太平城靠江的城牆邊，用短梯從容的爬上了城頭，一舉殲滅了三千守軍，當陳友諒的漢軍從城牆爬下來時，很多守軍還沒反應過來，呆呆的看著漢軍，他們無論如何想不通，這麼高的城牆，還有長江天險，難道這些人是飛過來的？！！
太平被攻破了，應天就像一個赤裸的孩子，暴露在陳友諒的利劍下，陳友諒已經殺了徐壽輝，成為了皇帝，現在他的目標只有朱元璋，僅有一萬水軍，看似不堪一擊的朱元璋。
天下已經在我手裡！
看來上天要拋棄朱元璋了，無論從哪個角度來看，他都沒有贏的希望，每次當他到玄武湖看到那些破爛的漁船時，總有想一把火把這些垃圾燒掉的衝動。
但事情總是有轉機的，就在陳友諒大軍南下之前不久，上天送了一份大禮給他，這份大禮是一個人。
【天文學很重要】
至正二十年（1360）四月，朱元璋的部下胡大海攻下了處州，胡大海是一個愛惜人才的將領，他聽說附近有幾個隱士很有才能，便派人去請，所謂隱士，是指神龍見首不見尾，別人已經吃完午飯，他還在洗臉的那種人，未必真有本事，但不管如何，多拉一個人下水總是好的。
這幾位隱士的名字分別是葉琛、章溢、劉基。
前兩個人接到邀請，立刻就來了，可是最後的這個劉基是怎麼請都不來。
胡大海覺得此人架子太大，不想再去請了，可有人對他說，葉琛和章溢請不請無所謂，這個劉基一定要請，因為這個人懂天文。
今天的人們對天文學的興趣有限，可在當時，這可是一項了不起的本事，不是什麼人都能學的，屬於帝王之學的一種，地上的君王們覺得遼闊的土地已經不能滿足自己的慾望和虛榮，便把自己的命運和天上的星星聯繫在一起，出生的時候是天星下凡（一般要颳風下雨），即位時候是紫微星閃耀，被人奪位是異星奪宮，死的時候的是流星落地。
總而言之，都和星星有關，懂這門學問的何止是人才，簡直是奇才。
於是胡大海就上報朱元璋，朱元璋甚是感興趣，便派了一個叫孫炎的人來召劉基，但劉基就是不給面子，逼急了就回贈了一把寶劍給孫炎，這是一個不友好的舉動，而孫炎眼見使命不能完成，也急了，撕下了溫情的面具，對劉基說了一句意味深長的話：你這把劍應該應該獻給天子，天子用劍專門斬殺那些不聽話的人（劍當獻天子，斬不順命者）。
劉基明白了，這個眼前虧吃不得，乖乖的去朱元璋的手下幹活。但當時的朱元璋對他的真實能力並不瞭解，把他看成算命先生之類的角色。
金子總會發光的。
【決斷】
當太平失守的消息傳到應天後，朱元璋召集他的謀士們商量對策，在會議出現了不同的意見，大部分（注意這個詞）主張逃跑，另外一部分主張退守紫金山，但這兩部分人在一個問題上是一致的，那就是放棄應天。
這些平日自吹神機妙算的謀士在此時露出了他們的真面目，除了痛罵常遇春外，他們做的事情也只是吹噓漢軍的強大，太平如何失守，自己的軍隊如何差等等。
總而言之，言而總之，絕不能戰，戰則必亡。
朱元璋失望的看著這些人，他相信他們中的大部分人都打好了包裹，給老婆孩子準備了逃跑的車輛，隨時準備投靠新的老闆，然後在他摔跤倒地的時候再踩上一腳。落井下石、趁火打劫從來都是這些人的特長。
此時，他看到了臉色陰晴不定的劉基，似乎有話要說，他開口問道：「劉基，你有話說？說吧。」
劉基的那些同僚們停止了議論，看著劉基，自從這個人到了朱元璋手下擔任謀士後，沉默寡言，也沒有出過什麼主意，大家不怎麼瞧得起他，只是因為此人脾氣很好，從不發火，人緣倒還不差。
劉基站了起來，長時間的等待和傾聽已經消磨了他所有的耐心，他露出了自己的真面目，不再是一個好好先生，是上知天文，下知地理，運籌帷幄，決勝千里的劉伯溫！
他用輕蔑的眼光俯視著這些平日自視甚高的所謂才子們，用一種幾乎歇斯底里的語氣大聲說道：
「那些說要投降和逃跑的人應該立刻殺掉！你們就這麼膽怯嗎！現在敵人雖然強大，但卻驕橫，只要我們誘敵深入，使用伏兵攻擊，打敗陳友諒是很容易的！一味只想著逃跑的人，難道也有臉自稱為臣嗎？！」
他訓斥了那些懦弱的人，並詳細分析了局勢，告訴所有的人，陳友諒並不是不可戰勝的，周圍的人被他驚呆了，愣愣的看著他。
「如果我們失去了應天，還能去哪裡呢，我雖力薄，也能拚命！要走你們走，我絕不走！」
「我哪裡也不去，誓與應天共存亡！」
他的聲音如同狂風暴雨，掃蕩著大殿的每一個角落。
朱元璋百感交集，看著這麼多的所謂從龍之臣只為自己打算，而這個剛剛到自己手下幹活的人卻能以自己的勇氣說出與城共存亡這樣的話，他不是沒有畏懼感，他很明白，如果陳友諒攻下了應天，自己多年奮鬥的心血會毀之一旦，他也會像徐壽輝一樣成為陳友諒皇位的墊腳石，不可能做和尚，不可能做農民，等待他的只有死亡。
他當然想一戰殲滅陳友諒，讓這個討厭的人從世界上消失，可是陳友諒太強大了，強大到似乎無法戰勝，那龐大的戰船就像可怕的怪獸，會將他和他那弱小的水軍吞沒。
那就躲躲吧，可是又能躲到哪裡去呢，滁州？濠州？像狗一樣被人追來追去，最後又像狗一樣被人殺死？
劉基的話給了他勇氣，一個弱不禁風的書生尚有如此決心，我又畏懼什麼！我本一無所有，經過多少的艱難險阻才走到今天，難道就不能放手一搏嗎！
他站了起來，用威嚴的目光掃視著每一個人，斬釘截鐵的吐出了四個字：此地決戰！
在確定了戰略方向後，他召集謀士談論如何對敵，大凡這個時候，狗頭軍師們會提出一大堆建議，好的壞的都有，就看拿主意的人識不識貨，這是個一本萬利的工作，如果建議對了，而且被使用了，自己就會成為大功臣，如果沒有被使用，事後也可以證明自己有先見之明，如果出的是壞主意，那也沒關係，老婆不好找，老闆還是好找的，換一個就是了。
有謀士說，應該先攻下太平，然後以太平為屏障與陳友諒決戰。
又有謀士說，應趁陳友諒立足未穩，馬上出擊與他決戰，擊敵半渡，可收全功。
我們客觀的來看，這兩種主意似乎都不錯，提出謀略的人也是很有見識的，但真的行得通嗎？
朱元璋再度表現出了他的軍事天才，這種天份將在今後的軍事生涯中不斷地幫助他。
他分析道，先攻太平是不行的，因為太平城堅固，不能保證一定能攻下來，即使攻下來後，也無法在短時間內守住，陳友諒就會一鼓作氣攻克太平繼而攻擊應天，而那時主力部隊已經極為疲勞，根本守不住應天。主動出擊決戰也是不可取的，因為捨棄堅城不守，貿然出擊，一旦未能與敵軍進行決戰或是戰敗，整個戰局就會陷入被動。
最後，他說出了自己的見解，用手指向了應天城外的龍灣：
「就在這裡。」
【計劃與陰謀】
朱元璋的計劃是這樣的，考慮到自己的水軍不如陳友諒，他決定把陳友諒誘上岸來，引他進入預定地點，設伏打他。他分析了陳友諒水軍的進攻方向，認為陳友諒的水軍一定會經過長江，進入秦淮河並直抵南京城牆之下，在這條水路上，戰船唯一的阻礙是長江到南京西城牆的三叉江上的一座木製橋，這座橋的名字叫江東橋。
如果陳友諒走這條路，朱元璋的軍隊將直接面對漢軍的可怕艦隊，所以不能讓陳友諒走這條路。
朱元璋為陳友諒的漢軍選定的墓地是龍灣。龍灣有一大片的開闊地，漢軍到此地只能上岸，而自己的軍隊能利用當地的石灰山作屏蔽，隨時可以在後面突襲漢軍。這裡是最好的伏擊地點。
朱元璋召集了他的高級將領們，這些人和他一起從濠州打到應天，個個身經百戰，朱元璋充分地信任他們，在這些將領面前，朱元璋一掃之前的猶豫和躊躇，帶著自信的表情宣佈了他的計劃。
首先，他指示駐守城正北方的邵榮放棄陣地，因為他鎮守正是那個關鍵的地方——龍灣。
其次，他命令楊靖、趙德勝、常遇春、徐達帶領部隊埋伏在龍灣和南城，一旦漢軍進入伏擊圈就進行攻擊。
最後，他本人帶著預備隊駐紮在西北面的獅子山，作為最後的決戰力量。
「此次攻擊，我為總指揮，當我揮舞紅色旗幟時，即代表敵軍已經到達，當我揮舞黃色旗幟時，你們就要全力進攻，決戰只在此時！」
然而徐達提出了疑問：如果陳友諒軍不攻佔龍灣，而直接從秦淮河攻擊應天，這個計劃是無法執行的。
是的，說的有道理，陳友諒帶領的是水軍，必定會走水路，他又憑什麼放棄自己的優勢去和朱元璋打陸地戰呢。
朱元璋的臉上浮現出了一絲狡黠的微笑，他指著將領中的一個人說道：「這就要靠你了。」
這個人叫康茂才。
這是一個戰略意義上的陰謀，康茂才原先是陳友諒手下大將，後來投奔朱元璋，但他仍在朱元璋的指示下與陳友諒有著秘密接觸，用今天的話說，他是一個兩面間諜，是朱元璋埋在陳友諒身邊的一顆棋子。
康茂才早已派人送信給陳友諒，說他將倒戈，建議陳友諒採取水路進攻，他將會在江東橋與陳友諒回合，並將這座唯一阻擋水軍前進的橋樑挪開，讓陳友諒的水軍經過秦淮河直抵南京城牆之下。陳友諒大喜過望，並表示一定會在勝利後重賞康茂才，在得到陳友諒的回音後，朱元璋命令李善長連夜重造了一座石橋。
這座石橋將給予陳友諒最為沉重的精神打擊。
朱元璋宣佈了他的全部作戰計劃，以堅定的目光看著他的將領們：「我們自濠州出發以來，經歷了無數困苦，打敗了無數敵人，才取得今天的一方土地，雖然陳友諒比我們強大，但只要我們敢於迎戰，勝利一定屬於我們！」
【「我相信我是對的」】
朱元璋是一個了不起的人。
在通往勝利之門的路上，你會撿到很多鑰匙，這些鑰匙有的古色古香，有的金光閃閃，但只有一把才能打開那扇門。
在進行決策時，會有很多人在你耳邊提出他們自己的意見，將他們手中的鑰匙交給你，讓你去選擇，但這個遊戲最殘酷的地方在於：
你只有一次嘗試的機會。
如果失敗了，你將失去一切。
在戰役實施中，只有一個時機是最適合的，能抓住這個時機的，即是天才——拿破侖。
朱元璋在那紛繁複雜的環境中，在無數的建議中，堅持了自己的看法，牢牢地抓住了那把開啟勝利之門的鑰匙。
他的成功不是僥倖的，他當之無愧。
他正等待著陳友諒的到來。
陳友諒此時正沉浸在巨大的喜悅中，他已經成為了皇帝，現在所有的文武百官都在面前低著頭，聆聽他的訓示，他的艦隊已經兵臨城下，應天指日可克，朱元璋將永遠消失在世界上，這片大地上的百姓將在他的管理下，成為他的臣民。
我不是漁民的後代，從來都不是！
好消息一個接著一個，安插在朱元璋軍中的康茂才已經成為我的內線，他將在明天為我打開通往應天的道路，我的艦隊將一往無前，征服這個富庶的地方，然後就是張士誠，他不過是個軟弱的傢伙，決不會是我的對手，我將是最後的勝利者！
【龍灣的圈套】
至正二十年（1360年）6月23日，也就是徐壽輝被殺後的第七天，陳友諒率領他的艦隊沿秦淮河一路進攻，到達了江東橋，陳友諒難掩激動的心情，親自登岸，在夜色中輕聲叫出了聯絡的暗號：
老康！
無人應答。
第二聲：
老康！
仍舊無人回答。
陳友諒藉著皎潔的月光仔細觀察了江東橋，他驚奇的發現這並不是康茂才所說的木橋，而是石橋！
陳友諒感覺血液凝固了，他喊出了之前無數人喊過，之後還會有無數人喊的名言：
中計！
按照他的估計，此時應該是「火把叢生，殺聲遍地，伏兵殺出」，可是在他驚慌一陣後，卻發現什麼也沒有發生，這是怎麼回事，一向精明的陳友諒現在也是丈二金剛摸不著頭腦，康茂才莫非是有事來不了了？
無論如何，這裡很危險，不能久留。
正在此時，他得到了消息，自己的弟弟陳友仁已經統率一萬人馬在新河口之北的龍灣登陸，並擊敗了駐守在此地的軍隊，正等待大軍的到來。
那就去龍灣登陸吧。
陳友諒命令船隊加快速度，於當日下午到達了龍灣，之後他組織士兵上岸，一切都很順利，但他不知道的是，一雙眼睛正在不遠處的獅子山上看著他。
那是朱元璋的眼睛。
他的預料沒有錯，陳友諒果然放棄了在江東橋進攻的企圖，他是一個疑心重的人，必然選擇穩妥的進攻方法。
在確定所有的士兵都進入了伏擊圈後，朱元璋搖動了紅旗。
此時，隱藏在石灰山後、應天南城、大勝關的五路軍隊從不同的地方出現，但他們並沒有搖旗吶喊，而是靜靜的看著漢軍，他們沒有接到進攻的命令。
漢軍的士兵們終於發現自己掉進了一個大大的麻袋裡，敵人就在眼前，甚至可以看見他們盔甲上的反光，而這些敵人紋絲不動，正用一種奇怪的眼神看著他們，那種眼神好似家鄉過年時屠戶看著圈裡的豬羊。
戰場上出現了可怕的寧靜。
比死亡更可怕的寧靜。
這是令人毛骨悚然的一幕。
他們並沒有在這種可怕的沉默中等待多久，獅子山上的朱元璋揮動了黃旗。
五路軍隊在徐達、常遇春、馮勝的率領下對漢軍展開了輪番衝擊，騎兵來往縱橫，所向披靡！早已經驚慌失措的漢軍無法抵抗，他們紛紛奔向自己的船隻，然而此時正是退潮之時，船隻擱淺，大多數漢軍只能跳入長江逃生。陳友諒擠進能夠開動的小船上逃命，一路逃到九江，勝利的夢想就此破滅。
此戰漢軍在戰場上留下了20000具屍體，7000名俘虜，而朱元璋的軍隊幾乎沒有受到什麼損失，還俘獲了100艘大舶和數百條小船，朱元璋借助這些船隻為即將到來的最後決戰做好了準備。
陳友諒打了敗仗，逃回了江西，而張士誠正如朱元璋所說的那樣「器小」，眼睜睜的看著陳友諒被痛打一頓，只派了幾千兵馬在江浙與朱元璋接壤一帶武裝遊行了一番，就打道回府了，這個人確實如陳友諒所說，刀架在脖子上才會著急。
【不速之客】
龍灣之戰勝利後的一天，紫金山上的禪寺迎來了一位香客。當時的應天雖然已經為朱元璋所管轄，但治安情況仍然不好，所以寺中僧眾一到晚上就會緊閉寺門，這天黃昏時分，這個香客走進了寺廟的大門，口稱天晚無法趕路，希望留宿一夜，看門的小僧看此人相貌不俗（很醜）且十分兇惡，竟然不敢阻攔，讓他進了內寺。
禪寺的主持聞聽此事，慌忙出來看，當他初見此人，也不禁吃了一驚，但他畢竟是見慣大場面的人，細看之下頓覺此人身上自有一股豪邁之氣，且帶一把寶劍在身，他暗自揣測這人極有可能是出外打劫的強盜，像這種人一定不能得罪，如果激怒了他，一把火燒了禪寺，自己和老婆孩子怎麼辦，於是作主留他一晚。
此人正是應天的鎮守者朱元璋，在龍灣戰勝後，他也頗有些得意，常微服出巡，這也成為他之後幾十年的習慣，這天他來到紫金山下，見山上有一座禪寺，回憶起自己當年做和尚的情景，便到寺中一遊。
這天夜裡，住持左思右想睡不著，他怕那個強盜嫌疑極重的人晚上會出來搞事，可這話也不能直說，他思慮良久，終於想出了個好主意。他決定邀請這個人去大殿講禪。
所謂講禪和魏晉時期的清談差不多，一群人吃飽了飯，坐在一起吹牛，反正吹牛也不上稅。
朱元璋深更半夜被吵醒，得知居然是讓他去講禪，哭笑不得，他是何等精明的人，自然明白住持的意思，住的還是人家的地方，禮貌起見，他隨住持來到了大殿。
此時，空曠的大殿裡，只有他們兩個人，分東西坐定後，住持開始仔細的打量起朱元璋來，他發現此人衣著樸素，雖面相兇惡，但舉止還透著一股土氣，頓時對此人大為藐視。
做強盜做到這個地步，連件好點的衣服都沒有，說他是強盜都抬舉他了，頂多是個鄉巴佬。
但既然是講禪，還是要說點什麼的，於是住持開口了：「施主何方人氏？」
朱元璋答道：「敢煩禪師下問，在下祖籍淮右。」
「所持何業？」
「目下無業，唯四處遊俠而已。」
住持一聽此言，便覺自己判斷不錯，他準備教訓一下這個鄉巴佬。
「我觀施主面相，似有殺氣，目下天下大亂，望施主早擇良業，安分守己，閒來無事探研佛道，可悟人生之理。」
朱元璋不動聲色的問道：「不知何謂人生之理。」
「人生之理即心境二字，我送施主兩句真言，望好自揣摩。」
「敢情賜教。」
「先祖有云：境忘心自滅，心滅境無侵，人生無非虛幻，得此境界即可安享太平。」
朱元璋看著眼前這個面露輕蔑之色的和尚，沉默良久，突然大笑！
笑聲在空曠的大殿裡迴盪，久久不去。
住持大驚失色，朱元璋站起身來，緩步走向住持，突然抽出腰間寶劍，將劍架在他的脖子上！
住持再也掩飾不住，驚慌失措，顫聲說道：「你想幹什麼，如要錢財，可以給你。」
朱元璋厲聲說道：「禪師心境如此了得，為何也會害怕！方今天下，所以大亂，唯因民不聊生，兵荒馬亂，只由隔岸觀火！如天下太平，誰願遊俠，如爾等人，飽食終日，娶妻生子，只是妄談心境，苟且偷生，可恥！！」
言畢，朱元璋歸劍回鞘，朝自己的禪房走去。
住持此時才發現，眼前的這個衣著簡樸的人實在深不可測。
他對著朱元璋的背影大聲喊道：「貧僧有眼不識泰山，敢問施主高姓大名？！」
朱元璋的背影沒有停留，越走越遠。
住持歸房一夜未眠，他的直覺告訴他，這個人是個了不起的人物，他決定第二天要問個明白。
第二天，他起身後，便跑到朱元璋的禪房，但已是人去房空，在大殿的牆壁上，卻留著用硃砂寫就的的幾行大字：
【殺盡江南百萬兵，腰間寶劍血猶腥！
老僧不識英雄漢，只管嘵嘵問姓名。】