楊洪森很討厭這種謠言，因為這些不實之詞將會嚴重破壞日中友好的關係，對於楊洪森來說日本是他的重要客戶之一，讓這些客戶滿意正是他們這些商人最高尚地追求。
顧問委員譚延闓接受南京軍政府委任擔任湖南省長，至於軍權楊洪森是不會由他繼續掌控。
消滅軍閥割據首先要加強中央的集權，將地方上的用財權、人事權抓在手。其次就是加強黨對軍隊進行控制，從而將割據根除。
原湖南都督湯薌銘調入南京軍政府擔任顧問委員，楊洪森沒有賦予他實際的權利，但卻給了他一很多的頭銜。
兩湖被楊洪森收入囊中，兩地土改運動也隨之展開。相對於湖南的土改，湖北對土改更為迫切，土改運動受到兩湖廣大人民群眾的。轟轟烈烈地土改運動開始後，那些分到土地的百姓們懷著極大的熱情從事著生產勞動，為了軍政府，為了保衛勝利果實，他們響應號召踴躍參軍。
中國革命的基礎在什麼地方？不是在上海、南京這樣的大城市，而是廣大的農村，城市內的工人無異是這場革命的中間力量，而像楊洪森這樣的不法資本家則充當起決策者的角色。
合併改組後的國民黨，不管是勢力還是實力都是空前的強大。
楊洪森成為了黨內了二號人物，孫中山將其作為接班人培養。
楊洪森在黨內擁有著「偏執狂」的稱號。
孫中山在中國推行國家社會主義制度，內閣採取元首制，而楊洪森是其最堅決的者和擁護者。議會中反對聲音不小，但是在佔有70%議席的國民黨人面前，這些反對聲根本不能阻止議案的通過。
楊洪森在黨的代表大會上，再一次重申孫中山的對黨、對國家的絕對領導地位。他那「偏執狂」似的演講得到了黨內大多數同志的。
第一個喊出「我的元首」的是楊洪森，不僅如此，楊洪森還無恥喊出了「我的父親。」
「國父」稱號在這個時候得到廣泛地認同。
在南京，二十萬人的大遊行讓西方各國大為震動，到處是紅色的海洋，在這座古老的南京城中只能聽到孫中山一個人的聲音。
孫中山+楊洪森=？
沒有人回答出最後的答案。
南方的消息進一步刺激了袁世凱的病情，他已經預感到了自己的大陷已到，袁克定根本無法應對如今場面，不過他仍打著小算盤，準備抬出自己的好友徐世昌，讓他做過渡，但是徐世凱是何等人物，自然不會趟渾水，他只好回過頭請段祺瑞出山，段祺瑞等了這一天已經很久了。
在這年的寒冷冬季，袁世凱帶著那顆寒透的心，悄然離去。
與袁家大宅內的一片哭聲相比，北洋新政府班子卻熱火朝天地起爐了。
南北的局勢，任誰也看的清楚。現在南方勢力很強勁，這裡面的關鍵人物就是楊洪森。國民黨改組後，其出任南京政府陸軍部長，他是南方政權的實際掌握著，滇系、桂系都是他的爪牙。單從南北的兵力而言雙方相差無幾，從民心、士心方面來講南北相差甚遠。南方經濟發展迅猛而強勁，鋼鐵、治金、機械、造船、紡織等都是壓倒性的，軍工廠更是北方所不可比擬的，以上海製造局為例，楊洪森得到後，該廠的產量就不斷被刷新，現在上海製造局每月能產88式步槍4000槍。南北強弱對比已經發生變化，北洋政府通過單純軍事手段不但無法解決眼前的困難，而且會導致北洋的情況更加的糟糕。
「有必要與楊洪森談和。」
當然這只是段祺瑞個人想法，不過他很快將這一想法變為了實際的行動。
帝制取消後，取而代之的是共和體制，為了迎合南方，段祺瑞並不急於擔任那些近在眼前的總統，而且扶出了黎元洪，對於第二次出山黎元洪信心不足。而1915年12月12日孫中山在南京就職大總統，並組建了南京軍政府，他這個總統能不能當還要看孫中山的意思，即使他當選為總統，他還需要解決另一個問題段祺瑞，他可不甘心從袁世凱的傀儡變成段祺瑞的傀儡。
南京政府成立後首先要解決的問題是得到英、法、美、日等國的外交認可。不過在段祺瑞扶出黎元洪後，南京政府就變得極為尷尬了，這也是為什麼當初楊洪森反對籌建南京政府的原因，在那些西方國家眼中北洋才是正統。
南京政府中楊洪森控制著地方和軍隊，那些資深黨員則控制著政府，他們之間暗戰不斷，但是楊洪森自有辦法收拾他們。
孫中山也在思考著兩個問題：一、北伐是否還要繼續，畢竟袁世凱死了，帝制取消了。二、是否取消南京政府，現在各國均只承認北洋政府。政府內要求繼續北伐的聲音很高，楊洪森卻不北伐。政府內反對取消南京政府的議員很多，楊洪森卻力主取消以迎合西方各國。
不過有兩件事導致了北伐無法在繼續。
第一件發生在四川，唐繼堯為了控制四川抬出了蔡鍔，而蔡鍔的確很有作用，一下就把四川那些大大小小的軍閥們都鎮住了，可問題是蔡鍔的身體不太好。南京政府組閣後，楊洪森派專機將蔡鍔接到了南京，這是楊洪森對他的看重，期間他做了一些手腳，其在上海治療時被診斷出有嚴重的疾病可能會導致其死亡，洋大夫建議其到醫療條件更好的歐美治療，楊洪森自然將此事報知孫中山，孫中山親自瞭解了蔡鍔的病情，根據醫療小組建議準備至美國治療，軍政府還專門劃撥了一筆款子，楊洪森更是派人與美國支部同志聯絡。唐繼堯擔心南京政府打四川的注意，所以暗中指示四川地諸將挽留，這讓孫中山大為惱火，在他看來蔡鍔如果繼續留任，非死在都督任上。楊洪森幾句話就點明了其中了緣由，孫中山輕歎一聲，以南京軍政府名義，讓唐繼堯兼任四川都督，北洋政府也做出同樣的任命。唐繼堯沒有蔡鍔那種威信，四川諸將都不吊他，他不得訴諸於武力，這使得第一方面軍徹底無法參與北伐活動。
第二件事比起蔡鍔去美國治療那就嚴重多的多。惠州陳炯明對廣州兵變，襲擊軍政府，自稱廣東都督。北京這次的反映很快，段祺瑞命令廣西陸榮廷發兵討陳。南京知道這個消息還是在黃興逃回福州之後。國民黨重要人物宋教仁在廣州兵變被陳炯明手下的士兵亂槍打死。宋教仁的身亡絕對是一場意外，陳炯明沒有下達過殺宋教仁指示，但是宋教仁太過剛烈圍攻當日，只身前往欲勸退陳部叛軍，結果被殺入廣州城的叛軍打的全身血孔。
宋教仁的死把陳炯明嚇的不輕，「你說他不好好在軍政府內待著，出來個毛勁啊」。
陳炯明不好的預感在其奪取廣州後幾日應驗。孫中山在南京極其憤慨的通電討伐陳炯明。
陸榮廷為了防止南京方面介入廣東事務首先起兵。
陳炯明非常清楚孫中山發起火來事態會很嚴重，陳炯明自然打不過陸榮廷，他一方面向孫中山去電請罪，一方面通電下野準備回香港。可是香港他哪裡能會的去，社會部的那些人拿著孫中山的手諭到了香港後，馬上布控著手抓捕叛黨、叛國、叛軍的陳炯明，在友人的提前告知下陳炯明隻身逃亡澳門，社會部的人隨之到達澳門，陳炯明只好逃亡南洋，可以在南洋他更待不下去，只好一路南逃至澳大利亞。
這件事的後續是，陸榮廷獨佔了廣東，他雖然南京政府，便是卻以各種借口反對北伐。
到此為止，北伐三路大軍只剩下楊洪森這一路，孫中山對於他們的背約十分不滿，而楊洪森趁機向孫中山推銷起「攘外必先安內」的方略來。