孫中山神經被段祺瑞挑動了。
黎元洪在憲法草案未出台前繼續沿用臨時約定，段祺瑞否定了約法，甚至把黎元洪避的辭職，他推選馮國璋做總統，能當總統馮國璋很高興，嘿嘿地上去了，接著一個維護北洋權益的憲法就此誕生。
南方不承認這個憲法，予以堅決反對，國民黨議員直接退出了北方議會。
段祺瑞直接將國民黨議會開除國會，重找了一批人強行通過了《中華民國憲法》。
南方軍力、經濟、政治的實力讓孫中山自我空前膨脹，在政治交涉無果後，他了討伐令。
這一切全都在楊洪森的預料之中，楊洪森立即進行部署，一切正如楊洪森所預料，當北洋軍向商城，湖北北部發起進攻後，兩廣的陸榮廷以調停之命派兵進入湖南。
孫中山氣惱之極，因為陸榮廷投靠了北方政府欲剿殺他們。他任命楊洪森為三軍總司令對段、陸二人進行反圍剿。
楊洪森接過指揮棒後，第一個命令就是要求黔系劉顯世出兵牽制陸榮廷部，這個命令自然沒有效果，兩邊都不好得罪，劉顯世生病了。
楊洪森在南京誓師，決定先南後北，號令集結在江西、福建的各部南下廣東，解放廣州。
楊洪森還是老戰術，一路從福建進入廣東，一路從江西進入廣東。只是這次兵力更加厚實，參戰的部隊由二個師變成了五個師，總計6萬人。對於南京方面的作戰動員，陸榮廷顯然有些低估了。
「敵人的炮火很猛烈啊！兄弟們都快，頂不住了。」某前線指揮衝著話筒大聲吼著。
「一定要頂住他們，頂不住老子就槍斃了你。」陸榮廷掛了電話，眉頭深鎖地看著地圖，
楊洪森由福建和江西兩路直下廣東可以說是輕車熟路，桂軍連戰連敗。陸榮廷發現自己想糊塗心思是多麼的可笑，遇到楊洪森這號就算是想也憋在褲襠裡。
討伐陸榮廷只進行了二個星期，桂軍受不了。對於國民革命軍的分進合擊，桂軍很想集中兵力，但是國民革命黨根本不給他集中兵力的機會，南京方面海路襲占廣州，從身後把桂軍切成了幾段，廣東境內的粵軍各路官兵、民軍見陸榮廷大勢已去，紛紛援腳，陸榮廷隻身逃回了柳州，但是楊洪森沒有打算放過他，他以南京軍政府發了一份電報請陸榮廷來寧擔任顧問委員。
南京那就是一個大監獄，陸榮廷遂在柳州宣佈下野，希望政府允許他安居於廣西老家。
楊洪森不准命陳銘樞派兵請陸榮廷來南京當顧問委員，陸榮廷攜家眷逃亡法屬殖民地。
考慮到此時吞併桂系的時機還未成熟，楊洪森任命投效南京的原陸榮廷的部將陳炳焜為廣西都督，任命胡漢民為廣東省長。楊洪森最初是打算提名孫科出任廣東省長，孫科也是躍躍欲試，可是孫中山認為孫科太年輕，要學的還很多，還需要磨練，孫科因為改任為廣東香山縣縣長。當然這不過是一個過渡，過些日子楊洪森便會找個尤頭提名他為廣州市長。
段祺瑞沒有想到陸榮廷這麼菜，一個月都堅持住這麼就完了，當然北洋進攻湖北也極不順利，馮山達部突入平漢線重鎮信州，用重炮把信州城門直接給轟開了，接著擺下塹壕戰，雙方相峙不下。
對於北洋軍說不打就沒有生路了，一個河南省養了近三十萬軍隊，這要是憋下去非出事不可。
河南原本只有趙倜一部人馬，王占元來到河南不久就被上調中央，河南一下子多了十幾萬人馬，養不起，實在是養不起，那就只要好裁兵，可是王占元手下的那幫子人什麼都能提，就是不能提裁軍，這些人撤至河南散開後一人霸著一塊地盤，不但不裁兵，而且都在徵兵，繼爾進一步擴大地盤，結果趙倜這個河南都督的政令也就能出城門。
河南兵多、稅多、賦雜、捐如牛毛、數以百萬計的逃難的人群正浩浩蕩蕩的去安徽、下湖北。
這種被北洋高級將領無恥地的稱作「亂民流」
幾百萬流民如果處理稍有不當便會造成動盪。
這幾百萬流民的安置對於南方政府來說確是個大問題，北方的亂民流對南方的北伐大計極有影響，民生問題促使孫中山在北伐的問題極為謹慎，楊洪森的作法便是以工代賑，為這些流民提供足夠的工作崗位，最低的生活保障，而這就意味著大量資金的投入。
沒有了陸榮廷，南京政府不在有後顧之憂，南軍在信陽一帶的反擊隨同展開。
陸軍建設方面，楊洪森追求火炮至尚的理念，進攻前猛烈的火炮壓制給北軍士兵造成了很大的心理陰影，與北洋軍相比，楊洪森缺少足夠數量的騎兵，但是他擁用著一定數量的裝甲車部隊。
南、北軍事衝突爆發後，西方各國紛紛居中斡旋，其中日本最為賣力，英、法、美等國其次，北洋軍在信陽一帶損失兵力超過2萬人，許昌、洛陽、鄭州不斷遭到了南方空軍的打擊。段祺瑞也派了飛機南下支援，但南方空軍的數量和質量均超過北洋軍，使得河南的制空權完全掌握在了南軍手中。
為了配合陝西的靖國軍，空軍開闢了空中走廊，對陝西境內的重要軍事據點進行轟炸，同時向渭北的靖國軍提供有限地械餉支援。
陝西革命黨人發動數萬群眾在三原修建起一座臨時機廠。雖然六架飛機不足以改變陝西的戰局，卻能極大的鼓舞革命軍將士的士氣。
駐紮在安康的馮玉祥部通電全國拒打內戰，馮國璋等直系將領發現皖軍現在鳥槍換炮，比兩江那會不但能打，而且裝備更好，機槍和炮火優勢太過明顯，各一線部隊傷亡很大。
鑒於北軍的傷亡，段祺瑞遂請各國主持和談。
「中央方面將任免胡漢民為廣東都督，鍾斌為廣西都督，不知這樣是否滿意。」
「兩廣目前已在我黨控制中，如果想就和平達成一致，我方意見是北洋軍退出陝西，至於賠款給個300萬元就行了。」
「割地賠款，那有這樣的道理。」
「那咱們就別談，那就繼續打，看看是你們的桿子硬，還是我們的桿子硬。」
雙方都派出了以軍人為代表的談判團，雙方談著談都眼紅脖子，個個扯衣服，挽袖子。最後在日、英、美、法的協調下，雙方實現全面停火，陝西保持原來的態勢，兩廣交由南京留守政府，至於賠償則從海關釐金盈餘中扣除。南、北雙方分別在北京和南京簽訂了《停戰協議》，南征失敗對段祺瑞的影響不是很大。
南征雖然失敗了，但是意義重大，一方面南軍的真實實力被暴露了出來；另一方面直系被打殘廢了。
新的總統，新的內閣，馮國璋把段家的女性成員全操了一遍。
日本方擔心段祺瑞倒台會影響其在華利益，對於段政府請求提供軍援，思量再三者答應了下來。日本這次的軍援數量大、質量很高，北軍得到了大量75MM火炮，至於100+的重炮，日本口頭表示未來將幫助助建，至於未來是何時那就老天和日本人自己知道了。作為交換日本對滿、蒙進行了更為廣泛的滲透。
段祺瑞利用日本的軍援大肆擴充皖軍。
「丫的，這傢伙口口聲聲說北洋經費困難，娘的他這是要把老子給吃了。」馮國璋大罵著，一班將領更是憤憤不平，他們在前方拚死拚活，姓段的卻在他們後面捅刀子。
「大帥，你可要拿個注意，這樣下去，咱們手中的部隊都沒了。」
馮國璋頭痛啊，段祺瑞有日本人支援，腰包鼓鼓。可他手中沒有錢，可這養兵是要花錢的，而他們也要想辦法找個「乾爹」才行，既然段祺瑞投靠日本人，那他們就投靠英美，也去拉些外塊。